单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-08	S100A4 Facilitates Radiation-Induced Tumor Repopulation by Driving Polyploid Giant Cancer Cells Budding 2025-Sep-04, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218017 PMID:40914345	研究论文	本研究揭示了S100A4通过驱动多倍体巨癌细胞出芽促进放疗后肿瘤再生的分子机制	首次发现S100A4-IRF3-ISG15/BST2信号轴调控PGCCs出芽过程，并提出靶向RAGE受体可抑制这一过程	研究主要基于结直肠癌模型，在其他癌症类型中的普适性需进一步验证	探究放疗后多倍体巨癌细胞（PGCCs）出芽再生的分子调控机制	结直肠癌细胞及PGCCs	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组学、功能基因组学、纵向模型	NA	基因表达数据	NA
102	2025-09-08	Neuro-Immuno-Stromal Context in Colorectal Cancer: An Enteric Glial Cell-Driven Prognostic Model via Machine Learning Predicts Survival, Recurrence, and Therapy Response 2025-Sep-04, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114733 PMID:40914542	研究论文	通过机器学习构建基于肠胶质细胞相关基因的预后模型，用于预测结直肠癌患者的生存、复发和治疗反应	首次整合肠胶质细胞(EGC)和肿瘤相关基因表达，利用随机生存森林算法构建预后模型，并关联免疫微环境与治疗反应	需要进一步验证临床适用性	开发并验证结直肠癌预后预测模型	结直肠癌患者	机器学习	结直肠癌	RNA测序（bulk和单细胞）	RSF随机森林	基因表达数据	NA
103	2025-09-08	Residual disease in NPM1-mutated acute myeloid leukemia 2025-Sep-03, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2025.120586 PMID:40912477	综述	本文综述了NPM1突变急性髓系白血病中微小残留病（MRD）监测的技术进展与挑战	系统评估了qPCR、NGS、ddPCR等传统技术及CRISPR-Cas9、单细胞测序、人工智能等新兴技术在MRD监测中的创新应用	人工智能工具在临床实践中的整合受限，主要由于数据质量、算法偏见、基础设施不足及缺乏配套监管框架	评估分子监测技术在NPM1突变AML微小残留病管理中的临床应用与优化策略	NPM1基因突变的急性髓系白血病患者	数字病理	白血病	qPCR, NGS, ddPCR, CRISPR-Cas9, 单细胞测序	AI/ML（人工智能/机器学习）	分子检测数据	NA
104	2025-09-08	Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma 2025-Sep-02, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193 PMID:40907793	研究论文	本研究开发了一种基于聚合物的化学免疫疗法，结合免疫原性细胞死亡诱导和PD-L1阻断，用于增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫	使用可降解HPMA共聚物载体同时递送化疗药物和PD-L1肽拮抗剂，实现了协同免疫激活且避免了传统抗体的自身免疫副作用	研究主要基于B16F10黑色素瘤模型，尚未在更广泛的肿瘤类型或临床环境中验证	开发更安全有效的黑色素瘤免疫治疗方法，克服现有免疫检查点抑制剂单药治疗的局限性	黑色素瘤细胞系B16F10和小鼠模型	癌症免疫治疗	黑色素瘤	聚合物药物递送系统、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、免疫细胞表型数据	小鼠模型实验（具体数量未明确说明）
105	2025-09-08	Assessing the impact of perfluoroalkyl substances on liver health: a comprehensive study using multi-donor human liver spheroids 2025-Sep-02, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109763 PMID:40914107	研究论文	使用多供体人肝球体模型评估全氟烷基物质对肝脏健康的影响及其机制	首次在包含多种细胞类型的人肝球体模型中，通过单细胞RNA测序揭示PFAS的化合物和性别特异性肝毒性机制	研究仅使用体外肝球体模型，未进行体内验证；浓度固定为20µM，可能无法反映真实环境暴露水平	阐明不同PFAS化合物导致人类肝功能障碍的具体细胞和分子机制	多供体来源的人肝球体（包含肝细胞、T/NK细胞和Kupffer细胞等多种细胞类型）	毒理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序，脂质染色	NA	转录组数据，图像数据	多供体人肝球体模型（具体样本数未明确说明）
