单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-20	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09002-1 PMID:40369080	研究论文	本研究探讨了人类特异性增强子HARE5如何通过调控神经祖细胞的增殖和神经生成能力，精细调节大脑皮层的发育和连接	揭示了人类特异性增强子HARE5通过调节WNT信号通路影响神经祖细胞行为的新机制，为人类大脑皮层扩展和复杂性提供了新的理解	研究主要依赖基因编辑的小鼠和灵长类模型，与完整人类大脑发育过程可能存在差异	探索人类特异性DNA序列对人类大脑皮层发育的调控机制	人类特异性增强子HARE5及其对神经祖细胞和大脑皮层发育的影响	神经科学	NA	基因编辑、单细胞RNA测序、活体成像、谱系分析	基因编辑小鼠模型、灵长类模型、人类和黑猩猩神经祖细胞、皮质类器官	基因组数据、RNA测序数据、影像数据	多种基因编辑模型（小鼠、灵长类、人类和黑猩猩细胞）
102	2025-07-20	[Single-cell analysis of immune-lineage features in T-cell large granular lymphocytic leukemia] 2025-May-14, Zhonghua xue ye xue za zhi = Zhonghua xueyexue zazhi DOI:10.3760/cma.j.cn121090-20241125-00479 PMID:40623905	研究论文	通过单细胞转录组测序技术研究T细胞大颗粒淋巴细胞白血病（T-LGLL）免疫谱系的变化及其致病机制	首次在单细胞水平上揭示了T-LGLL患者的免疫谱系特征，包括效应CD8+ T细胞的异常激活与扩增、Treg细胞比例减少及功能受损，以及APCs和NK细胞对T淋巴细胞的正向调控作用	样本量较小（5例患者和3例健康对照），且仅基于转录组数据，未进行蛋白水平验证	探究T-LGLL的免疫谱系变化及其致病机制	T-LGLL患者和健康对照的外周血免疫细胞	单细胞转录组学	T细胞大颗粒淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序（10× Genomics）	NA	单细胞转录组数据	5例T-LGLL患者（治疗前后）和3例健康对照
103	2025-07-20	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	研究论文	介绍了一种名为Popari的概率图模型，用于多样本空间转录组数据的因子分解，以捕捉空间组织的条件特异性变化	Popari模型通过差异先验和空间降采样技术，实现了多分辨率层次分析，并在多样本和多分辨率空间指标上优于现有方法	未明确提及	开发一种用于多样本空间转录组数据整合和分析的方法	多样本空间转录组数据	空间转录组学	阿尔茨海默病（AD）、卵巢癌	空间转录组学技术（STARmap PLUS、Slide-TCR-seq、CosMx）	概率图模型	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌样本
104	2025-07-20	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2025-May-08, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf045 PMID:40036847	研究论文	本文报道了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞转录组图谱，定义了负责产生精液的上皮细胞和免疫细胞群体	研究仅基于小鼠模型，结果向人类转化的适用性有待验证	理解精囊这一研究不足的生殖器官的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
105	2025-07-20	Emerging Techniques in Spatial Multiomics: Fundamental Principles and Applications to Dermatology 2025-May, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.09.006 PMID:39503694	review	本文综述了空间多组学技术在皮肤学研究中的基本原理、优势、局限性和应用潜力	空间多组学技术能够同时捕获DNA、基因组可及性、组蛋白修饰和蛋白质，具有空间分辨的单细胞分辨率	技术尚处于早期阶段，可能存在数据解析和整合的挑战	探讨空间多组学技术在皮肤学研究中的应用	皮肤组织的分子病理学	digital pathology	dermatology	spatial multi-omic technologies	NA	genomic, proteomic, epigenomic data	NA
106	2025-07-20	Single cell RNA sequencing of haematopoietic cells in fresh and frozen human atheroma tissue 2025-Apr-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf014 PMID:39907372	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了新鲜和冷冻保存的人类动脉粥样硬化组织中造血细胞的活性和转录组特征	首次评估了冷冻保存对动脉粥样硬化组织中造血细胞单细胞RNA测序结果的影响，证明了冷冻保存的可行性	样本量较小（仅5对样本），且颈动脉样本中LYVE1+巨噬细胞缺失可能影响结果	评估冷冻保存对人类动脉粥样硬化组织单细胞RNA测序结果的影响	人类动脉粥样硬化组织中的造血细胞	单细胞测序	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	RNA测序数据	5对新鲜和冷冻保存的动脉粥样硬化样本（3例冠状动脉和2例颈动脉）
107	2025-07-20	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的技术可重复性、数据标准化方法和检测灵敏度	比较了数字空间分析和单分子成像两种空间转录组学平台的性能，并探讨了标准化方法对数据生物学解释的影响	研究主要集中在一项广泛使用的空间转录组学方法上，可能无法代表所有相关技术	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的适用性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学分析，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本（具体数量未提及）
