单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2025-08-31	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示Setdb1在巨噬细胞中通过组蛋白甲基化调控纤维化过程，并验证其缺失可延长心脏移植物存活并抑制肿瘤组织纤维化	首次发现巨噬细胞中Setdb1介导的组蛋白甲基化重编程是心脏移植物和肿瘤组织纤维化的关键机制，并鉴定CCR2-Creb/Setdb1轴-FN1-受体通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分；机制细节如特异性受体相互作用需进一步探索	探究巨噬细胞中Setdb1在纤维化形成中的作用及其治疗潜力	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织中的巨噬细胞和成纤维细胞	免疫学与纤维化疾病机制	心血管疾病与肿瘤	单细胞转录组测序（scRNA-seq）、基因敲除	NA	单细胞转录组数据	人和小鼠的心脏移植物及肿瘤组织样本（具体数量未明确说明）
1182	2025-08-31	Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics 2025-May-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004 PMID:40154487	研究论文	通过单细胞空间多组学分析揭示癌症相关成纤维细胞（CAFs）的保守空间亚型及其在肿瘤微环境中的细胞邻域结构	首次在10种癌症类型中鉴定出四种跨癌种保守的CAF空间亚型，并阐明其空间组织模式与微环境特征关联	NA	解析CAFs在肿瘤微环境中的空间异质性及其对免疫调节和临床预后的影响	超过1400万个细胞（来自10种癌症类型）	空间转录组学	癌症	空间转录组学、空间蛋白质组学、单细胞多组学整合分析	NA	空间多组学数据	10种癌症类型，7个空间组学平台，超1400万个细胞
1183	2025-08-31	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	提出lr-kallisto方法，用于长读长测序数据的转录本定量分析	将kallisto方法适配到长读长测序技术，实现快速准确的转录本异构体定量	NA	开发适用于长读长测序数据的转录本定量工具	RNA转录本	生物信息学	NA	ONT长读长测序、外显子组捕获	kallisto算法适配	长读长测序数据	NA
1184	2025-08-31	METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51708-9 PMID:39181865	研究论文	提出一种整合细胞形态和空间转录组学的端到端框架METI，用于深度分析肿瘤生态系统	首次将空间转录组学、细胞形态学和基因特征整合，无需匹配单细胞RNA测序数据即可分析肿瘤微环境	NA	开发能够增强对肿瘤微环境中分子景观和细胞相互作用理解的分析工具	胃癌、肺癌、膀胱癌等肿瘤组织及癌前组织	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	端到端框架	空间转录组数据、细胞形态数据	多种肿瘤组织样本（包括胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前组织）
1185	2025-08-31	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP 2023-11-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43256-5 PMID:37963892	研究论文	提出一种名为BSP的非参数模型，用于从二维或三维空间转录组数据中识别空间可变基因	通过比较两个空间粒度的基因表达模式，实现维度无关且快速鲁棒的空间可变基因识别	NA	开发能够有效处理二维和三维空间转录组数据的空间可变基因识别方法	空间转录组数据中的基因表达模式	生物信息学	癌症、神经系统疾病、类风湿关节炎、肾脏疾病	空间转录组技术	非参数模型BSP	空间转录组数据	经过大量模拟测试并在多个疾病领域的实际数据中得到验证
1186	2025-08-31	Single-cell Mayo Map (scMayoMap): an easy-to-use tool for cell type annotation in single-cell RNA-sequencing data analysis 2023-10-20, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01728-6 PMID:37858214	研究论文	开发了一个名为scMayoMap的易用工具及其配套数据库scMayoMapDatabase，用于单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型注释	提供了一个无需标记训练数据集或预定义标记基因集的用户友好型细胞注释工具，并通过跨平台和组织类型的48个独立数据集验证了其有效性	NA	开发一个快速准确的单细胞RNA测序细胞类型注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	48个独立scRNA-seq数据集
1187	2025-08-31	Single-cell transcriptomics and cell-specific proteomics reveals molecular signatures of sleep 2022-08-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03800-3 PMID:35986171	研究论文	通过单细胞转录组学和细胞特异性蛋白质组学揭示睡眠的分子特征	结合单细胞RNA测序和细胞类型特异性蛋白质组学，首次在多脑区及细胞层面系统解析睡眠需求的分子机制	NA	探究睡眠的分子调控机制	大脑三个关键睡眠相关区域（脑干、皮层、下丘脑）的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 细胞类型特异性蛋白质组学, 磷酸化蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA
1188	2025-08-30	Single-cell immunomics reveals the immunological hallmarks about the onset and different outcomes for ankylosing spondylitis patients 2025-Sep, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07549-y PMID:40665054	研究论文	通过单细胞免疫组学技术揭示强直性脊柱炎发病及不同结局的免疫学特征	首次在单细胞分辨率下系统解析AS不同病程阶段的T/B细胞克隆扩增模式及V(D)J重组特征	样本来源仅限于外周血单核细胞，未涉及病变组织局部免疫微环境	探究强直性脊柱炎发生发展和不同临床结局的免疫学机制	健康供者和不同病程阶段的强直性脊柱炎患者	免疫组学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序、TCR/BCR分析	NA	单细胞转录组数据	健康供者与不同病程阶段患者的外周血单核细胞样本
1189	2025-08-30	Semaglutide ameliorates retinal vascular permeability destruction in diabetic retinopathy by AnxA2-mediated MMP-9 activation and basement membrane remodeling 2025-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118409 PMID:40749340	研究论文	本研究探讨了索马鲁肽通过调节AnxA2介导的MMP-9活化和基底膜重塑改善糖尿病视网膜病变中血管通透性破坏的机制	首次揭示索马鲁肽通过上调内皮细胞AnxA2激活MMP-9降解病理增厚基底膜的葡萄糖非依赖性血管保护机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证；未探讨其他GLP-1RAs的类似效应	阐明索马鲁肽在糖尿病视网膜病变中的保护作用机制	高脂饮食/链脲佐菌素诱导的2型糖尿病小鼠模型及视网膜内皮细胞	糖尿病并发症研究	糖尿病视网膜病变	蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blot、免疫荧光、免疫组化、透射电镜	动物疾病模型	分子生物学数据、组织病理学图像、基因表达数据	未明确样本数量，使用糖尿病小鼠模型进行实验
1190	2025-08-30	Multi-omics identification of circulating protein biomarkers for intervertebral disc degeneration using Mendelian randomization and scRNA-seq 2025-Sep, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07606-6 PMID:40745068	研究论文	本研究通过整合多组学方法识别与椎间盘退变因果相关的循环蛋白生物标志物	首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序技术筛选循环蛋白标志物，并采用机器学习模型评估其分类效能	需进一步体内实验验证临床适用性	鉴定椎间盘退变的循环蛋白生物标志物并探索其机制	人类循环蛋白质与椎间盘组织	生物信息学	椎间盘退变	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习	机器学习模型（未指定具体类型）	蛋白质组数据, RNA序列数据	4907种循环蛋白质（FinnGen队列）, 健康与退变椎间盘组织单细胞数据
1191	2025-08-30	NFATC3 enhances osteosarcoma progression by increasing PD-L1 and CXCL2 levels 2025-Jul-29, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02850-x PMID:40728758	研究论文	本研究探讨免疫基因NFATC3在骨肉瘤中的表达及其通过促进PD-L1和CXCL2表达驱动肿瘤进展的机制	首次揭示NFATC3通过调控PD-L1和炎症因子重塑免疫微环境促进骨肉瘤发展的新机制	NA	探究NFATC3在骨肉瘤进展中的功能作用及分子机制	骨肉瘤细胞系（143B、SJSA、HOS、MG63、MNNG）及肿瘤微环境中的T细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	骨肉瘤	qRT-PCR、单细胞测序、肿瘤细胞与巨噬细胞共培养系统	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	多个骨肉瘤细胞系及公共测序数据集
1192	2025-08-30	Spatially resolved transcriptomics reveals a unique disease signature and potential biomarkers for chronic traumatic encephalopathy 2025-Jul-18, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf078 PMID:40680295	研究论文	利用空间转录组学技术揭示慢性创伤性脑病的独特疾病特征和潜在生物标志物	首次应用Visium空间转录组学绘制CTE病变基因表达图谱，并鉴定出21个基因的共同疾病特征	研究基于死后组织样本，无法验证在体诊断的有效性	解析CTE病理生理机制并寻找在体诊断生物标志物	慢性创伤性脑病（CTE）患者的脑组织病变区域	空间转录组学	慢性创伤性脑病	Visium空间转录组学	NA	空间基因表达数据	来自同一患者的CTE病变组织与匹配正常组织
1193	2025-08-30	Generating and characterizing human telencephalic brain organoids from stem cell-derived single neural rosettes 2025-Jun-27, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01197-x PMID:40579542	研究论文	开发了一种从干细胞衍生的单个神经玫瑰花结生成人类端脑类器官的方法	利用单个神经玫瑰花结生成类器官，模拟体内神经组织发育，实现细胞组成一致性和功能成熟神经元的高比例生成	协议完成需5-6个月且需要细胞培养经验	研究人类端脑中不同神经细胞的规范与组织，以及模拟神经发育障碍	人类端脑类器官	生物医学工程	神经发育障碍	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、免疫组化、膜片钳电生理	NA	基因序列数据、电生理数据、图像数据	NA
