单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12021	2024-08-05	Urine Single-Cell RNA Sequencing in Focal Segmental Glomerulosclerosis Reveals Inflammatory Signatures 2022-Feb, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2021.11.005 PMID:35155868	研究论文	本文通过单细胞RNA测序探讨了局灶性节段性肾小管硬化症患者尿液细胞中的炎症特征	首次利用尿液单细胞RNA测序识别出与局灶性节段性肾小管硬化症相关的单核细胞亚群和足细胞表达特征	研究仅基于12名FSGS患者的尿液样本，样本量可能不足以绘制全貌	探究局灶性节段性肾小管硬化症患者尿液细胞的疾病相关分子特征	分析来自12名局灶性节段性肾小管硬化症患者的尿液样本	数字病理	肾病综合征	单细胞RNA测序	NA	尿液细胞	收集了来自12名FSGS患者的17个尿液样本，捕获为23个尿液细胞样本
12022	2024-08-05	Identification and Characterization of Antigen-Specific CD8+ T Cells Using Surface-Trapped TNF-α and Single-Cell Sequencing 2021-12-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100535 PMID:34810222	研究论文	本研究介绍了一种快速识别和表征抗原特异性CD8 T细胞的新系统	该系统利用表面捕获的TNF-α和单细胞测序的重大进展，构建了几乎无限的实验试剂	实验方法依然受到初级细胞数量的限制，且MHC结合肽/TCR相互作用的高度变异性仍然是挑战	研究抗原特异性CD8 T细胞的识别和表征，促进疾病研究和治疗开发	来自猕猴和HIV感染供体的抗原特异性CD8 T细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞测序	NA	细胞	来自猕猴的CMV特异性CD8 T细胞和HIV感染供体的样本
12023	2024-08-05	TNF plays a crucial role in inflammation by signaling via T cell TNFR2 2021-12-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2109972118 PMID:34873037	研究论文	这篇文章探讨了TNF在炎症中的关键角色及其通过T细胞TNFR2信号传导的机制	该研究首次阐明了TNF不仅作为效应因子，还作为炎症Th分化的启动因子	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类疾病状态中验证	研究TNF在调节炎症和Th细胞分化中的作用	小鼠CD4 T细胞及其在实验性自体免疫性脑脊髓炎中的表现	免疫学	多发性硬化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠CD4 T细胞和来自多发性硬化患者的脑脊液浸润CD4 T细胞
12024	2024-08-05	Alternative poly-adenylation modulates α1-antitrypsin expression in chronic obstructive pulmonary disease 2021-11, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009912 PMID:34784346	研究论文	该研究探讨了α1-抗胰蛋白酶在慢性阻塞性肺病（COPD）中的表达与选择性聚腺苷酸化之间的关系	本研究揭示了影响SERPINA1 mRNA翻译的多种RNA结合蛋白，并确定了QKI作为一种调节剂的作用	本研究的局限性在于只在特定样本中进行观察，无法广泛推广这些发现	研究α1-抗胰蛋白酶在非缺乏个体中的作用及其在COPD中的调控机制	该研究对象包括82例COPD患者和64名对照组，以及独立验证的376例COPD患者和267名对照组	数字病理学	慢性阻塞性肺病	RNA-seq	NA	RNA	82例COPD患者和64名对照组，及独立研究中的376例COPD患者和267名对照组
12025	2024-08-05	Identification of cell-type-specific marker genes from co-expression patterns in tissue samples 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab257 PMID:33904573	研究论文	本文提出了一种新算法，通过分析组织样本中的共表达模式来识别细胞特异性标志基因	提出了一种半监督算法，结合已知标志基因的信息和大规模转录组数据来精确识别标志基因	研究依赖于已发表的可能标志基因的信息，可能影响算法的准确性	识别组织样本中特定细胞类型的标志基因	组织样本中的细胞类型标志基因	数字病理学	NA	转录组测序	半监督算法	大规模转录组数据	多个组织样本
12026	2024-08-05	Improved integration of single-cell transcriptome and surface protein expression by LinQ-View 2021-08-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100056 PMID:35475142	研究论文	提出了一种名为LinQ-View的工具包，用于单细胞数据的多模态可视化和分析	LinQ-View能够整合转录组和细胞表面蛋白表达数据，提供量化的群体纯度评估指标	目前数据的应用主要集中在CITE-seq数据上，可能限制了其广泛适用性	研究单细胞转录组与表面蛋白表达的集成分析	针对受SARS-CoV-2感染患者的单细胞转录组和蛋白表达数据	数字病理学	NA	CITE-seq	NA	单细胞转录组与蛋白表达数据	多个公共CITE-seq数据集
12027	2024-08-05	Distinct populations of antigen-specific tissue-resident CD8+ T cells in human cervix mucosa 2021-08-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.149950 PMID:34156975	研究论文	研究了人类宫颈黏膜中抗原特异性组织驻留CD8+ T细胞的不同群体	首次通过单细胞RNA测序定义了人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的表型和TCR克隆型	缺乏广泛关于人类FRT中T细胞受体库的全面知识	研究人类宫颈中组织驻留记忆T细胞的特征及其与特定病毒抗原的关系	主要研究人类宫颈黏膜中的CD8+ T细胞亚群	数字病理学	性传播感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	HSV-2血清阳性个体中的Cervical CD8+ TRM克隆型，具体数量未提供