108	2025-07-20	Genetics- and age-driven neuroimmune and disc changes underscore herniation susceptibility and pain-associated behaviors in SM/J mice 2025-Apr-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado6847 PMID:40267183	研究论文	该研究探讨了SM/J小鼠中遗传背景和年龄对自发性椎间盘突出易感性的影响，并揭示了与疼痛行为和神经炎症相关的机制	首次在野生型小鼠模型中研究了自发性椎间盘突出的病理生理学，并揭示了免疫细胞激活和炎症在其中的作用	研究仅针对SM/J小鼠，结果可能不适用于其他品系或人类	研究遗传背景和年龄如何影响自发性椎间盘突出的易感性及其相关疼痛行为	SM/J小鼠的腰椎间盘、神经组织和免疫细胞	神经科学	椎间盘突出	转录组分析、流式细胞术、单细胞RNA测序	SM/J小鼠模型	基因表达数据、细胞组成数据	未明确说明具体数量，但涉及SM/J小鼠的多组织分析
109	2025-07-20	Distinct adipose progenitor cells emerging with age drive active adipogenesis 2025-Apr-25, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj0430 PMID:40273250	research paper	该研究揭示了中年时期内脏脂肪中脂肪祖细胞（APCs）的显著脂肪生成活动及其与年龄相关代谢疾病的关联	发现了一种独特的脂肪祖细胞群体CP-A，其在中年时期出现并表现出高脂肪生成能力，揭示了白血病抑制因子受体信号在此过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类中的类似机制尚需进一步验证	探究年龄依赖性脂肪重塑的分子机制及其与代谢疾病的关系	小鼠内脏脂肪中的脂肪祖细胞（APCs）	细胞生物学	代谢疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
110	2025-07-20	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	该论文介绍了一种名为L loki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	L loki框架无需共享基因面板即可整合基于成像的空间转录组数据，通过特征对齐和批次对齐任务解决数据稀疏性和技术变异性问题	NA	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	空间转录组数据	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学	scGPT	基因表达数据	小鼠脑样本（五种不同技术）和五个卵巢癌数据集
111	2025-07-20	Accessing genetically defined cell types in the superior colliculus with transgenic mouse lines 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112194 PMID:40212591	研究论文	本研究基于已发表的分子图谱，对10种转基因小鼠品系进行表征，以研究上丘神经元亚型的功能	揭示了形态学和转录组学神经元类型之间的相关性，并鉴定出可用于基因靶向上丘神经元类型的品系	部分测试小鼠未显示出与特定转录组神经元类型的对应关系	研究上丘神经元亚型的功能	转基因小鼠品系及其在上丘中的神经元类型	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	分子图谱数据	10种转基因小鼠品系
112	2025-07-20	Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development 2025-Apr-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt6113 PMID:40249812	研究论文	本研究探讨了孕酮信号在输卵管上皮细胞中对免疫反应的调节作用及其对胚胎植入前发育的影响	揭示了孕酮受体在输卵管上皮细胞中的表达对胚胎发育的关键作用，并发现通过抑制炎症可改善胚胎发育	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	了解孕酮信号在早期妊娠中的作用，以解决妊娠失败问题	输卵管上皮细胞和小鼠胚胎	生殖生物学	妊娠失败	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠胚胎和输卵管组织
113	2025-07-20	A cohort of highly activated CD99- CD72+ B cells promoting autoimmune progression in juvenile systemic lupus erythematosus 2025-Apr-16, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114466 PMID:40090085	研究论文	本文发现了一类在青少年系统性红斑狼疮中高度活化的CD99- CD72+ B细胞亚群，该亚群通过表达高水平的TLR7促进自身免疫反应	首次鉴定出CD72 BCs这一关键过渡细胞群体，其在系统性红斑狼疮中连接初始B细胞和浆细胞分化过程	未明确CD72 BCs的具体分子调控机制及其在疾病不同阶段的动态变化	探究青少年系统性红斑狼疮中B细胞亚群的致病机制	CD99- CD72+ B细胞亚群	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(RNA-seq)、多组学整合分析	NA	基因表达数据	未明确样本数量（青少年SLE患者）
114	2025-07-20	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达的新型肺泡细胞类型（命名为腔细胞），并阐明了腔细胞、肺泡2型细胞和肺泡1型细胞在肺支气管周围的同心区域分布模式	研究仅聚焦于鸡肺的发育过程，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺中单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺的发育过程	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