1194	2025-08-30	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析儿童高级别胶质瘤的免疫微环境，揭示治疗压力下的细胞状态变化	首次在儿童高级别胶质瘤中系统比较不同年龄组和治疗方案下的免疫微环境差异，并发现与成人不同的髓系细胞亚群比例	NA	解析儿童高级别胶质瘤的免疫景观并探索免疫治疗靶点	儿童弥漫性高级别胶质瘤或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	肿瘤免疫学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1195	2025-08-30	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2025-Jan, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	通过CRISPR筛选和单细胞转录组学揭示MED12作为动态调控枢纽，控制T细胞静息与激活状态转换的基因回路	首次在多个人类CD4 T细胞背景下进行CRISPR筛选，发现90%的IL-2Rα调控因子具有条件依赖性效应，并鉴定MED12作为通过组蛋白甲基化动态协调T细胞状态转换的关键因子	研究主要聚焦于IL-2Rα调控网络，可能未覆盖T细胞状态转换的全部调控机制；基于体外实验，体内验证尚需进一步研究	解析T细胞在不同状态下的动态基因调控网络，揭示细胞身份维持和环境应答的分子机制	人类原代CD4 T细胞，包括促炎效应T细胞和抗炎调节T细胞	分子生物学	免疫相关疾病	CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析	NA	基因组数据，转录组数据，蛋白质互作数据	多个人类原代CD4 T细胞背景下的CRISPR筛选样本
1196	2025-08-30	Decoding the mosaic of inflammatory bowel disease: Illuminating insights with single-cell RNA technology 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.07.011 PMID:39421242	综述	本文综述单细胞RNA测序技术在炎症性肠病研究中的进展与应用	整合单细胞转录组、蛋白质组、T细胞受体谱和表观遗传分析，提供IBD发病机制的全面视角	缺乏纵向研究数据，多技术整合仍存挑战，微生物单细胞RNA测序潜力待挖掘	增强对炎症性肠病发病机制的理解并推动精准医疗	炎症性肠病（IBD）患者及相关细胞群体	生物医学	炎症性肠病	scRNA-seq, 单细胞蛋白质组学, T细胞受体分析, 表观遗传分析	NA	单细胞转录组数据	NA
1197	2025-08-30	Methods to Enable Spatial Transcriptomics of Bone Tissues 2024-May-03, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66850 PMID:38767376	研究论文	本文提出了一种处理骨组织样本以生成高质量空间转录组数据的方法	开发了针对硬骨组织的特殊处理方法，解决了传统方法在RNA保存和组织形态学维持上的难题，并扩展了该方法至石蜡包埋样本	NA	实现骨组织的空间转录组分析	骨组织样本，包括新鲜样本和石蜡包埋样本	空间转录组学	骨肉瘤	空间转录组学	NA	转录组数据，组织形态学数据	骨肉瘤原发肿瘤和肺转移样本（具体数量未明确说明）
1198	2025-08-30	Integrating single-cell and spatial analysis reveals MUC1-mediated cellular crosstalk in mucinous colorectal adenocarcinoma 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1701 PMID:38778448	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间分析技术，揭示了黏液性结直肠腺癌中MUC1介导的细胞间相互作用机制	首次结合单细胞RNA测序与空间转录组学系统解析MCA肿瘤微环境，发现MUC1+恶性细胞与ZEB1+内皮细胞的关键互作	研究样本量有限，需进一步扩大队列验证发现	深入理解黏液性结直肠腺癌的细胞水平转录动态，以开发特异性治疗策略	黏液性结直肠腺癌患者的肿瘤微环境中的基质细胞和免疫细胞	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 3D生物打印, 免疫荧光染色	NA	转录组数据, 空间数据	队列数据（具体数量未明确说明）
1199	2025-08-30	Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1720 PMID:38778457	综述	本文全面概述了皮肤黑色素细胞干细胞（MSCs）的起源、生物学特性、稳态维持及治疗潜力	重点突出了单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实用模型在MSCs研究中的最新进展与应用价值	NA	探讨MSCs在皮肤色素性疾病和再生医学中的临床应用潜力	哺乳动物毛囊、表皮或汗腺中的黑色素细胞干细胞	再生医学	皮肤色素性疾病（如白发、白癜风、黑色素瘤）	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9	NA	NA	NA
1200	2025-08-30	Landscape of gut mucosal immune cells showed gap of follicular or memory B cells into plasma cells in immunological non-responders 2024-05, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1699 PMID:38783408	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HIV感染者肠道黏膜免疫细胞，揭示了免疫无应答者中滤泡或记忆B细胞向浆细胞分化的缺陷	首次在单细胞水平描绘HIV感染者肠道黏膜免疫细胞图谱，并发现免疫无应答者中IGKC+IgA+浆细胞亚群减少及B细胞分化障碍	样本量较小（仅17例参与者），且仅为观察性研究无法确定因果关系	探究HIV感染者抗逆转录病毒治疗后肠道黏膜免疫细胞在免疫恢复中的作用	HIV阴性对照者、免疫应答者及免疫无应答者的肠道黏膜免疫细胞	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序、免疫组化、16S rRNA基因测序、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、微生物组数据、流式细胞数据	5名HIV阴性对照、9名免疫应答者、3名免疫无应答者（共54,475个免疫细胞）