单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2025-04-19	An Integrative Analysis of Transcriptome Combined with Machine Learning and Single-Cell RNA-Seq for the Common Biomarkers in Crohn's Disease and Kidney Stone Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S502513 PMID:40242727	research paper	该研究通过整合转录组分析、机器学习和单细胞RNA测序技术，寻找克罗恩病和肾结石病的共同生物标志物	结合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别克罗恩病与肾结石病的共同生物标志物，并构建诊断模型	研究样本量有限，仅使用了GEO数据库中的三个克罗恩病和一个肾结石病数据集	寻找能够预测克罗恩病伴随肾结石病的生物标志物	克罗恩病(CD)和肾结石病(KSD)患者	生物信息学	克罗恩病, 肾结石病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 机器学习	机器学习算法(未指定具体模型), 列线图(nomogram)	基因表达数据	四个GEO数据集(三个CD数据集和一个KSD数据集)
1182	2025-04-19	Cross one single body 49 tissues single-cell transcriptome reveals detailed macrophage heterogeneity during pig pregnancy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1574120 PMID:40242774	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究了健康怀孕猪49个组织中巨噬细胞的异质性	首次在单个健康怀孕猪的49个组织中构建了巨噬细胞的单细胞转录组图谱，揭示了巨噬细胞在组织和物种间的分子差异和共性	研究仅基于单个怀孕猪的样本，可能限制了结果的普遍性	理解怀孕期间巨噬细胞的多样性和组织特异性适应	健康怀孕猪的49个组织中的巨噬细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫荧光	NA	单细胞转录组数据	114,881个巨噬细胞来自49个组织/器官的一个健康怀孕猪
1183	2025-04-19	PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity 2024-Dec-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945 PMID:39579770	研究论文	研究肥胖小鼠中PPARγ激动剂治疗对脂肪组织前体细胞翻译机制的影响	揭示了PPARγ激动剂通过调控核糖体因子表达和翻译选择性促进脂肪组织可塑性的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究PPARγ激动剂如何改善肥胖状态下脂肪组织的适应性	肥胖小鼠的脂肪组织基质血管部分(SVF)细胞	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序，多核糖体分析	小鼠模型	RNA测序数据	肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织SVF
1184	2025-04-19	PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 2024-11-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj7615 PMID:39607940	research paper	本研究探讨了PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞（ISC）微环境中的作用及其对干细胞命运决定和维持的影响	揭示了PIEZO通道如何感知细胞外机械刺激以调节ISC功能，阐明了PIEZO激活协调ISC命运决定和维持的机制级联	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养系统，可能不完全反映人类ISC的机械传感机制	探究PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞微环境中的作用机制	肠道干细胞（ISC）及其微环境	细胞生物学	NA	小鼠遗传学、单细胞RNA测序分析、3D和2D器官培养系统、生物工程基质和拉伸装置	NA	基因表达数据、机械性能测量数据	NA
1185	2025-04-19	Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013 PMID:38340719	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探索阿尔茨海默病（AD）外周免疫系统的表观遗传和转录变化	揭示了AD外周免疫细胞中开放染色质的显著数量，发现了CD8 T细胞中的顺式调控DNA元件和单核细胞中AD特异性的RELA转录因子结合位点，以及载脂蛋白E基因型依赖的表观遗传变化	研究仅关注外周免疫系统，未涉及中枢神经系统	探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录变化	阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞	表观遗传学	阿尔茨海默病	单细胞测序，转座酶可及染色质测定（ATAC-seq），RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	未明确提及样本数量
1186	2025-04-19	Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024 PMID:38402606	review	探讨阿尔茨海默病（AD）性别差异的潜在生物学机制	综述了性别激素和性染色体如何与衰老过程中的多种疾病机制相互作用，导致男女在疾病进展中的独特特征	NA	理解阿尔茨海默病性别差异的生物学机制	阿尔茨海默病（AD）	NA	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, metabolomics, multi-omics analyses	NA	NA	NA
1187	2025-04-18	Mutation S139N on Zika virus prM protein shifts immune response from Asian to contemporary strain 2025-May, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.02.012 PMID:39986659	研究论文	研究Zika病毒prM蛋白上的S139N突变如何将免疫反应从亚洲株转变为当代株	首次使用单细胞测序技术系统评估三种ZIKV株（亚洲祖先株FSS13025/2010、S139N突变株FSS13025-S139N和当代株GZ01/2016）诱导的免疫反应，并发现S139N突变株的免疫谱与当代株相似	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究Zika病毒prM蛋白S139N突变对免疫反应模式的影响及其与神经损伤的关系	Zika病毒株（FSS13025/2010、FSS13025-S139N、GZ01/2016）和1日龄小鼠	病毒学	神经系统疾病	单细胞测序技术	小鼠模型	基因表达数据	三种ZIKV株感染的1日龄小鼠