106	2025-09-08	Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction 2025-Sep, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020 PMID:39725169	研究论文	本研究揭示9号染色体短臂（9p）缺失通过干扰素ε（IFNϵ）缺失导致免疫冷肿瘤及免疫检查点治疗抵抗的机制	首次明确IFNϵ是9p21缺失介导免疫逃逸的关键因子，并解析其通过抑制CXCL9/10-CXCR3轴导致CD8+T细胞浸润减少的机制	IFNϵ丢失与肿瘤免疫微环境模式存在显著组织特异性（34种肿瘤类型中仅4种Z值≤1.95），普适性需进一步验证	阐明9p缺失导致免疫检查点治疗抵抗的分子机制	人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型（包括KPC胰腺癌模型和KPL-3M非鳞状NSCLC模型）	肿瘤免疫学	多种癌症（包括头颈鳞癌、非小细胞肺癌、黑色素瘤等）	空间单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数分析、中介分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	13项研究报告（涵盖36个免疫治疗队列）及多种小鼠模型
107	2025-09-08	Resolving the spatial and cellular architecture of intra-tumor heterogeneity by multi-region dissection of lung adenocarcinoma 2025-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.02.006 PMID:39993622	研究论文	通过多区域肺腺癌活检的空间转录组学和单细胞RNA测序数据，解析肿瘤内异性的空间和细胞结构	揭示了两种癌细胞亚群（Cancer_c1和Cancer_c2）在肿瘤核心和边缘的不同空间分布及与免疫细胞（B细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞）的共定位相互作用机制	NA	阐明肺腺癌肿瘤微环境中空间异质性的驱动因素及癌细胞与免疫细胞的相互作用	肺腺癌（LUAD）患者的多区域活检样本（肿瘤核心、肿瘤边缘、正常区域）	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	多区域LUAD活检样本（具体数量未明确说明）
108	2025-09-08	Dissecting key contributions of TH2 and TH17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-Sep, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	本研究通过体外模型揭示了TH2和IL-22细胞因子在特应性皮炎病理中的关键作用，并探索了联合药物治疗的潜力	首次结合单细胞空间转录组学分析，明确IL-22在TH2驱动的炎症环境中对表皮屏障功能障碍和分化缺陷的协同加剧作用，并验证联合靶向治疗的修复效果	研究基于体外人类表皮等效模型，可能无法完全模拟体内复杂的免疫微环境	解析特应性皮炎相关细胞因子对表皮疾病特征的具体驱动机制	原代和永生化角质形成细胞衍生的人类表皮等效模型	皮肤免疫学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学、形态功能分析、转录组分析	体外细胞刺激模型	转录组数据、形态学数据、功能数据	人类角质形成细胞衍生表皮等效模型（具体数量未明确说明）
109	2025-09-08	Single-Cell and Spatial Transcriptomic Profiling of Penile Squamous Cell Carcinoma Reveals Dynamics of Tumor Differentiation and Immune Microenvironment 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500216 PMID:40470730	研究论文	通过单细胞和空间转录组技术解析阴茎鳞状细胞癌的分化动态和免疫微环境特征	首次整合单核RNA测序和高分辨率空间转录组学揭示PSCC中独立于HPV感染状态的分化轨迹，并发现具有侵袭性特征的Tum_1空间亚型	未明确说明样本规模及临床验证的局限性	探究阴茎鳞状细胞癌的发育轨迹和肿瘤微环境特征	阴茎鳞状细胞癌组织及肿瘤微环境	空间转录组学	阴茎癌	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间基因表达数据	NA
110	2025-09-08	Single-Cell RNA Sequencing Delineates Renal Anti-Fibrotic Mechanisms Mediated by TRPC6 Inhibition 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501175 PMID:40525246	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示TRPC6抑制在慢性肾病中抗肾纤维化的细胞机制	首次发现并命名新型内皮细胞亚群ECRIN，阐明其通过VEGF和GAS信号通路调控炎症网络，并揭示TRPC6抑制通过Prnp转录因子网络缓解纤维化	研究主要基于小鼠模型和有限患者样本，临床转化需进一步验证	探究TRPC6通道抑制在慢性肾病中抗纤维化的分子机制	UUO模型小鼠、慢性缺血再灌注损伤模型小鼠以及CKD患者的肾脏样本	单细胞组学	慢性肾病	scRNA-Seq（单细胞RNA测序）、免疫荧光、Western blot	NA	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	小鼠疾病模型及CKD患者肾脏样本（具体数量未明确说明）
