单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12041	2024-08-05	A Spatial Quantitative Systems Pharmacology Platform spQSP-IO for Simulations of Tumor-Immune Interactions and Effects of Checkpoint Inhibitor Immunotherapy 2021-Jul-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13153751 PMID:34359653	研究论文	本文开发了一个混合计算模型平台 spQSP-IO，用于研究肿瘤-免疫相互作用及检查点抑制免疫疗法的效果	本研究创新性地结合了空间解析的基于代理的模型与QSP模型，增强了其预测能力	目前尚未明确提及具体的限制	研究肿瘤微环境与癌症-免疫细胞相互作用对肿瘤发展的影响	非小细胞肺癌模型的虚拟患者	数字病理学	肺癌	成像技术，空间转录组学	基于代理的模型（ABM）	空间数据	虚拟患者的模拟模型
12042	2024-08-05	Deep evolutionary origin of limb and fin regeneration 2019-07-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1900475116 PMID:31270239	研究论文	这篇文章研究了两栖动物和鱼类在肢体再生能力上的进化起源	提供了对骨鱼类配对附肢再生的共同起源的支持，并且揭示了再生的共同遗传通路	未明确指出本研究的局限性	探讨骨鱼类配对附肢再生的进化起源	通过比较RNA测序和再生实验分析不同鱼类和萨拉曼德尔的再生能力	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因组数据	研究了4种鲑鱼科和其他几种鱼类的再生能力
12043	2024-08-04	Emerging roles for stromal cells in bone metastasis 2024-Aug, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2024.100610 PMID:38984147	研究论文	本文章探讨了基质细胞在骨转移中的新兴角色	文章强调了间质干细胞在癌症与骨微环境相互作用中的广泛功能及其在癌细胞休眠和免疫肿瘤学中的作用	文章未详细描述特定的实验方法和样本大小	研究基质细胞在癌症骨转移中的作用和机制	主要研究基质干细胞（MSCs）在恶性肿瘤骨转移中的角色	数字病理学	癌症转移	空间转录组学	NA	NA	NA
12044	2024-08-04	Detection of allele-specific expression in spatial transcriptomics with spASE 2024-Jul-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03317-4 PMID:38978101	研究论文	介绍了一种用于检测空间等位基因特异性表达的新计算框架spASE	提出了spASE框架，用于估计空间等位基因特异性表达，以解决细胞类型混合和低信噪比带来的挑战	未提及具体的局限性	研究空间转录组学中等位基因特异性表达的可行性	小鼠小脑和海马的等位基因解析的Visium和Slide-seq数据	数字病理学	NA	空间转录组学	分层模型与加性混合空间平滑样条	RNA数据	NA
12045	2024-08-04	Profibrotic Subsets of SPP1+ Macrophages and POSTN+ Fibroblasts Contribute to Fibrotic Scarring in Acne Keloidalis 2024-Jul, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.12.014 PMID:38218364	研究论文	这篇文章探讨了在痤疮瘢痕病中，SPP1+巨噬细胞和POSTN+成纤维细胞的致纤维化亚群的作用	提出了POSTN成纤维细胞和SPP1巨噬细胞之间通过SPP1信号网络的交流可能在痤疮瘢痕病的发病机制中起作用	该研究可能局限于样本数和临床病理特征的多样性	进一步探索痤疮瘢痕病的发病机制	临床确诊的痤疮瘢痕患者的后枕部头皮活检标本	数字病理学	痤疮瘢痕病	大量RNA测序，单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	组织样本	涉及多个患者的病变和无病变皮肤活检样本
12046	2024-08-05	Genomic characteristics of adipose-derived stromal cells induced into neurons based on single-cell RNA sequencing 2024-Jun-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33079 PMID:38984299	研究论文	本研究探讨了脂肪来源的基质细胞（ADSCs）诱导分化为神经元的基因组特征	阐明了ADSCs分化为神经元的分子机制及基因组特性	对ADSCs诱导分化的分子机制了解不足	研究脂肪来源的基质细胞向神经元分化的表观遗传学机制	成年ADSCs群体及不同诱导时间组的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七个时间点的样本
12047	2024-08-04	AraLeTA: An Arabidopsis leaf expression atlas across diurnal and developmental scales 2024-Jun-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae117 PMID:38428997	研究论文	本文构建了拟南芥叶片在日间和发育时间尺度上细胞类型特异性基因表达的地图	结合了单细胞RNA测序数据与整叶时间序列数据，揭示了不同细胞类型在时间上的转录本浓度变化	虽然进一步的细胞类型特征分析得到了加强，但依然无法完全消除整叶RNA测序的平均基因表达值的局限性	研究拟南芥叶片不同细胞类型基因表达随时间变化的模式	拟南芥（Arabidopsis thaliana）叶片的不同细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
12048	2024-08-04	Spatial transcriptomics in cancer research and potential clinical impact: a narrative review 2024-Jun-08, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05816-0 PMID:38850363	综述	本综述总结了空间转录组学在癌症研究中的应用及其潜在临床影响	空间转录组学提供了肿瘤微环境的新见解，并能够捕捉肿瘤异质性和多灶性	缺乏针对临床应用中的空间信息整合的深度分析	探索空间转录组学在精准肿瘤学及肿瘤研究中的应用	主要关注固体肿瘤的现有空间转录组学研究	数字病理学	肿瘤	空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
12049	2024-08-04	Endothelial cell signature in muscle stem cells validated by VEGFA-FLT1-AKT1 axis promoting survival of muscle stem cell 2024-Jun-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.73592 PMID:38842166	研究论文	该研究揭示了内皮细胞转录本在肌肉干细胞生存中的作用	本研究通过揭示肌肉干细胞行为如何受特定内皮细胞转录本影响，挑战了他们具有不同基因特征的传统观点	本研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类肌肉干细胞	探讨内皮细胞标记物在肌肉干细胞中的表达及其对存活的影响	成年肌肉干细胞及其与内皮细胞的信号通路的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	小鼠肌肉干细胞
12050	2024-08-04	Mapping the immune cell landscape of severe atopic dermatitis by single-cell RNA-seq 2024-06, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16121 PMID:38817208	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了严重特应性皮炎患者的免疫细胞景观	本研究揭示了严重特应性皮炎中内源性免疫细胞的显著变化，尤其是与疾病严重程度相关的特定免疫细胞亚群	需进一步研究这些免疫细胞变化对疾病发病机制的影响以及潜在治疗靶点的有效性	分析严重特应性皮炎（AD）患者全身免疫景观的综合特征	来自12名严重特应性皮炎患者和6名健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	12名严重AD患者和6名健康对照者，分析超过30万个外周血单核细胞
