单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-21	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	综述	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用与进展	利用空间转录组学技术解析TNBC的空间异质性、免疫逃逸机制和种族差异，并结合人工智能进行空间分析	需要进一步发展ST技术、计算工具和多中心合作以实现临床常规应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用价值	三阴性乳腺癌肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学(ST), 蛋白质组学, 成像质谱流式细胞术	AI-based spatial analysis	空间转录组数据, 蛋白质组数据, 影像数据	NA
102	2025-09-21	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿关节炎患者来源的抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	首次揭示抗PAD4抗体通过特异性结合单核细胞触发炎症级联反应，促进T细胞活化和滑膜成纤维细胞炎症表型诱导	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型和体外实验，人类体内直接证据尚待进一步验证	阐明抗PAD4自身抗体在类风湿关节炎发病机制中的具体作用途径	类风湿关节炎患者来源的抗PAD4单克隆抗体、胶原诱导关节炎小鼠模型、人类单核细胞和滑膜成纤维细胞	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养、单克隆抗体技术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞实验数据	使用类风湿关节炎患者来源的抗体和小鼠模型，具体样本量未明确说明
103	2025-09-21	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Sep, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞表观遗传学和多组学分析在肾脏研究中的应用与进展	整合表观基因组和转录组的单细胞多组学分析，揭示驱动细胞异质性的基因调控机制	NA	概述单细胞测序技术及其在肾脏研究中的应用，促进新生物标志物和治疗靶点的发现	健康与疾病状态下的肾脏细胞	生物信息学	肾脏疾病	单细胞测序，多组学分析	NA	表观基因组数据，转录组数据	NA
104	2025-09-21	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	评估临床来源人类组织空间转录组学的严谨性和可重复性，并比较不同平台性能	首次系统评估数字空间分析技术在真实临床样本中的技术性能，并比较多细胞与单细胞分辨率方法的优缺点	主要关注肾脏组织，可能不直接适用于其他器官或疾病类型	验证空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达空间数据	临床人类肾脏组织和活检样本
105	2025-09-21	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	本研究开发了一种结合单细胞转录组、空间转录组和病理图像的多组学深度学习模型，用于预测结直肠癌肝转移风险	首次发现并鉴定肝转移触发恶性细胞(LMTMCs)，建立了基于多组学细胞通讯分析和弱监督深度学习的肝转移预测模型	模型在外部验证集中的表现存在差异(AUC 0.72-0.89)，需要进一步验证和优化	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者及其肝转移样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18、弱监督学习	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC内部测试集及两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院队列）
106	2025-09-21	High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma 2025-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16633 PMID:40566935	研究论文	本研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析美泊利单抗和杜匹鲁单抗治疗对重症哮喘患者2型淋巴细胞动态的影响	首次揭示美泊利单抗治疗通过改变2型淋巴细胞的组织归巢受体表达和细胞因子产生能力，可能重新定向炎症细胞远离气道的新机制	样本量较小（特别是杜匹鲁单抗组仅7例患者），单细胞测序样本量有限（n=3）	探究2型生物制剂对重症哮喘患者循环淋巴细胞的影响机制	40例重症哮喘患者（美泊利单抗33例，杜匹鲁单抗7例）	免疫学	哮喘	高参数流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞刺激实验	NA	流式细胞数据，单细胞转录组数据	40例患者（33例美泊利单抗治疗，7例杜匹鲁单抗治疗），其中3例进行单细胞测序，3例进行细胞刺激实验
107	2025-09-21	Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis 2025-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16652 PMID:40689541	研究论文	本研究识别并验证了上皮衬液中的半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN作为预测2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物	首次发现CST1基因在2型慢性鼻窦炎上皮细胞中特异性表达，并证实ELF中半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN水平与T2炎症高度相关且预测准确性优于现有标志物	NA	识别用于2型慢性鼻窦炎内型分型的非侵入性生物标志物以促进个性化治疗	慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和上皮衬液样本	生物标志物研究	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Luminex多重检测、酶联免疫吸附测定（ELISA）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、蛋白质浓度数据、临床评分数据	慢性鼻窦炎患者和对照个体（具体数量未在摘要中说明）
