单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28561 篇文献，本页显示第 12001 - 12020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 12001 | 2024-08-05 |
Gene Deconvolution Reveals Aberrant Liver Regeneration and Immune Cell Infiltration in Alcohol-Associated Hepatitis
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31759
PMID:33619773
|
研究论文 | 本文通过基因解卷积揭示了与酒精相关性肝炎中异常的肝脏再生和免疫细胞浸润 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了慢性肝病中细胞组成的显著变化，尤其是在严重急性肝炎患者中 | 样本数量有限，可能影响结果的广泛性和适用性 | 探讨慢性肝病中肝细胞再生和免疫细胞浸润的差异性贡献 | 健康肝脏和慢性肝病患者的肝细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 酒精相关性肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 有限数量的慢性肝病患者样本 |
| 12002 | 2024-08-05 |
Functionally Diverse Inflammatory Responses in Peripheral and Liver Monocytes in Alcohol-Associated Hepatitis
2020-Oct, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1563
PMID:33024916
|
研究论文 | 本研究探讨了酒精相关肝炎中外周和肝脏单核细胞的功能多样性炎症反应 | 揭示了在酒精相关肝炎中不同单核细胞亚群对炎症反应的不同表达特征 | 研究可能未考虑其他慢性肝病与酒精相关肝炎的比较 | 研究酒精相关肝炎中单核细胞的炎症反应机制 | 酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞 |
| 12003 | 2024-08-05 |
Lineage Tracing: Computational Reconstruction Goes Beyond the Limit of Imaging
2019-Feb-28, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2019.0006
PMID:30764600
|
综述 | 本文介绍了计算生物学方法与传统谱系追踪的结合，以克服成像方法的局限性 | 提出了单细胞RNA测序谱系分析、DNA条形码或遗传伤痕分析等新颖的计算方法 | 成像基础的谱系追踪方法在可扩展性和缺乏分子信息方面存在限制 | 探讨细胞谱系追踪在生物过程研究中的应用 | 细胞及其后代的命运追踪 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, DNA条形码 | NA | RNA序列数据 | 涉及多种细胞类型 |
| 12004 | 2024-08-05 |
CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing
2019-02-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1639-x
PMID:30744683
|
研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序的新方法CellFishing.jl，用于搜索相似细胞和检测重要基因 | CellFishing.jl提供了一种高精度和高通量的细胞搜索方法，且速度明显快于现有最先进的软件 | NA | 提升单细胞RNA测序数据中细胞搜索的效率和精度 | 多个单细胞RNA测序数据集中的细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | NA | 超过一百万个细胞 |
| 12005 | 2024-08-05 |
IRIS-EDA: An integrated RNA-Seq interpretation system for gene expression data analysis
2019-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006792
PMID:30763315
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为IRIS-EDA的RNA-Seq数据分析集成工具，旨在简化基因表达数据的分析和解释。 | IRIS-EDA首次提供了根据FAIR数据原则加速提交数据和结果到NCBI的基因表达数据库的框架。 | NA | 开发一个用户友好的平台，以进行RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的计算分析。 | RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的基因表达分析。 | 数字病理学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12006 | 2024-08-05 |
Dermal Condensate Niche Fate Specification Occurs Prior to Formation and Is Placode Progenitor Dependent
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.034
PMID:30595537
|
研究论文 | 本文揭示了皮肤凝聚物前体的命运规范在形成之前发生，并且依赖于皮肤板的前体 | 研究确定了皮肤凝聚物的未聚集前体及其分子时序，为皮肤发育提供了新的见解 | 对细胞命运转变具体时序的理解仍然不够全面，可能需要进一步研究y | 研究皮肤凝聚物前体的命运规范及其发育轨迹 | 本文研究了皮肤凝聚物前体及其在发育过程中的角色 | 数字病理学 | NA | 3D和4D显微镜观察，单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 12007 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analysis Reveals a Hair Follicle Dermal Niche Molecular Differentiation Trajectory that Begins Prior to Morphogenesis
