单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-06	Single-cell transcriptome analysis of bronchoalveolar lavage during early SARS-CoV-2 infection 2025-Sep-02, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.02715-24 PMID:40742121	研究论文	通过单细胞转录组分析研究SARS-CoV-2感染早期支气管肺泡灌洗液的免疫反应	首次在非人灵长类模型中利用单细胞RNA测序技术揭示COVID-19早期阶段的转录组特征和免疫细胞动态变化	研究局限于非人灵长类模型，样本时间点仅覆盖感染后0-3天	解析SARS-CoV-2感染早期的免疫机制和疾病进展规律	恒河猴的支气管肺泡灌洗细胞	单细胞组学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	恒河猴感染后0-3天的支气管肺泡灌洗细胞样本
102	2025-09-06	Tumor-associated Schwann cell remodeling under metabolic stress via lactate sensing orchestrates pancreatic ductal adenocarcinoma development 2025-Sep-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.07.008 PMID:40803319	研究论文	本研究揭示了乳酸驱动的肿瘤相关雪旺细胞重塑在糖尿病胰腺导管腺癌免疫抑制中的关键作用	发现乳酸-METTL16-CTCF轴将代谢应激与表观转录组重编程和免疫逃逸联系起来	NA	探索糖尿病作为胰腺癌风险因素的潜在机制	糖尿病胰腺导管腺癌模型和肿瘤相关雪旺细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
103	2025-09-06	Machine learning analysis reveals tumor heterogeneity and stromal-immune niches in breast cancer 2025-Sep-02, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-025-01967-7 PMID:40897851	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和大块RNA-seq反卷积技术，揭示乳腺癌肿瘤异质性和基质-免疫微环境特征	发现低级别肿瘤中富集的CXCR4+成纤维细胞、IGKC+髓系细胞和CLU+内皮细胞等亚型具有独特空间定位和免疫调节功能，但与免疫治疗反应性降低存在矛盾关联	NA	解析乳腺癌肿瘤微环境异质性及其与免疫逃避和治疗抵抗的关系	乳腺癌(BRCA)样本	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 大块RNA-seq反卷积	机器学习分析	RNA测序数据	NA
104	2025-09-06	Integrating single-cell RNA sequencing and artificial intelligence for multitargeted drug design for combating resistance in liver cancer 2025-Sep-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00952-3 PMID:40897921	研究论文	整合单细胞RNA测序与人工智能技术，设计多靶点药物以克服肝癌耐药性	首次结合单细胞RNA测序与图神经网络(GNN)预测肝癌药物-基因相互作用，并识别关键预后生物标志物和药物重利用机会	研究基于生物信息学分析，需实验验证预测的药物靶点和候选药物有效性	探索肝癌转录异质性、免疫逃逸机制并开发多靶点药物治疗策略	肝细胞癌(HCC)肿瘤样本的单细胞转录组数据	计算生物学与药物发现	肝癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), PCA, UMAP, t-SNE, GSEA, 生存分析	图神经网络(GNN)	单细胞转录组数据	识别1178个差异表达基因(DEGs)，具体样本数量未明确说明
105	2025-09-06	SLC16A3 as an immunosuppressive Kupffer cell marker predicts poor prognosis in HBV-positive hepatocellular carcinoma 2025-Sep-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06861-0 PMID:40898206	研究论文	本研究探讨SLC16A3作为免疫抑制性库普弗细胞标志物在HBV阳性肝细胞癌中的预后预测价值	首次发现SLC16A3表达与HBV状态相关，并揭示其通过调控库普弗细胞免疫微环境影响肝癌预重的机制	NA	识别影响HBV阳性肝细胞癌患者的潜在分子靶点	HBV阳性和阴性肝细胞癌患者及细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序、转录组测序、免疫组化染色	NA	测序数据、临床样本数据、细胞实验数据	多个外部验证数据集和验证队列，以及临床队列样本
106	2025-09-06	BACH1 recruits STAT3 to enhance leukemia inhibitory factor receptor activity and augments the self-renewal capacity of mouse embryonic stem cells 2025-Sep-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04578-x PMID:40898328	研究论文	本研究揭示转录因子BACH1通过招募STAT3增强白血病抑制因子受体（Lifr）增强子活性，从而促进小鼠胚胎干细胞的自我更新能力	首次发现BACH1通过招募STAT3至Lifr增强子区域协同激活LIFR-STAT3信号通路的新机制	研究仅限于小鼠胚胎干细胞模型，人类干细胞中的保守性尚未验证	探究BACH1在调控Lifr增强子及维持胚胎干细胞多能性中的作用机制	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	发育生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, ChIP, co-IP, 荧光素酶报告基因分析	NA	基因组数据、转录组数据	小鼠胚胎干细胞系及内细胞团（ICM）细胞
