单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-14	Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303 PMID:40510352	综述	本文全面回顾了单细胞转录组学在脑脊液(CSF)中用于理解神经系统疾病的研究	整合了scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq技术来研究神经系统疾病中的免疫细胞作用和相互作用	当前单细胞转录组学在CSF和神经系统疾病研究中的局限性	理解神经系统疾病的免疫学特征	脑脊液(CSF)中的免疫细胞	单细胞转录组学	神经系统疾病	scRNA-seq, scTCR-seq, scBCR-seq	NA	转录组数据	NA
102	2025-06-14	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型反卷积的准确性	利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	未提及具体局限性	提高空间转录组细胞类型反卷积的准确性	空间转录组数据和参考数据	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	小鼠乳腺癌模型
103	2025-06-14	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	该文章是对先前发表的一篇关于Inonotus obliquus（桦褐孔菌）改善叶酸诱导的小鼠肾纤维化研究的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
104	2025-06-14	Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/2582989 PMID:40510586	研究论文	本研究通过整合加德纳菌（GV）感染实验和HPV16持续感染的转录组数据，揭示了共享的致病机制和潜在生物标志物	首次鉴定出RSAD2和IFIT1作为HPV相关宫颈病变的潜在生物标志物和治疗靶点，并通过单细胞转录组学揭示了它们在免疫和上皮细胞中的表达模式	研究主要基于体外实验和公共数据集，需要进一步的体内实验验证	阐明加德纳菌和HPV16持续感染的共享致病机制	加德纳菌（GV）和HPV16持续感染	生物信息学	宫颈癌	转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络、随机森林特征选择、孟德尔随机化分析	Random Forest (RF)	转录组数据	GEO数据集GSE75132和体外GV感染实验数据
105	2025-06-14	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	研究论文	本文描述了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学（ST）数据	提出了一种新的网络模型，用于量化ST数据中的配体-受体相互作用信号活动，并验证了其在真实ST数据集上的有效性	仅验证了三种相互作用，可能无法涵盖所有可能的细胞通讯情况	开发一种能够捕捉ST数据中配体和受体表达异质性的细胞通讯分析方法	空间转录组学（ST）数据中的配体-受体相互作用	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	网络模型	基因表达数据	NA
106	2025-06-14	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的方法来处理高分辨率空间转录组数据，以揭示组织结构和生物过程机制	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium）
107	2025-06-14	A sexually dimorphic hepatic cycle of periportal VLDL generation and subsequent pericentral VLDLR-mediated re-uptake 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52751-2 PMID:39341814	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠肝脏中性别、空间和时间对异源物质解毒和脂蛋白代谢的显著影响，并发现了一种性别二态性的肝循环机制	首次揭示了性别二态性如何影响肝脏的时空功能逻辑，特别是在VLDL生成和再摄取方面的性别差异	研究主要基于小鼠模型，人类数据相对有限	探究性别二态性对肝脏功能时空逻辑的影响	小鼠和人类肝脏	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠和人类肝脏样本
108	2025-06-14	Hypoxia induces ROS-resistant memory upon reoxygenation in vivo promoting metastasis in part via MUC1-C 2024-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51995-2 PMID:39341835	research paper	该研究探讨了缺氧条件下乳腺癌细胞如何通过MUC1-C促进转移的机制	揭示了缺氧诱导的ROS抵抗记忆在再氧合过程中促进转移的新机制，特别是通过MUC1-C的作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床应用的直接证据仍需进一步验证	研究缺氧如何通过MUC1-C促进乳腺癌转移	乳腺癌细胞和循环肿瘤细胞(CTCs)	癌症生物学	乳腺癌	空间转录组学	动物模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据和细胞表型数据	未明确说明具体样本数量，但涉及动物模型和患者来源的异种移植模型