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.032
PMID:30595533
|
研究论文 | 本文描述了在毛囊发育和再生过程中，毛囊真皮细胞的分子分化轨迹 | 文章通过单细胞RNA测序和体内方法揭示了毛囊真皮细胞在形态发生之前的转录状态序列 | 由于缺乏对没有组织学差异的细胞的定量分子区别的理解，分子和细胞事件的描绘仍然具有挑战性 | 研究毛囊发育过程中的细胞和分子事件 | 关注毛囊真皮凝聚体细胞的转录状态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12008 | 2024-08-05 |
Trans-ethnic association study of blood pressure determinants in over 750,000 individuals
2019-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0303-9
PMID:30578418
|
研究论文 | 本研究重新解释了影响血压的遗传结构，识别了血压稳态的基因、组织、表型和药物环境 | 在全基因组关联研究中发现了208个新的常见血压SNP和53个罕见变异 | NA | 识别影响血压的基因及其在不同组织中的表达 | 分析了来自776,078参与者的血压临床表型及其基因组信息 | 数字病理学 | NA | 全基因组关联研究 | NA | 基因组数据 | 776,078名参与者 |
| 12009 | 2024-08-05 |
Transcriptional Programming of Normal and Inflamed Human Epidermis at Single-Cell Resolution
2018-10-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.006
PMID:30355494
|
研究论文 | 本文报告了正常和发炎人类表皮的单细胞转录组编程 | 首次在单细胞分辨率下定义了表皮细胞转录程序的全球范围和组织 | 未提及具体的局限性 | 研究表皮分化的转录程序与皮肤病理之间的关系 | 92,889个人表皮细胞的转录组数据，来自9个正常和3个发炎的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,889个细胞，来自9个正常与3个发炎的皮肤样本 |
| 12010 | 2024-08-05 |
A virus or more in (nearly) every cell: ubiquitous networks of virus-host interactions in extreme environments
2018-06, The ISME journal
DOI:10.1038/s41396-018-0071-7
PMID:29467398
|
研究论文 | 本研究使用单细胞测序和环境宏基因组学，解析黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒-宿主关联结构 | 通过结合宏病毒组学和单细胞基因组学，展示了极端环境中病毒-宿主相互作用的网络，并发现大多数细胞中存在多种病毒类型 | 研究仅在黄石国家公园一个特定环境中进行，可能不适用于其他环境的病毒-宿主关系研究 | 探讨病毒和宿主之间在极端环境中广泛的相互作用 | 黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒和宿主细胞 | 微生物组学 | NA | 单细胞测序，环境宏基因组学 | NA | 微生物组数据 | NA |
| 12011 | 2024-08-05 |
SIDEseq: A Cell Similarity Measure Defined by Shared Identified Differentially Expressed Genes for Single-Cell RNA sequencing Data
2017-Jun, Statistics in biosciences
IF:0.8Q4
DOI:10.1007/s12561-017-9194-z
PMID:30774736
|
研究论文 | 本文介绍了一种新颖的相似性度量SIDEseq，用于评估单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性 | SIDEseq通过整合所有DE基因列表信息，提供了一种全新的细胞相似性度量方法，能够从全局视角调查细胞间关系 | 研究中没有提及特定的局限性，可能未考虑全部类型的细胞异质性 | 探讨如何通过单细胞RNA测序数据识别细胞亚群体 | 人类卵巢癌scRNA测序数据和公共人类胚胎scRNA测序数据以及几个模拟数据集 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个数据集，包括人类卵巢癌和公共人类胚胎数据集 |
| 12012 | 2024-08-05 |
Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder
2016-10-04, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.11803
PMID:27602771
|
研究论文 | 本研究对膀胱鳞状细胞癌中的转录异质性进行了单细胞分析 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了膀胱鳞状细胞癌中细胞表达的异质性及其潜在机制 | 本研究主要集中在膀胱鳞状细胞癌中，可能不适用于其他癌症类型 | 探索膀胱鳞状细胞癌的细胞功能异质性及其机制 | 人类膀胱鳞状细胞癌及相应的生理正常上皮 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 单细胞样本，具体样本数量未提及 |
| 12013 | 2024-08-05 |
Partitioning and aggregating cross-tissue and tissue-specific genetic effects to identify gene-trait associations
2024-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49924-4
PMID:38982044
|
研究论文 | 本文提出了MTWAS框架，用于识别基因-性状关联并增强TWAS和GWAS的信息利用 | 引入了一种非参数插补策略来增强不可获取组织的信息，并基于扩展贝叶斯信息准则将eQTL分类为跨组织和特定组织的eQTL | 未提及具体的局限性 | 开发一种新的统计框架MTWAS，以识别基因-性状关联 | 对GTEx数据集的47个组织和其他数据集中的免疫细胞类型进行基因预测和分析 | 生物统计学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 84项UK Biobank GWAS研究和其他数据集的样本 |