12051	2024-08-05	DeepGRNCS: deep learning-based framework for jointly inferring gene regulatory networks across cell subpopulations 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae334 PMID:38980373	研究论文	本研究提出了一个基于深度学习的框架DeepGRNCS，用于联合推断细胞亚群中的基因调控网络	该方法通过考虑细胞间的异质性和不同细胞亚群之间的相似性，克服了现有单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的方法的局限	该研究的局限性在于未详细讨论DeepGRNCS在不同数据集上的表现差异	旨在通过推断细胞亚群中的基因调控网络，深入理解细胞功能和疾病发病机制	主要研究对象为细胞亚群中的基因表达和转录因子之间的关系	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习模型	基因表达数据	包括多个模拟和真实的scRNA-seq数据集
12052	2024-08-05	WNT-inhibitory factor 1-mediated glycolysis protects photoreceptor cells in diabetic retinopathy 2024-03-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05046-5 PMID:38448948	研究论文	本研究探讨了WIF1在糖尿病视网膜病变中对光感受器功能的影响	揭示了WIF1通过抑制经典Wnt信号通路来保护视网膜光感受器细胞，减少氧化应激	研究中仅使用了C57BL/KsJ-db/db小鼠模型，缺乏其他动物模型的验证	研究WIF1在糖尿病视网膜病变中对光感受器细胞的保护机制	C57BL/KsJ-db/db小鼠及661 W细胞作为糖尿病视网膜病变的体内和体外模型	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、光学相干断层扫描、透射电子显微镜	NA	细胞、组织样本	12周龄C57BL/KsJ-db/db小鼠和661 W细胞
12053	2024-08-05	Prediction model for EBV infection following HLA haploidentical matched hematopoietic stem cell transplantation 2024-03-06, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05042-9 PMID:38448996	研究论文	该文章提出了一种预测在HLA半相合造血干细胞移植后EBV感染的评分模型	创新点在于提出了一个有效的EBV再激活预测评分系统，并利用单细胞RNA测序分析探讨了年龄对免疫细胞和病毒感染的影响	本研究的局限性在于样本数量和适用性尚需进一步验证	研究的目的是开发和验证一项用于预测HLA半相合造血干细胞移植后EBV感染风险的评分系统	研究对象为466名接受HLA半相合造血干细胞移植的患者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	多变量逻辑回归模型	临床数据和RNA测序数据	466名接受HLA半相合造血干细胞移植的患者
12054	2024-08-05	Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway 2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230124 PMID:38197946	研究论文	本文确定了肌醇多磷酸酯酶INPP4B是组织驻留的ILC1s和肿瘤内NK细胞的标志特征	发现INPP4B是组织驻留的ILC1s和肿瘤内NK细胞的创新调节因子	没有提及具体的局限性	研究INPP4B在组织驻留ILC1s和NK细胞中的作用	ILC1s和NK细胞	免疫学	肿瘤	scRNA-seq	NA	NA	NA
12055	2024-08-05	CDSKNNXMBD: a novel clustering framework for large-scale single-cell data based on a stable graph structure 2024-03-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05009-w PMID:38433205	研究论文	提出了一种基于稳定图结构的单细胞聚类框架，能够高效准确地处理大规模单细胞转录组测序数据	CDSKNNXMBD集成了分区聚类算法和社区检测算法，提供了一种新的聚类方法	具体的限制未在摘要中提及	提高对大规模和不平衡单细胞数据的处理能力	从人类胎儿地图上分析的15种组织的单细胞数据	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞转录组测序数据	1.46百万单细胞
12056	2024-08-05	A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer 2024-02-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04955-9 PMID:38419085	研究论文	该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征	该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素	该研究的局限性未在摘要中明确提及	本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析	NA	组织微阵列、基因组数据库、细胞系	在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供
12057	2024-08-04	Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics 2024-02-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04848-x PMID:38414015	研究论文	本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化	研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型	分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程	透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	转录组数据	195个样本
12058	2024-08-05	Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors 2024-02-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04947-9 PMID:38414027	研究论文	本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性	通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异	本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差	明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性	原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
12059	2024-08-05	Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis 2024-02-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04978-2 PMID:38403590	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义	首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径	未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响	研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径	小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq和scTCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
12060	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy 2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303286652240214110511 PMID:38988068	研究论文	本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制	该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用	该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病	研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信	小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121)