111	2025-09-08	NDRG1-Driven Lactate Accumulation Promotes Lung Adenocarcinoma Progression Through the Induction of an Immunosuppressive Microenvironment 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501238 PMID:40539245	研究论文	本研究揭示NDRG1通过促进乳酸积累诱导免疫抑制微环境，从而驱动肺腺癌进展	首次发现NDRG1通过稳定LDHA抑制其泛素化来增强糖酵解和乳酸积累，并阐明乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化修饰加剧免疫抑制的新机制	NA	探究NDRG1在肺腺癌免疫微环境调控中的作用及机制	肺腺癌患者样本和临床数据	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全基因组关联分析（GWAS）	NA	基因组数据、临床数据	30例肺腺癌样本单细胞测序，29,863例患者和55,586例对照的GWAS数据，220例肺腺癌患者临床数据
112	2025-09-08	Metabolic Stress-Induced Choline Kinase α (CHKA) Activation in Endothelial Subpopulation Contributes to Diabetes-Associated Microvascular Dysfunction 2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417045 PMID:40548950	研究论文	本研究探讨代谢应激诱导的胆碱激酶α（CHKA）在内皮细胞亚群中的激活对糖尿病相关微血管功能障碍的作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定视网膜血管中三个不同的内皮细胞亚群，并发现CHKA通过NAD-SIRT1-Notch信号通路调控内皮功能障碍的新机制	机制研究主要基于小鼠模型，临床样本分析虽提供支持但需进一步验证	阐明糖尿病微血管功能障碍的代谢调控机制和内皮细胞功能异质性	内皮细胞亚群、糖尿病小鼠模型、临床样本	分子生物学	糖尿病	scRNA-seq、基因沉默、Mendelian randomization	NA	基因表达数据、临床数据	糖尿病小鼠模型及临床样本（具体数量未明确说明）
113	2025-09-08	Recent Advances in Deciphering Normal and Diseased Aortic Valve Biology Using Transcriptomic Technologies 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70835 PMID:40903834	综述	本文综述了利用转录组学技术（如RNAseq和scRNAseq）解析正常与病变主动脉瓣生物学机制的最新进展	强调瓣膜细胞可塑性、异质性和细胞间相互作用的转录组层面解析，并提出健康基线表征对疾病解读的关键价值	NA	深入理解主动脉瓣结构与功能机制，为钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）的治疗开发提供靶点	主动脉瓣（AV），重点关注瓣膜内皮细胞（VECs）与单核细胞在生理和病理条件下的相互作用	生物信息学	心血管疾病	RNA sequencing (RNAseq), single-cell sequencing (scRNAseq)	NA	转录组数据	NA
114	2025-09-08	Spatial colocalization and molecular crosstalk of myofibroblastic CAFs and tumor cells shape lymph node metastasis in oral squamous cell carcinoma 2025-Sep, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011791 PMID:40906645	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示肌成纤维样癌相关成纤维细胞（myCAFs）与口腔鳞癌细胞的空间共定位及分子互作促进淋巴结转移的机制	首次发现myCAFs与肿瘤细胞在侵袭前沿的空间共定位形成促转移微环境，并鉴定出23基因特征谱可预测淋巴结转移和预后	机制研究主要基于体外共培养和回顾性数据，需进一步体内实验验证	探究口腔鳞癌淋巴结转移的分子机制	口腔鳞癌患者组织样本及细胞模型	数字病理学	口腔鳞癌	bulk基因组/转录组、单细胞转录组、空间转录组分析、免疫组化、体外共培养	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据、图像数据	90例侵袭前沿样本（含淋巴结阳性与阴性对照）及公共数据库扩展样本
115	2025-09-08	DISCO: A DIFFUSION MODEL FOR SPATIAL TRANSCRIPTOMICS DATA COMPLETION 2025-Sep, Proceedings. International Conference on Image Processing DOI:10.1109/icip55913.2025.11084277 PMID:40909878	研究论文	提出一种基于扩散模型的框架DISCO，用于空间转录组学数据中缺失区域的补全	首次将扩散模型应用于空间转录组数据补全，结合图神经网络编码器与双重扩散模块（位置扩散和基因表达扩散），并引入邻域信息引导去噪过程	NA	解决空间转录组技术中数据缺失问题，提升下游分析准确性	空间转录组数据中的缺失区域	计算生物学	NA	空间转录组测序	扩散模型（Diffusion Model）、图神经网络（GNN）	空间基因表达数据	跨多个测序平台、物种和数据集的验证（未提供具体样本数）
