单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1201	2025-05-07	Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex 2025, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39912400	研究论文	分析PAX6和LHX2这两个哺乳动物大脑皮层发育中的基本调控因子的下游靶基因	比较了PAX6和LHX2的染色质占据情况以及各自缺失时的转录失调，识别了共同直接和间接靶基因，并分析了它们在神经发生过程中的表达模式	未进行实验验证所提出的假设	探究PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络	PAX6和LHX2转录因子及其下游靶基因	发育生物学	NA	染色质占据分析、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1202	2025-05-07	Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data 2024-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405 PMID:39916216	研究论文	提出了一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型	开发了一种生物物理模型，用于参数化多组数据，并评估多组数据相对于未注册的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的优势	未提及具体样本量或实验验证的局限性	研究如何联合分析染色质可及性和基因表达数据，以评估多组数据的优势	染色质动态和转录过程	生物信息学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法	生物物理模型	测序数据	NA
1203	2025-05-07	Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf031 PMID:39899596	研究论文	本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南	首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南	研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性	九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	RNA测序数据	五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据
1204	2025-05-07	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子的协同作用对基因调控的影响	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测了这些转录因子的重要性	研究主要基于计算模型预测，部分结果需要实验验证	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞及其转录因子	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
1205	2025-05-07	Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341 PMID:39896798	research paper	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病中的疗效和安全性	首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因造血干细胞移植后复发的AML患者，并探索了CAR-T细胞输注前的CD4+和CD8+比例调整以减轻副作用	样本量较小（12例患者），且2例患者因疾病快速进展退出研究	评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗AML中的疗效和安全性	14例异基因造血干细胞移植后复发的AML患者（最终12例接受治疗）	肿瘤免疫治疗	急性髓系白血病（AML）	scRNA-seq	CAR-T细胞疗法	临床数据、单细胞RNA测序数据	12例接受治疗的AML患者
1206	2025-05-07	Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153 PMID:39896800	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤生物学特性及免疫微环境，为靶向和个性化免疫治疗策略提供见解	利用单细胞RNA测序技术系统研究HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境，发现与不良预后相关的C2 IGF2+肿瘤细胞亚型及其与肿瘤进展的关联	研究依赖于公开数据库的scRNA-seq数据，可能受限于样本量和数据质量	揭示HGSOC进展和治疗抵抗的分子机制，开发更有效的个性化治疗策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤细胞亚型及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的scRNA-seq数据
1207	2025-05-07	Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984 PMID:39896814	研究论文	通过孟德尔随机化和转录组学分析，探讨循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及潜在生物标志物	结合孟德尔随机化和转录组学数据，首次系统性地研究了免疫细胞表型与IPF的因果关系，并鉴定了三个新的生物标志物	研究依赖于公开数据库的GWAS数据，可能存在样本选择偏倚	阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制	循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化患者	生物信息学	特发性肺纤维化	孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序	IVW等五种孟德尔随机化方法	基因组关联研究数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自公开数据库的GWAS数据和IPF患者样本
