单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-16	Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685 PMID:40146803	综述	本文回顾了血流剪切力对内皮细胞的生物物理和生化作用，特别关注其对心血管病理生理学的影响	整合了剪切力的生物物理和生化方面，提供了临床前和临床水平上血流动力学与内皮稳态复杂相互作用的新见解	讨论了研究剪切力的实验模型的潜在局限性	探讨剪切力对内皮细胞的影响及其在心血管病理生理学中的作用	内皮细胞	心血管研究	心血管疾病	单细胞测序、空间组学、代谢组学、多组学技术	NA	NA	NA
102	2025-05-16	Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402 PMID:40146800	综述	本文全面分析了多组学技术如何增进对心脏纤维化的理解，并探讨了这些技术在心衰治疗中的潜在应用	整合基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据，揭示了心脏纤维化的新分子机制和治疗靶点	未提及具体实验样本量或临床转化面临的具体挑战	探讨多组学技术对心脏纤维化机制研究的贡献及其在心衰精准治疗中的应用前景	心脏纤维化的分子机制与治疗靶点	生物医学	心血管疾病	基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
103	2025-05-16	Integrative analysis of bulk and single-cell sequencing reveals TNFSF9 as a potential regulator in microsatellite instability stomach adenocarcinoma 2025-Mar-28, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02471-0 PMID:40148957	研究论文	通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了TNFSF9在微卫星不稳定胃腺癌中的潜在调控作用	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，发现TNFSF9在微卫星不稳定胃腺癌肿瘤微环境中的关键调控作用	样本量相对较小，特别是单细胞RNA测序样本较少(MSI=7, Non-MSI=19)	阐明微卫星不稳定胃腺癌与非微卫星不稳定胃腺癌在肿瘤微环境中的差异及其潜在机制	胃腺癌患者的肿瘤组织和细胞系(SNU-1和AGS)	数字病理学	胃腺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组化(IHC), 定量PCR(qPCR), Western blot(WB)	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像, 蛋白质印迹数据	单细胞RNA测序样本26例(MSI=7, Non-MSI=19), 批量RNA测序样本237例(MSI=39, Non-MSI=198), 免疫组化样本23例(MSI=13, Non-MSI=10)
104	2025-05-16	C-FOS promotes the formation of neutrophil extracellular traps and the recruitment of neutrophils in lung metastasis of triple-negative breast cancer 2025-Mar-28, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03370-2 PMID:40148973	research paper	本研究揭示了c-FOS在促进中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）形成和中性粒细胞招募中的作用，及其在三阴性乳腺癌（TNBC）肺转移中的分子机制	首次发现c-FOS通过结合PAD4启动子区域促进NETs形成，并揭示了ROS-p38-cFOS-PAD4轴在TNBC肺转移中的作用	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证有待进一步开展	探索NETs介导的TNBC肺转移的分子机制，并寻找潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肺转移过程	癌症生物学	三阴性乳腺癌	单细胞测序生物信息学分析、体外和体内实验	NA	基因表达数据、临床样本数据	乳腺癌标本和血清样本（数量未明确说明）
105	2025-05-16	Deciphering the preeclampsia-specific immune microenvironment and the role of pro-inflammatory macrophages at the maternal-fetal interface 2025-Mar-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100002 PMID:40152904	research paper	本研究揭示了先兆子痫（PE）特有的免疫微环境及促炎巨噬细胞在母胎界面的作用	首次全面描述了PE胎盘中的免疫微环境，并发现促炎巨噬细胞通过调节记忆样Th17细胞和CD8 T细胞促进PE的发展	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究PE的免疫微环境及其与GDM的区别	先兆子痫（PE）和妊娠期糖尿病（GDM）患者的胎盘组织	免疫学	先兆子痫	飞行时间细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	PE、GDM和正常妊娠（NP）患者的胎盘组织
106	2025-05-16	Different fibroblast subtypes propel spatially defined ileal inflammation through TNFR1 signalling in murine ileitis 2025-Mar-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57570-7 PMID:40155385	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了小鼠TNF依赖性回肠炎的细胞特征及成纤维细胞亚型在炎症空间调控中的关键作用	首次发现成纤维细胞亚型通过TNFR1信号传导在空间上调控回肠炎症，并明确了不同亚型在炎症起始和进展中的特异性作用	研究基于小鼠模型，人类疾病中的适用性需要进一步验证	探究克罗恩病样回肠炎的发病机制及成纤维细胞亚型的作用	Tnf转基因小鼠模型中的回肠组织	单细胞生物学	克罗恩病	单细胞RNA测序	Tnf转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（使用Tnf转基因小鼠和野生型小鼠进行对比）
