单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2025-05-01	mTOR signaling regulates multiple metabolic pathways in human lung fibroblasts after TGF-β and in pulmonary fibrosis 2025-Feb-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00189.2024 PMID:39745695	研究论文	本研究探讨了mTOR信号通路在TGF-β诱导的人肺成纤维细胞代谢重编程中的作用及其在肺纤维化中的意义	首次全面揭示了mTOR和ATF4在调控肺成纤维细胞多种代谢通路中的作用，并发现这些通路在IPF患者病理性成纤维细胞中的表达增加	研究主要基于体外细胞实验和公开数据库分析，缺乏直接的体内功能验证	探究mTOR信号通路在肺成纤维细胞代谢重编程中的作用机制	人肺成纤维细胞和IPF患者的肺组织样本	分子生物学	肺纤维化	RNA测序、代谢组学分析、单细胞RNA-seq数据分析	NA	基因表达数据、代谢物数据	未明确说明样本数量，使用了公共单细胞RNA-seq数据集
1182	2025-05-01	Circulatory age-associated B cells: Their distinct transcriptomic characteristics and clinical significance in drug-naïve patients with rheumatoid arthritis 2025-Feb, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2024.110425 PMID:39746429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了类风湿性关节炎（RA）患者外周血中的B细胞亚群，特别关注了年龄相关B细胞（ABCs）的转录组特征及其临床意义	首次揭示了ABCs在RA中的髓系样表型特征及其与疾病活动的相关性，并提出了SYK作为关键调控因子	研究样本仅限于未接受药物治疗的RA患者，未验证ABCs作为生物标志物的长期预测价值	探究ABCs在RA发病机制中的作用及其作为疾病活动标志物的潜力	未接受药物治疗的RA患者外周血中的B细胞亚群	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、网络分析	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的RA患者外周血样本
1183	2025-05-01	Cardiac conduction system regeneration prevents arrhythmias after myocardial infarction 2025-Feb, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00586-x PMID:39753976	research paper	该研究探讨了心肌梗死后心脏传导系统再生与心律失常的关系	揭示了新生儿小鼠心脏再生过程中传导系统的恢复机制，以及非再生阶段病理性重塑的差异	研究主要基于小鼠模型，人类心脏的再生能力可能不同	研究心肌梗死后心脏传导系统再生与心律失常的机制	新生儿小鼠心脏和人类心脏	心血管疾病研究	心血管疾病	scRNA-seq, 组织透明化全器官成像	小鼠模型	基因表达数据, 影像数据	NA
1184	2025-05-01	Inferring multi-slice spatially resolved gene expression from H&E-stained histology images with STMCL 2025-Feb, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.11.016 PMID:39755346	research paper	提出了一种名为STMCL的新型多模态对比学习框架，用于从H&E染色的组织学图像中推断空间基因表达	STMCL整合了组织学图像、基因表达特征和位置信息，能够更准确地预测空间基因表达谱，并捕捉癌症特异性高表达基因	NA	开发一种成本效益高的方法，用于从H&E染色的组织学图像中预测空间基因表达	空间基因表达谱	digital pathology	cancer	spatial transcriptomics, deep learning	multimodal contrastive learning framework (STMCL)	image, gene expression data	四种由10X Genomics平台生成的多切片空间转录组数据集
1185	2025-05-01	Sonic Hedgehog signaling regulates the optimal differentiation pace from early-stage mesoderm to cardiogenic mesoderm in mice 2025-Feb, Development, growth & differentiation DOI:10.1111/dgd.12955 PMID:39783159	研究论文	本研究揭示了Sonic Hedgehog（Shh）信号在小鼠心脏发育早期阶段中调控心脏分化速度的作用	阐明了Shh信号通过抑制T细胞过早分化为Mesp1新生中胚层细胞来调控心脏分化速度的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育可能存在差异	探究Shh信号在心脏发育最早阶段的作用机制	小鼠早期中胚层细胞和心脏中胚层细胞	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
1186	2025-05-01	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal heterogeneity characteristics and specific cell subtype regulators in growth hormone-secreting pituitary adenomas 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002178 PMID:39784532	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组分析揭示了生长激素分泌型垂体腺瘤的异质性特征及特定细胞亚型调控因子	首次构建了GHPA的单细胞和空间转录组图谱，鉴定了16种肿瘤细胞亚型及三种恶性倾向亚型，并发现特定转录因子可能调控细胞恶性倾向	样本量相对较小（10例GHPA样本），且仅部分样本进行了空间转录组测序	识别GHPA的肿瘤异质性和预后相关标志物	生长激素分泌型垂体腺瘤（GHPA）	数字病理学	垂体腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	单细胞转录组数据，空间转录组数据	10例GHPA样本（其中4例进行了空间转录组测序）和4例正常垂体样本作为对照