109	2025-06-14	Introducing synthetic thermostable RNase inhibitors to single-cell RNA-seq 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52717-4 PMID:39333520	研究论文	本文介绍了一种合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）在单细胞RNA测序中的应用，证明其性能优于常用的蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	提出了一种新型合成热稳定RNase抑制剂，相比传统RRIs在重现性、通量和实验流程上具有独特优势，并能减少干冰运输需求	未提及具体样本量或实验规模限制	改进单细胞转录组学中的RNase抑制技术	合成热稳定RNase抑制剂（SEQURNA）与蛋白质重组RNase抑制剂（RRIs）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
110	2025-06-14	The chemokine receptor CXCR3 promotes CD8+ T cell-dependent lung pathology during influenza pathogenesis 2024-01-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1120 PMID:38170765	research paper	研究探讨了CXCR3趋化因子受体在流感发病过程中对CD8+ T细胞依赖性肺病理的促进作用	通过单细胞RNA测序分析揭示了CD8+ T细胞亚群在流感感染期间的多样性，并发现CXCR3阻断可以减轻肺损伤而不影响病毒清除	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索CD8+ T细胞在流感控制与肺病理中的双重作用及CXCR3的潜在治疗价值	流感感染的小鼠肺组织中的CD8+ T细胞	免疫学	流感	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	流感感染的小鼠模型
111	2025-06-14	Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma 2023-12-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh9069 PMID:38091397	研究论文	通过综合空间和单细胞分析，研究了放疗后食管鳞状细胞癌中免疫细胞的浸润及其基因表达变化	揭示了放疗后肿瘤中表达免疫抑制基因的巨噬细胞的浸润动态，并识别了潜在的免疫治疗靶点	研究样本可能有限，且未涉及放疗与免疫治疗联合应用的具体临床效果	探索放疗后食管鳞状细胞癌中的免疫反应特征，以指导个性化免疫治疗	食管鳞状细胞癌患者放疗后的肿瘤组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	CODEX, VISIUM, 单细胞RNA测序	NA	图像, 转录组数据	未明确说明样本数量
112	2025-06-14	Opsonization-independent antigen-specific recognition by myeloid phagocytes expressing monoclonal antibodies 2023-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adg1812 PMID:37656789	研究论文	本文介绍了一种新型的先天免疫细胞，称为“可变免疫受体表达髓系细胞”（VIREMs），并展示了它们在抗原特异性识别中的独特功能	发现了VIREMs这一新型先天免疫细胞，它们能够重组并表达抗体基因，这是B淋巴细胞的独有特征	研究尚未深入探讨VIREMs在其他疾病模型中的功能及其潜在的治疗应用	探索先天免疫细胞在抗原特异性识别和组织维护中的新功能	可变免疫受体表达髓系细胞（VIREMs）	免疫学	NA	单细胞转录组学、全基因组表观遗传分析、活细胞成像	NA	单细胞数据、活细胞成像数据	健康个体的血液样本
113	2025-06-14	Reprogramming Müller glia to regenerate ganglion-like cells in adult mouse retina with developmental transcription factors 2022-11-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7219 PMID:36417510	研究论文	研究通过转录因子重编程Müller胶质细胞，在成年小鼠视网膜中再生类似神经节细胞的神经元	首次在成年哺乳动物视网膜中通过特定转录因子组合重编程Müller胶质细胞，再生出功能性的神经节样细胞	研究仅在成年小鼠模型中进行，尚未验证在人类或其他哺乳动物中的效果	探索通过转录因子重编程实现成年哺乳动物中枢神经系统神经元再生的可能性	成年小鼠视网膜中的Müller胶质细胞和再生的神经节样细胞	神经再生	青光眼	免疫组织化学、单细胞RNA测序、单细胞转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和电生理学	NA	基因表达数据、电生理数据	转基因小鼠模型
114	2025-06-13	Loss of Plxdc2 exacerbates microglia-mediated neuroinflammation and ischemic brain injury 2025-Sep, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2025.115302 PMID:40345569	研究论文	本研究探讨了Plxdc2在调节小胶质细胞活化和缺血性脑损伤中的作用	首次揭示了Plxdc2在小胶质细胞稳态维持和缺血性脑损伤中的保护作用，并发现其通过调节NF-κB p65信号和脂质代谢发挥作用	研究主要基于动物模型，尚未在人类患者中进行验证	探究Plxdc2在小胶质细胞功能和缺血性脑损伤中的作用	小胶质细胞和缺血性脑损伤	神经科学	缺血性脑卒中	scRNA-seq, 转录组分析, AAV和慢病毒载体技术	动物模型	基因表达数据	NA
