单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-25	Identification of podocyte molecular markers in diabetic kidney disease via single-cell RNA sequencing and machine learning 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0328352 PMID:40690456	研究论文	通过单细胞RNA测序和机器学习识别糖尿病肾病中的足细胞分子标记	利用单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，揭示了糖尿病肾病中足细胞的异质性和功能差异，并鉴定了ARHGEF26作为潜在的诊断生物标志物	研究主要关注早期糖尿病肾病，可能不适用于晚期病例	阐明糖尿病肾病中足细胞的功能及其分子标记	糖尿病肾病患者的足细胞	数字病理学	糖尿病肾病	scRNA-seq, RT-qPCR, Western blot	机器学习算法	RNA测序数据	早期糖尿病肾病患者的单细胞RNA测序数据
102	2025-07-25	3D visualization of uterus and ovary: tissue clearing techniques and biomedical applications 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1610539 PMID:40692613	综述	本文综述了组织透明化和三维可视化技术在子宫和卵巢研究中的最新进展及其生物医学应用	整合了组织透明化技术与空间转录组学和AI分析工具，实现了全面的三维分子图谱	未提及具体实验数据或样本量的详细信息	促进对女性生殖系统功能的理解，并探索早期诊断子宫和卵巢病理的潜在策略	子宫和卵巢组织	数字病理学	妇科疾病	组织透明化技术（有机溶剂基、水凝胶基和水凝胶包埋方法）、光片显微镜、多光子显微镜	NA	三维图像数据	NA
103	2025-07-25	Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585446 PMID:40692782	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究发现一种与年龄相关的T细胞亚群与症状性良性前列腺增生（BPH）相关	首次将年龄相关的CD8+ T细胞亚群（Taa）与BPH症状联系起来，并揭示了Granzyme K在促进前列腺基质成纤维细胞炎症反应中的作用	研究样本量较小，且主要关注老年男性，可能限制了结果的普遍性	探讨年龄相关免疫细胞变化对BPH症状的贡献	老年男性（>50岁）的前列腺组织及BPH患者来源的成纤维细胞	免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, ELISA	NA	单细胞RNA测序数据	老年男性前列腺组织（小≤40g和大≥90g）及3例年轻器官捐赠者的前列腺组织
104	2025-07-25	Cross-talk of m6A methylation modification and the tumor microenvironment composition in esophageal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1572810 PMID:40692788	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化修饰与食管癌肿瘤微环境组成之间的相互作用，并开发了一个m6A评分系统来预测免疫治疗反应	首次揭示了m6A甲基化在食管癌肿瘤微环境中的关键作用，并开发了新型m6A评分系统作为预测免疫治疗反应的生物标志物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明m6A甲基化修饰对食管癌肿瘤微环境的影响并开发预测性生物标志物	食管癌患者样本和肿瘤微环境	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, 共识聚类算法, 主成分分析	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的食管癌数据集
105	2025-07-25	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合多种生物信息学方法和分子对接技术，系统性地探索牙周炎的分子机制并验证HLA-C作为治疗靶点的潜力	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎相关基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、孟德尔随机化(MR)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接(MD)	NA	基因表达微阵列数据、单细胞RNA测序数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数量未明确说明）
106	2025-07-25	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体耐药性的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1耐药性通过氧化还原调节代谢联系起来，并提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为一种新型组合免疫治疗策略	研究样本量较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的验证	探索细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的微生物、代谢和免疫相互作用	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本和12,487个细胞的单细胞RNA测序数据，每组8只小鼠的动物模型
107	2025-07-25	High Glucose Promotes the Ferroptosis and Dysfunction of Endothelial Cells by Downregulating SLC3A2 and Promoting the Development of Nephropathy 2025, International journal of endocrinology IF:2.3Q3 DOI:10.1155/ije/1186113 PMID:40703306	研究论文	本研究探讨高糖环境下内皮细胞铁死亡和功能障碍的机制及其在糖尿病肾病中的作用	发现SLC3A2作为关键调控因子，揭示了其在糖尿病肾病中内皮细胞功能障碍和铁死亡中的新作用	需要进一步研究机制和策略以改善患者预后	研究糖尿病肾病中内皮细胞功能障碍的分子机制	高糖暴露的内皮细胞和STZ处理的糖尿病小鼠	生物医学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、qPCR、Western blotting、铁测量、TUNEL检测和生物信息学分析	NA	RNA-seq数据	GSE13535数据集和STZ处理的糖尿病小鼠