1187	2025-05-01	Spatial transcriptomic analysis reveals significant differences in tumor microenvironment in HPV-dependent and HPV-independent vulvar squamous cell carcinoma 2025-Feb, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2025.01.002 PMID:39787746	研究论文	利用空间转录组学分析HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌肿瘤微环境的显著差异	首次在外阴鳞状细胞癌中应用空间转录组学技术，揭示了HPV依赖性和非依赖性肿瘤在免疫细胞组成和基因表达上的显著差异	样本量较小（仅4例早期VSCC病例），可能影响结果的普遍性	探索HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌的肿瘤微环境差异	HPV依赖性和非依赖性外阴鳞状细胞癌患者组织样本	数字病理学	外阴鳞状细胞癌	10× Genomics Visium空间转录组学平台，CIBERSORTx细胞类型推断	NA	空间转录组数据	4例早期VSCC病例（2例HPV依赖性，2例非依赖性）的28,183个Visium检测点
1188	2025-05-01	Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02036-7 PMID:39779958	研究论文	本文开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析	开发了PERFF-seq方法，解决了传统流式分选需要高保真抗体的限制，并能够基于RNA转录本丰度富集稀有细胞状态	方法依赖于特定RNA转录本的丰度，可能不适用于所有细胞类型或状态	开发一种新方法以富集和分析稀有细胞状态	免疫细胞群和脑组织中的细胞核	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA FlowFISH	NA	RNA测序数据	免疫细胞群（n=184,126个细胞），脑组织（n=33,145个细胞核）
1189	2025-05-01	Multi-omics-based mapping of decidualization resistance in patients with a history of severe preeclampsia 2025-Feb, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03407-7 PMID:39775038	研究论文	通过多组学策略揭示了严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的细胞和分子特征	首次使用多组学方法（包括单细胞RNA测序和空间转录组学）全面解析严重子痫前期患者的蜕膜化抵抗机制	样本量相对较小（sPE患者11例，对照12例），需要在更大样本中验证发现	探究严重子痫前期患者子宫内膜蜕膜化抵抗的分子机制	严重子痫前期患者和对照组的子宫内膜组织	生殖医学	子痫前期	scRNA-seq, 空间转录组学, 激光捕获显微切割/质谱	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据	23例子宫内膜样本（11例sPE患者，12例对照）
1190	2025-05-01	The epitranscriptional factor PCIF1 orchestrates CD8+ T cell ferroptosis and activation to control antitumor immunity 2025-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02047-w PMID:39762445	研究论文	研究发现RNA N 2'-O-二甲基腺苷（mA）甲基转移酶PCIF1负调控CD8 T细胞的抗肿瘤反应	首次揭示PCIF1通过调节mA修饰的靶基因（如Fth1、Slc3a2和Cd69）来抑制CD8 T细胞的铁死亡和激活，从而影响抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证较少	探究PCIF1在CD8 T细胞抗肿瘤免疫中的作用机制	CD8 T细胞和肿瘤微环境	免疫学	癌症	单细胞RNA测序、蛋白质组学、mA测序	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	小鼠模型和部分临床患者样本
1191	2025-05-01	Immunophenotyping of Synovial Tissue in Adolescents Undergoing ACL Reconstruction: What Is the Role of Synovial Inflammation in Arthrofibrosis? 2025-Feb, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465241305411 PMID:39772756	research paper	该研究探讨了前交叉韧带重建（ACLR）后滑膜炎症在关节纤维化中的作用，通过免疫表型分析揭示了不同免疫表型与早期运动范围及关节纤维化风险的相关性	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术对ACLR患者滑膜组织进行免疫表型分析，并发现三种不同的免疫表型与术后运动范围和关节纤维化风险相关	样本量较小（n=17），证据水平为4级（病例系列研究）	探究滑膜炎症在ACLR后关节纤维化中的作用机制	10-18岁接受初次ACLR的患者	digital pathology	关节疾病	流式细胞术，单细胞RNA测序	主成分分析（PCA）	生物组织样本	17例ACLR患者
1192	2025-05-01	Multimodal transcriptomics reveal neurogenic aging trajectories and age-related regional inflammation in the dentate gyrus 2025-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01848-4 PMID:39762661	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了齿状回（DG）神经源性细胞及其周围微环境的转录组特征，以及随年龄增长的分子变化	整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了神经源性衰老轨迹及年龄相关的区域炎症	研究主要关注齿状回，未涉及其他脑区	探究齿状回神经源性细胞及其微环境在衰老过程中的分子变化	齿状回（DG）的神经干细胞（NSCs）及其周围微环境	神经科学	老年性疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1193	2025-05-01	Development of a ferroptosis-related gene prognostic model and molecular subgroups characterization in sepsis 2025-Feb, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.12.008 PMID:39764891	research paper	本研究开发了一种基于铁死亡相关基因（FRGs）的预后模型，用于预测脓毒症的临床结果，并鉴定了TFRC作为抑制铁死亡的关键调控因子	首次构建了基于FRGs的脓毒症预后模型，并揭示了TFRC在脓毒症中抑制铁死亡的关键作用	研究依赖于公开数据集，需要进一步实验验证模型的临床适用性	开发脓毒症的预后预测模型并探索铁死亡相关基因的作用机制	脓毒症患者样本和铁死亡相关基因	生物信息学	脓毒症	差异表达分析、共识聚类、单变量和多变量Cox回归、LASSO分析、单细胞测序、siRNA转染、MDA测定、Western blot、ROS测定	预后评分模型	基因表达数据	GSE65682数据集中的脓毒症患者样本
