单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1181	2025-04-16	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-Feb-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境的动态变化及预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，开发了一个新的预后模型，并鉴定了三种潜在的治疗药物	样本量相对较小（31个样本），且依赖于已发表的数据集	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	单细胞转录组数据	31个样本（包括8个PDAC I期、9个PDAC II期、6个PDAC III期和8个PDAC IV期）
1182	2025-05-07	Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56623-1 PMID:39893178	research paper	本文介绍了一种名为ReDeconv的计算算法，该算法将转录组大小纳入单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据归一化和批量RNA测序细胞去卷积中	提出了ReDeconv算法，引入基于线性化转录组大小的计数（CLTS）归一化方法，纠正了标准每10K计数归一化中通常误识别的差异表达基因	NA	改进单细胞RNA测序数据归一化和批量RNA测序细胞去卷积的准确性	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ReDeconv, CLTS	RNA测序数据	合成数据集和真实数据集
1183	2025-05-07	Vaccine-induced T cell receptor T cell therapy targeting a glioblastoma stemness antigen 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56547-w PMID:39893177	研究论文	本研究开发了一种针对胶质母细胞瘤干性抗原的疫苗诱导T细胞受体T细胞疗法	首次从接种疫苗的胶质母细胞瘤患者中鉴定出HLA-A*02限制性PTPRZ1反应性TCR，并证明其治疗效果	研究仅限于HLA-A*02阳性患者，且临床前模型结果需要进一步人体试验验证	开发针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法	蛋白酪氨酸磷酸酶受体Z1型(PTPRZ1)抗原和胶质母细胞瘤干细胞(GSCs)	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞测序、TCR-T细胞疗法	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，但包括原代脑肿瘤样本和胶质母细胞瘤细胞系
1184	2025-05-07	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data: unveiling RNA methylation and autophagy-related signatures in chronic obstructive pulmonary disease patients 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87437-2 PMID:39893187	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者中RNA甲基化和自噬相关特征	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关键作用，并鉴定了FTO和IGF2BP2等关键RNA甲基化调控基因	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于小鼠模型	探究RNA甲基化调控因子及其与自噬在COPD发病机制中的作用	COPD和非COPD患者的RNA测序数据及COPD小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	批量RNA测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，RT-qPCR，流式细胞术	WGCNA	RNA测序数据	来自GEO数据库的COPD和非COPD患者样本及COPD小鼠模型
1185	2025-05-07	Spatial integration of multi-omics single-cell data with SIMO 2025-Feb-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56523-4 PMID:39893194	research paper	开发了一种名为SIMO的计算方法，用于通过概率对齐实现多组学数据集的空间整合	SIMO不仅能整合空间转录组与单细胞RNA测序数据，还能扩展到整合多种单细胞模态数据，如染色质可及性和DNA甲基化，这些数据之前未在空间尺度上共同分析	NA	解决空间和单细胞组学测序中的技术限制，以在空间尺度上捕获和描述多模态信息	多组学单细胞数据	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序、染色质可及性分析、DNA甲基化测序	概率对齐模型	多组学单细胞数据	NA
1186	2025-05-07	Comprehensive analysis reveals the tumor suppressor role of macrophage signature gene FCER1G in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88071-8 PMID:39893200	研究论文	通过单细胞RNA测序和基因组分析，探索肝细胞癌中巨噬细胞特征基因FCER1G的肿瘤抑制作用及其对患者预后的影响	利用单细胞测序数据构建LASSO回归模型预测HCC患者预后，并发现FCER1G基因在HCC中的肿瘤抑制作用	样本量较小（仅7个HCC样本），且未在MSI和TMB评分中观察到显著差异	探索肝细胞癌中巨噬细胞特征基因及其对患者预后的影响	肝细胞癌（HCC）患者和巨噬细胞特征基因FCER1G	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、基因组分析、LASSO回归模型	LASSO回归	单细胞RNA测序数据、基因组数据	7个HCC样本（来自GEO数据库）和TCGA-LIHC队列验证
1187	2025-05-07	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-Feb-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	研究探讨了间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EVs）和脐带血浆来源的细胞外囊泡（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕减少的影响	首次使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的促进作用及其机制	小鼠皮肤伤口模型和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤创伤	超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析、Western blot、细胞划痕实验、细胞迁移实验、细胞增殖实验、空间转录组学（ST）	NA	细胞实验数据、小鼠皮肤组织样本	小鼠皮肤组织样本（未明确数量）和人皮肤成纤维细胞（HDF-a）
