单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
12001	2024-08-04	Single-cell sequencing depicts tumor architecture and empowers clinical decision in metastatic conjunctival melanoma 2024-Jun-11, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00683-y PMID:38862482	研究论文	这项研究使用单细胞RNA测序描绘了转移性结膜黑色素瘤的肿瘤结构，并为临床决策提供支持	本研究首次将单细胞RNA测序分析转化为针对癌症的临床试验，提供了一个新概念，将单细胞RNA测序数据与癌症治疗相结合	样本量可能有限，仅包括7个结膜黑色素瘤样本，研究结果的普遍性需要进一步验证	揭示结膜黑色素瘤在肿瘤发生和进展过程中的肿瘤微环境的景观和异质性	正常结膜样本（n=3）和结膜黑色素瘤（n=7）中的47017个细胞	数字病理学	结膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组	共获得47017个细胞，包含3个正常结膜样本和7个结膜黑色素瘤样本
12002	2024-08-04	DOT: a flexible multi-objective optimization framework for transferring features across single-cell and spatial omics 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48868-z PMID:38862466	研究论文	本文提出了DOT，一个灵活的多目标优化框架，旨在在单细胞转录组学和空间组学之间转移细胞特征	DOT框架通过利用超出数据模式中的共同基因，进行空间特征的转移，并推断组织部位细胞群体的绝对和相对丰度，展示了其创新性	对细胞类型信息的空间特征转移可能受限于所使用的技术和数据的特点	研究单细胞转录组学与空间分辨率数据的结合	涉及细胞特征的转移和定位问题	数字病理学	NA	基于Frank-Wolfe算法的优化技术	NA	单细胞转录组数据和空间数据	NA
12003	2024-08-04	Spatially resolved multiomics on the neuronal effects induced by spaceflight in mice 2024-Jun-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48916-8 PMID:38862479	研究论文	本研究探讨了航天飞行对小鼠大脑的神经影响，采用单细胞多组学与空间转录组学相结合的方法	首次将单细胞多组学与空间转录组学结合，深入解析航天飞行对小鼠脑部的影响	研究对象仅限于雌性小鼠，尚未纳入不同性别或品种的样本	旨在揭示航天飞行对中枢神经系统的影响	以雌性小鼠为研究对象，通过比较地面对照组和航天飞行暴露组	数字病理学	NA	单细胞多组学，空间转录组学	NA	数据集	小鼠样本数量未具体说明
12004	2024-08-05	Metric multidimensional scaling for large single-cell datasets using neural networks 2024-Jun-11, Algorithms for molecular biology : AMB IF:1.5Q3 DOI:10.1186/s13015-024-00265-3 PMID:38863064	研究论文	该文章提出了一种基于神经网络的度量多维尺度方法，用于处理大规模单细胞数据集	本研究提出的神经网络方法比之前的先进方法快几个数量级，并能处理多达数百万个细胞的数据集	当前方法尚未在其它类型的数据集上进行验证	研究目的是解决传统方法在处理大规模单细胞RNA测序实验中面临的效率问题	研究对象为单细胞RNA测序实验中的大规模数据集	数字病理学	NA	神经网络	NA	单细胞数据	多达数百万个细胞
12005	2024-08-05	TMPRSS2 is a tumor suppressor and its downregulation promotes antitumor immunity and immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2024-Jun-11, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02870-7 PMID:38862975	研究论文	本研究探讨了TMPRSS2在肺腺癌中的作用及其与抗肿瘤免疫和免疫疗效的关系	TMPRSS2被确认为肿瘤抑制因子，其下调与肺腺癌的免疫表现和预后相关联	研究主要集中于单一类型的肺癌，可能不适用于其他癌症类型	探讨TMPRSS2在肺腺癌中的生物学功能及其与免疫特征的关系	分析肺腺癌中TMPRSS2的表达及其影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、转录组学、生物信息学分析、蛋白组学	NA	RNA测序数据、蛋白组学数据	使用了五个转录组学数据集、一个单细胞RNA测序数据集和一个蛋白组学数据集
12006	2024-08-05	Elevated type I IFN signalling directly affects CD8+ T-cell distribution and autoantigen recognition of the skeletal muscles in active JDM patients 2024-Jun, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103232 PMID:38692172	研究论文	这项研究探讨了I型干扰素信号对活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞的影响	本研究首次揭示了I型干扰素信号在活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞分化和功能中的重要作用	该研究的样本量较小，且主要集中于特定患者群体	探讨I型干扰素信号如何影响活跃型青少年皮肌炎患者的CD8 T细胞与肌肉损伤	涉及6名活跃型青少年皮肌炎患者及对照组	数字病理学	青少年皮肌炎	流式细胞术, RT-PCR, scRNA-seq	NA	细胞, 组织活检	12名青少年皮肌炎患者及3名健康儿童对照