107	2025-09-06	Evaluating the causal effect of circulating proteome on the risk of Juvenile idiopathic arthritis: an omics pipeline study 2025-Sep-02, Pediatric rheumatology online journal DOI:10.1186/s12969-025-01140-0 PMID:40898345	研究论文	本研究通过整合多组学方法评估循环蛋白质组对幼年特发性关节炎风险的因果效应，并鉴定ERAP2作为关键候选蛋白	首次采用整合基因组学、转录组学和蛋白质组学管道揭示ERAP2在JIA中的因果作用，并发现其特异性在单核细胞中高表达	研究依赖遗传关联分析，需进一步实验验证ERAP2的具体功能机制	解析幼年特发性关节炎的蛋白质介导疾病机制并探索治疗靶点	幼年特发性关节炎（JIA）患者，特别是全身型JIA（sJIA）患者	生物信息学	幼年特发性关节炎	全基因组测序（WGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	重庆医科大学附属儿童医院独立队列的JIA患者样本（具体数量未明确说明）
108	2025-09-06	The transcriptional regulation of NUPR1 expression by MYC is implicated in the regulation of ferroptosis in human spermatogonial stem cells 2025-Sep-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05818-2 PMID:40892246	研究论文	本研究探讨NUPR1和MYC在人类精原干细胞铁死亡调控中的作用及其作为非梗阻性无精子症治疗靶点的潜力	首次揭示MYC通过直接结合NUPR1启动子调控其表达，从而影响精原干细胞铁死亡过程	研究主要基于体外细胞实验和测序数据分析，缺乏体内动物模型验证	阐明非梗阻性无精子症中铁死亡的分子调控机制	人类精原干细胞和非梗阻性无精子症患者睾丸组织	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质免疫沉淀(ChIP)、免疫荧光分析、环己酰亚胺追踪实验	NA	单细胞转录组数据、微阵列数据、基因表达数据	非梗阻性无精子症和梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本
109	2025-09-06	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2025-Sep-02, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00952-9 PMID:40897908	研究论文	本研究揭示了神经相关巨噬细胞（NAMs）在调控脂肪组织稳态和抑制年龄相关炎症中的关键作用	首次发现并定义了CD169+神经相关巨噬细胞（NAMs）这一特殊亚群，并证明其随年龄减少会导致脂肪组织炎症和脂解功能障碍	研究仅限于小鼠模型，人类中的类似机制尚未验证	探究年龄相关炎症（inflammaging）的调控机制，特别是脂肪组织巨噬细胞的作用	小鼠脂肪组织中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、多参数流式细胞术、血管内标记	NA	单细胞测序数据、流式细胞数据	小鼠生命周期不同阶段的脂肪组织样本
110	2025-09-06	Skin Explorer: an interactive single-cell RNA-seq resource for healthy human skin 2025-Sep-02, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.025 PMID:40907604	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
111	2025-09-06	A single-cell atlas of transcriptome changes in the intestinal epithelium at the suckling-to-weaning transition in male rabbits 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101628 PMID:40907661	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了雄性兔子肠道上皮在哺乳到断奶过渡期的细胞类型特异性转录变化	首次提供了兔子肠道上皮的单细胞图谱，并发现兔子是研究BEST4+上皮细胞的理想模型（该细胞在小鼠中缺失）	研究仅针对雄性兔子，未包含雌性样本；研究聚焦于过渡期起始阶段，未涵盖完整过渡过程	识别固体食物摄入诱导的肠道上皮各细胞类型的转录组变化	雄性兔子肠道上皮细胞	单细胞组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	同龄同窝哺乳雄性兔子（摄入与未摄入固体食物组）
112	2025-09-06	IL-4-mediated Pro-Regenerative Cellular Reprogramming in 3D Liver Culture 2025-Sep-02, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101626 PMID:40907663	研究论文	本研究利用3D肝脏切片模型探究IL-4在肝细胞重编程中的作用及其促再生潜力	首次在保留肝脏复杂细胞相互作用的3D培养模型中通过纵向单细胞转录组学揭示IL-4的促再生机制	研究基于小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究IL-4在肝脏再生中的细胞重编程作用及治疗潜力	小鼠精密肝切片（PCLS）模型，包括正常和硫代乙酰胺诱导的病变肝脏	再生医学	肝坏死/肝纤维化	单核RNA测序，免疫组化染色，ATP检测	3D组织培养系统	转录组数据，蛋白质表达数据	8-10周龄C57BL/6小鼠的肝脏切片，培养时间5天
113	2025-09-06	Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma 2025-Sep-02, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193 PMID:40907793	研究论文	本研究开发了一种基于聚合物的化学免疫疗法，结合免疫原性细胞死亡诱导和PD-L1阻断，用于增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫	采用可降解HPMA共聚物载体同时递送化疗药物和PD-L1多肽拮抗剂，实现了协同免疫激活且避免了传统抗体的自身免疫副作用	研究目前仅限于B16F10黑色素瘤模型，尚未在更多肿瘤类型或临床环境中验证	开发更安全有效的黑色素瘤免疫治疗方案	黑色素瘤细胞和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序，免疫组化分析	动物模型（小鼠）	基因表达数据，免疫细胞表型数据	B16F10黑色素瘤小鼠模型（具体数量未明确说明）
