单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-04-18	Virus-associated inflammation imprints an inflammatory profile on monocyte-derived macrophages in the human liver 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175241 PMID:40231469	research paper	该研究探讨了慢性乙型肝炎患者的肝脏中，病毒相关炎症如何通过单核细胞来源的巨噬细胞（iMacs）塑造炎症表型，并影响肝脏疾病的进展	首次在人类肝脏中揭示了炎症环境对单核细胞来源巨噬细胞的长期表型印记，并发现这种印记在炎症消退后仍持续存在	研究样本仅限于慢性乙型肝炎患者，未涵盖其他类型的肝脏疾病	研究病毒相关炎症如何重塑肝脏巨噬细胞群体及其对疾病进展的影响	慢性乙型肝炎患者的肝脏组织和血液样本	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	慢性乙型肝炎患者（具体数量未提及）的纵向肝脏和血液样本
1202	2025-04-18	How is single-cell RNA sequencing contributing to the advancement of cancer therapeutics? 2025-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v17.i4.103480 PMID:40235873	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术研究了胃癌患者肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化	通过scRNA-seq数据在临床环境中的应用讨论，为开发个性化胃癌治疗策略提供了新思路	研究未提及样本量大小或具体实验设计的局限性	探索scRNA-seq在癌症治疗领域的应用潜力	胃癌患者的肿瘤微环境	digital pathology	gastric cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
1203	2025-04-18	Parallel comparison of T cell and B cell subpopulations of adenoid hypertrophy and tonsil hypertrophy of children 2025-Apr-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58094-w PMID:40229254	研究论文	比较儿童腺样体肥大和扁桃体肥大的T细胞和B细胞亚群的差异	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	样本量相对较小（12对配对样本），且仅针对儿童患者	探究腺样体肥大和扁桃体肥大在免疫微环境中的差异	1209名1-15岁被诊断为腺样体肥大的儿科患者及其12对配对腺样体和扁桃体样本	免疫学	腺样体肥大和扁桃体肥大	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	1209名儿科患者（流行病学数据）和12对配对样本（单细胞RNA测序）
1204	2025-04-18	Multi-omics analysis identifies diagnostic circulating biomarkers and potential therapeutic targets, revealing IQGAP1 as an oncogene in gastric cancer 2025-Apr-14, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00895-9 PMID:40229327	研究论文	本研究采用多组学整合方法，识别胃癌(GC)的循环生物标志物，并探讨其作为治疗靶点的潜力	通过多组学数据整合，识别出四个基因和四个蛋白质作为潜在的胃癌生物标志物，并揭示了IQGAP1在肿瘤生长中的关键作用	NA	识别胃癌的循环生物标志物并探索其治疗靶点潜力	胃癌患者的血浆和肿瘤组织样本	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因和蛋白质定量性状位点分析、孟德尔随机化	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	来自UK Biobank和FinnGen的数据
1205	2025-04-18	A simplified preparation method for single-nucleus RNA-sequencing using long-term frozen brain tumor tissues 2025-Apr-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97053-9 PMID:40229354	research paper	本文介绍了一种简化的单核RNA测序方法，适用于长期冷冻保存的脑肿瘤组织	优化了从长期冷冻的儿科胶质瘤组织中分离完整细胞核的方法，并改进了3'测序文库以包含更短的RNA片段	方法主要针对冷冻脑肿瘤组织，可能不适用于其他类型的组织或新鲜样本	提高对罕见肿瘤组织的研究能力，特别是冷冻保存的脑肿瘤样本	长期冷冻保存的儿科胶质瘤组织	digital pathology	brain tumor	single-nucleus RNA-sequencing (snRNA-seq)	NA	RNA-seq data	冷冻的原发性胶质瘤组织样本
1206	2025-04-18	IL1RAP is an immunotherapeutic target for normal karyotype triple-mutated acute myeloid leukemia 2025-Apr-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-025-00769-z PMID:40229904	研究论文	该研究通过多组学分析发现IL1RAP是正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）的免疫治疗靶点	首次将IL1RAP鉴定为NKt-AML的潜在免疫治疗靶点，并证明其与患者预后不良和治疗反应差相关	样本量相对较小（12例NKt-AML），需要进一步验证	寻找NKt-AML的新型免疫治疗靶点	正常核型三重突变急性髓系白血病（NKt-AML）患者样本	血液肿瘤学	急性髓系白血病	多组学分析、表面蛋白质组富集、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、转录组数据	100例原发性AML样本（含12例NKt-AML）进行表面蛋白质组分析，691例AML样本进行转录组分析，23例AML样本进行单细胞RNA测序