1188	2025-04-18	CD44+ cells enhance pro-tumor stroma in the spatial landscape of colorectal cancer leading edge 2025-May, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-02968-9 PMID:40069574	研究论文	本研究通过空间转录组和单细胞RNA测序技术，揭示了CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿通过PTN信号重塑肿瘤微环境的机制	首次发现CD44+肿瘤细胞在结直肠癌前沿形成独特的环状结构，并通过PTN信号诱导CAFs表型转变	研究主要基于小鼠模型和有限临床样本，人类结直肠癌的普适性需要进一步验证	探究肿瘤异质性如何影响结直肠癌的空间结构并促进疾病进展	AOM/DSS诱导的结直肠癌小鼠模型和临床样本	数字病理学	结直肠癌	空间转录组分析(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型和未明确数量的临床样本
1189	2025-04-18	Single-cell profiling reveals monocyte heterogeneity and association with liver fibrosis in patients with chronic HBV 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000672 PMID:40227083	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了慢性乙型肝炎患者中单核细胞的异质性及其与肝纤维化的关联	首次在慢性乙型肝炎患者中发现单核细胞中LMO2的高表达可能与单核细胞扩增有关，并识别了一个新的单核细胞-血小板聚集体(MPA)亚群，该亚群在肝纤维化早期可能发挥重要作用	研究样本量有限，且未探讨MPA在肝纤维化后期的潜在作用	探究慢性乙型肝炎患者中单核细胞异质性及其在肝纤维化中的作用机制	慢性乙型肝炎患者和健康对照者的循环单核细胞	单细胞组学	慢性乙型肝炎和肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	慢性乙型肝炎患者组和健康对照组(具体数量未明确)
1190	2025-04-18	Identification of Novel Protein Biomarkers for Intrahepatic Cholangiocarcinoma by Integrating Human Plasma Proteome with Genome 2025-Apr-17, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-025-01226-8 PMID:40240670	研究论文	本研究通过整合人类血浆蛋白质组与基因组数据，识别出与肝内胆管癌(ICC)潜在相关的蛋白质生物标志物	首次对ICC进行蛋白质组-MR分析，揭示了其复杂的遗传结构，并鉴定出5种与疾病有潜在因果关联的新型血液蛋白	研究主要基于欧洲人群数据，可能在其他人群中的普适性有待验证	发现ICC的潜在治疗和诊断靶点	肝内胆管癌(ICC)相关蛋白质生物标志物	生物信息学	肝内胆管癌	蛋白质组范围孟德尔随机化(MR)、ELISA、scRNA-seq	孟德尔随机化模型	基因组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据	来自deCODE血浆蛋白质组GWAS和欧洲meta分析的遗传数据，TCGA和GTEx数据库样本
1191	2025-04-18	Single-cell hdWGCNA reveals a novel diagnostic model and signature genes of macrophages associated with chronic obstructive pulmonary disease 2025-Apr-17, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02025-4 PMID:40244418	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和高维加权基因共表达网络分析，揭示了慢性阻塞性肺病（COPD）中巨噬细胞亚群的诊断模型和特征基因	首次使用hdWGCNA方法识别与COPD相关的巨噬细胞亚群及其特征基因，并构建了基于机器学习的临床诊断模型	研究样本量未明确说明，且仅基于RNA测序数据，缺乏实验验证	探索COPD的免疫机制并开发临床诊断模型	慢性阻塞性肺病（COPD）患者和正常个体的巨噬细胞亚群	数字病理学	慢性阻塞性肺病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机森林（RF），卷积神经网络（CNN）	RNA测序数据	NA
1192	2025-04-18	Tolerance and heteroresistance to echinocandins in Candida auris: conceptual issues, clinical implications, and outstanding questions 2025-Apr-16, mSphere IF:3.7Q2 DOI:10.1128/msphere.00161-25 PMID:40237528	review	本文探讨了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性，及其对治疗的挑战和临床意义	提出了耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性作为治疗挑战的新视角，并强调了空间转录组学等创新方法的应用	这些机制的临床意义尚不明确，且与治疗失败的相关数据有限	理解耳念珠菌对棘白菌素的耐受性和异质性耐药性的机制及其影响，开发检测方法和缓解策略	耳念珠菌及其对棘白菌素的药物适应机制	微生物学与传染病学	真菌感染	空间转录组学	NA	NA	NA
1193	2025-04-18	Pdgfrβ marks distinct mesenchymal and pericyte populations within periosteum with overlapping cellular features 2025-Apr-16, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf020 PMID:40237625	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和转基因小鼠模型，探讨了长骨骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性和功能特性	揭示了Pdgfrβ在骨膜中标记的不同间充质细胞和周细胞亚群及其重叠的细胞特征	研究仅在小鼠模型中进行，未验证人类骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	探究骨膜中Pdgfrβ阳性细胞的异质性和功能特性	小鼠长骨骨膜中的Pdgfrβ阳性细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、转基因小鼠模型	Pdgfrβ-CreERT2-mT/mG报告小鼠	基因表达数据、组织学数据	转基因小鼠的长骨骨膜样本
