单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-15	Diversity and heterogeneity in human pancreaticobiliary maljunction revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-21, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-025-05997-w PMID:40116982	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胰胆管连接异常（PBM）的细胞多样性和微环境差异	首次在单细胞水平上揭示了PBM的细胞组成和信号通路差异，特别是成纤维细胞在PBM中的核心作用	样本量较小（仅6例患者），可能影响结果的普适性	阐明胰胆管连接异常（PBM）的发病机制	胰胆管连接异常患者和非患者的胆管组织	单细胞测序	胰胆管连接异常	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	6例患者（3例PBM患者和3例非PBM患者）的胆管组织
102	2025-05-15	AMPK-dependent Parkin activation suppresses macrophage antigen presentation to promote tumor progression 2025-Mar-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8402 PMID:40117357	research paper	该研究揭示了Parkin通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，从而促进肿瘤进展的机制	发现了Parkin在调控肿瘤免疫微环境中的新功能，即通过AMPK依赖性激活抑制巨噬细胞抗原呈递，协调巨噬细胞与T细胞的相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床样本验证有限	探究Parkin在肿瘤免疫微环境中的作用机制	小鼠模型和巨噬细胞	肿瘤免疫学	实体瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	NA
103	2025-05-15	Influence of experimental variables on spheroid attributes 2025-Mar-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92037-1 PMID:40118968	研究论文	本文通过系统分析32,000个球体图像，识别影响3D模型可靠性的关键参数	大规模分析揭示了氧气水平、培养基成分和血清水平对球体大小、坏死、细胞活力和结构完整性的显著影响，并整合单细胞RNA测序和自动图像分析揭示了与球体成熟和缺氧相关的动态基因表达模式	研究结果可能受到实验条件限制，未涵盖所有可能的变量组合	提高3D细胞培养系统的可重复性和临床转化	三维(3D)细胞培养系统中的球体	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序、自动图像分析	NA	图像、基因表达数据	32,000个球体图像
104	2025-05-15	Roles of TLR4 in macrophage immunity and macrophage-pulmonary vascular/lymphatic endothelial cell interactions in sepsis 2025-Mar-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07921-3 PMID:40119011	research paper	本研究探讨了TLR4在脓毒症中调控巨噬细胞免疫和代谢的作用，以及这些变化如何影响巨噬细胞与肺血管/淋巴管内皮细胞的相互作用	揭示了TLR4通过多种途径在内皮功能障碍中的作用，包括巨噬细胞TLR4介导的炎症损伤和内皮TLR4对脂多糖诱导损伤的直接敏感化	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	深入探索TLR4在脓毒症中调控巨噬细胞免疫和代谢的作用，及其对巨噬细胞与内皮细胞相互作用的影响	TLR4敲除小鼠的巨噬细胞、肺血管内皮细胞(ECs)和淋巴管内皮细胞(LECs)	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序和实验验证	TLR4敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
105	2025-05-15	Runx2 drives Schwann cells repair phenotype switch through chromatin remodeling and Sox2 activation after nerve injury 2025-Mar-21, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01142-4 PMID:40119274	research paper	本研究探讨了Runx2通过染色质重塑和Sox2激活调控雪旺细胞修复表型转换的机制	揭示了Runx2通过染色质重塑和转录因子激活调控雪旺细胞表型转换的新机制	研究主要基于大鼠模型，人类细胞中的机制仍需进一步验证	探究Runx2在神经损伤后调控雪旺细胞表型转换的表观遗传机制	雪旺细胞	神经生物学	神经损伤	qPCR, ATAC测序, CUT&Tag测序, 单细胞RNA测序, 双荧光素酶报告实验	大鼠坐骨神经挤压损伤模型	转录组数据, 表观遗传数据, 单细胞RNA测序数据	健康成年SD大鼠(100-150g)
106	2025-05-15	B cells and energy metabolism in HER2-positive DCIS: insights into breast cancer progression from spatial-omics analyses 2025-Mar-21, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-025-01990-2 PMID:40119362	研究论文	本研究通过空间转录组学分析，探讨了HER2阳性DCIS与浸润性乳腺癌中癌细胞基因表达与免疫微环境的关联	发现B细胞在DCIS导管附近比浸润性肿瘤区域更多，揭示了B细胞可能在HER2阳性DCIS向浸润性乳腺癌进展中起保护作用	研究仅针对HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌，可能不适用于其他类型的乳腺癌	探讨HER2阳性DCIS向浸润性乳腺癌进展的机制	HER2阳性DCIS和浸润性乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