108	2025-09-21	scnanoseq: an nf-core pipeline for Oxford Nanopore single-cell RNA-sequencing 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf487 PMID:40905625	研究论文	介绍了一个用于Oxford Nanopore单细胞RNA测序的nf-core分析流程scnanoseq	开发了首个模块化、可移植的长读长单细胞RNA测序分析流程，无需依赖短读长数据校正	NA	开发用于长读长单细胞和单核RNA测序数据的标准化分析流程	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	Oxford Nanopore sequencing, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
109	2025-09-21	Plant metabolism: Zoom in to the single-cell level 2025-Sep-01, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf375 PMID:40889291	综述	本文综述了单细胞水平技术在植物代谢研究中的应用，重点讨论代谢物积累的细胞类型特异性及多组学方法的重要性	强调从单组学向多组学方法的转变，并展示单细胞技术如何揭示稀有细胞类型在代谢物生物合成中的关键作用	NA	揭示植物代谢物在细胞水平上的积累位置、功能及调控机制	模型植物和药用植物物种	植物代谢组学	NA	质谱成像、单细胞转录组学、多组学	NA	代谢物数据、基因表达数据	NA
110	2025-09-21	Dopaminergic short axon cells integrate sensory and top-down inputs to enhance discriminative learning in the mouse olfactory bulb 2025-Sep, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003375 PMID:40956809	研究论文	研究揭示了小鼠嗅球中多巴胺能短轴突细胞通过整合感觉和自上而下输入来增强嗅觉辨别学习的神经环路机制	首次发现多巴胺能短轴突细胞作为中枢枢纽整合感觉输入和自上而下信号，通过基于奖励价态的突触可塑性增强感觉辨别能力	研究局限于小鼠模型，尚未在其它物种或更复杂行为情境中验证	探索嗅觉辨别学习中神经机制，特别是感觉输入选择性增强的细胞基础	小鼠嗅球多巴胺能短轴突细胞及其神经环路	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学、电子显微镜	NA	神经成像数据、基因表达数据、超微结构数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
111	2025-09-21	Single-cell sequencing analysis reveals the promotion of ELR CXCL genes on angiogenesis and the influence on malignant progression in glioblastoma 2025-Sep-01, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.25-26 PMID:40963732	研究论文	通过单细胞测序分析揭示ELR CXCL基因在胶质母细胞瘤中促进血管生成并影响恶性进展的作用	首次在胶质母细胞瘤的骨髓来源巨噬细胞亚群中发现ELR CXCL基因的特异性过表达，并验证CXCL3通过促进血管生成驱动肿瘤恶性进展	研究主要基于公共数据库数据和体外实验，缺乏体内模型验证和临床样本的直接证据	探究胶质母细胞瘤微环境中髓系细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	胶质母细胞瘤细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)和内皮细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、qRT-PCR、血管生成实验、CCK-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术	NA	单细胞基因表达数据、实验数据	来自GEO数据库的单细胞测序数据集（具体样本量未明确说明）
112	2025-09-21	scPOEM: robust co-embedding of peaks and genes revealing peak-gene regulation 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf483 PMID:40889281	研究论文	提出一种名为scPOEM的新型嵌入方法，用于在单细胞分辨率下共同嵌入染色质可及性峰和表达基因，以揭示峰-基因调控关系	通过整合峰-峰、峰-基因和基因-基因相互作用关系，在共享低维空间中为相关峰-基因对分配更接近的表示，优于现有方法	数据高度稀疏和噪声性导致信号较弱	识别染色质区域中影响基因表达的调控元件，理解基因调控和疾病机制	染色质可及性峰和表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq)	嵌入模型	基因组学数据	来自10× Genomics和GEO数据库的多个数据集（包括GSE194122和GSE239916）