1207	2025-04-18	Extracellular vesicle-derived miRNA-mediated cell-cell communication inference for single-cell transcriptomic data with miRTalk 2025-Apr-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03566-x PMID:40229908	研究论文	介绍了一种名为miRTalk的新方法，用于推断由细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA介导的细胞间通讯（CCC）	miRTalk是一种首创的方法，用于推断由EV衍生的miRNA-靶标相互作用（MiTIs）介导的CCC，并在模拟和真实数据集上表现出优越性能	NA	通过单细胞RNA测序技术解析细胞间通讯（CCC）的机制	细胞外囊泡（EVs）衍生的miRNA及其靶标相互作用（MiTIs）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	miRTalk	单细胞转录组数据	NA
1208	2025-04-18	Comprehensive bioinformatics and immunohistochemical analyses identify phosphoinositide metabolism and PNPLA7 as potential biomarkers in urological cancers 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97118-9 PMID:40221501	研究论文	通过综合生物信息学和免疫组织化学分析，识别磷酸肌醇代谢和PNPLA7作为泌尿系统癌症的潜在生物标志物	首次探索磷酸肌醇代谢相关成分在泌尿系统癌症中的作用，并鉴定PNPLA7基因作为潜在生物标志物	研究主要依赖公共数据库数据，需要进一步实验验证	研究磷酸肌醇代谢在泌尿系统癌症中的贡献及其作为预后生物标志物的潜力	透明细胞肾癌、膀胱癌和前列腺腺癌	生物信息学	泌尿系统癌症	生物信息学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学评估	NA	基因表达数据、临床样本	公共数据库中的多组数据及临床样本
1209	2025-04-18	Exploring the tumor microenvironment of breast cancer to develop a prognostic model and predict immunotherapy responses 2025-Apr-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-97784-9 PMID:40221624	研究论文	通过探索乳腺癌肿瘤微环境，开发预后模型并预测免疫治疗反应	利用转录组和单细胞测序数据，结合多种分析方法，构建了一个能够准确区分高低风险患者并预测免疫治疗反应的预后模型	研究基于公共数据库数据，可能受限于数据的质量和样本量	开发乳腺癌预后模型并预测免疫治疗反应	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	转录组测序、单细胞RNA测序、WGCNA、Cox回归、Lasso回归	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	公共数据库中的乳腺癌患者数据
1210	2025-04-18	Pan-cancer analysis reveals BAF complexes as immune-related biomarkers and validation in triple-negative breast cancer 2025-Apr-05, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123607 PMID:40194763	研究论文	本研究通过泛癌分析揭示了BAF复合物作为免疫相关生物标志物的潜力，并在三阴性乳腺癌中进行了验证	首次强调了新型BAFs模型对患者预后的重要性，并证实了BAFs作为免疫相关生物标志物在泛癌进展中的重要作用，特别是ACTL6A在三阴性乳腺癌中的双重角色	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	解码特定BAFs在癌症病理学、免疫学和靶向治疗中的潜力	BAF复合物（BAFs），特别是ACTL6A	癌症基因组学	三阴性乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序	BAFs模型和列线图	基因表达数据	来自The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus和IMvigor210数据库的数据
1211	2025-04-18	Overcoming immunotherapy resistance in hepatocellular carcinoma by targeting myeloid IL-8/CXCR2 signaling 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.02.002 PMID:39916327	研究论文	本研究探讨了通过靶向髓系IL-8/CXCR2信号通路克服肝细胞癌免疫治疗耐药性的机制	揭示了IL-8/CXCR2通路在免疫检查点阻断（ICB）耐药性中的作用，并提出了AZD5069作为CXCR2拮抗剂的潜在治疗策略	研究样本量有限，且主要基于临床前模型和初步临床试验数据	阐明IL-8/CXCR2通路介导的ICB耐药机制，并探索潜在的治疗策略	肝细胞癌（HCC）患者和ICB耐药的小鼠模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ICB耐药的小鼠模型	RNA测序数据	晚期HCC患者的基线及治疗中活检样本
1212	2025-04-18	The origin of patient-derived cancer organoids from pathologically undiagnosed specimen in patients with pancreatobiliary cancers 2025-Apr, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01026-5 PMID:39688793	research paper	本研究探讨了从病理未确诊样本中建立患者源性癌症类器官（PDCOs）的可能性，并验证其在胰腺胆道癌诊断和研究中的潜力	首次证实了从病理阴性样本中建立的PDCOs能够代表患者的癌症组织，并在多组学水平上验证其诊断价值	样本量较小（仅4名患者9个样本），需要更大规模的试验来验证结果	探索PDCOs作为胰腺胆道癌诊断和研究工具的潜力	胰腺胆道癌患者（3例胰腺癌和1例胆囊癌）的组织样本	digital pathology	pancreatobiliary cancers	肿瘤panel测序、单细胞RNA测序、H&E染色、免疫组化染色	PDCOs（患者源性癌症类器官）	基因组数据、转录组数据、病理图像数据	4名患者的9个样本（包括病理阴性样本）
1213	2025-04-18	Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear 2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO DOI:10.1007/s10162-025-00980-7 PMID:40080263	research paper	本研究探讨了小鼠内耳中上皮和非上皮细胞间的信号交流及其在耳石器官发育中的作用	揭示了小鼠内耳发育过程中上皮与非上皮细胞间通过TGFβ和pleiotrophin通路的信号交流机制	研究仅聚焦于出生后第4天和第6天的小鼠内耳，可能无法全面反映整个发育过程	探索小鼠内耳中上皮和非上皮细胞间的相互作用及其在耳石器官发育中的角色	小鼠内耳的上皮和非上皮细胞	neuroscience	NA	Smart-seq2单细胞RNA测序、免疫组织化学、定量多重原位杂交	NA	RNA测序数据、图像数据	955个细胞，来自出生后第4天和第6天的小鼠内耳