115	2025-07-20	Altered baseline immunological state and impaired immune response to SARS-CoV-2 mRNA vaccination in lung transplant recipients 2025-Apr-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102050 PMID:40187358	研究论文	该研究通过多组学方法探讨了肺移植受者在基线状态和接种SARS-CoV-2 mRNA疫苗后的免疫状态，并与健康对照组进行了比较	揭示了肺移植受者基线免疫状态与严重COVID-19和败血症相似的特征，并发现这些特征与疫苗反应受损相关	研究样本仅限于肺移植受者，可能不适用于其他器官移植患者	评估肺移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应	肺移植受者和健康对照者	免疫学	COVID-19	多组学方法，单细胞RNA测序	NA	免疫学数据，基因表达数据	肺移植受者和健康对照者（具体数量未提及）
116	2025-07-20	Integrating short-read and long-read single-cell RNA sequencing for comprehensive transcriptome profiling in mouse retina 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279167.124 PMID:40050124	研究论文	本研究通过整合短读长和长读长单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠视网膜的转录组	首次系统比较了单细胞长读长和短读长RNA测序技术，发现了大量未表征的转录本异构体	研究仅限于小鼠视网膜细胞，未涉及其他组织或物种	建立一种高效的方法来表征组织样本中的转录本异构体	小鼠视网膜细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（短读长Illumina和长读长ONT）	NA	RNA测序数据	约30,000个小鼠视网膜细胞，包含15.4亿Illumina短读长和14.0亿ONT长读长
117	2025-07-20	A Spatial Multi-Omic Framework Identifies Gliomas Permissive to TIL Expansion 2025-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645566 PMID:40236001	研究论文	该研究通过多模态分析识别了允许肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）扩增的胶质瘤的基因组和空间决定因素	整合了光谱流式细胞术、TCR测序、单细胞RNA-seq、Xenium原位转录组学和CODEX空间蛋白质组学等多种技术，揭示了TIL扩增成功的相关因素	研究主要聚焦于高级别胶质瘤，可能不适用于其他类型的免疫排斥性肿瘤	识别TIL扩增的基因组和空间决定因素，为细胞免疫治疗提供选择平台	高级别胶质瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	光谱流式细胞术, TCR测序, 单细胞RNA-seq, Xenium原位转录组学, CODEX空间蛋白质组学	NA	基因组数据, 空间蛋白质组数据, 转录组数据	NA
118	2025-07-20	An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment 2025-Apr-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820 PMID:40154479	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据构建了一个单细胞eQTL图谱，用于解析自身免疫疾病基因并识别新的治疗药物类别	提出了一种联合模型JOBS，将批量组织eQTLs作为单细胞eQTLs的加权和，显著提高了eQTL的检测能力，并开发了一个药物再利用流程	单细胞eQTL数据集规模相对较小，可能影响结果的全面性	解析自身免疫疾病的遗传基础并识别潜在治疗药物	14种免疫介导的疾病	基因组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), GWAS	JOBS模型	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	OneK1K和eQTLGen数据集
119	2025-07-20	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	研究论文	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中探针的脱靶结合问题，并开发了一个名为Off-target Probe Tracker (OPT)的软件工具来识别潜在的脱靶结合	开发了OPT工具来识别探针脱靶结合，并通过与Visium CytAssist和单细胞RNA-seq数据的比较验证了脱靶结合的存在	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板，可能不适用于其他基因面板或技术	提高空间转录组学数据的生物学可解释性和研究可重复性	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的探针	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组学技术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	280个基因中的21个受脱靶结合影响
120	2025-07-20	eNAMPT Is a Novel DAMP and Therapeutic Target in Human and Murine Pulmonary Fibrosis 2025-Mar-24, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0342OC PMID:40126452	研究论文	该研究探讨了eNAMPT作为人类和临床前IPF治疗靶点的潜力，并评估了ALT-100单克隆抗体的治疗效果	首次将eNAMPT鉴定为肺纤维化的新型DAMP和治疗靶点，并验证了ALT-100单抗的治疗效果	研究主要基于动物模型和小样本人类数据，需要更大规模的临床试验验证	探索肺纤维化的新型治疗靶点和策略	人类IPF患者和实验性博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	肺部疾病研究	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量RNA测序	NA	血液、PBMCs、肺组织样本的生化、组织学和基因表达数据	人类IPF患者样本和C57Bl6小鼠模型