1188	2025-05-07	Oocyte transcriptomes and follicular fluid proteomics of ovine atretic follicles reveal the underlying mechanisms of oocyte degeneration 2025-Feb-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11291-9 PMID:39893388	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和串联质谱标签蛋白质组学技术，探究了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞和卵泡液的转录调控机制及蛋白质谱	鉴定了175个闭锁特异性基因和8个候选卵母细胞分泌因子，揭示了卵母细胞铁死亡调控的新机制，并发现了与卵泡闭锁相关的两个卵母细胞分泌生物标志物PGK1和ANGPT2	研究结果主要基于绵羊模型，在人类或其他哺乳动物中的适用性需要进一步验证	阐明卵泡闭锁过程中卵母细胞退化的分子机制	绵羊闭锁卵泡中的卵母细胞和卵泡液	生殖生物学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 串联质谱标签(TMT)蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	NA
1189	2025-05-07	Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70226 PMID:39902678	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用	揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比，以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用	样本量较小，仅涉及五名患者	深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制，并探索潜在的治疗靶点	抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液	免疫学	间质性肺病	单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术	NA	RNA序列数据	5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞
1190	2025-05-07	Single-Cell Sequencing Reveals Heterogeneity and Interactions Between Epithelial Cells and Fibroblasts in Post-ESD Oesophageal Stricture 2025-Feb, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70411 PMID:39910700	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究食管狭窄组织中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其相互作用	首次在单细胞水平揭示了食管狭窄组织中上皮细胞和成纤维细胞的异质性及其相互作用，并识别了关键的配体-受体对	样本量有限，未进行功能验证实验	阐明食管狭窄形成的分子机制并寻找潜在治疗靶点	食管狭窄组织和正常对照组织	单细胞测序	食管狭窄	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	食管狭窄样本和正常对照样本（具体数量未说明）
1191	2025-05-07	IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis 2025-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70058 PMID:39912287	研究论文	本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型（特别是IgG）在特应性皮炎（AD）皮肤病变中的作用	揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用及其通过巨噬细胞促进Th2炎症的机制	未明确IgG具体通过何种机制激活巨噬细胞及促进炎症	研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的作用	特应性皮炎患者及非过敏性健康受试者的皮肤病变和PBMCs	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序、BCR库分析	NA	mRNA数据、单细胞RNA测序数据	AD患者及健康受试者的皮肤病变和PBMCs样本
1192	2025-05-07	Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development 2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67491 PMID:39895643	research paper	该研究开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型，用于研究神经炎症和神经感染性疾病	通过将iPSC分化的造血祖细胞（HPC）整合到iPSC衍生的胚胎体（EBs）中，成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官模型	当前方法在技术上具有挑战性，可能导致最终类器官中小胶质细胞的数量和质量存在不一致性	研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用，以及神经炎症和神经感染性疾病的模型建立	人类大脑类器官	神经科学	神经炎症和神经感染性疾病	免疫染色和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）分析	3D类器官模型	基因表达数据和图像数据	NA
1193	2025-05-07	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.08.631993 PMID:39829843	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，以及配对抗原、TCR序列和单细胞转录组	开发了APMAT框架，首次实现了抗原-TCR配对与T细胞表型的多组学分析，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型和持久性的强关联	研究仅针对HLA A*02:01 COVID-19参与者，样本量相对有限（62人）	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）和抗原刺激后出现的T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞及其TCR序列、抗原和单细胞转录组	免疫学	COVID-19	单细胞分析、高通量测序	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	62名HLA A*02:01 COVID-19参与者