12007	2024-08-05	Comprehensive analysis and prediction model of mitophagy and ferroptosis in primary immune thrombocytopenia 2024-Jun, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19489 PMID:38665119	研究论文	本研究对原发性免疫性血小板减少症（ITP）中线粒体自噬和铁死亡的关系进行了综合分析和预测模型构建	提出了四个与ITP相关的新生物标志物，并探索了它们在疾病发病机制中的作用	未能深入探讨其他潜在的发病机制以及生物标志物的临床应用	识别ITP的新生物标志物并探究线粒体自噬与铁死亡在ITP发生机制中的作用	主要关注ITP患者中的关键基因及其表达和功能	数字病理学	原发性免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、基因集富集分析等	NA	基因表达数据	NA
12008	2024-08-05	A 4-gene prognostic index for enhancing acute myeloid leukaemia survival prediction 2024-Jun, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19472 PMID:38651345	研究论文	本研究提出了一种由4个基因组成的预后指标，以增强急性髓性白血病的生存预测	首次发现将CYP2E1、DHCR7、IL2RA和SQLE组合成的4基因预后指数能够有效分层急性髓性白血病患者的风险	研究主要集中在非急性前髓细胞白血病化疗治疗的患者上，可能限制了其推广至其他类型的急性髓性白血病患者	提高急性髓性白血病患者的生存预测准确性	经过化疗治疗的急性髓性白血病患者的转录组	数字病理学	急性髓性白血病	实时定量聚合酶链反应	NA	转录组	975个样本用于模型开发和671个样本用于验证
12009	2024-08-05	Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury 2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.18.24304401 PMID:38562892	研究论文	本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析	通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响	研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性	旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制	住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞	数字病理学	COVID-19	深度蛋白组学, 单细胞RNA测序	随机森林算法	尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序	多个中心住院COVID-19患者的尿液样本
12010	2024-08-05	Cross-Omic Transcription Factor Analysis: An Insight on Transcription Factor Accessibility and Expression Correlation 2024-02-21, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15030268 PMID:38540327	研究论文	本文探讨了不同功能基因组区域内转录因子的表达与模体信息之间的相关性	提出了对基因活动矩阵（GAM）和基因组注释基因活动矩阵（GAGAM）贡献的元分析，并探讨了转录因子的动态	对可及区域如何影响基因表达的概念缺乏明确的定义	研究转录因子表达与转录因子在不同细胞类型中的动态如何相关	不同功能基因组区域内的转录因子	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	基因组数据	NA
12011	2024-08-04	LIMD2 is the Signature of Cell Aging-immune/Inflammation in Acute Myocardial Infarction 2024, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673274563231031044134 PMID:37936458	研究论文	这项研究确定了LIMD2作为急性心肌梗死中的细胞老化-免疫/炎症相关中心基因	首次探讨了急性心肌梗死中细胞老化-免疫/炎症的标志物	该研究可能存在样本选择的局限性以及未涵盖所有相关基因	探索急性心肌梗死中细胞老化与免疫/炎症之间的关系	急性心肌梗死患者中的细胞亚群和相关基因	心血管疾病	心肌梗死	miRNA测序, mRNA测序, 单细胞测序	NA	基因数据	基于GEO数据库的多组数据
12012	2024-08-05	Distinct cuproptosis patterns in hepatocellular carcinoma patients correlate with unique immune microenvironment characteristics and cell-cell communication, contributing to varied overall survival outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1379690 PMID:38868777	研究论文	本研究探讨了与肝细胞癌相关的杯死亡模式与免疫微环境特征的关系	首次揭示了杯死亡在肝细胞癌预后中的作用及其对肿瘤微环境的影响	研究的样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏倚	探索细胞杯死亡与肝细胞癌免疫微环境之间的关系	主要研究对象为肝细胞癌患者及其免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归分析	基因表达数据	使用TCGA和GEO数据库的数据，具体样本量未说明
