单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-18	Role of endothelial cell markers in prognosis of hepatocellular carcinoma: Integrating bioinformatics analysis and experimental validation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331580 PMID:40956822	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，识别了肝细胞癌中内皮细胞特异性标志物并构建了预后多基因特征	在单细胞水平探索内皮细胞在肝细胞癌中的作用，并开发了新的多基因预后特征	样本量相对较小（12个HCC样本），需要更大规模的研究验证	识别内皮细胞特异性标志物并开发肝细胞癌的预后预测模型	肝细胞癌患者组织样本和公开数据库中的转录组数据	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, Lasso-Cox回归分析, IHC, Western blotting	多基因特征模型	单细胞转录组数据, 组织蛋白表达数据	12个HCC样本（scRNA-seq），TCGA和ICGC队列验证
102	2025-09-18	Molecular mechanism of LncRNA MALAT1 in regulating hepatocellular carcinoma progression via the miR-383-5p/PRKAG1 axis and its role in the tumor immune microenvironment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1613596 PMID:40958861	研究论文	本研究揭示了LncRNA MALAT1通过miR-383-5p/PRKAG1轴调控肝细胞癌进展的分子机制及其在肿瘤免疫微环境中的作用	首次系统阐明MALAT1通过竞争性结合miR-383-5p上调PRKAG1表达的新机制，并发现PRKAG1通过调控免疫细胞浸润和细胞间通讯重塑肿瘤免疫微环境	NA	探究MALAT1-PRKAG1轴在肝细胞癌发病机制中的作用及临床意义	肝细胞癌组织和细胞系	肿瘤分子生物学	肝细胞癌	多组学分析、生物信息学分析（GEPIA2、TCGA）、细胞实验、单细胞RNA测序、CIBERSORT分析、GO/KEGG富集分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	基于TCGA等公共数据库的肝细胞癌样本及实验验证的细胞系
103	2025-09-18	Personalised immunotherapy strategies informed by single cell profiling in thyroid cancer: a mini review 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651088 PMID:40959084	综述	本文探讨了单细胞分析如何指导甲状腺癌个性化免疫治疗策略的发展	通过单细胞分析揭示甲状腺癌中不同细胞状态与免疫微环境的关联，并指导新型组合疗法开发	NA	总结单细胞分析在甲状腺癌免疫治疗中的应用与前景	甲状腺癌肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理	甲状腺癌	单细胞转录组测序，空间转录组，CITE-seq	NA	转录组数据，空间转录组数据，蛋白质表达数据	超过150,000个肿瘤和免疫细胞转录组
104	2025-09-18	A multi-omic analysis reveals a predictive value of tertiary lymphoid structures in improving the prognosis of colorectal cancer patients with BRAF mutation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1662573 PMID:40959083	研究论文	本研究通过多组学分析探讨三级淋巴结构（TLS）对改善BRAF突变结直肠癌患者预后的预测价值	首次系统评估TLS特征（位置、数量、成熟度）与BRAF突变状态的关联，并揭示TLS可能抵消BRAF突变不良预后的作用	样本量有限（200例组织病理学评估），且为回顾性分析，需进一步前瞻性验证	探究TLS是否能够改善BRAF突变结直肠癌患者的预后	结直肠癌患者（含BRAF野生型和突变型）	肿瘤免疫微环境	结直肠癌	单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归、ESTIMATE/CIBERSORT免疫浸润分析	10基因预后模型（基于LASSO回归构建）	基因组数据、转录组数据、组织病理学图像	TCGA队列+5个GEO数据集（GSE146771等）的RNA-seq数据，以及200例CRC患者的组织切片
105	2025-09-18	Single-cell RNA-seq reveals a repair pattern in cystic lesions in steroid induced osteonecrosis of the femoral head 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626337 PMID:40959091	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示类固醇诱导股骨头坏死中囊性病变的修复机制和细胞异质性	首次在SIONFH囊性病变中鉴定出8种细胞类型，并将软骨细胞细分为5个功能亚群，发现CLIC3+表达的肥大软骨细胞群可能驱动骨矿化和成骨分化	仅基于3例患者样本，样本量较小，需进一步验证	探究类固醇诱导股骨头坏死（SIONFH）中囊性病变的转录组特征和修复机制	SIONFH患者的囊性病变组织	单细胞组学	骨坏死疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），组织学检测	NA	单细胞转录组数据，组织病理学数据	3例SIONFH患者的囊性病变样本
106	2025-09-18	Single-cell RNA sequencing and proteomics uncover SIRPα-CD47 immune checkpoint and glycolysis-driven immune evasion in cardiac myxoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1652645 PMID:40959090	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示了心脏黏液瘤中SIRPα-CD47免疫检查点和糖酵解驱动的免疫逃逸机制	首次在心脏黏液瘤中发现ap-CAF细胞通过趋化因子招募免疫细胞、证实肿瘤细胞来源于间充质干细胞、揭示糖酵解通路激活和SIRPα-CD47免疫检查点的作用机制	NA	深入解析心脏黏液瘤的微环境组成、细胞生长机制和免疫逃逸策略	心脏黏液瘤组织样本	数字病理学	心脏肿瘤	单细胞RNA测序, 蛋白质组学, western blot, 类器官模型	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	NA