107	2025-05-16	Defining gastric cancer ecology: the crucial roles of TREM2+ macrophages and fibroblasts in tumor microenvironments 2025-Mar-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07512-2 PMID:40155473	研究论文	本研究探讨了TREM2脂质相关巨噬细胞(LAM)和癌症相关成纤维细胞(CAFs)在调节胃癌微环境中的作用	揭示了CAFs通过CXCL12-CXCR4信号轴增强TREM2 LAMs的免疫抑制能力的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步体内验证	阐明胃癌微环境中细胞相互作用的机制	胃癌微环境中的TREM2+巨噬细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境研究	胃癌	单细胞RNA测序和批量RNA分析	NA	RNA测序数据	NA
108	2025-05-16	Synergistic potential of CDH3 in targeting CRC metastasis and enhancing immunotherapy 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13845-2 PMID:40155851	研究论文	本研究探讨了CDH3在结直肠癌转移中的作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了CDH3在结直肠癌转移中的关键作用，并提出了阿法替尼作为靶向CDH3的潜在药物	研究主要基于公共数据库分析，需要进一步的实验验证	探索CDH3在结直肠癌转移中的作用及其治疗潜力	结直肠癌组织和相关公共数据库数据	癌症研究	结直肠癌	免疫组化、单细胞测序、分子对接、功能富集分析	NA	基因表达数据、临床样本	多个公共数据库（TCGA、HCMDB、UALCAN等）的数据及临床样本
109	2025-05-16	Heterogeneity of T cells regulates tumor immunity mediated by Helicobacter pylori infection in gastric cancer 2025-Mar-28, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13957-9 PMID:40155861	研究论文	本研究探讨了幽门螺杆菌（H. pylori）感染状态对胃癌患者生存的影响，并通过单细胞RNA测序分析了T细胞的异质性	揭示了H. pylori感染状态与胃癌患者生存时间的显著关联，并鉴定了与H. pylori感染状态相关的特定T细胞亚群	样本量相对较小（488例患者和6个肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	研究H. pylori感染状态对胃癌患者生存和T细胞反应的影响	胃癌患者及其T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	488例胃癌患者和18,717个T细胞（来自6个肿瘤样本）
110	2025-05-16	Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset 2025-Mar-28, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03543-4 PMID:40156041	research paper	该研究通过生成SpatialBenchVisium数据集，评估了10x Genomics Visium平台在不同组织准备协议下的性能	提出了一个独特的参考数据集SpatialBenchVisium，用于评估Visium平台在不同组织准备协议下的数据质量和生物学特征恢复能力	研究仅针对小鼠脾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估和比较10x Genomics Visium平台在不同组织准备协议下的数据质量和生物学特征恢复能力	小鼠脾脏组织	空间转录组学	疟疾感染	10x Genomics Visium平台，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个小鼠脾脏组织样本，包括新鲜冷冻和FFPE处理样本，以及手动和CytAssist组织放置样本
111	2025-05-16	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2025-Mar-28, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01452-6 PMID:40156071	research paper	本研究探讨了胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态下DNA甲基化记忆的作用，特别是在没有KRAS突变的情况下，如何影响Kras下游的PI3K和Rho GTPase信号通路	揭示了在没有致癌基因突变的情况下，ADM过渡状态的细胞如何通过DNA甲基化记忆维持与癌症相关的细胞可塑性	研究主要基于转基因小鼠模型和诱导性胰腺炎模型，可能不完全反映人类胰腺癌的复杂性	探究ADM过渡状态下DNA甲基化记忆对细胞可塑性和肿瘤异质性的影响	转基因小鼠和诱导性胰腺炎模型中的ADM细胞	癌症研究	胰腺导管腺癌（PDAC）	DNA甲基化组和转录组分析，单细胞空间转录组学	转基因小鼠模型	DNA甲基化数据，转录组数据	转基因小鼠和诱导性胰腺炎模型中的ADM细胞
112	2025-05-16	Cancer associated fibroblasts in cancer development and therapy 2025-Mar-28, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01688-0 PMID:40156055	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）在癌症发展和治疗中的多重作用及其作为治疗靶点的潜力	总结了CAFs的异质性和可塑性，以及通过scRNA-seq研究揭示的新亚型，讨论了靶向CAFs的治疗策略	NA	探讨CAFs在癌症发展和治疗中的作用及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
113	2025-05-16	Dynamic cellular composition and immune landscape revealed by single-cell transcriptome profiling in a brain arteriovenous malformation 2025-Mar-27, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01590-5 PMID:40146346	研究论文	通过单细胞转录组测序分析揭示了脑动静脉畸形（bAVM）中的动态细胞组成和免疫景观	首次在bAVM中应用单细胞RNA测序技术，揭示了单核细胞比例显著增加及平滑肌细胞减少的现象，并发现了炎症和细胞迁移相关基因表达及细胞通讯通路的显著变化	研究仅基于一个bAVM样本和三个健康对照样本，样本量较小	探究脑动静脉畸形的免疫机制及细胞组成变化	脑动静脉畸形（bAVM）样本和健康对照（HC）样本	单细胞转录组学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1个bAVM样本和3个健康对照样本