1194	2025-04-18	Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030 PMID:40112808	研究论文	该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)的微环境进行分类，并与转录组分类进行对比	开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类方法，与转录组分类具有80%以上的一致性	将这种分类方法整合到临床实践中仍具挑战性	建立DLBCL的微环境分类系统，以指导精准医疗	弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)及其微环境	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	免疫组织化学染色、数字病理学、单细胞测序	NA	图像数据、转录组数据	NA
1195	2025-04-18	Human long noncoding RNA VILMIR is induced by major respiratory viral infections and modulates the host interferon response 2025-Apr-15, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00141-25 PMID:40130878	研究论文	研究发现一种新型长链非编码RNA VILMIR在主要呼吸道病毒感染中被诱导表达，并调节宿主干扰素反应	首次鉴定出VILMIR是一种新型干扰素刺激基因(ISG)，在多种呼吸道病毒感染中上调表达并调控宿主干扰素反应	需要进一步机制研究以明确VILMIR的具体作用机制	探索长链非编码RNA在呼吸道病毒感染中的作用机制	人类呼吸道病毒感染的宿主反应	分子生物学	呼吸道病毒感染	RNA-seq分析	NA	转录组数据	多种人类上皮细胞系(A549、SUP-T1、THP-1)和COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本
1196	2025-04-18	A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043 PMID:40157360	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，绘制了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境（TME）的空间动态变化图谱	揭示了甲状腺癌进展过程中分子和细胞的异质性，鉴定了三个不同的甲状腺细胞元簇，并建立了高置信度的细胞间相互作用	NA	探索甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化及其对诊断和治疗的意义	甲状腺癌的肿瘤微环境，包括旁甲状腺组织（PT）、乳头状甲状腺癌（PTC）、局部晚期PTC（LPTC）和未分化甲状腺癌（ATC）	数字病理学	甲状腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涵盖PT、PTC、LPTC和ATC四种组织类型
1197	2025-04-18	ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181659 PMID:40179146	研究论文	该研究探讨了端粒生物学疾病（TBDs）中ATM依赖性DNA损伤反应对细胞生长的影响及其在克隆造血中的作用	揭示了端粒功能障碍通过ATM依赖性DNA损伤反应途径导致细胞衰老和凋亡的机制，并提出了ATM抑制作为潜在治疗干预的新策略	研究样本量相对有限（166例患者），且ATM抑制治疗的长期安全性和有效性尚未在临床中验证	理解TBD患者造血系统异常（如骨髓衰竭和髓系肿瘤风险增加）的分子机制	166例儿童和成人TBD患者的造血细胞	分子生物学	端粒生物学疾病	单细胞测序、ATM激活检测、端粒功能障碍诱导灶分析、细胞生长实验	NA	基因组数据、细胞功能数据	166例TBD患者（儿童和成人）的造血细胞样本
1198	2025-04-18	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	本研究探讨了肺移植受者在基线状态下及接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态，并与健康对照组进行比较	采用多组学方法揭示了肺移植受者基线免疫状态与疫苗接种后免疫反应的关联	研究样本仅限于肺移植受者，可能不适用于其他器官移植患者	评估肺移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应	肺移植受者和健康对照组	免疫学	COVID-19	多组学方法、单细胞RNA测序	NA	免疫学数据、基因表达数据	肺移植受者与健康对照组（具体人数未明确说明）
1199	2025-04-18	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	研究论文	研究SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	揭示了SMAD4缺失在不同KRAS突变背景下对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类患者中的适用性需要进一步验证	探究胰腺癌中恶性细胞基因型对肿瘤微环境和治疗反应的影响	Trp53突变小鼠模型驱动的KrasG12D或KrasG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了多种基因型的小鼠模型
1200	2025-04-18	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术，揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中与IFN/STAT1活性相关的共同转录状态	开发了STAT响应性谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，首次在乳腺癌肿瘤起始细胞中发现与IFN/STAT1信号通路相关的共同转录状态	STAT信号通路在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中未能检测到肿瘤起始细胞，表明STAT信号通路具有肿瘤起始细胞相关和独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其治疗靶点	乳腺癌肿瘤起始细胞（TIC）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	基底样三阴性乳腺癌异种移植模型和临床样本