单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-05 |
Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection
2025-Aug-11, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612
PMID:40803501
|
研究论文 | 本研究揭示铁死亡是慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞功能失调的关键机制，并探索了靶向干预策略 | 首次发现HBV特异性CD8+ T细胞发生铁死亡，阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进铁死亡的分子机制 | 研究主要基于患者样本分析，具体分子通路机制需要进一步验证 | 探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞铁死亡现象及其与功能失调的关系 | 慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞，特别是HBV特异性CD8+ T细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | 流式细胞术、电子显微镜、单细胞RNA测序、MHC I四聚体技术 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、电子显微镜图像 | 慢性乙型肝炎患者CD8+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-05 |
Snail1 as a key prognostic biomarker of cancer-associated fibroblasts in breast tumors
2025-07, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189316
PMID:40222423
|
综述 | 本文总结了Snail1作为癌症相关成纤维细胞关键预后生物标志物在乳腺肿瘤中的作用 | 揭示了Snail1相关基因特征在CAFs中的预后潜力，并强调了表达Snail1的成纤维细胞的纤维化和免疫抑制作用 | 基于现有研究的综述性分析，缺乏原始实验数据验证 | 探讨CAF生物标志物在癌症预后中的价值，特别关注Snail1的作用 | 乳腺癌患者样本和小鼠模型中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 103 | 2025-10-05 |
Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.13.659535
PMID:40666962
|
研究论文 | 开发了一种非破坏性的基于成像的单细胞空间表观遗传分析技术Epi-PHR，能够在保持基因组3D结构的同时检测多种表观遗传标记的组合 | 首次实现了在单细胞水平上同时检测多种表观遗传标记的组合，同时保持基因组的三维空间结构 | 技术仍处于开发阶段，尚未在大规模样本中验证 | 研究单细胞中表观遗传标记组合的三维空间分布及其与染色质构象的关系 | 海马体组织切片中的单细胞 | 空间组学 | NA | 表观遗传邻近杂交反应(Epi-PHR)，染色质追踪 | NA | 成像数据，空间表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞空间表观遗传分析 | Epi-PHR | 表观遗传邻近杂交反应技术，能够检测数百个单基因靶点的表观遗传标记组合 |
| 104 | 2025-10-05 |
RetiGene, a comprehensive gene atlas for inherited retinal diseases (IRDs)
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.653722
PMID:40661613
|
研究论文 | 开发了用于遗传性视网膜疾病的综合基因图谱RetiGene | 整合了变异数据、bulk和单细胞RNA测序数据及功能注释的专家策划基因图谱 | NA | 解决遗传性视网膜疾病基因目录不完整和更新不及时的问题 | 遗传性视网膜疾病相关基因 | 生物信息学 | 遗传性视网膜疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2025-10-05 |
Comparison of Lean, Obese, and Weight-Loss Models Reveals TREM2 Deficiency Attenuates Breast Cancer Growth Uniquely in Lean Mice and Alters Clonal T-cell Populations
2025-Apr-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3511
PMID:39841585
|
研究论文 | 本研究通过比较瘦型、肥胖型和减重后小鼠模型，揭示TREM2缺失在瘦型小鼠中独特抑制乳腺癌生长并改变克隆性T细胞群体 | 首次证明体重历史条件影响TREM2抑制在乳腺癌中的疗效，并发现瘦型TREM2缺陷小鼠中CD8+ T细胞从耗竭状态向效应记忆状态的转变 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床环境中验证 | 探讨肥胖与乳腺癌关联的机制及减重潜在益处，评估TREM2缺失对不同体重状态下绝经后乳腺癌的影响 | 绝经后乳腺癌小鼠模型（瘦型、肥胖型、减重后） | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 可变-多样-连接区测序(VDJ测序) | 小鼠模型 | 基因表达数据, T细胞受体序列数据 | 多种体重状态的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-05 |
Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing
2025-Apr-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014
PMID:40081375
|
研究论文 | 提出一种名为'recall'的方法，通过引入人工变量来防止单细胞RNA测序中的过度聚类问题 | 通过控制'双重使用'数据的影响，提供了一种可应用于多种聚类算法的过度聚类保护方法 | NA | 解决单细胞RNA测序分析中过度聚类导致的误导性结果问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 基因表达数据 | 真实数据和模拟数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2025-10-05 |
A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function
2025-Feb-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.18.624217
PMID:39605605
|
研究论文 | 开发了一种结合成像和测序的多模态平台，用于在组织中构建大规模基因型-表型图谱 | 首次将成像与测序方法配对，能够在单个细胞中识别遗传扰动的同时测量其基因表达和亚细胞形态 | NA | 解析细胞和组织表型的遗传调控基础 | 小鼠肝脏 | 机器学习和计算生物学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序、成像技术、遗传扰动 | 机器学习模型 | 图像、基因表达数据 | 数百个遗传扰动 | NA | 单细胞RNA测序、多模态分析 | NA | NA |
| 108 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616802
PMID:39868275