107	2025-09-18	Spermidine potentiates anti-tumor immune responses and immunotherapy sensitivity in breast cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.113235 PMID:40959110	研究论文	本文探讨了亚精胺在乳腺癌中增强抗肿瘤免疫反应和免疫治疗敏感性的作用	发现亚精胺丰度与CD8⁺ T细胞浸润和激活显著正相关，并证实外源性补充亚精胺可直接促进CD8⁺ T细胞活化	NA	阐明亚精胺在乳腺癌免疫调节中的具体角色和治疗潜力	乳腺癌标本和CD8⁺ T细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	多组学分析（bulk和单细胞RNA测序）、免疫组化/多重免疫组化（IHC/mIHC）	NA	测序数据、图像数据	NA
108	2025-09-18	Comprehensive analytical approach identifies a subtype of CTCF+ tumor-associated neutrophils associated with CRC development and as a biomarker for immunotherapy 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.111529 PMID:40959269	研究论文	本研究通过整合多组学技术鉴定了一种新型CTCF+肿瘤相关中性粒细胞亚型，并揭示其通过CTCF-MIEN1-IL-1β轴促进结直肠癌进展和免疫抑制的机制	首次发现CTCF+ TANs亚型，阐明其通过调控MIEN1增强迁移能力并抑制T细胞免疫的新机制，并证明靶向该轴可逆转免疫治疗耐药	NA	探究结直肠癌中肿瘤相关中性粒细胞的异质性及其促肿瘤机制	结直肠癌患者样本及肿瘤相关中性粒细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk RNA测序、体内外实验	NA	基因组测序数据、空间转录组数据、实验数据	NA（未明确说明样本数量）
109	2025-09-18	Senescent Tumoral HLA-E Reshapes Microenvironment through Impairing NK Cell-Dendritic Cell-T Cell Network in Malignant Pleural Effusion from Lung Cancer 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.116499 PMID:40959273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肺癌恶性胸腔积液中衰老肿瘤细胞通过HLA-E介导免疫逃逸的机制	首次在恶性胸腔积液中发现衰老肿瘤细胞通过HLA-E-NK细胞抑制受体轴破坏天然免疫和适应性免疫网络	样本来源仅限于恶性胸腔积液患者，缺乏其他类型肺癌微环境的对比分析	探究肺癌恶性胸腔积液中肿瘤微环境的免疫调控机制	肺癌患者的恶性胸腔积液样本	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序, Luminex, ELISA, 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质定量数据, 组织切片图像	来自心力衰竭和肺癌-MPE患者的样本集合
110	2025-09-18	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617088 PMID:39416029	研究论文	开发了Vispro工具，用于提升Visium空间转录组学图像分析质量	首个端到端全自动图像处理工具，集成四个关键模块处理基准标记和组织区域	NA	解决空间转录组学图像中基准标记和背景区域干扰的问题	10x Visium空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
111	2025-09-18	Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463 PMID:38846809	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡	scRNA-seq技术为识别罕见细胞亚型及毒物暴露影响提供了新颖的细胞水平视角	scRNA-seq在生殖毒理学领域仍属未充分开发利用的技术，且需权衡与传统方法的利弊	探索scRNA-seq在生殖毒理学，特别是斑马鱼模型中的应用潜力与挑战	斑马鱼性腺组织及毒物暴露下的细胞表达谱	生殖毒理学	NA	scRNA-seq, NGS	NA	转录组数据	NA
112	2025-09-18	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	研究论文	研究人类特异性增强子HAR.324对WNT信号受体FZD8的调控作用及其在皮质发育中的功能	首次通过基因编辑小鼠和灵长类模型证明人类特异性HAR增强子通过调控神经祖细胞增殖能力精细调节皮质发育和连接性	NA	探索人类加速区域(HARs)在人类特异性皮质发育中的功能贡献	基因编辑小鼠、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官	发育生物学	NA	基因编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、成像数据	多种基因编辑动物模型和细胞模型（具体数量未明确说明）
113	2025-09-18	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了垂直袖状胃切除术（VSG）对小鼠小肠上皮细胞类型特异性基因表达和代谢通路的调控作用	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的影响，并发现VSG特异性恢复线粒体呼吸和细胞代谢通路	研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性仍需验证	探究垂直袖状胃切除术（VSG）对肠道上皮细胞的分子水平适应机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖与糖尿病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	验证性小鼠模型（具体数量未明确说明）
114	2025-09-18	Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth 2023-11-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2023114032 PMID:37781951	研究论文	本研究揭示了缺氧通过诱导高尔基体解体和内质网融合，以SCAP非依赖方式激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的胆固醇生物合成和肿瘤生长	发现了缺氧通过高尔基体-内质网融合激活SREBP2的新机制，且该过程具有谱系特异性	NA	探究缺氧条件下骨髓来源细胞中SREBP2激活的细胞机制及其在肿瘤进展中的作用	骨髓来源单核细胞、造血干细胞和单核细胞	细胞生物学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