1208	2025-05-07	Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327 PMID:39906743	研究论文	本研究通过分析焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），构建了一个六-lncRNA特征，用于预测乳腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次构建了一个结合焦亡和免疫相关lncRNA的特征，用于预测乳腺癌预后和免疫治疗反应，并揭示了不同的免疫细胞浸润模式	研究依赖于TCGA数据集，需要进一步的外部验证	识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并预测患者的预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	Pearson相关系数、单变量Cox回归分析、LASSO方法、单细胞测序	六-lncRNA特征模型	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的乳腺癌患者样本
1209	2025-05-07	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	一项关于BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的随机、安慰剂对照试验，评估其免疫生物标志物和临床效果	研究评估了新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染患者中的效果，并观察其对免疫反应的影响	zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗有关	评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的治疗效果及其对免疫反应的影响	COVID-19呼吸窘迫住院患者	医学研究	COVID-19	随机对照试验、单细胞转录组分析	NA	临床数据、生物标志物数据	队列1有63名患者（zanubrutinib组30名，安慰剂组33名），队列2有4名患者
1210	2025-05-07	Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842 PMID:39911580	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中的免疫基因，区分热/冷肿瘤，并探索其对癌症治疗和患者预后的影响	开发了一个框架来区分不同癌症类型中具有临床意义的免疫亚型，并确定了几个潜在靶点用于将冷肿瘤转化为热肿瘤以提高抗癌治疗效果	尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少	探索免疫调控基因如何影响肿瘤微环境，从而影响癌症治疗和患者预后	33种不同类型的癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列	肿瘤免疫学	多种癌症（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌和宫颈鳞状细胞癌）	CIBERSORT算法、基因集变异分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的33种癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列
1211	2025-05-07	Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036548 PMID:38115318	research paper	该研究通过综合分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，构建了与单核细胞相关的高级别浆液性卵巢癌预后模型	识别了37个单核细胞差异表达标记基因，并筛选出A2M、CD163和FPR1作为枢纽基因构建风险模型，揭示了这些基因在肿瘤发展中的作用机制	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	寻找高级别浆液性卵巢癌的新生物标志物并构建预后模型	高级别浆液性卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	risk model	RNA-seq data	来自TCGA和GEO数据库的数据
1212	2025-05-07	Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis 2023-Dec-15, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000036707 PMID:38115253	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型	结合单细胞细胞通讯方法、WGCNA分析和LASSO模型，识别出与子宫内膜异位症组织干细胞标记物相关的关键基因	未提及样本量是否足够大或是否进行了实验验证	识别子宫内膜异位症的关键基因并构建诊断和治疗的新方向	子宫内膜异位症相关基因	生物信息学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA分析、LASSO模型	LASSO	RNA测序数据	NA
1213	2025-05-07	Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches 2023-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43855-2 PMID:38052804	研究论文	本文通过改进基于分裂绿色荧光蛋白（GFP）的遗传编码系统，开发了一种名为sGRAPHIC的技术，用于高效荧光标记与癌细胞在深层组织中相邻并可能相互作用的组织驻留细胞	开发了sGRAPHIC系统，能够高效标记并分离转移灶相关组织驻留细胞，结合单细胞RNA测序平台揭示其基因表达模式	研究仅在小鼠肝脏转移模型中进行，尚未在人类或其他癌症类型中验证	探究转移灶中细胞间相互作用的机制	转移灶相关的组织驻留细胞（如肝细胞）	癌症生物学	癌症转移	分裂GFP系统、单细胞RNA测序	小鼠肝脏转移模型	基因表达数据	NA
1214	2025-05-07	Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43420-x PMID:38042809	研究论文	该研究通过整合恒河猴对mRNA-1273疫苗接种的先天和适应性免疫反应，扩展了对SARS-CoV-2疫苗免疫机制的理解	首次在非人灵长类动物模型中整合先天和适应性免疫反应，揭示了S特异性T细胞与先天免疫细胞之间的双向信号传导机制	研究仅针对mRNA-1273疫苗在恒河猴中的反应，结果可能不能完全推广到人类或其他疫苗	研究SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫和适应性免疫细胞之间的相互作用动态	恒河猴	免疫学	COVID-19	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点的先天免疫细胞和抗原特异性B、T细胞