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析，并发现SERPINH1基因在成纤维细胞中的差异表达及其功能影响 | 研究仅使用雄性Ldlr -/-小鼠模型，样本量较小（每组两个样本，每个样本包含三只小鼠的混合细胞） | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用机制 | Ldlr -/-小鼠主动脉外膜细胞和人外膜成纤维细胞 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，GWAS分析，体外基因敲低实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 雄性Ldlr -/-小鼠，每组两个样本（每个样本由三只小鼠细胞混合） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-05 |
Integrated multi-omics analysis of single-cell and spatial transcriptomics reveals distinct hpv-associated immune microenvironment features and prognostic signatures in cervical cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1612623
PMID:41035636
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了HPV阳性和阴性宫颈癌免疫微环境的异质性特征并构建了预后标志物 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA测序，系统解析了不同HPV状态宫颈癌的空间免疫微环境异质性 | 样本量相对有限，需要更大规模验证研究 | 探究不同HPV状态宫颈癌的免疫微环境特征和预后标志物 | 宫颈癌患者组织样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫荧光分析, Cox回归, LASSO回归 | 风险评分模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, bulk RNA测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2025-10-05 |
Cancer-Associated Fibroblast-Derived GDF15 Induces Oxidative Stress and Neutrophil Infiltration in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma through the PI3K/AKT/STAT3 Axis Cascade
2025, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0901
PMID:41035818
|
研究论文 | 本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞通过GDF15-GFRAL信号轴诱导氧化应激和中性粒细胞浸润的分子机制 | 首次发现GDF15通过PI3K/AKT/STAT3信号通路级联诱导氧化应激失衡，并通过TNF-α激活ERK1/2通路促进中性粒细胞浸润 | NA | 阐明头颈部鳞状细胞癌中肿瘤细胞与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 头颈部鳞状细胞癌肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞、中性粒细胞 | 癌症生物学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 空间转录组测序、单细胞RNA测序、分子相互作用实验、共培养系统、基因敲低/过表达、流式细胞术、动物实验、分子动力学模拟 | NA | 转录组数据、分子相互作用数据、细胞表型数据 | NA | NA | 空间转录组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-05 |
Decoding Fibroblast Heterogeneity in Osteoarthritis: Identification of a Fibrosis-Associated Subtype and Novel Diagnostic Biomarkers
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/7066432
PMID:41035938
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术识别骨关节炎中成纤维细胞的异质性，发现与纤维化相关的亚型并筛选诊断生物标志物 | 首次在骨关节炎中系统鉴定成纤维细胞亚型，发现纤维化相关亚型Fibroblast 3，并筛选出四个具有强诊断性能的生物标志物 | 研究基于公共数据库的二次分析，缺乏实验验证；样本来源和数量未明确说明 | 解析骨关节炎中成纤维细胞的异质性及其在疾病发展中的作用机制 | 骨关节炎患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 基因集富集分析, 伪时间轨迹分析 | Seurat, Monocle2 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2025-10-05 |
Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.09.627436
PMID:39713353
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于细胞类型特异性网络的阿尔茨海默病联合疗法发现方法 | 首次将单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录整合，开发细胞类型特异性多靶点药物发现策略 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证 | 开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向联合疗法 | 阿尔茨海默病小鼠模型、神经元和胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据、临床记录 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 113 | 2025-10-05 |
Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells
2024-Oct-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006
PMID:39232559
|
研究论文 | 本研究揭示了炎症通过代谢重编程诱导肠道干细胞表观遗传印记并影响其再生能力的机制 | 首次发现炎症暴露导致Lgr5肠道干细胞发生琥珀酸积累驱动的表观遗传重编程，并证明这种改变具有持久性 | 研究主要基于急性胃肠道移植物抗宿主病模型，其他炎症模型的普适性需要进一步验证 | 探究炎症暴露对肠道干细胞的适应性影响及其持久性效应 | Lgr5肠道干细胞 | 表观遗传学 | 胃肠道移植物抗宿主病 | 单细胞转录组测序, 表观基因组分析, 代谢分析, 类器官培养, 体内移植 | NA | 单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据, 代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 114 | 2025-10-05 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
|