| 12014 | 2024-08-04 |
Deep 3D histology powered by tissue clearing, omics and AI
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02327-1
PMID:38997593
|
研究论文 | 本文讨论了通过3D组织组织学技术综合理解组织和生物体生理及病理生理的重要性 | 提出了一种结合组织清理化学、标记和体积成像的新技术，以增强3D重建，并与分子技术协同作用 | 缺乏针对具体应用案例的实证数据支持 | 创建完整的三维细胞图谱，以全面理解组织和生物体的生理和病理 | 涉及组织样本和细胞的3D空间结构及其分子组成 | 数字病理学 | NA | 组织清理化学、体积成像 | 深度学习 | 细胞结构和分子数据 | NA |
| 12015 | 2024-08-05 |
Diversification of the VH3-53 immunoglobulin gene segment by somatic hypermutation results in neutralization of SARS-CoV-2 virus variants
2024-Jul, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451056
PMID:38593351
|
研究论文 | 该研究揭示了通过体细胞超突变，VH3-53免疫球蛋白基因片段的多样化如何导致对SARS-CoV-2病毒变异体的中和作用 | 文章创新性地展示了特定B细胞克隆的体细胞超突变如何增加单克隆抗体的中和范围 | 研究中对B细胞克隆扩增的机制缺乏深入分析 | 本研究旨在探讨COVID-19恢复患者的B细胞如何通过超突变生成能够中和病毒变异体的抗体 | 研究对象为从SARS-CoV-2恢复患者中获得的针对刺突蛋白特异性B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 来自一名SARS-CoV-2恢复患者的B细胞样本 |
| 12016 | 2024-08-05 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
|
研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的深层聚类方法scRISE，旨在解决聚类过程中的相似性度量挑战 | 提出了基于图自编码器的迭代平滑模块和自我监督的鉴别嵌入模块的新方法来改进数据表示和聚类质量 | 在文章中没有明确提到具体的局限性 | 研究单细胞转录组测序数据的聚类分析 | 用于单细胞RNA测序的17个数据集及HNSCC数据集 | 数字病理学 | NA | NA | 深度聚类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 17个单细胞RNA测序数据集 |
| 12017 | 2024-08-04 |
Emerging Roles of Spatial Transcriptomics in Liver Research
2024-May, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2299-7880
PMID:38574750
|
研究论文 | 空间转录组学在肝脏研究中的新兴角色，揭示了基因表达的复杂地图。 | 该文章通过空间转录组学技术识别肝细胞的分区功能，揭示了脂肪肝中脂质相关巨噬细胞的作用和肝再生过程中的内皮细胞信号。 | NA | 探讨空间转录组学在肝脏疾病理解和治疗中的应用 | 主要关注健康和病态肝脏中的细胞动力学和分子机制 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 12018 | 2024-08-05 |
Identification of ferroptosis-related gene signature for tuberculosis diagnosis and therapy efficacy
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110182
PMID:38989455
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研究论文 | 本文识别了与铁死亡相关的基因特征，旨在用于结核病的诊断和疗效评估 | 提出了一种包含ACSL4、CTSB和TLR4基因的铁死亡相关基因特征，作为结核病的生物标志物 | 研究主要依赖于血液样本，可能无法全面代表结核病患者的情况 | 探讨铁死亡相关基因特征在结核病诊断和治疗中的应用 | 结核病患者、潜伏结核感染者和健康对照者的血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | scRNA-seq、微阵列和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组基因表达数据，涉及结核病患者、潜伏感染者和健康对照者 |
| 12019 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals that NRF2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching in abdominal aortic aneurysm
2024-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202400001RR
PMID:38995239
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研究论文 | 研究表明NRF2在腹主动脉瘤中调节血管平滑肌细胞表型转变 | 识别NRF2作为维持血管平滑肌细胞收缩表型的重要调节因子，并且通过miR-145依赖性机制影响腹主动脉瘤形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能存在物种间差异 | 深入理解NRF2在血管平滑肌细胞表型转变中的作用 | 血管平滑肌细胞及其在腹主动脉瘤形成中的反应 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组转录组数据 | NA |
| 12020 | 2024-08-07 |
Erratum for the Research Article "Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus" by R. K. Perez et al
2024-Jul-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr4064
PMID:38991087
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |