单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-04	CX3CR1+ Monocytes/Macrophages Promote Regional Immune Injury in Mesangial Proliferative Glomerulonephritis through Crosstalk with Activated Mesangial Cells 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0716 PMID:40458609	research paper	该研究探讨了CX3CR1+单核细胞/巨噬细胞通过与激活的系膜细胞相互作用促进系膜增生性肾小球肾炎（MsPGN）区域免疫损伤的机制	揭示了CX3CL1-CX3CR1轴作为MsPGN治疗的新靶点，并验证了CX3CL1单克隆抗体quetmolimab的治疗效果	研究主要基于动物模型和临床标本，尚未进行大规模临床试验	探究MsPGN中区域免疫损伤的机制并寻找潜在治疗靶点	系膜增生性肾小球肾炎（MsPGN）患者和动物模型	免疫学	肾小球肾炎	scRNA-seq, RNA-seq, Luminex多重免疫分析	动物模型	基因表达数据、蛋白质数据	临床标本和MsPGN动物模型
102	2025-06-04	CD151 Promotes Cancer Progression in Triple-Negative Breast Cancer by Inducing EMT through the MAPK Signaling Pathway 2025, Breast cancer (Dove Medical Press) DOI:10.2147/BCTT.S518760 PMID:40458675	研究论文	本研究探讨了CD151在三阴性乳腺癌（TNBC）中通过MAPK信号通路诱导上皮间质转化（EMT）促进癌症进展的机制	揭示了CD151通过与整合素α3β1结合激活MAPK信号通路进而诱导EMT的新机制	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏体内动物模型验证	阐明CD151在TNBC中的促肿瘤作用机制	三阴性乳腺癌组织和细胞系	肿瘤生物学	乳腺癌	免疫组织化学、Western blotting、RNA干扰、单细胞RNA测序、免疫共沉淀	NA	蛋白质表达数据、基因表达数据	临床TNBC样本和TNBC细胞系（具体数量未说明）
103	2025-06-04	Cellular Heterogeneity and IL-17 Pathway Dynamics Reveal Insights into the Transition from Ulcerative Colitis to Colorectal Cancer Through scRNA-Seq Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505313 PMID:40458692	research paper	通过单细胞RNA测序分析，揭示了溃疡性结肠炎向结直肠癌转变过程中的细胞异质性和IL-17通路动态变化	首次使用scRNA-seq技术分析了UC向CACRC转变过程中的细胞异质性和分子变化，突出了IL-17信号通路、Treg扩增和C-MYC激活的关键作用	研究仅基于一个患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索溃疡性结肠炎向结直肠癌转变过程中的分子和细胞变化，以识别潜在的治疗靶点	溃疡性结肠炎和结直肠癌患者的组织样本	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	一个患者的正常结肠、UC病变组织和CACRC病变组织
104	2025-06-04	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	research paper	该研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮（SLE）中的关键基因	结合了孟德尔随机化、多组学整合、机器学习和SHAP方法，揭示了谷胱甘肽代谢途径在SLE中的关键作用，并识别出LAP3基因的重要贡献	研究依赖于现有数据集，可能未涵盖所有SLE亚型或临床情境	探索系统性红斑狼疮（SLE）的病因和潜在诊断治疗靶点	系统性红斑狼疮（SLE）患者及其相关基因和代谢物	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化（MR）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习（ML）、SHAP分析	CatBoost、XGBoost、NGBoost	基因表达数据、代谢组数据	1400种血清代谢物及多个数据集（训练集、验证集和GSE112087）
105	2025-06-04	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2024-Dec-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494074/v1 PMID:39711542	研究论文	研究探讨了在β-catenin突变的肝细胞癌中，使用新型siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）进行精准靶向治疗的效果及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的协同作用	首次展示了LNP-CTNNB1在β-catenin突变的肝细胞癌模型中的显著疗效，并通过单细胞和空间转录组学揭示了肿瘤细胞和免疫微环境的重新编程机制	研究主要基于动物模型和小样本患者数据，临床效果尚需大规模临床试验验证	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫治疗的协同作用	β-catenin突变的肝细胞癌模型和患者	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA脂质纳米颗粒（LNP-CTNNB1）、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多个β-catenin突变的免疫活性肝细胞癌模型和部分患者样本
106	2025-06-04	Derivation of transplantable human thyroid follicular epithelial cells from induced pluripotent stem cells 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.004 PMID:39515316	研究论文	该研究从人类诱导多能干细胞(iPSCs)中成功衍生出可移植的甲状腺滤泡上皮细胞(TFCs)，为治疗术后和先天性甲状腺功能减退症提供了新的潜在治疗方法	开发了一种新型人类iPSC系，通过表达NKX2-1和PAX8位点的荧光标记物来识别和纯化将发育为TFCs的细胞，并优化了无血清培养基序列以促进逐步定向分化	虽然iPSC衍生的TFCs能够持久表达甲状腺特异性蛋白，但无法在体内挽救甲状腺功能减退症	开发从人类iPSCs生产成熟功能性甲状腺滤泡细胞的方法，用于治疗甲状腺功能减退症	人类诱导多能干细胞(iPSCs)和甲状腺滤泡细胞(TFCs)	再生医学	甲状腺功能减退症	单细胞RNA测序、异种移植	NA	基因表达数据	多个iPSC系
107	2025-06-04	Spatial transcriptomics reveals molecular cues underlying the site specificity of the adult mouse oral mucosa and its stem cell niches 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.007 PMID:39547226	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了成年小鼠口腔黏膜及其干细胞微环境的分子特征	首次定义了口腔不同部位独特和共有的细胞微环境分子标记，并鉴定了FGF通路作为口腔上皮干细胞的潜在微环境因子	研究仅限于小鼠模型，人类口腔黏膜可能存在差异	解析维持口腔黏膜部位特异性的分子机制	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织	spatial transcriptomics	NA	tomo-seq空间转录组学	NA	空间转录组数据	成年小鼠的舌头、颊部和腭部组织样本
108	2025-06-04	Bone morphogenetic protein 4 induces hematopoietic stem cell development from murine hemogenic endothelial cells in culture 2024-12-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.005 PMID:39547225	研究论文	本研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在诱导小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）向造血干细胞（HSCs）分化中的作用	发现BMP4是促进早期HECs向HSCs分化的关键因子，为体外诱导HSCs提供了新方法	研究仅在小鼠胚胎细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	阐明早期HECs向HSCs分化的信号需求	小鼠胚胎造血内皮细胞（HECs）	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	E9.5和E10.5小鼠胚胎细胞
109	2025-06-04	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，从而促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证相对有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的细胞分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, multiplex in situ hybridization, AI-assisted analysis	NA	transcriptomic data, imaging data	小鼠模型和少量乳腺癌骨转移患者的样本
110	2025-06-04	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	通过单细胞分析揭示单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库的大小	首次使用单细胞RNA测序技术揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的关联，并发现IL1B通过激活NF-κB通路影响病毒库	样本量较小（14人），且仅在急性感染期接受ART治疗的人群中进行研究	研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART治疗期间HIV-1病毒库的大小	接受ART治疗的急性HIV-1感染者的外周血单核细胞（PBMC）	生物医学	艾滋病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），完整前病毒DNA检测（IPDA）	NA	单细胞基因表达数据	14名急性感染期接受ART治疗的个体（初始队列），38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的个体（验证队列）
111	2025-06-04	Validation of non-destructive morphology-based selection of cerebral cortical organoids by paired morphological and single-cell RNA-seq analyses 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.09.005 PMID:39393360	研究论文	通过配对形态学和单细胞RNA-seq分析验证基于形态学的非破坏性选择方法在脑皮质类器官中的应用	首次展示了非破坏性形态学分析可以准确区分由大脑皮质组织组成的类器官与其他脑组织类器官	未提及样本量是否足够大以覆盖所有可能的形态变异	提高基于类器官的疾病模型和细胞治疗的实验准确性和可靠性	脑皮质类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像和RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
112	2025-06-04	Lineage-specific dynamics of loss of X upregulation during inactive-X reactivation 2024-11-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.10.001 PMID:39486405	research paper	研究探讨了在不同细胞或发育背景下，失活X染色体（Xi）的重新激活是否会导致活性X染色体（Xa）上调的丧失	揭示了Xi重新激活与Xa上调丧失在不同细胞类型中的不同步现象，并建立了X染色体转录协调的数学模型	研究主要基于小鼠模型和特定人类细胞类型，可能不适用于所有生物系统	探索失活X染色体重新激活与活性X染色体上调之间的动态关系	小鼠胚胎上胚层、诱导多能干细胞、生殖细胞、小鼠胚胎外内胚层干细胞和人类B细胞	遗传学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	多种细胞类型（具体数量未明确说明）
113	2025-06-04	GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish 2024-Oct-30, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqae151 PMID:39499852	研究论文	通过斑马鱼垂体单细胞转录组学揭示GnRH与促性腺激素细胞的相互作用	首次在gnrh3-/-斑马鱼模型中系统分析了垂体所有单个细胞的基因表达，揭示了GnRH3通过不同途径调控LH和FSH促性腺激素细胞的新机制	GnRH3与LH促性腺激素细胞相互作用的最终结果仍不明确	阐明下丘脑Gnrh3及其他机制调控垂体促性腺激素细胞的作用	野生型和gnrh3-/-成年雌性斑马鱼的垂体细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和gnrh3-/-斑马鱼垂体细胞