研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和性测序技术在单细胞RNA-seq中准确测序通过同聚物区域的能力及其对多聚腺苷酸化位点分析的影响 | 首次系统评估亲和性测序技术对单细胞RNA-seq中同聚物区域的测序准确性，并开发了改进的接头修剪和比对流程 | 与单端比对相比，配对端比对并未持续提高读段映射率，且未排除其他新兴平台可能具有类似性能 | 改进单细胞RNA-seq文库的表征方法，特别是多聚腺苷酸化位点的精确分析 | 单细胞RNA-seq文库 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 亲和性测序 | NA | DNA测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti亲和性测序平台，标准单细胞RNA-seq协议 |
| 115 | 2025-10-05 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598484
PMID:38915481
|
研究论文 | 提出一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个转录组研究时检测多类别生物标志物 | 首次从信息论角度提出能够处理多类别设计的生物标志物检测方法，突破了现有方法仅限于两类别场景的限制 | NA | 开发一种能够整合多个组学研究并检测具有一致多类别表达模式的生物标志物的统计方法 | 转录组数据中的生物标志物 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 互信息统计框架 | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2025-10-05 |
Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma and ganglioglioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations
2025-Nov, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70023
PMID:40588233
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析研究儿童低级别胶质瘤和神经节胶质瘤的肿瘤微环境特征 | 首次采用多组学方法揭示不同BRAF突变类型肿瘤的免疫微环境差异 | 需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制 | 深入理解儿童低级别胶质瘤生物学特征以开发更有效的治疗方法 | 毛细胞星形细胞瘤(PA)和神经节胶质瘤(GG) | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞因子分析 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 117 | 2025-10-05 |
Prognostic model for predicting recurrence-free survival in hepatocellular carcinoma using integrated analysis of single-cell RNA-sequencing and bulk RNA-sequencing
2025-Nov, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2025.15283
PMID:41040911
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，构建了预测肝细胞癌患者无复发生存期的预后模型 | 首次整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据构建肝细胞癌预后模型，识别出6个与无复发生存相关的关键基因 | 未明确说明样本来源和具体数量，缺乏多中心验证 | 开发可靠的肝细胞癌复发预测模型以满足临床需求 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RT-qPCR | LASSO Cox惩罚回归模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-05 |
Antibiotic treatment limits survival of peripheral and bone marrow B-cell populations
2025-Oct-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2024013694
PMID:40668665
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示广谱抗生素治疗通过破坏细胞存活信号导致骨髓B细胞耗竭的机制 | 首次发现抗生素治疗导致骨髓B细胞发育各阶段显著耗竭，并证实这与MYC信号通路受损和细胞凋亡增加相关 | 研究仅使用小鼠模型，未在人类中验证；未详细探讨不同抗生素类型的影响差异 | 探究抗生素治疗对骨髓造血系统中B细胞群体的影响机制 | 小鼠骨髓造血细胞和外周B细胞群体 | 单细胞组学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据,流式细胞数据 | 小鼠骨髓细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-05 |
Single Cell and Spatial Transcriptomics Define a Proinflammatory and Profibrotic Niche After Kidney Injury
2025-Oct-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503691
PMID:41042124
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组技术揭示肾损伤后促炎促纤维化微环境的形成机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组技术系统描绘纤维化肾脏中细胞异质性、空间组织和分子相互作用，发现TNC富集的促炎促纤维化微环境通过TLR4/NF-κB信号通路激活巨噬细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾脏疾病中的适用性需进一步验证 | 探究肾损伤后纤维化微环境的形成机制及其在慢性肾脏病发展中的作用 | 小鼠肾脏组织（正常与纤维化模型）和骨髓来源巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组技术，骨髓移植，基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | 正常和纤维化小鼠肾脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-05 |
Integration of Elemental Imaging and Spatial Transcriptomic Profiling for Proof-of-Concept Metals-Based Pathway Analysis of Colon Tumor Microenvironment
2025-Oct-03, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
|
研究论文 | 本研究开发了一种整合元素成像和空间转录组学的多模态工作流程，用于分析结肠肿瘤微环境中金属依赖性信号通路 | 首次将元素成像与空间转录组学整合，实现组织范围内金属-基因相互作用的全面探索 | 仅基于单个样本的初步观察，需要更大患者队列验证 | 探索肿瘤微环境中金属丰度与基因表达的相互作用机制 | 结直肠癌肿瘤组织 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 元素成像，空间转录组学，多模态整合分析 | 空间相关分析 | 元素成像数据，基因表达数据，细胞组成数据，组织病理学特征 | 1例结直肠癌肿瘤样本 | NA | 元素成像，空间转录组学 | NA | NA |