115	2025-06-13	Microglial colonization routes and their impacts on cellular diversity 2025-Jul, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.04.004 PMID:40288616	review	本文探讨小胶质细胞在脑发育过程中的多样性形成机制，重点关注其不同的定植路线	综述了小胶质细胞多样性的两种可能形成机制，特别强调了不同定植路线的影响	主要关注理论假设，缺乏实验验证数据	探索小胶质细胞多样性形成的机制	小胶质细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
116	2025-06-13	Insights into Keratinocyte and Immunologic Landscape in Cutaneous Graft-Versus-Host Disease through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jul, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2025.100373 PMID:40492027	研究论文	通过单细胞转录组学揭示皮肤移植物抗宿主病（GVHD）中角质形成细胞和免疫细胞的复杂反应	首次使用单细胞RNA测序技术比较慢性GVHD与健康对照样本的转录组，揭示了角质形成细胞和免疫细胞的非免疫和免疫学变化	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探讨皮肤GVHD的发病机制，特别是角质形成细胞和其他皮肤结构细胞的作用	慢性GVHD患者的表皮和真皮样本与健康对照样本	单细胞转录组学	皮肤移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
117	2025-06-13	Spatial transcriptomics of progression gene signature and tumor microenvironment leading to progression in mycosis fungoides 2025-Jun-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014495 PMID:40163757	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了蕈样肉芽肿（MF）进展过程中的基因特征和肿瘤微环境变化	首次利用CD3、CD4和CD30形态标记进行空间分辨转录组分析，揭示了MF从斑片期到斑块期再到肿瘤期进展过程中的关键基因表达变化和肿瘤微环境特征	样本量相对有限，且仅针对MF这一特定类型的皮肤T细胞淋巴瘤进行研究	探索MF进展过程中的转录组表达变化和肿瘤微环境特征，以识别早期MF患者进展的风险因素	蕈样肉芽肿（MF）患者	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学分析，免疫组织化学染色	NA	转录组数据，免疫组织化学数据	未明确说明具体样本数量，但包括不同阶段的MF患者样本
118	2025-06-13	SOAR elucidates biological insights and empowers drug discovery through spatial transcriptomics 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7450 PMID:40498826	研究论文	介绍了一个名为SOAR的空间转录组学平台，该平台整合了3461个样本的数据，用于生物发现和药物研发	SOAR平台首次系统地整合了多种空间转录组学技术的数据，揭示了巨噬细胞极性在肿瘤微环境中的作用，并发现了潜在的抗癌药物	未明确提及样本的多样性是否足够覆盖所有相关疾病类型或技术平台	通过空间转录组学数据促进生物发现和药物研发	3461个样本，涵盖13个物种、42种组织类型和19种空间转录组学技术	空间转录组学	肿瘤和溃疡性结肠炎	空间转录组学技术	NA	基因表达和位置数据	3461个样本
119	2025-06-13	Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis 2025-Jun-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt7589 PMID:40498836	研究论文	本文研究了内皮细胞中的CLEC5A在细菌性肺炎和败血症中驱动屏障功能障碍和血管渗漏导致肺损伤的作用	揭示了CLEC5A在调节内皮屏障功能中的重要性，并提出了内皮CLEC5A作为肺炎或败血症细菌感染的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨内皮CLEC5A在细菌性肺炎和败血症中的作用机制	小鼠模型和体外培养的内皮细胞	生物医学	肺炎, 败血症	单细胞RNA测序, cecal ligation and puncture (CLP)模型, LPS诱导的内毒素血症模型	小鼠基因敲除模型	基因表达数据, 生存率数据, 炎症反应数据	未明确提及具体样本数量，但涉及基因敲除小鼠和体外细胞实验
120	2025-06-13	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Jun-13, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	review	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括病理机制的理解、新型治疗方法以及未来诊断和治疗方向	探讨了激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境在联合治疗中的作用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术在LAM研究中的应用	NA	总结LAM研究的最新进展，推动从基础研究到靶向治疗的转化	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）及其相关病理机制和治疗方法	NA	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	NA	NA