12028	2024-08-05	Mucosal-associated invariant T cell responses differ by sex in COVID-19 2021-06-11, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2021.04.008 PMID:33870241	研究论文	该研究探讨了COVID-19中粘膜相关不变T细胞反应在性别上的差异	揭示了女性特有的保护性MAIT细胞特征，可能解释了女性在COVID-19中的低感染率	尚未完全了解导致免疫反应性别差异的机制	研究性别对COVID-19免疫反应的影响	医院和非医院COVID-19感染者的外周血单核细胞样本	数字病理学	COVID-19	36色流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	血液样本	包括住院和未住院的COVID-19感染者、未感染的密切接触者和健康对照个体的样本
12029	2024-08-05	Profiling B cell immunodominance after SARS-CoV-2 infection reveals antibody evolution to non-neutralizing viral targets 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.001 PMID:34022127	研究论文	这篇文章解析了SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的演变，揭示了抗体对非中和病毒靶点的进化	首次通过单细胞测序分析COVID-19患者的SARS-CoV-2反应性B细胞，并揭示了抗体对非中和内源性抗原的适应性	研究样本仅限于38名COVID-19患者，可能限制了结果的普适性	了解SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的演变及其对二次暴露时抗体的重要性	研究对象为38名COVID-19患者的记忆B细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞	38名COVID-19患者
12030	2024-08-05	Ubiquitination of MHC Class II by March-I Regulates Dendritic Cell Fitness 2021-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2000975 PMID:33318291	研究论文	本研究显示，MHC类II的泛素化通过March-I调节树突状细胞的功能和生存	揭示了MHC类II的泛素化在树突状细胞功能中的重要性，并发现其缺失会影响到T细胞的激活能力	研究主要集中在小鼠模型中，未探讨人类树突状细胞的类似机制	探索MHC类II泛素化对树突状细胞及其激活CD4 T细胞能力的影响	MHC类II泛素化缺失的小鼠树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠树突状细胞
12031	2024-08-05	Glycolytic metabolism of pathogenic T cells enables early detection of GVHD by 13C-MRI 2021-01-07, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020005770 PMID:32785680	研究论文	本研究探讨了糖酵解代谢在早期检测移植物抗宿主病(GVHD)中的应用	提出了一种利用磁共振成像技术检测活化CD4+ T细胞糖酵解代谢，以实现GVHD的非侵入性早期检测的方法	该研究的IV型数据尚不完善，缺乏足够临床研究验证所述结果的有效性	旨在通过代谢成像技术，提供一种非侵入性方式早期检测GVHD	主要研究活化的CD4+ T细胞与糖酵解过程在GVHD发病机制中的作用	数字病理学	移植物抗宿主病	超极化13C-丙酮酸磁共振成像	动物模型	代谢成像数据和转录组数据	在小鼠模型中进行，临床样本数据来源于接受AHSCT的患者
12032	2024-08-05	The NF-κB regulator Bcl-3 restricts terminal differentiation and promotes memory cell formation of CD8+ T cells during viral infection 2021-01, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1009249 PMID:33508001	研究论文	本研究记录了Bcl-3在CD8+ T细胞分化中的细胞自主作用	首次明确了Bcl-3在CD8+ T细胞分化过程中对记忆细胞和终末效应细胞平衡的自主决定作用	尚未清晰定义Bcl-3在各免疫细胞类型中的直接作用	探讨Bcl-3在病毒感染中CD8+ T细胞的分化角色	Bcl-3缺失的CD8+ T细胞在病毒感染过程中的分化	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	细胞类型	使用了Bcl3-/-小鼠的CD8+ T细胞进行分析
12033	2024-08-05	Targeted therapy guided by single-cell transcriptomic analysis in drug-induced hypersensitivity syndrome: a case report 2020-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-019-0733-7 PMID:31959990	案例报告	该文章通过单细胞转录组分析指导靶向治疗药物诱导的超敏反应综合症的案例	提出通过单细胞RNA测序识别JAK-STAT信号通路作为潜在靶点，实现个性化治疗	临床应用的限制和对复杂人类病理生理理解的不充分	探讨药物诱导的超敏反应综合症的治疗策略	一名难治性药物诱导的超敏反应综合症患者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	血液和皮肤样本	一名患者的样本