107	2025-05-15	scVAEDer: integrating deep diffusion models and variational autoencoders for single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03519-4 PMID:40119479	研究论文	本文介绍了一种名为scVAEDer的深度学习模型，该模型结合了变分自编码器和深度扩散模型，用于单细胞转录组学分析	scVAEDer结合了变分自编码器和深度扩散模型，能够学习既保留全局结构又保留局部变化的低维表示	NA	改进单细胞数据的下游分析，通过学习低维嵌入来封装高级特征和低级变异	单细胞转录组数据	机器学习	NA	scRNA-seq	变分自编码器（VAE）和深度扩散模型	单细胞转录组数据	NA
108	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2025-Mar-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100796 PMID:40111904	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道中体腔上皮的多能性	首次通过scRNA-seq和杂交链反应荧光原位杂交技术识别了再生原基中的13个不同细胞群，并发现体腔上皮具有多能性	对再生原基中细胞分子特性的理解仍然有限	研究海参再生过程中肠道再生的分子机制	海参再生原基中的细胞群	单细胞测序	NA	scRNA-seq, 杂交链反应荧光原位杂交	NA	RNA-seq数据	识别了13个不同的细胞群
109	2025-05-15	Exploring cell-to-cell variability and functional insights through differentially variable gene analysis 2025-Mar-20, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00507-z PMID:40113778	研究论文	本文提出了一种名为spline-DV的统计框架，用于通过单细胞RNA测序数据（scRNA-seq）进行差异变异性（DV）分析，以探索细胞间变异性及其功能意义	spline-DV方法专注于分析单细胞基因表达数据的变异性，而不仅仅是平均表达，从而提供了对细胞系统的更深入理解	NA	开发一种新的统计方法来评估单细胞RNA测序数据中的变异性，以更好地理解细胞功能和状态	单细胞RNA测序数据中的基因表达变异性	生物信息学	肥胖、纤维化、癌症	scRNA-seq	spline-DV	基因表达数据	NA
110	2025-05-15	RNA m7G methylation regulators and targets significantly contribute to chronic obstructive pulmonary disease 2025-Mar-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93901-w PMID:40113900	研究论文	本研究首次通过整合生物信息学方法探索了m7G RNA甲基化调节因子在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中的联合作用	首次发现METTL1-CAT轴在COPD中作为m7G甲基化的关键靶点，并鉴定出7个与临床指标相关的疾病特征基因	研究结果需要进一步的实验验证，样本量未明确说明	探究m7G RNA甲基化调节因子在COPD发病机制中的作用	慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞测序、免疫浸润分析、qRT-PCR、GSEA	机器学习算法	基因表达数据	NA
111	2025-05-15	Cancer‑associated fibroblasts: a pivotal regulator of tumor microenvironment in the context of radiotherapy 2025-Mar-20, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02138-7 PMID:40114180	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在放疗背景下对肿瘤微环境的调控作用	详细探讨了CAFs在放疗后的表型和功能变化及其对肿瘤进展和免疫微环境的影响	放疗对CAFs的影响以及受辐射CAFs对肿瘤进展和TME的具体作用尚未明确	探讨CAFs在放疗背景下的作用及其对肿瘤微环境的调控	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其与肿瘤细胞和免疫细胞的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
112	2025-05-15	Intratumoral microbiota-aided fusion radiomics model for predicting tumor response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06369-7 PMID:40114207	research paper	开发一种基于瘤内微生物组和影像组学的融合模型，用于预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗的病理完全缓解	首次结合瘤内微生物组特征和影像组学特征构建预测模型，并验证其在预测治疗效果方面的优越性	样本量相对有限（124例患者），需要更大规模的研究进一步验证	开发预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物	三阴性乳腺癌患者	digital pathology	triple-negative breast cancer	16S rDNA测序、单细胞RNA测序、MRI影像组学分析	fusion radiomics model	微生物组数据、单细胞RNA测序数据、MRI影像数据	124例患者（88例训练集，36例验证集）
113	2025-05-15	Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04014-2 PMID:40105941	研究论文	通过单细胞RNA测序分析新辅助化学免疫治疗对口腔鳞状细胞癌肿瘤微环境的影响，以优化治疗策略	首次通过单细胞测序揭示口腔鳞状细胞癌对新辅助化学免疫治疗反应的肿瘤微环境特征，并识别出与治疗效果相关的特定细胞亚群和信号通路	样本量较小（仅4名患者），需要更大规模研究验证发现	优化口腔鳞状细胞癌的新辅助治疗策略	口腔鳞状细胞癌患者肿瘤组织和转移淋巴结	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	4名患者的活检组织、原发肿瘤、匹配转移淋巴结和正常淋巴结样本