114	2025-06-04	Single-cell RNA sequencing reveals the process of CA19-9 production and dynamics of the immune microenvironment between CA19-9 (+) and CA19-9 (-) PDAC 2024-Oct-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003130 PMID:38816396	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了CA19-9的产生过程以及CA19-9阳性和阴性PDAC中免疫微环境的动态变化	首次在单细胞分辨率下描述了CA19-9的产生过程，并发现CA19-9可促进胰腺肿瘤微环境中巨噬细胞的M2极化	样本量较小（6个PDAC样本和2个癌旁样本），且部分数据来自在线数据库	阐明CA19-9在PDAC进展中的产生机制和潜在作用	胰腺导管腺癌（PDAC）患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6个PDAC样本（3个CA19-9阳性和3个阴性）和2个癌旁样本，外加在线数据库中的6个PDAC样本（3个CA19-9阳性和3个阴性）
115	2025-06-04	The integrated molecular and histological analysis defines subtypes of esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53164-x PMID:39419971	研究论文	通过整合分子和组学分析定义食管鳞状细胞癌的亚型	利用基因组-转录组特征分析和AI辅助组织病理学图像分析，将食管鳞状细胞癌分为四种亚型，并揭示了各亚型的分子和病理特征	研究样本仅来自中国患者，可能限制了结果的普适性	提高对食管鳞状细胞癌分子和免疫景观的理解，以促进个性化治疗策略的开发	120名中国食管鳞状细胞癌患者	数字病理学	食管鳞状细胞癌	基因组-转录组分析，单细胞RNA-seq，免疫组织化学	深度学习模型	基因组数据，转录组数据，图像数据	120名患者
116	2025-06-04	In vivo CRISPRi screen identified lncRNA portfolio crucial for cutaneous squamous cell carcinoma tumor growth 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.16.618774 PMID:39464078	研究论文	通过体内CRISPRi筛选鉴定出对皮肤鳞状细胞癌肿瘤生长至关重要的lncRNA组合	首次通过CRISPR干扰筛选和异种移植模型鉴定出调控cSCC生长的lncRNAs，并验证了LINC00704和LINC01116作为潜在生物标志物	研究主要基于体外和异种移植模型，尚未在人体内进行验证	揭示lncRNAs在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用机制	皮肤鳞状细胞癌(cSCC)相关的长链非编码RNA(lncRNA)	癌症研究	皮肤鳞状细胞癌	CRISPR干扰筛选、单细胞测序、异种移植模型	xenograft模型	单细胞测序数据	正常和cSCC人类皮肤组织的单细胞测序数据
117	2025-06-04	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特征在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过Fc交换优化保护性抗体，揭示了Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的关键作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组有关	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚待验证	研究抗体在结核病控制中的作用机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
118	2025-06-04	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.615007 PMID:39386723	研究论文	通过多模态空间分析揭示输卵管高级别浆液性卵巢癌前病变中的免疫抑制和微环境重塑	整合高复杂度成像和空间转录组学技术，首次在HGSOC发展的不同阶段（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）分析了人类组织样本，揭示了前体上皮中的免疫调节机制	研究样本可能不足以代表所有HGSOC亚型，且未探讨发现的分子改变是否具有因果关系	阐明从癌前病变进展为高级别浆液性卵巢癌的分子变化	人类输卵管组织样本（p53特征、浆液性输卵管上皮内癌和侵袭性HGSOC）	数字病理学	卵巢癌	高复杂度成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	不同发展阶段的HGSOC人类组织样本（具体数量未明确说明）
119	2025-06-04	Bronchopulmonary Dysplasia with Pulmonary Hypertension Associates with Loss of Semaphorin Signaling and Functional Decrease in FOXF1 Expression 2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609955 PMID:39253423	研究论文	研究早产儿肺损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	通过单细胞RNA测序揭示了BPD+PH患者肺部独特的异常毛细血管细胞状态，并发现semaphorin信号通路缺陷及FOXF1表达降低	研究样本可能有限，且机制研究部分依赖于小鼠模型	探究BPD及BPD+PH的发病机制	早产儿肺部组织及小鼠模型	生物医学	支气管肺发育不良（BPD）及肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	早产儿肺部组织样本及小鼠模型
120	2025-06-04	Advancing cell-based therapy in sepsis: An anesthesia outlook 2024-Jul-05, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003097 PMID:38708689	review	本文综述了细胞疗法在脓毒症治疗中的现状和进展，特别是免疫细胞疗法在围手术期管理中的应用	探讨了基于干细胞的干预措施和CAR-免疫细胞疗法在脓毒症治疗中的创新应用	未提及具体临床试验结果或疗效数据	探索脓毒症治疗中的新型细胞疗法	脓毒症患者，特别是围手术期患者	NA	脓毒症	单细胞测序、基因编辑技术	NA	NA	NA