本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1181 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomics combined with spatial transcriptomics reveals a fibrotic microenvironment in hyperuricemic nephropathy
2025-Oct-15, European journal of pharmacology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.ejphar.2025.178062
PMID:40816527
|
研究论文 | 本研究结合单细胞转录组和空间转录组技术揭示了高尿酸血症肾病纤维化微环境的关键细胞和分子机制 | 首次将单细胞RNA测序与空间转录组技术结合应用于高尿酸血症肾病研究,揭示了纤维化微环境中的关键细胞互作和分子通路 | 研究仅使用大鼠模型,需要在人类样本中进一步验证 | 阐明高尿酸血症肾病纤维化微环境的细胞组成和分子机制 | 高尿酸血症肾病大鼠的肾脏组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 高尿酸血症肾病大鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
1182 | 2025-10-05 |
IGF2BP2 alleviates ulcerative colitis by inhibiting MEK1/2 and ERK1/2 signaling pathways in intestinal epithelial cells via m6A-dependent stabilization of LGI4 mRNA
2025-Oct-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115206
PMID:40663812
|
研究论文 | 本研究揭示了m6A阅读蛋白IGF2BP2通过稳定LGI4 mRNA抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路,从而缓解溃疡性结肠炎的分子机制 | 首次发现IGF2BP2通过m6A依赖性方式稳定LGI4 mRNA,并阐明其在溃疡性结肠炎中抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的新机制 | 研究主要聚焦于肠道上皮细胞,未全面评估其他细胞类型在溃疡性结肠炎中的作用 | 探究m6A阅读蛋白IGF2BP2在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及分子机制 | 人类组织样本、溃疡性结肠炎细胞模型、DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型 | 分子生物学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞测序、IHC、Western blot、IF、RT-qPCR、meRIP-qPCR、RNA pulldown、RIP、mRNA稳定性检测 | NA | 单细胞测序数据、转录组数据、蛋白质数据 | 人类UC患者组织样本、UC细胞模型、DSS诱导UC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1183 | 2025-10-05 |
Lonidamine alleviates inflammation and tissue remodeling in a mouse model of eosinophilic chronic sinusitis: A single-cell transcriptomics study
2025-Oct-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115258
PMID:40700828
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学研究揭示洛尼达明在嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型中缓解炎症和组织重塑的作用机制 | 首次在ECRS模型中系统研究HK2的表达模式,并发现洛尼达明通过抑制Cxcl1-Cxcr2和Ptn-Ncl信号通路发挥抗炎和抗重塑作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究HK2抑制剂洛尼达明在嗜酸性慢性鼻窦炎中的治疗作用及机制 | ECRS小鼠模型和人类鼻上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 嗜酸性慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1184 | 2025-10-05 |
Immunoglobin attenuates fulminant myocarditis by inhibiting overactivated innate immune response
2025-Oct, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.17372
PMID:39442535
|
研究论文 | 本研究探讨免疫球蛋白通过抑制过度激活的先天免疫反应来减轻暴发性心肌炎的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示免疫球蛋白通过调控Plac8+单核细胞和S100a8+中性粒细胞的促炎活性来改善暴发性心肌炎 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人体验证 | 研究免疫调节药物对暴发性心肌炎的治疗效果及作用机制 | A/JGpt小鼠模型中的暴发性心肌炎 | 单细胞组学 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量的小鼠心脏CD45+细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1185 | 2025-10-05 |
Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders
2025-Oct, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry
DOI:10.1177/10738584251316558
PMID:39932233
|
综述 | 本文探讨小胶质细胞在神经精神疾病中对神经网络的调控作用 | 结合单细胞测序技术揭示小胶质细胞亚型多样性及其与神经网络的相互作用机制 | NA | 研究小胶质细胞在神经精神疾病发病机制中的作用及治疗策略开发 | 中枢神经系统中的小胶质细胞及其与神经网络的相互作用 | 神经科学 | 阿尔茨海默病、抑郁症、癫痫等神经精神疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1186 | 2025-10-05 |
Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma
2025-Oct, Head & neck
DOI:10.1002/hed.28195
PMID:40395022
|
研究论文 | 通过单细胞和批量RNA测序揭示原发性及淋巴转移性下咽鳞状细胞癌的肿瘤细胞特征和通讯特征 | 首次结合单细胞和批量RNA测序分析HPSCC原发灶与转移灶恶性上皮细胞的差异,并构建基于配体-受体对的预后预测模型 | NA | 识别HPSCC淋巴转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点 | 下咽鳞状细胞癌患者的原发肿瘤和淋巴转移灶组织 | 单细胞测序分析 | 下咽鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 配体-受体对风险模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
1187 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals systemic and placental immune landscape in preeclampsia
2025-Oct, Placenta
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.placenta.2025.08.325