12013	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals different chondrocyte states in femoral cartilage between osteoarthritis and healthy individuals 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1407679 PMID:38868774	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了骨关节炎患者与健康个体之间股骨软骨中软骨细胞的不同状态	文章筛选出两个新的软骨细胞亚型，并提出了对每个亚型的创新分类	研究未提及样本的地理来源和临床特征	研究软骨细胞在骨关节炎进展和软骨再生中的不同作用	健康及骨关节炎患者的股骨软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	共包含75,104个细胞
12014	2024-08-05	Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing 2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.571712 PMID:38187565	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了休眠黑素细胞干细胞的分子异质性	确认了休眠黑素细胞干细胞亚群的分子特征，并鉴定了新的亚群	研究可能受限于小鼠模型的生物限制	研究黑素细胞干细胞的转录组特征及其异质性	成人女性C57BL/6J小鼠的休眠黑素细胞干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从小鼠皮肤中分离KIT+/CD45-细胞的样本
12015	2024-08-04	SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad490 PMID:38171928	研究论文	本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域	SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入	NA	研究空间转录组学中的空间域识别与分析	空间转录组学数据与图卷积自编码器模型	计算机视觉	NA	自编码器	对称图卷积自编码器	转录组学数据	多个平台的不同比例的ST数据集
12016	2024-08-05	scFed: federated learning for cell type classification with scRNA-seq 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad507 PMID:38221903	研究论文	本文介绍了一种新的统一联邦学习框架scFed，以实现细胞类型分类	提出scFed框架，允许在不违反数据隐私的情况下基准四种分类算法	Transformer模型在scFed框架中的性能稍逊于专门的单细胞模型，并且存在显著的时间复杂性问题	探讨如何在保护数据隐私的情况下进行高效的细胞识别	使用不同大小、物种和技术的八个公开可用的scRNA-seq数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	Transformer, 单细胞特定模型	数据集	八个公开可用的scRNA-seq数据集
12017	2024-08-05	GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad469 PMID:38127088	研究论文	提出GTAD方法，通过图注意力网络从整合的scRNA-seq和ST-seq数据中推断细胞空间组成	GTAD利用图结构和图注意力网络改善细胞空间关系和形态结构的捕捉	未提及具体的限制	旨在通过联合分析scRNA-seq和ST-seq数据，精确识别组织中的细胞空间组成	研究对象为小鼠大脑皮层、小脑、人类发育心脏和胰腺导管癌中的细胞	数字病理学	胰腺导管癌	scRNA-seq和ST-seq	图注意力网络	整合的基因表达数据	未提及具体的样本数量
12018	2024-08-05	Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.28.529615 PMID:36909548	研究论文	本文介绍了一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具SIMS	提出了一种高效的数据驱动的机器学习管道SIMS，用于单细胞数据的离散分类，并在复杂数据集中展现出更好的性能	未提及具体的局限性	开发一种新方法来准确注释复杂的单细胞RNA数据集	主要研究成人大脑皮层、海马以及发育中的大脑细胞的分类	机器学习	NA	RNA-seq	NA	单细胞数据	涉及不同多能干细胞系来源的人类皮层类器官及复杂脑组织的单细胞数据集
12019	2024-08-05	Inferring therapeutic vulnerability within tumors through integration of pan-cancer cell line and single-cell transcriptomic profiles 2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.29.564598 PMID:37961545	研究论文	该文章提出了一种计算框架scIDUC，用于通过整合单细胞转录组数据和全癌种细胞系筛选数据来预测肿瘤内的治疗脆弱性	文章创新性地结合了单细胞转录组数据和丰富的细胞系筛选数据，以单细胞为基础预测治疗效果	该研究的局限性在于可能未涵盖所有肿瘤亚型和微环境影响的复杂性	研究旨在提升对肿瘤异质性的理解，进而改善针对性治疗策略	研究对象为不同肿瘤类型的单细胞和细胞系，包括横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗前列腺癌	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含多个细胞亚群，以及特定疾病的细胞系
12020	2024-08-05	Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum 2023-10-03, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad124 PMID:37534924	研究论文	本研究揭示了三种最常见儿童脑肿瘤的细胞起源	通过使用人类发育小脑地图，揭示了儿童脑肿瘤的细胞起源，提供了新的治疗靶点	由于仅使用正常发育人类小脑作为参考，可能无法覆盖所有变异情况	理解儿童脑肿瘤的起源，以识别潜在的肿瘤特异性疗法	主要研究三种儿童脑肿瘤：室管膜瘤、毛细胞星形胶质瘤和小脑神经母细胞瘤	数字病理学	NA	基因组变异分析，相关性分析，单细胞匹配技术	NA	转录组数据	使用了4416个肿瘤数据集，包括批量和单细胞转录组数据