108	2025-07-25	Integrative multi-omics analysis reveals the interaction mechanisms between gut microbiota metabolites and ferroptosis in rheumatoid arthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608262 PMID:40703513	研究论文	本研究采用多组学整合方法结合机器学习算法和单细胞转录组数据，探讨了类风湿性关节炎(RA)中关键铁死亡基因与肠道代谢物的调控关系	首次系统性地揭示了GPX3和MYC作为RA中铁死亡关键调控因子的作用，并通过分子对接和动力学模拟验证了肠道代谢物Diosgenin与GPX3的相互作用机制	研究结果主要基于计算分析和体外模拟，需要进一步的体内实验验证	探究RA中铁死亡基因与肠道代谢物的调控关系及其在疾病发生中的作用机制	类风湿性关节炎患者数据及相关基因和代谢物	生物信息学	类风湿性关节炎	多组学整合分析、单细胞RNA测序、机器学习(LASSO/SVM/RFE-RF)、分子对接、分子动力学模拟	机器学习算法(LASSO/SVM/RFE-RF)	基因组数据、转录组数据、代谢组数据	NA
109	2025-07-25	A novel mast cell marker gene-related prognostic signature to predict prognosis and reveal the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1538641 PMID:40703522	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于14个肥大细胞标记基因的预后模型，用于预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示其免疫景观	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据构建预后模型，首次将肥大细胞标记基因与头颈部鳞状细胞癌的预后和免疫治疗反应联系起来	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立的外部验证队列研究	预测头颈部鳞状细胞癌患者的预后并揭示免疫微环境特征	头颈部鳞状细胞癌患者	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq, 批量RNA-seq	Cox回归, LASSO回归	RNA测序数据	来自GSE103322和TCGA数据库的头颈部鳞状细胞癌样本
110	2025-07-25	Identification of lactylation-associated immune and metabolic regulators in bladder cancer via integrated bulk and single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1604758 PMID:40703521	研究论文	通过整合批量转录组和单细胞转录组数据，识别膀胱癌中与乳酸化相关的免疫和代谢调控因子	首次在膀胱癌中系统性地研究了乳酸化相关的基因及其在肿瘤进展中的作用，揭示了FASN和RUNX2在乳酸驱动的蛋白质乳酸化中的调控作用	研究主要基于转录组数据，缺乏体内实验验证	探索膀胱癌中乳酸化相关的免疫和代谢调控机制	膀胱癌细胞和免疫细胞	生物信息学	膀胱癌	转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	TCGA数据库中的膀胱癌样本及体外培养的膀胱癌细胞系
111	2025-07-25	Multi-Target Synergy Against Acute Lung Injury: Systems Pharmacology Decoding Dahuang-Huangqin Herb Pair's Therapeutic Mechanism 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527378 PMID:40703642	research paper	本研究通过综合网络药理学和多组学方法，探讨了大黄-黄芩药对（DH-HQ）治疗急性肺损伤（ALI）的机制	结合网络药理学和多组学方法，首次系统解码DH-HQ药对的多靶点协同作用机制，并通过多模态验证确定关键诊断枢纽基因	临床应用仍需药效学优化	揭示大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤的多靶点协同作用机制	大黄-黄芩药对（DH-HQ）及其活性成分与急性肺损伤（ALI）的相互作用	系统药理学	急性肺损伤	网络药理学、多组学分析（转录组学、单细胞RNA测序）、分子对接、孟德尔随机化	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、分子对接数据	207种DH-HQ活性成分和93个ALI相关治疗靶点
112	2025-07-25	A comprehensive characterization of metabolic signatures-hypoxia, glycolysis, and lactylation-in non-healing diabetic foot ulcers 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1593390 PMID:40703704	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，全面分析了糖尿病足溃疡中的代谢特征，包括缺氧、糖酵解和乳酸化作用，并鉴定了潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在糖尿病足溃疡中综合分析了缺氧、糖酵解和乳酸化作用的代谢特征，并通过机器学习方法鉴定了与代谢和免疫调节相关的生物标志物	研究主要基于RNA测序数据，缺乏蛋白质水平的验证，且样本来源可能有限	探究糖尿病足溃疡中代谢失调的分子机制，并寻找潜在的诊断和治疗靶点	糖尿病足溃疡患者的组织样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), KEGG/GO富集分析, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析	LASSO, 支持向量机(SVM), 随机森林(Random Forest)	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了单细胞和批量RNA测序数据
113	2025-07-25	Multi-omics and AI-driven advances in miRNA-mediated hair follicle regulation in cashmere goats 2025, Frontiers in veterinary science IF:2.6Q1 DOI:10.3389/fvets.2025.1635202 PMID:40703926	综述	本文综述了miRNA在调控绒山羊毛囊发育和循环中的作用，以及多组学和AI技术在此领域的应用	整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和多组学方法，结合AI分析，揭示了miRNA在毛囊生物学中的新机制	未提及具体实验样本量或研究的地理局限性	探索miRNA在绒山羊毛囊发育和纤维性状调控中的作用，并开发相关应用	绒山羊的毛囊及相关细胞（角质形成细胞、真皮乳头细胞和毛囊干细胞）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多组学分析、AI分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据、表观基因组数据	NA