12034	2024-08-05	Clonal kinetics and single-cell transcriptional profiling of CAR-T cells in patients undergoing CD19 CAR-T immunotherapy 2020-01-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13880-1 PMID:31924795	研究论文	本文探讨了在接受CD19 CAR-T免疫治疗的患者中，CAR-T细胞的克隆动力学和转录组特征	本研究揭示了CAR-T细胞在输注后如何受到转录程序的调控，特别关注了细胞的克隆多样性及其对抗肿瘤反应的影响	尽管发现了克隆动力学的不同模式，但整合位点并未被确认作为克隆动力学的主要驱动因素	研究CAR-T细胞在输注后行为的转录程序及其克隆动力学	研究重点是CD8 CAR-T细胞，包括输注产品和患者的血液样本	数字病理学	B细胞恶性肿瘤	TCRB测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	研究涉及的样本包括输注产品和接受治疗患者的血液样本
12035	2024-08-05	Single-Cell Applications of Next-Generation Sequencing 2019-10-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a026898 PMID:30617056	研究论文	本文提供了单细胞测序的概述，并探讨了其在基础和临床研究中的应用	介绍了下一代测序技术在单细胞生物学中的新前沿	未提及具体的技术限制	提供单细胞测序的高级概述	单细胞及其在组织、微生物生态系统和癌症中的功能共存	数字病理学	癌症	下一代测序	NA	RNA和DNA	数百到数百万个细胞
12036	2024-08-05	A component overlapping attribute clustering (COAC) algorithm for single-cell RNA sequencing data analysis and potential pathobiological implications 2019-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006772 PMID:30779739	研究论文	本研究开发了COAC算法用于分析单细胞RNA测序数据及其潜在的病理生物学意义	提出了一个新的COAC算法，能够从大规模单细胞RNA测序数据中执行局部基因共表达网络分析	尽管COAC算法显示出高准确率，但仍然依赖于数据的质量和完整性，限制了其在其他类型数据中的应用	研究旨在通过分析单细胞RNA测序数据识别功能基因集合及其调控网络与人类疾病之间的联系	研究对象为来自黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	聚类算法	基因表达数据	来自多名黑色素瘤患者的单细胞RNA测序资料
12037	2024-08-05	Assessing parameter efficient methods for pre-trained language model in annotating scRNA-seq data 2024-Aug, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.05.007 PMID:38759908	研究论文	本文探讨了在注释单细胞RNA测序数据中的参数高效方法	引入参数高效微调(PEFT)的新方法，以减少计算成本，同时优化少量参数	微调预训练语言模型仍然需要大量计算资源，可能对一些研究者而言不够实用	研究如何高效地注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型	探索三种参数高效微调方法在scRNA-seq细胞类型注释中的能力	自然语言处理	肿瘤	scBERT	NA	数据集	多个数据集的基准研究
12038	2024-08-05	Unraveling pancreatic ductal adenocarcinoma immune prognostic signature through a naive B cell gene set 2024-Jul-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216981 PMID:38795761	研究论文	本研究揭示了胰腺导管腺癌中的Naive B细胞免疫预后标志。	提出了一种基于Naive B细胞基因集的12个基因预后标志，能够精准映射PDAC中的免疫相互作用。	尚未完全理解肿瘤浸润免疫细胞与肿瘤微环境的详细分子相互作用。	研究Naive B细胞在胰腺导管腺癌中的免疫预后意义。	分析与PDAC相关的Naive B细胞基因及其在预后中的作用。	数字病理学	胰腺癌	CIBERSORT，单细胞RNA测序，WGCNA	Lasso，plsRcox	转录组数据	包含多个外部队列以及多种风险分层的患者组
12039	2024-08-04	Functional genomics of the human epididymis: Further characterization of efferent ducts and model systems by single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jul, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13477 PMID:37301539	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术阐明了人类附睾的细胞特征。	该研究首次详细描述了人类附睾的不同细胞类型及其在体外培养模型中的适应性。	研究受限于组织样本的稀缺，且主要依赖于单细胞RNA测序的生物信息学分析。	阐明人类附睾的细胞类型及其功能。	人类附睾的不同解剖区域的细胞及其在二维和三维培养模型中的特征。	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	不同解剖区域的人类附睾组织
12040	2024-08-04	Developing a dormancy-associated ECM signature in TNBC that is linked to immunosuppressive tumor microenvironment and selective sensitivity to MAPK inhibitors 2024-Jun-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32106 PMID:38868025	研究论文	本研究揭示了与休眠相关的ECM特征在三阴性乳腺癌中如何与免疫抑制肿瘤微环境及对MAPK抑制剂的选择性敏感性相关	首次描述了休眠癌细胞的ECM特征及其与免疫抑制微环境的相互作用	研究中缺乏临床样本验证和长期随访数据	探讨三阴性乳腺癌中休眠癌细胞与ECM的相互作用及其在治疗中的潜在应用	主要研究MDA-MB-231细胞系中的休眠癌细胞及其相关的ECM特征	数字病理学	三阴性乳腺癌	RNA-seq，流式细胞术	NA	基因表达数据	主要使用MDA-MB-231细胞系进行研究