1194	2025-05-07	Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells 2025-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149 PMID:39700762	研究论文	本文通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞，使其获得白血病干细胞特性，并研究了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用	首次利用合成聚合物水凝胶培养系统快速生成白血病干细胞，并鉴定出AKR1B1和TSPYL5作为潜在的干细胞治疗靶点	研究仅针对K562白血病细胞系，未在其他白血病模型或体内实验中验证	开发快速生成白血病干细胞的方法并探索其治疗靶点	K562白血病细胞	癌症研究	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	K562细胞系
1195	2025-05-07	TBX3 shapes an immunosuppressive microenvironment and induces immunotherapy resistance 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103175 PMID:39897553	research paper	该研究探讨了TBX3在膀胱癌免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗抵抗的影响	首次系统性地揭示了TBX3通过调节TGFβ1表达促进免疫抑制微环境形成的分子机制，并验证了TBX3作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证TBX3的临床应用价值	探索膀胱癌免疫治疗抵抗的分子机制并寻找新的治疗靶点	膀胱癌组织和细胞	肿瘤免疫学	膀胱癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量细胞因子阵列、ProcartaPlex多重免疫分析、TissueFAXS全景组织定量分析	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	多个公共数据库样本和真实世界免疫治疗队列
1196	2025-05-07	Glycosphingolipids-Dependent Phospholipid Metabolism Enhances Cancer Initiation and Progression through SMPD1/GLTP/B3GALT4/ST8SIA6 Signaling Axis: A Novel Therapeutic Target 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.103834 PMID:39898245	研究论文	通过整合单细胞测序数据和TCGA数据库，研究鞘脂代谢在结直肠癌发生发展中的关键作用	发现鞘脂代谢失调在结直肠癌发展中的关键作用，并确定了几个潜在的治疗靶点	未提及实验验证或临床前研究的具体结果	探索结直肠癌发生发展的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞测序	NA	测序数据	NA
1197	2025-05-07	Comprehensive Pan-Cancer Analysis of RAC1 Decoding the Impact on Cancer Prognosis and B cell immune Regulation 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104488 PMID:39898257	研究论文	本文对RAC1在33种癌症类型中的表达及其对癌症预后和B细胞免疫调节的影响进行了全面分析	揭示了RAC1在多种癌症中的高表达及其与不良预后的关联，首次系统研究了RAC1在肿瘤免疫微环境中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探索RAC1在泛癌水平上的表达特征及其对肿瘤免疫微环境的调控作用	33种癌症类型中的RAC1表达	癌症基因组学	泛癌分析	基因组变异分析（CNV、TMB、MSI）、单细胞转录组分析、空间转录组分析	预后特征模型	基因组数据、转录组数据	33种癌症类型的多组学数据
1198	2025-05-07	Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104697 PMID:39898252	研究论文	本研究通过科学计量和可视化方法，分析了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究中的应用趋势和动态	首次对scRNA-seq在肌肉骨骼疾病领域的应用进行全面科学计量和可视化分析，揭示了研究趋势、关键方向和未来前景	数据来源仅限于Web of Science核心合集，可能未涵盖所有相关研究	分析scRNA-seq技术在肌肉骨骼疾病研究中的应用进展和趋势	肌肉骨骼疾病相关的scRNA-seq研究文献	数字病理	肌肉骨骼疾病	scRNA-seq	NA	文献数据	Web of Science核心合集中2009年1月1日至2024年9月6日的相关文献
1199	2025-05-07	Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9 PMID:39900760	研究论文	本文介绍了如何将组织微阵列整合到GeoMx®数字空间分析仪中，进行空间转录组学检测及生物信息学分析	详细描述了数字空间分析仪（DSP）的NGS检测协议及生物信息学分析流程，特别关注组织微阵列的整合及GeoMx RNA检测的特定方法	依赖于NanoString公司提供的GeoMX DSP指南和GeoMx数据分析手册的当前版本，需定期检查更新	推动空间转录组学技术在疾病研究和治疗中的应用	组织微阵列和GeoMx RNA检测	空间转录组学	NA	NGS, RNA-Seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1200	2025-05-07	Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13 PMID:39900764	研究论文	介绍了一种名为SciDAP的用户友好平台，用于加速单细胞测序数据分析	SciDAP平台为不具备计算专业知识的生物学家提供了便携且可重复的测序数据分析流程，使用Common Workflow Language (CWL)编写	未提及具体的数据分析精度或与其他平台的比较	解决单细胞测序数据分析中的复杂性和可重复性问题	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)和单细胞多组学测序(scMultiome)数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome, scVDJ-Seq	NA	测序数据	NA