114	2025-07-25	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	review	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，以及单细胞和空间转录组学在这些模型中的应用	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究，总结了这些模型中的主要发现	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
115	2025-07-25	NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS 2024-12-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002408 PMID:38888471	研究论文	通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白	首次结合scRNA-seq和定量蛋白质组学技术，识别出与脓毒症预后相关的活性蛋白，并揭示了不同患者群体的通路差异	样本量相对较小（脓毒症患者53例，对照16例），且仅分析了外周血样本	探索影响脓毒症预后的关键活性蛋白及其作用机制	脓毒症患者（NS=26，SV=27）和健康对照（Con=16）的外周血样本	生物医学研究	脓毒症	scRNA-seq, DIA蛋白质组学, Viper算法	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质组数据	69例（53例脓毒症患者+16例对照）
116	2025-07-25	Single-cell sequencing reveals LRRc17-mediated modulation of cardiac fibroblast ferroptosis in regulating myocardial fibrosis after myocardial infarction 2024-09, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111293 PMID:38996956	研究论文	通过单细胞测序揭示LRRc17介导的心脏成纤维细胞铁死亡在心肌梗死后心肌纤维化中的调节作用	首次发现LRRc17通过调节心脏成纤维细胞的铁死亡影响心肌梗死后纤维化的程度	研究仅基于GEO数据库中的两个数据集，样本量有限	阐明心肌梗死后纤维化的发病机制并寻找调节心室重构的治疗靶点	心脏成纤维细胞(CFs)	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、WGCNA、qRT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE153485和GSE210159数据集
117	2025-07-25	IMPLICATIONS OF YWHAH GENE EXPRESSION IN THE EARLY DETECTION OF SEPSIS 2024-09-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002409 PMID:38904460	研究论文	本研究探讨了YWHAH基因表达在脓毒症早期检测中的潜在作用	首次发现YWHAH基因表达在感染和脓毒症患者之间存在差异，为脓毒症的早期检测和治疗策略提供了新见解	研究主要基于公共单细胞转录组数据库和体外分析，需要进一步的临床验证	探索YWHAH基因表达与脓毒症早期检测的关联	感染个体和健康对照组的YWHAH基因表达	基因表达分析	脓毒症	实时聚合酶链反应（real-time PCR），加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	公共单细胞转录组数据库中的样本
118	2025-07-25	TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME 2024-08-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002379 PMID:38713581	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和通路分析，探讨了脓毒症患者外周单核细胞群体在转录组水平上的差异及其与临床结果的关系	首次在转录组水平上定义了脓毒症患者不同临床结果的免疫反应差异，特别是经典和非经典单核细胞的基因表达模式	研究样本量未明确说明，且未探讨其他免疫细胞类型的作用	阐明脓毒症患者不同临床结果的免疫学基础，寻找改善慢性危重病预后的治疗靶点	脓毒症患者的外周单核细胞群体	转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
119	2025-07-25	DIMINISHED EXPRESSION OF GLS IN CD4 + T CELLS SERVES AS A PROGNOSTIC INDICATOR ASSOCIATED WITH CUPROPTOSIS IN SEPTIC PATIENTS 2024-07-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002370 PMID:38662604	研究论文	本研究探讨了与铜死亡相关的分子标志物在脓毒症患者中的表达及其对预后的影响	发现了与铜死亡相关的三个关键基因，并验证了GLS表达下降与O-GlcNAc水平降低的关系	铜与GLS变化之间的相关性需要进一步研究	探索脓毒症患者中与铜死亡相关的分子标志物，以帮助分层和改善预后	脓毒症患者的外周血样本和Jurkat细胞	分子生物学	脓毒症	WGCNA、scRNA-seq、免疫印迹、流式细胞术、免疫荧光、CFSE分析	NA	基因表达数据、细胞实验数据	脓毒症患者的外周血样本和Jurkat细胞
120	2025-07-25	Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade 2024-06-03, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01853-w PMID:38825657	研究论文	研究FAP靶向放射性配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及其潜在机制	首次展示了Ga/Lu标记的LNC1004在肿瘤模型中的摄取和保留增强，以及联合疗法在完全消除肿瘤和促进抗肿瘤免疫方面的效果	初步临床研究样本量有限，需要更大规模的临床试验验证	探索FAP靶向放射性配体疗法与免疫检查点阻断联合使用的抗肿瘤效果及机制	MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植模型及难治性癌症患者	肿瘤学	癌症	scRNA-seq, TCR测序	NA	基因表达数据、免疫组化数据	临床前研究使用小鼠模型，初步临床研究涉及难治性癌症患者