114	2025-09-06	Benchmarking sketching methods on spatial transcriptomics data 2025-Sep-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672376 PMID:40909701	研究论文	系统评估不同采样方法在空间转录组数据上的表现，提出空间感知的采样策略以平衡转录组异质性和空间覆盖	首次在空间转录组数据上系统比较多种采样方法，并提出结合空间平滑的杠杆得分采样以同时保留转录组多样性和空间结构	NA	解决大规模空间转录组数据分析的计算瓶颈，通过智能子采样实现高效无偏分析	小鼠卵巢、MERFISH大脑、人类乳腺癌和肺癌等多组真实空间转录组数据集及模拟数据	空间转录组学	乳腺癌、肺癌	空间转录组技术、随机SVD、空间权重矩阵	NA	空间转录组数据、PCA嵌入、空间坐标	数十万细胞/位置（具体数量未明确说明）
115	2025-09-06	Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma 2025-Sep, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01280-w PMID:39264525	研究论文	本研究通过多组学和单细胞测序分析，揭示了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的预后预测价值及免疫浸润特征	首次报道线粒体自噬在骨肉瘤中的作用，并开发了基于MPRG评分的预后预测系统	样本量有限（来自TARGET和GEO数据库），需进一步实验验证	探索线粒体自噬相关基因对骨肉瘤预后的预测能力及免疫微环境影响	骨肉瘤患者样本和细胞系	生物信息学	骨肉瘤	单细胞测序、多组学分析、LASSO-多变量Cox回归	Cox回归模型	基因组数据、表达数据	来自TARGET和GEO数据库的骨肉瘤样本（具体数量未明确说明）
116	2025-09-06	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Sep, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现CXCL6是MMP7的下游靶点，并验证其作为胆道闭锁新型胆道标志物的潜力	首次发现CXCL6是MMP7在胆道闭锁中的下游靶点，并证实其与肝纤维化阶段相关	机制研究主要基于体外细胞实验，需进一步体内验证	探究MMP7在胆道闭锁发病机制中的下游信号通路	胆道闭锁患者肝组织和血清样本，胆道上皮细胞	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, qRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	胆道闭锁患者、非胆道闭锁胆汁淤积患者和正常对照的肝组织及血清样本
117	2025-09-06	Cancer-associated fibroblasts are associated with neo-adjuvant treatment response in oesophageal adenocarcinoma 2025-Sep, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03080-8 PMID:40640495	研究论文	本研究探讨癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管腺癌新辅助治疗反应中的作用	首次系统描述食管腺癌新辅助治疗过程中肿瘤微环境的细胞表型变化，并鉴定出与治疗反应相关的特异性成纤维细胞变化和两基因纤维化特征	体外共培养实验仅能部分重现观察到的CAF表型，样本量相对有限（26例患者）	研究肿瘤微环境成分特别是CAF对新辅助治疗反应的贡献机制	食管腺癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管癌	组织病理学分析、单细胞RNA测序、转录组分析、体外共培养模型	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、组织病理学数据	26例食管腺癌患者，按新辅助治疗病理反应分层
118	2025-09-06	Methyl-CpG-binding domain as a protein interaction partner in promoter regulation and neurodevelopment through evolutionary expanded entanglement 2025-Sep-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024 PMID:40712661	研究论文	探讨甲基结合域（MBD）作为蛋白质相互作用基序在启动子调控和神经发育中的进化保守作用	揭示MBD独立于甲基化DNA结合的蛋白质相互作用功能及其在脊椎动物中的进化扩展	NA	研究MBD结构域在基因调控和神经发育中的进化保守机制	MBD蛋白家族、NuRD复合物、启动子调控机制	表观遗传学	神经发育障碍	ChIP-Seq、单细胞RNA-seq	NA	基因组学数据、表达谱数据	超过1.15亿个单细胞RNA-seq数据及数千个批量组织样本
119	2025-09-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2025-Sep, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02022-0 PMID:40739059	研究论文	本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，揭示了人类海马体的分子图谱及其细胞类型的空间组织	首次结合snRNA-seq和SRT技术构建人类海马体空间分子图谱，并利用NMF和标签转移方法识别神经元活动依赖性转录模式	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者样本，样本规模有限	解析人类海马体细胞类型的分子特征和空间组织结构	人类海马体组织样本	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名神经典型成年捐赠者的海马体样本
120	2025-09-06	Isotope-encoded spatial biology identifies plaque-age-dependent maturation and synaptic loss in an Alzheimer's disease mouse model 2025-Sep-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63328-y PMID:40890115	研究论文	本研究结合质谱成像和稳定同位素标记技术，追踪阿尔茨海默病小鼠模型中Aβ斑块的时空演化及其对周围组织的神经毒性影响	首次采用同位素编码时空生物学方法对Aβ斑块进行时间标记，实现斑块年龄与基因表达变化的直接关联分析	研究基于转基因小鼠模型，人类疾病适用性需进一步验证	探究Aβ斑块随时间演化对周围神经组织的病理影响机制	App基因敲入Aβ小鼠模型	空间生物学	阿尔茨海默病	质谱成像、稳定同位素标记、空间转录组学	NA	质谱成像数据、空间转录组数据、结构染色数据	转基因小鼠脑组织样本