PMID:40803063
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者外周血和胎盘各区域的免疫细胞景观 | 首次在单细胞水平系统比较早发型和晚发型先兆子痫的免疫差异,发现EPE患者外周血中新型CD8+初始T细胞亚群和基底板dNK4细胞亚群 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明先兆子痫的免疫病理机制 | 先兆子痫患者和正常妊娠对照的外周血及胎盘组织 | 单细胞组学 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 早发型和晚发型先兆子痫患者及正常对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1188 | 2025-10-05 |
Differentially expressed fusogens specify myocyte states to drive myogenesis
2025-Sep-17, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204771
PMID:40959964
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现小鼠肌细胞中存在两种不同的肌细胞群体,分别表达不同的融合蛋白,挑战了脊椎动物肌肉前体细胞同质性的传统观点 | 首次识别出表达Myomaker和Myomixer的Mc1细胞群和仅表达Myomaker的Mc2细胞群,并揭示了它们之间的谱系关系和调控机制 | 研究仅限于小鼠胚胎发育的特定时期(E9.5-11.5),需要进一步验证在其他物种和发育阶段的普适性 | 探究肌细胞融合过程中肌细胞状态的异质性及其调控机制 | 小鼠胚胎体节中的肌细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光原位杂交,谱系追踪,荧光素酶报告基因检测 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | E9.5-11.5小鼠胚胎体节 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1189 | 2025-10-05 |
Limited nasal interferon production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses
2025-Sep-16, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182836
PMID:40956633
|
研究论文 | 本研究揭示鼻部干扰素产生受限导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗反应不佳的机制 | 首次发现鼻部免疫环境处于静息状态,通过单细胞RNA测序证实上呼吸道干扰素刺激基因表达较低,并证明干扰素佐剂可改善黏膜疫苗反应 | 研究主要使用小鼠模型,人类数据仅限于COVID-19患者的验证 | 探究鼻部干扰素产生受限对呼吸道病毒清除和疫苗反应的影响机制 | 人类偏肺病毒(HMPV)感染的小鼠模型和COVID-19患者 | 免疫学 | 呼吸道病毒感染 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1190 | 2025-10-05 |
AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference
2025-Sep-16, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408
PMID:40956752
|
研究论文 | 提出了一个自动化图神经网络框架AutoGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 通过遗传搜索算法和信息熵约束,自动适应不同数据集特征寻找最优GNN架构 | 未明确说明框架在极端稀疏数据集上的表现 | 开发自动化框架以改进基因调控网络推断的准确性和泛化能力 | 基因调控网络和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | 多个公共数据集(未指定具体样本数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1191 | 2025-10-05 |
Pharmacovigilance-Based Identification and Mechanistic Exploration of Periodontitis-Related Drugs
2025-Sep-16, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.70040
PMID:40957584
|
研究论文 | 基于药物警戒数据识别与牙周炎相关的药物并探索其分子机制 | 首次整合FAERS药物警戒数据、孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统探索药物与牙周炎的关联及潜在机制 | 需要进一步研究确认因果关系 | 识别与牙周炎相关的药物并探索其分子机制 | 牙周炎患者 | 生物信息学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析 | 逻辑回归, 信号检测算法 | 药物警戒报告, 基因组数据, 单细胞转录组数据 | FAERS数据库报告, UKB-PPP和deCODE队列, 牙周炎患者牙龈组织和外周血单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1192 | 2025-09-18 |
Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain
2025-Sep-16, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02077-z
PMID:40958041
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1193 | 2025-10-05 |
5-FU Resistance Facilitates Immune Evasion in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Through ADAM10-Mediated PD-L1 Shedding and Tumour Microenvironment Remodelling
2025-Sep-16, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.70038
PMID:40958168
|
研究论文 | 本研究揭示了5-FU耐药通过ADAM10介导的PD-L1脱落和肿瘤微环境重塑促进食管鳞状细胞癌免疫逃逸的新机制 | 首次发现5-FU耐药通过上调ADAM10促进可溶性PD-L1释放,从而驱动免疫抑制和肿瘤微环境重塑 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系,需要进一步临床验证 | 探索5-FU耐药在食管鳞状细胞癌中促进免疫逃逸的分子机制 | 5-FU耐药的AKR小鼠食管鳞状细胞癌细胞系及其亲代细胞系 | 肿瘤免疫学 | 食管鳞状细胞癌 | 第三代DNA测序,蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | 异种移植模型 | 基因组数据,蛋白质组数据,单细胞转录组数据 | 5-FU耐药和亲代AKR小鼠ESCC细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1194 | 2025-10-05 |
Spatial Crosstalk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression
2025-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237
PMID:40960488