1214	2025-04-18	Gut microbiota-derived tryptophan metabolites improve total parenteral nutrition-associated infections by regulating Group 3 innate lymphoid cells 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70007 PMID:40236767	研究论文	本研究探讨了肠道微生物群衍生的色氨酸代谢物通过调节第3组先天淋巴细胞（ILC3s）改善全肠外营养相关感染的机制	揭示了ILC3s分泌IL-22减少是导致TPN相关感染的重要因素，并发现特定代谢物通过激活核受体Rorγt促进IL-22分泌的分子机制	具体代谢物名称在摘要中未明确提及，机制研究仍需进一步验证	阐明全肠外营养相关感染的发病机制并探索改善方法	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物群及ILC3s	免疫学	肠功能衰竭相关感染	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、16S rRNA基因测序、宏基因组测序	NA	基因测序数据	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物样本
1215	2025-04-18	HLF and PPARα axis regulates metabolic-associated fatty liver disease through extracellular vesicles derived from the intestinal microbiota 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70022 PMID:40236774	研究论文	本研究探讨了肠道微生物来源的细胞外囊泡通过HLF/PPARα轴在代谢相关脂肪肝病(MAFLD)中的作用机制	首次发现肠道HLF通过调节PPARα表达影响肠道屏障功能，并通过微生物囊泡介导的TCDCA抑制肝细胞铁死亡	研究主要基于动物模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肠道参与MAFLD发展的分子机制	食蟹猴肠道组织、基因敲除小鼠模型	代谢疾病研究	代谢相关脂肪肝病	单细胞转录组分析、脂质组学	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明样本数量
1216	2025-04-18	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Mar-20, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	利用自适应重要性感知表示学习，通过对抗域适应从多个源域提取与药物反应相关的域不变特征，并引入即插即用模块生成重要性感知且相互独立的权重	未明确提及具体局限性	预测单细胞水平的药物反应	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括来自细胞系、患者来源异种移植(PDX)模型以及临床肿瘤患者队列的单细胞数据集
1217	2025-04-18	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-02-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	研究论文	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化发病机制中的核心作用，并提出了针对这些细胞的创新治疗策略	目前研究主要基于动物模型，临床转化效果尚待验证	研究心脏纤维化的发病机制并探索新的治疗靶点	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	动物模型	基因表达数据	NA
1218	2025-04-18	Identification of the immune infiltration and biomarkers in ulcerative colitis based on liquid-liquid phase separation-related genes 2025-02-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89252-1 PMID:39915583	研究论文	该研究通过机器学习算法鉴定了与溃疡性结肠炎(UC)免疫浸润相关的液-液相分离相关基因(LLPS-RGs)，并验证了这些基因在UC中的诊断价值和免疫调节作用	首次揭示了LLPS-RGs在UC免疫浸润中的作用，鉴定了7个高诊断准确性的hub基因，为UC的精准治疗提供了新靶点	研究样本量有限，需要更大规模的临床队列验证hub基因的诊断价值	探索LLPS-RGs在UC免疫浸润中的作用机制并寻找诊断标志物	溃疡性结肠炎患者组织和细胞模型	生物信息学	溃疡性结肠炎	机器学习算法、qRT-PCR、scRNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	微阵列和单细胞RNA测序数据集
1219	2025-04-18	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2025-02-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82218-9 PMID:39905117	研究论文	本文通过实验与计算相结合的方法，探索了紫杉醇对三阴性乳腺癌细胞的影响及其分子机制	揭示了紫杉醇诱导的干扰素样反应及细胞周期相关耐药机制，并鉴定ELF3上调作为紫杉醇耐药的潜在生物标志物	研究主要基于体外细胞实验，临床样本验证有限	探索紫杉醇在三阴性乳腺癌中的治疗反应机制及耐药性	三阴性乳腺癌细胞系	癌症生物学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、siRNA敲降、活细胞成像	NA	基因表达数据、影像数据	未明确说明细胞系数量，但包含公共乳腺癌患者数据分析
1220	2025-04-18	Spatially resolved transcriptomics and graph-based deep learning improve accuracy of routine CNS tumor diagnostics 2025-02, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00904-z PMID:39880907	研究论文	本文介绍了一种名为NePSTA的空间转录组学分析方法，结合图神经网络，用于中枢神经系统肿瘤的自动组织学和分子评估	开发了NePSTA方法，利用空间转录组学和图神经网络，从单个5微米组织切片中实现全面的形态学和分子神经病理学诊断	需要进一步验证其在更广泛样本和临床环境中的适用性	提高中枢神经系统肿瘤的诊断准确性和效率	中枢神经系统肿瘤患者和健康捐赠者的组织样本	数字病理学	中枢神经系统肿瘤	空间转录组学、NGS、甲基化分析	图神经网络	组织切片图像、分子数据	130名参与者，包括CNS恶性肿瘤患者和健康捐赠者，来自四个医疗中心