114	2025-05-16	Single-cell analysis reveals that GFAP+ dedifferentiated Schwann cells promote tumor progress in PNI-positive distal cholangiocarcinoma via lactate/HMGB1 axis 2025-Mar-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07543-x PMID:40148311	研究论文	通过单细胞分析揭示了GFAP+去分化雪旺细胞通过乳酸/HMGB1轴促进PNI阳性远端胆管癌的肿瘤进展	首次在PNI阳性dCCA中鉴定了五种雪旺细胞亚群的组成和功能表型，并揭示了NEAT1恶性细胞和GFAP去分化雪旺细胞在PNI形成中的关键作用	研究样本量较小（仅两对肿瘤和邻近组织），需要更大规模的验证	解析PNI阳性远端胆管癌中肿瘤细胞与神经细胞之间的复杂相互作用机制	远端胆管癌（dCCA）肿瘤和邻近组织中的细胞	单细胞测序	胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	来自两对PNI阳性dCCA肿瘤和邻近组织的24,715个细胞
115	2025-05-16	CD248-targeted BBIR-T cell therapy against late-activated fibroblasts in cardiac repair after myocardial infarction 2025-Mar-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56703-2 PMID:40148319	research paper	该研究开发了一种针对CD248的Biotin结合免疫受体T细胞疗法，用于治疗心肌梗死后心脏修复中的晚期激活成纤维细胞	首次识别并验证了小鼠和人类心脏中晚期激活成纤维细胞亚群F-Act的特征抗原CD248，并开发了针对该抗原的T细胞疗法	研究仅在小鼠模型中进行验证，尚未在人类临床试验中证实其安全性和有效性	开发针对心肌梗死后心脏纤维化的治疗方法	晚期激活的成纤维细胞亚群F-Act	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序, 工程化T细胞疗法	NA	RNA测序数据	小鼠心脏间质细胞
116	2025-05-16	Molecular mechanisms and therapeutic targets in glioblastoma multiforme: network and single-cell analyses 2025-Mar-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92867-z PMID:40148380	研究论文	该研究通过分析胶质母细胞瘤(GBM)的肿瘤微环境(TME)，揭示了免疫特征、代谢改变及化疗药物敏感性的差异，并提出了新的治疗靶点	整合网络和单细胞分析，发现ECM和突触重塑在GBM中的关键作用，并识别出17个基因的预后特征及潜在靶向治疗药物	研究依赖于公共数据库数据，可能受限于样本量和数据质量	探索GBM肿瘤微环境的作用并识别新的治疗靶点	胶质母细胞瘤(GBM)患者	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微阵列分析	Cox回归, LASSO分析	基因表达数据	来自GEO数据库的胶质瘤相关数据集
117	2025-05-16	scMalignantFinder distinguishes malignant cells in single-cell and spatial transcriptomics by leveraging cancer signatures 2025-Mar-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07942-y PMID:40148533	research paper	介绍了一种名为scMalignantFinder的机器学习工具，用于在单细胞和空间转录组学中准确区分恶性细胞	结合数据和知识驱动策略，利用多个癌症数据集和泛癌基因特征训练模型，优于现有自动化方法	未提及具体局限性	开发一种工具来准确识别恶性细胞，以表征肿瘤异质性	恶性细胞和正常细胞	digital pathology	cancer	scRNA-seq, 空间转录组学	machine learning	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	超过400,000个单细胞转录组
118	2025-05-16	SCITUNA: single-cell data integration tool using network alignment 2025-Mar-27, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06087-3 PMID:40148808	research paper	介绍了一种名为SCITUNA的单细胞数据集成工具，用于校正批次效应	提出了一种新的批次效应校正方法SCITUNA，通过网络对齐技术，优于现有方法	在肺数据集的多批次集成中表现略逊于当前方法，差异为0.004	解决单细胞基因组学实验中批次效应带来的技术变异问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据集	生物信息学	NA	网络对齐	NA	单细胞测序数据	39个独立批次，来自四个真实数据集和一个模拟数据集
119	2025-05-16	Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94820-6 PMID:40133574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合转录组学技术，探索了急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物	利用多数据集分析和细胞表达谱验证，确定了五个生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仍需进一步扩展	探索急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物及其临床诊断潜力	急性心肌梗死患者和对照组的差异表达基因	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot	机器学习算法	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多数据集分析和实验模型
120	2025-05-16	Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells 2025-Mar-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03540-7 PMID:40134031	研究论文	本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了线粒体DNA变异在细胞谱系追踪中的有效性	揭示了线粒体DNA变异作为谱系标记的效能高度依赖于克隆扩张的程度，并提出了一个谱系信息评分来识别可靠的线粒体谱系追踪标记	研究主要关注线粒体DNA变异在特定生物环境下的应用，可能不适用于所有细胞类型或条件	评估线粒体DNA变异作为细胞谱系追踪标记的有效性	线粒体DNA变异在不同生物环境下的克隆动态	基因组学	NA	单细胞基因组学、计算建模	NA	基因组数据	NA