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了脑转移微环境中胶质细胞间信号传导机制,并发现靶向CCR5可有效抑制脑转移进展 | 首次系统揭示胶质细胞间特异性信号传导网络在脑转移中的作用,并验证FDA批准药物maraviroc通过靶向CCL4-CCR5信号轴治疗脑转移的新策略 | 未明确说明研究样本的具体数量及动物模型类型 | 探究脑转移微环境中胶质细胞间信号传导机制及其在肿瘤进展中的作用 | 星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞在脑转移不同阶段的转录组特征 | 空间转录组学 | 脑转移瘤 | RNA测序, 空间转录组学, 细胞间通讯分析 | NA | 转录组数据, 空间表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1195 | 2025-10-05 |
Depleting IL1R2+ Tumor-Infiltrating Regulatory T Cells with an ADCC-Prone Nanobody Construct Boosts the Efficacy of Anti-PD1 Immunotherapy
2025-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3095
PMID:40960523
|
研究论文 | 本研究开发了一种ADCC倾向性纳米抗体构建体,可特异性清除肿瘤浸润调节性T细胞,增强抗PD1免疫治疗效果 | 首次发现IL1R2可作为高度活化抑制性tiTregs的表面标志物,并开发了ADCC优化的纳米抗体特异性清除这些细胞 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类数据集,需要进一步临床验证 | 开发特异性靶向肿瘤浸润调节性T细胞的方法以增强免疫治疗效果 | 三阴性乳腺癌和结直肠癌小鼠模型及人类数据集中的肿瘤浸润调节性T细胞 | 免疫治疗 | 三阴性乳腺癌,结直肠癌 | CITE-seq,单细胞RNA测序,ADCC技术 | NA | 单细胞测序数据,元分析数据 | 小鼠模型和人类TNBC/CRC数据集 | NA | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | NA |
1196 | 2025-10-05 |
Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147
PMID:40902592
|
研究论文 | 提出一种名为QRscore的非参数统计框架,用于检测基因表达中的分布变化 | 扩展Mann-Whitney检验,通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型权重,能同时检测均值和方差变化 | NA | 开发能检测基因表达中一般分布变化的统计方法 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序,单细胞RNA测序 | 非参数统计模型,负二项分布,零膨胀负二项分布 | 基因表达数据 | GTEx项目和大亚洲免疫多样性图谱(AIDA)数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
1197 | 2025-10-05 |
Biomarker Analysis and Treatment Dynamics Following Preoperative Ipilimumab plus Nivolumab in Locally Advanced Urothelial Cancer from the Phase IB NABUCCO Study
2025-Sep-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0419
PMID:40489082
|
研究论文 | 本研究通过分析NABUCCO IB期临床试验数据,探索了局部晚期尿路上皮癌患者术前使用伊匹单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物和肿瘤微环境动态变化 | 首次在局部晚期尿路上皮癌中系统分析伊匹单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物,并通过单细胞RNA测序发现TCF7+CD8+ T细胞在治疗应答者肿瘤微环境中的积累 | 样本量有限(特别是单细胞RNA测序仅分析了两名应答者),需要更大规模研究验证发现 | 探索伊匹单抗联合纳武利尤单抗在局部晚期尿路上皮癌中的应答生物标志物和肿瘤微环境治疗动态 | III期尿路上皮癌患者 | 癌症免疫治疗 | 尿路上皮癌 | PD-L1免疫组化, 全外显子测序, 转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞测序数据 | PD-L1 IHC分析51例, 测序分析53例, CD8+ T细胞分析51例基线样本和42例膀胱切除样本, scRNA-seq分析2例应答者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序, 转录组测序 | NA | NA |
1198 | 2025-10-05 |
Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141
PMID:40840441
|
研究论文 | 开发空间差异分析方法用于揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系 | 提出空间差异分析方法,能够检测选择性剪接和等位基因特异性表达,在神经元和肿瘤细胞分析中展现出比现有工具更高的准确性和灵敏度 | NA | 开发分析单细胞和空间转录组数据的新方法,揭示细胞异质性和基因表达动态 | 神经元、肿瘤细胞、人类细胞图谱中的正常细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 全外显子组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
1199 | 2025-10-05 |
Cellular cholesterol metabolism rewiring through SREBP2-LXR-mTOR signaling convergence orchestrates T cell fate and keratinocyte apoptosis in oral lichen planus
2025-Sep-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115457
PMID:40957169
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多平台验证揭示了口腔扁平苔藓中T细胞胆固醇代谢失调通过SREBP2-LXR-mTOR信号轴调控T细胞命运和角质形成细胞凋亡的机制 | 首次发现OLP中T细胞胆固醇代谢异常通过SREBP2-LXR轴失衡和mTOR-SREBP2双向串扰驱动疾病进展 | 研究主要基于体外细胞实验,需要更多体内实验验证;样本量有限 | 探究T细胞胆固醇代谢在口腔扁平苔藓发病机制中的作用 | 口腔扁平苔藓患者T细胞、Jurkat T细胞系、角质形成细胞 | 单细胞生物学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 免疫荧光, 流式细胞术, PCR, 免疫共沉淀 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1200 | 2025-10-05 |
Comparison of single-cell RNA-seq methods to enable transcriptome profiling of neutrophils in clinical samples
2025-Sep-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101173
PMID:40957400
|
研究论文 | 比较三种单细胞RNA测序方法在临床样本中性粒细胞转录组分析中的性能 | 首次系统评估10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE三种平台在临床样本中性粒细胞scRNA-seq分析中的表现 | 仅评估了三种特定平台,可能不适用于其他单细胞测序技术 | 建立临床样本中性粒细胞可靠的scRNA-seq工作流程 | 人血液来源的中性粒细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics, Parse Biosciences, Honeycomb Biotechnologies | 单细胞RNA-seq | NA | 10× Genomics、PARSE Biosciences和HIVE单细胞RNA测序平台 |