1194	2025-05-01	A CRISPR view on genetic screens in Toxoplasma gondii 2025-Feb, Current opinion in microbiology IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.mib.2024.102577 PMID:39778479	review	本文综述了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的应用及其最新进展	重点介绍了CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的创新应用，包括条件性系统与成像、单细胞RNA测序和表型选择的结合	讨论了当前技术的局限性，并提出了未来发展的方向	综述CRISPR-Cas9技术在弓形虫基因筛选中的最新应用和未来发展	弓形虫及其与宿主的相互作用	基因组编辑	寄生虫感染	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 成像技术	NA	基因组数据, 表型数据	NA
1195	2025-05-01	Neural pathways of nausea and roles in energy balance 2025-Feb, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2024.102963 PMID:39765206	review	本文综述了恶心神经通路的最新研究，特别是其在能量平衡中的作用	通过单细胞测序和功能映射，阐明了涉及脑干最后区的恶心神经通路，并加深了对最后区在调节进食行为中作用的理解	NA	探讨恶心神经通路及其在能量平衡中的作用	内部感觉系统，特别是恶心的神经通路	神经科学	NA	单细胞测序，功能映射	NA	NA	NA
1196	2025-05-01	A Universal Strategy of Anti-Tumor mRNA Vaccine by Harnessing "Off-the-Shelf" Immunity 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401287 PMID:39761175	research paper	该研究开发了一种利用已知抗原的‘现成’免疫力的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略	提出了一种不依赖新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗策略，并验证其在多种肿瘤模型和临床病原体抗原中的适用性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发一种不依赖新抗原识别的通用抗肿瘤mRNA疫苗	肿瘤细胞、OVA特异性细胞毒性T淋巴细胞(CTLs)、三种小鼠皮下实体瘤模型、乙肝表面抗原(HBsAg)和SARS-CoV-2刺突受体结合域(SRBD)	肿瘤免疫治疗	肿瘤	mRNA疫苗技术、单细胞测序分析	NA	体外实验数据、体内肿瘤生长数据、单细胞测序数据	三种小鼠皮下实体瘤模型
1197	2025-05-01	Posttranscriptional Control of Neural Progenitors Temporal Dynamics During Neocortical Development by Syncrip 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411732 PMID:39776340	research paper	该研究揭示了Syncrip（hnRNP Q）在哺乳动物新皮质发育过程中作为神经祖细胞时间动态的转录后调控关键因子	首次发现Syncrip通过相分离招募稳定复合物调控Notch信号通路，从而决定放射状胶质细胞（RGCs）的命运进程	研究主要基于小鼠模型，人类Syncrip突变的功能验证仍需进一步研究	探究新皮质神经发生过程中时间基因表达的调控机制	放射状胶质细胞（RGCs）及其分化的神经元	发育神经生物学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用Syncrip敲除小鼠进行研究
1198	2025-05-01	SEE: A Method for Predicting the Dynamics of Chromatin Conformation Based on Single-Cell Gene Expression 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406413 PMID:39778075	research paper	介绍了一种名为SEE的人工智能方法，用于基于单细胞基因表达预测染色质构象的动态变化	利用autoencoder和transformer技术，结合单细胞RNA测序数据和有限的单细胞Hi-C图谱，分析染色质动态变化	仅使用了有限的单细胞Hi-C图谱数据	研究染色质构象的动态变化及其在基因表达调控中的作用	染色质构象的动态变化	machine learning	NA	单细胞RNA测序，单细胞Hi-C	autoencoder, transformer	单细胞RNA测序数据，单细胞Hi-C图谱	NA
1199	2025-05-01	Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex 2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024 PMID:39741000	research paper	研究抗Aβ抗体对大脑免疫反应的急性影响	首次通过单细胞测序技术揭示了抗Aβ抗体注射后大脑中细胞间的急性通讯变化，特别是小胶质细胞与非实质免疫细胞之间的TGFβ信号通路	研究仅观察了24小时和3天两个时间点，未能涵盖更长期的免疫反应变化	理解抗Aβ抗体治疗阿尔茨海默病时大脑的免疫反应机制	14个月大的APP转基因小鼠（雄性和雌性）的大脑皮层	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞测序	APP转基因小鼠模型	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，使用雄性和雌性APP转基因小鼠
1200	2025-05-01	Spatially resolved transcriptomics of benign and malignant peripheral nerve sheath tumors 2025-Jan-23, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf016 PMID:39847441	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了良性和恶性外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性	首次将空间转录组学应用于外周神经鞘瘤研究，提供了细胞组成和分化状态的空间信息	样本量较小，属于初步研究	确定外周神经鞘瘤的空间和生物学异质性	良性和恶性外周神经鞘瘤组织	数字病理学	外周神经鞘瘤	空间转录组学	空间聚类和加权相关网络分析	转录组数据	福尔马林固定石蜡包埋的病变外周神经组织