114	2025-05-15	CHI3L1: a key driver in gastritis-to-cancer transformation 2025-Mar-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06352-2 PMID:40108688	research paper	该研究通过机器学习模型识别了胃炎向胃癌转变过程中的关键驱动基因CHI3L1，并验证了其在胃癌发生中的作用机制	首次将CHI3L1确定为胃炎向胃癌转变的核心驱动基因，并阐明其通过激活CD44-β-catenin通路促进恶性转化的新机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要更多临床样本验证CHI3L1的诊断价值	阐明胃癌发生的分子机制并寻找早期诊断生物标志物	胃炎向胃癌转变过程中的关键基因	digital pathology	gastric cancer	machine learning, single-cell RNA sequencing, multiplex immunohistochemistry	machine learning model	genomic data, tissue microarray, cell model data	未明确说明样本数量（包含组织芯片、大鼠模型、细胞和类器官模型）
115	2025-05-15	Screening and analysis of programmed cell death related genes and targeted drugs in sepsis 2025-Mar-19, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00403-w PMID:40108736	研究论文	本研究利用生物信息学技术识别与程序性细胞死亡相关的诊断基因，并探索脓毒症治疗的潜在药物	识别了五个与脓毒症中程序性细胞死亡相关的关键基因（IRAK3、S100A9、TXN、NFATC2和GSTO1），并预测了七种候选药物	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索脓毒症中程序性细胞死亡相关基因及其潜在治疗药物	脓毒症患者的基因表达谱	生物信息学	脓毒症	WGCNA、GO、KEGG、LASSO、RF、单细胞RNA测序、CIBERSORT、DGIdb、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	NA
116	2025-05-15	SPARROW reveals microenvironment-zone-specific cell states in healthy and diseased tissues 2025-Mar-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101235 PMID:40112778	research paper	SPARROW是一种计算框架，用于在健康和患病组织中联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类	SPARROW通过联合学习细胞类型和细胞组织的潜在嵌入和软聚类，解决了当前分析工具将细胞类型推断和细胞邻域识别作为分离和硬聚类过程的限制	NA	提供一个跨尺度、样本和条件的组织特征全面表征的计算框架	人类和小鼠组织中的细胞状态和微环境区域	digital pathology	NA	spatially resolved transcriptomics, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data, scRNA-seq data	human and mouse tissues
117	2025-05-15	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	分子水平定义了人类脂肪组织中的祖细胞群，并测试了人类壁细胞的脂肪生成潜力	NA	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群并测试其脂肪生成潜力	人类脂肪组织中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类脂肪组织（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
118	2025-05-15	Mediation of macrophage M1 polarization dynamics change by ubiquitin-autophagy-pathway regulated NLRP3 inflammasomes in PD-1 inhibitor-related myocardial inflammatory injury 2025-Mar-18, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01979-1 PMID:40097836	研究论文	探讨免疫检查点抑制剂（ICIs）引起的心肌炎症损伤的机制及潜在治疗方法	揭示了PD-1抑制剂通过STAT1/NF-κB/NLRP3信号通路激活M1型巨噬细胞极化，以及泛素-自噬途径调控NLRP3炎症小体的动态变化	研究样本量有限，且机制研究主要依赖动物和细胞模型	阐明ICIs引起心肌炎症损伤的病理机制并探索治疗策略	肺癌患者及动物和细胞模型	医学研究	肺癌与心肌炎	单细胞测序（scRNA-seq）	动物模型和细胞模型	临床数据和实验数据	肺癌患者及实验动物和细胞
119	2025-05-15	Spatial transcriptomics in the adult Drosophila brain and body 2025-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92618 PMID:40100257	研究论文	该研究利用空间转录组学技术在成年果蝇大脑和身体中定位了150种mRNA的位置，并开发了一套计算工具以整合空间转录组学和单细胞数据集	首次在成年果蝇中应用空间转录组学技术定位mRNA空间位置，并开发了相关计算工具	单核测序导致细胞空间位置信息和mRNA亚细胞定位信息丢失	解决Fly Cell Atlas中未完全表征的细胞簇空间定位问题	成年果蝇大脑和身体组织	空间转录组学	NA	空间转录组学、单核测序	NA	mRNA空间定位数据	成年果蝇全头和身体组织
120	2025-05-15	Single-cell transcriptomic analysis reveals CD8 + T cell heterogeneity and identifies a prognostic signature in cervical cancer 2025-Mar-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13901-x PMID:40102789	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了宫颈癌中CD8+T细胞的异质性，并构建了一个预后风险模型	首次在宫颈癌微环境中对CD8+T细胞的异质性、发育轨迹、调控网络及细胞间通讯进行了全面表征，并基于CD8+T细胞相关基因构建了预后风险模型	研究样本量有限，且未在更大规模的独立队列中验证预后模型的普适性	探究宫颈癌微环境中CD8+T细胞的异质性及其功能多样性，并开发预后风险模型	宫颈癌微环境中的CD8+T细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	转录组数据	整合了TCGA和GEO数据库的批量转录组数据及宫颈癌肿瘤样本的单细胞RNA测序数据