116	2025-09-08	Spatial Transcriptomics and Single Cell-RNASeq Reveals Cellular Heterogeneity of SARS-CoV-2 in Lung Tissues and Global Mutational Patterns in COVID-19 Patients 2025-Sep, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70586 PMID:40910395	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示COVID-19患者肺组织中SARS-CoV-2的细胞异质性及全球突变模式	首次结合scRNA-seq与空间转录组学定位肺组织病毒热点区域，并关联免疫细胞浸润与病毒基因表达的空间分布	样本地理来源有限（主要基于GISAID数据库），未明确说明临床样本数量	解析SARS-CoV-2在宿主内的空间分布特征及突变进化规律	COVID-19患者肺组织样本及全球SARS-CoV-2毒株序列	空间转录组学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学, GISAID数据分析	Seurat, Pseudotime, CellChat	单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 病毒基因组序列	未明确样本数（使用GISAID全球数据库突变数据）
117	2025-09-08	Identification of Core gene expression alterations regulated by gut microbiota in tumor progression and immunotherapy resistance through integrative pan-cancer analysis 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146911 PMID:40819753	研究论文	通过整合性泛癌分析识别肠道微生物在肿瘤进展和免疫治疗耐药中调控的核心基因表达变化	开发了微生物相关特征评分（MAS）方法，首次在33种癌症和29种正常组织中量化微生物驱动的转录改变，并结合单细胞和空间转录组学验证	研究主要基于计算分析和初步实验验证，需要更多功能性实验和临床队列验证	揭示肠道微生物通过基因表达调控影响癌症进展和免疫治疗耐药的机制	33种癌症类型和29种正常组织，重点关注肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝细胞癌	整合性泛癌分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、转录组数据	33种癌症类型和29种正常组织的多组学数据
118	2025-09-08	Integrative spatial multi-omics identifies the TEK receptor tyrosine kinase as a central biomacromolecule of endothelial-immune interactions in glioblastoma 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146964 PMID:40834945	研究论文	本研究通过整合空间多组学分析，发现TEK受体酪氨酸激酶是胶质母细胞瘤内皮-免疫相互作用的核心生物大分子，并验证其作为潜在治疗靶点	首次通过多组学整合方法揭示TEK在胶质母细胞瘤微环境中的关键作用，并发现三个具有强结合亲和力的TEK靶向小分子候选物	NA	探索胶质母细胞瘤微环境中内皮-免疫相互作用的分子机制并识别治疗靶点	胶质母细胞瘤微环境中的内皮细胞、恶性细胞和免疫细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、全基因组关联研究、结构基药物筛选、免疫组化、免疫荧光、分子对接、分子动力学模拟	NA	基因组数据、转录组数据、空间组学数据、蛋白质结构数据	NA
119	2025-09-08	stImage: a versatile framework for optimizing spatial transcriptomic analysis through customizable deep histology and location informed integration 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf429 PMID:40905789	研究论文	介绍stImage开源R包，通过深度学习和54种整合策略优化空间转录组分析	首个在统一框架中完全协同基因表达、组织学特征和精确空间坐标的方法，提供诊断图指导用户选择最佳整合策略	NA	开发一个全面灵活的空间转录组分析框架，提升组织生物学见解	空间转录组数据（基因表达、组织学图像和空间信息）	数字病理学	NA	空间转录组学（ST），深度学习	深度学习（具体架构未指定）	基因表达数据、组织学图像、空间坐标	多个数据集（具体样本数量未说明）
120	2025-09-08	Steatohepatitis alters lymphocytes cytotoxicity and localization, accelerating colorectal liver metastases 2025-Aug-28, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101222 PMID:40882404	研究论文	本研究探讨代谢相关脂肪肝病（MAFLD）通过改变肝脏免疫细胞毒性和定位促进结直肠癌肝转移的机制	首次揭示高脂饮食和西方饮食通过不同免疫机制（IL-10/TGF-β1升高和细胞毒性标志物表达降低）促进肝转移，并发现CD8+ T细胞耗竭反而增强NK细胞杀伤能力	研究基于小鼠模型，结果需要人类数据验证；饮食诱导的MAFLD/MASH模型可能无法完全模拟人类疾病进展	阐明MAFLD代谢应激下肝脏免疫细胞变化及其对结直肠癌肝转移早期阶段的影响	小鼠模型（MC38癌细胞注射诱导的CRLM模型）和肝脏免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌肝转移	scRNA-seq, RT-PCR, 免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织学数据	饮食诱导的MAFLD/MASH小鼠模型（具体数量未明确说明）