113	2025-09-21	scafari: exploring scDNA-seq data 2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf477 PMID:40891892	研究论文	介绍了一个名为scafari的R Bioconductor包，用于单细胞DNA测序数据的质量控制和探索性分析	提供了针对Mission Bio Tapestri平台单细胞DNA测序数据的用户友好型开源分析工具	NA	开发单细胞DNA测序数据处理和质量分析软件	单细胞DNA测序数据	生物信息学	NA	scDNA-seq	NA	基因组测序数据	NA
114	2025-09-21	Partial Compensation of IL-17 Production by Vγ1 T Cells in the Absence of Vγ4 and Vγ6 T Cells 2025-Sep, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.70061 PMID:40974348	研究论文	本研究探讨了在缺乏Vγ4和Vγ6 γδ T细胞的小鼠中，Vγ1 T细胞对IL-17产生的部分补偿作用	揭示了Vγ1 T细胞在Vγ4和Vγ6缺失情况下对IL-17产生的非完全补偿机制，并明确了这些细胞在发育时间和组织分布上的特性	研究局限于小鼠模型，人类中的类似机制尚不清楚；未深入探讨补偿不足的具体分子机制	探究IL-17产生γδ T细胞中γδ TCR的生物学功能和重要性	缺乏Vγ4和Vγ6 γδ TCR的小鼠模型中的γδ T细胞	免疫学	NA	流式细胞术, TCR测序, 单细胞转录组学	NA	细胞表型数据, 基因表达数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
115	2025-09-21	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现肺细胞通过外泌体通讯显著增强造血干细胞自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境独占调控的认知	研究主要基于实验模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肺细胞外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液系统疾病（镰状细胞病和骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞和移植实验）
116	2025-09-21	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	本研究探讨了子宫肌瘤中高亲和力A1型腺苷受体（ADORA1）的过表达及其通过调控AKT1信号通路促进肿瘤生长的机制	首次在组织标本和单细胞转录组数据中系统证实ADORA1在子宫肌瘤中的过表达，并揭示其通过cAMP和AKT1信号通路影响细胞增殖的新机制	NA	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR, western blot, 免疫组化, 单细胞转录组学, siRNA干扰	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞转录组数据	来自匹配子宫肌层和肌瘤组织的系列标本及原代培养细胞
117	2025-09-21	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究揭示糖酵解反应PGAM抑制Th17细胞的致病性及其相关自身免疫反应	发现PGAM酶（与其他糖酵解酶相反）作为Th17细胞致病性分化的负调控因子	NA	探究糖酵解反应如何决定Th17细胞的致病性	T辅助17细胞（Th17细胞）	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	NA	基因表达数据	NA
118	2025-09-21	Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders 2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2025.2485379 PMID:40964623	研究论文	提出一种针对存在未测量混杂因子的广义线性模型的大规模假设检验统一框架	利用正交结构和线性投影，通过三阶段方法在任意混杂机制下分离边际效应与混杂效应，并进行偏差校正	理论结果依赖于样本量和响应维度趋近于无穷的渐近条件	解决基因组学中大规模假设检验因未测量混杂因子导致的偏差问题	广义线性模型中的系数估计与假设检验	统计学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义线性模型，Lasso型优化	基因表达数据	两组样本的单细胞RNA测序计数数据
119	2025-09-21	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	介绍HemaScope，一个专为造血细胞单细胞和空间转录组数据设计的生物信息学分析工具包	首个针对造血细胞特性（如谱系归属评估、细胞周期预测）设计的集成化分析工具，提供多平台部署方式	NA	开发能够整合分析单细胞RNA测序和空间转录组数据的专用工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病（如急性髓系白血病、淋巴瘤）	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	人类骨髓和小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
120	2025-09-21	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层级，并开发了HematoMap工具用于解析白血病异质性和谱系异常	开发了基于余弦距离算法的似然评分系统，能够将白血病细胞映射到正常造血层级，并创建了用户友好的R包工具	NA	精确绘制白血病细胞到已知造血层级的映射，以理解疾病起源和发展机制	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