115	2025-09-18	Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2023-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01455-9 PMID:37845544	研究论文	通过空间转录组学揭示小鼠前额叶皮层在慢性疼痛调控中的独特细胞与环路组织	首次利用空间分辨单细胞转录组分析揭示PFC细胞类型组成、基因表达模式及亚区特异性，并鉴定出调控慢性疼痛的特定细胞类型与神经环路	研究局限于小鼠模型，尚未在人类或临床样本中验证	解析前额叶皮层（PFC）在多种功能（包括慢性疼痛）中的细胞与环路分子机制	成年小鼠前额叶皮层及其神经元亚型	空间转录组学	慢性疼痛	空间分辨单细胞转录组测序	NA	空间转录组数据	成年小鼠前额叶皮层样本（具体数量未明确说明）
116	2025-09-18	Revealing the Heterogeneity of the Tumor Ecosystem of Cholangiocarcinoma through Single-Cell Transcriptomics 2023-03-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12060862 PMID:36980203	综述	本文通过单细胞转录组学探讨胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其临床意义	利用scRNA-seq技术前所未有地揭示胆管癌肿瘤和基质细胞（包括浸润免疫细胞）的表型和功能多样性	讨论了当前研究的局限性	研究胆管癌肿瘤生态系统的异质性及其在肿瘤发生和治疗抵抗中的作用	胆管癌肿瘤生态系统中的各种细胞成分	数字病理	胆管癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	NA
117	2025-09-17	Endocrine disruptors and male infertility: multi-omics identification of key genes in non-obstructive azoospermia 2025-Sep-16, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03664-6 PMID:40956397	研究论文	通过多组学方法识别环境内分泌干扰物相关基因与非梗阻性无精子症的因果关系	整合转录组、毒理基因组和孟德尔随机化分析，首次发现PPP6R1和AP1M2基因与环境内分泌干扰物及男性不育的因果关联	机制研究仍需实验验证，样本来源限于公共数据库	揭示环境内分泌干扰物导致非梗阻性无精子症的基因机制	男性不育患者（非梗阻性无精子症）及相关基因	生物信息学	男性不育症	转录组分析、孟德尔随机化(MR)、表型全关联研究(PheWAS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	GEO数据集和CTD数据库的136个交集基因
118	2025-09-17	ESR1 Expression Negatively Correlates with Immune Cell Infiltration and Response to Immune Checkpoint Inhibitors in Estrogen Receptor-Positive/HER2-Negative Breast Cancer 2025-Sep-16, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-18260-2 PMID:40956534	研究论文	本研究探讨ESR1表达作为免疫检查点抑制剂（ICI）反应预测生物标志物在ER+/HER2-乳腺癌中的作用	发现ESR1高表达与免疫抑制性肿瘤微环境相关，且其预测性能优于PDL1	研究基于回顾性队列分析，需要前瞻性验证	评估ESR1表达作为ER+/HER2-乳腺癌ICI反应预测标志物的价值	ER+/HER2-乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	RNA测序（bulk和single-cell RNAseq），免疫组化	NA	基因表达数据	多个乳腺癌队列（具体数量未在摘要中说明）
119	2025-09-16	Acetylcholine From Solitary Chemosensory Cell, Not Neuron, Regulates Basal Cell Fate Driving Eosinophilic Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps 2025-Sep-15, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.70048 PMID:40951952	研究论文	本研究揭示孤独化学感应细胞（SCC）来源的乙酰胆碱（Ach）通过调节基底细胞命运驱动嗜酸性慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eCRSwNP）的发病机制	首次发现SCC（非神经元）来源的Ach通过mAChRs-YAP通路调控基底细胞异常增殖分化，为eCRSwNP提供了新的病理机制解释	研究样本来源未明确说明具体数量，且动物模型与人类疾病存在潜在差异	探究SCC来源的Ach在eCRSwNP中调控基底细胞命运的分子机制	健康个体、eCRSwNP患者和非eCRSwNP患者的鼻组织样本，以及体外细胞培养和小鼠模型	病理机制研究	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞测序、浸没式细胞培养、气液界面培养、体内外模型	NA	组织样本、细胞实验数据、动物实验数据	健康个体、eCRSwNP和neCRSwNP患者的鼻组织样本（具体数量未说明）
120	2025-09-16	Altered Inflammatory Signature in a C9ORF72-ALS iPSC-Derived Motor Neuron and Microglia Coculture Model 2025-Sep-15, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70084 PMID:40952044	研究论文	本研究利用C9ORF72基因突变的iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞共培养模型，揭示了ALS中神经炎症的异常特征	首次建立C9ORF72-ALS iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞共培养模型，并发现LPS应答性小胶质细胞亚群的消失与炎症反应减弱相关	研究主要基于体外细胞模型，可能无法完全模拟体内复杂的神经炎症环境	探究小胶质细胞在ALS神经炎症中的具体作用机制	C9ORF72基因HRE突变和敲除的iPSC衍生运动神经元与小胶质细胞	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	iPSC技术、单细胞RNA测序、细胞共培养	细胞共培养模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	多个C9ORF72 HRE和C9ORF72 KO iPSC细胞系