1215	2025-05-07	Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations 2023-12-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43758-2 PMID:38042900	research paper	该研究分析了两个月大婴儿在接种疫苗前后的免疫反应，揭示了抗体反应的异质性以及转录组的显著变化	首次在婴儿群体中详细描述了疫苗接种后的血清学反应和转录组变化，并发现了干扰素刺激基因(ISGs)的显著过表达	研究样本量有限，且仅观察了短期免疫反应	了解婴儿对常规疫苗的免疫反应机制	两个月大的婴儿	免疫学	感染性疾病	全血转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个队列的2月龄婴儿
1216	2025-05-07	Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve 2023-12-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43600-9 PMID:38040768	研究论文	介绍了一种名为Redeconve的算法，用于在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据	Redeconve算法能够在单细胞分辨率下解卷积空间转录组数据，揭示数千种细微细胞状态	NA	提高空间转录组数据的解卷积分辨率和准确性	空间转录组数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序	Redeconve算法	空间转录组数据	多种空间转录组平台和数据集，包括人类胰腺癌数据集和淋巴结样本
1217	2025-05-07	Preventing recurrence in Sonic Hedgehog Subgroup Medulloblastoma using the OLIG2 inhibitor CT-179 2023-Jun-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2949436/v1 PMID:37333134	research paper	研究使用OLIG2抑制剂CT-179预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的潜力	首次证明CT-179通过破坏OLIG2二聚化、DNA结合和磷酸化，增加肿瘤细胞分化和凋亡，从而减少复发	研究中发现的CDK4上调可能导致CT-179耐药性，需要联合CDK4/6抑制剂	探索预防Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤复发的新方法	Sonic Hedgehog亚型髓母细胞瘤患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠	肿瘤学	髓母细胞瘤	scRNA-seq	GEMM和PDX模型	转录组数据	患者来源的类器官、异种移植肿瘤和基因工程小鼠
1218	2025-05-07	Phospho-seq: Integrated, multi-modal profiling of intracellular protein dynamics in single cells 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534442 PMID:37034703	研究论文	介绍了一种名为Phospho-seq的集成方法，用于量化单细胞中磷酸化蛋白的动态变化，并将其与基因调控元件和转录目标联系起来	开发了一种简化的实验台抗体偶联方法，用于创建大规模定制抗体面板，实现蛋白质和scATAC-seq的同时分析，并通过桥接整合与scRNA-seq数据集结合	NA	旨在量化细胞内和核内磷酸化蛋白的动态变化，并探索其与基因调控和转录目标的关系	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官	单细胞测序技术	NA	Phospho-seq, scATAC-seq, scRNA-seq	NA	蛋白质组学数据、表观遗传学数据和转录组数据	细胞系、诱导多能干细胞和3个月大的脑类器官
1219	2025-05-06	Systems biology of Haemonchus contortus - Advancing biotechnology for parasitic nematode control 2025 Jul-Aug, Biotechnology advances IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.biotechadv.2025.108567 PMID:40127743	综述	本文综述了Haemonchus contortus的分子生物学、遗传多样性及宿主-寄生虫相互作用的关键进展，并探讨了其在抗寄生虫药物和疫苗开发中的应用	整合了基因组学、转录组学和蛋白质组学技术，利用机器学习和人工智能驱动的蛋白质结构预测工具，以及单细胞测序和空间转录组学技术，深入解析宿主-寄生虫相互作用	未提及具体实验样本量或数据集的详细描述	推动寄生虫线虫控制技术的进步，解决全球抗寄生虫药物耐药性问题	Haemonchus contortus及其与宿主的相互作用	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因组学、转录组学、蛋白质组学、单细胞测序、空间转录组学	机器学习算法、人工智能驱动的蛋白质结构预测	基因组、转录组、蛋白质组数据	NA
1220	2025-05-06	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-May-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	research paper	该研究开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，能够在单细胞水平识别基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记RNA测序技术，开发了Chigene scRNA-seq平台，具有高RNA覆盖率和低双联体率	未提及具体的技术成本或操作复杂性	开发一种能够全面分析临床样本不同遗传信息水平的scRNA-seq平台	单细胞RNA测序技术及其在肿瘤微环境中的应用	digital pathology	urothelial carcinoma	scRNA-seq, Random Bridging Co-labeling (RBCL) RNA sequencing	NA	RNA sequencing data	临床样本（具体数量未提及）