单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 40084 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-06-05 |
Single-cell transcriptomics-informed induced pluripotent stem cells differentiation to tenogenic lineage
2026-05-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.89652
PMID:42165310
|
研究论文 | 基于单细胞转录组学信息指导诱导多能干细胞向腱系分化 | 利用单细胞RNA测序和通路分析，通过化学定义培养基和小分子实现人诱导多能干细胞逐步分化为腱节阶段，并发现WNT抑制剂可去除神经脱靶细胞并提高腱节诱导效率 | 未提及 | 开发基于细胞的腱疗法，通过优化体外腱分化流程解决当前挑战 | 人诱导多能干细胞向腱系分化过程中的细胞类型和信号通路 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-06-05 |
Single-cell atlas reveals the key role of pro-inflammatory IREB2⁺ microglia subsets in the microenvironment of Alzheimer's disease
2026-May-20, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02188-2
PMID:42159858
|
研究论文 | 通过单细胞图谱揭示IREB2⁺小胶质细胞亚群在阿尔茨海默病微环境中的促炎作用 | 首次鉴定出IREB2⁺小胶质细胞亚群（IREB2⁺ MC C1）在阿尔茨海默病中显著扩增，并证实IREB2同时驱动小胶质细胞活化和神经元炎症反应，提出双靶向治疗策略 | 可能缺乏体内动物模型验证，且IREB2在神经元中的调控机制仅通过SH-SY5Y细胞系初步验证 | 阐明IREB2在阿尔茨海默病相关神经炎症中的功能角色及其小胶质细胞亚群特性 | 阿尔茨海默病脑组织单细胞RNA测序数据及人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞系 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, siRNA敲低 | NMF, 细胞间通信算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 103 | 2026-06-05 |
Single-fiber morphometry and spatial transcriptomics reveal selective oxidative muscle fiber atrophy in non-metastatic breast cancer
2026-May-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.05.11.26351978
PMID:42238445
|
研究论文 | 通过单纤维形态测量和空间转录组学揭示非转移性乳腺癌中选择性氧化肌纤维萎缩 | 首次将空间转录组学应用于癌症患者骨骼肌研究，并建立了结合单纤维形态测量和空间转录组学的综合框架 | 信息未提供 | 探究非转移性乳腺癌相关骨骼肌病理变化及其在癌症相关疲劳中的作用 | 非转移性乳腺癌患者和健康对照者的胸大肌活检样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单纤维形态测量, 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | 非转移性乳腺癌患者和健康对照者的胸大肌活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 104 | 2026-06-05 |
A harmonized single-cell RNA-seq atlas of human localized and metastatic prostate cancers and benign tissues
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.725966
PMID:42239107
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 105 | 2026-06-05 |
Accelerated amyloid neurodegeneration in HIV-1-infected APP-KI Alzheimer's disease mice
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.16.725620
PMID:42239074
|
研究论文 | 创建了一种新型APP敲入AD小鼠模型，研究HIV-1复制对阿尔茨海默病理的影响 | 首次构建了NOG/APP KM670,671NL /IL-34 (hNAIL)小鼠模型，允许同时研究HIV-1复制和AD病理 | 未明确提及 | 探究HIV-1感染与阿尔茨海默病病理之间的机制联系 | HIV-1感染的APP敲入阿尔茨海默病小鼠 | 机器学习 | 老年疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 4月龄CD34+人类细胞重建小鼠感染HIV-1 ADA毒株 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 106 | 2026-06-05 |
Neuroprotection following FLASH-RT may be mediated by sustained glutamate receptor AMPAR activation in CA3 neurons
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725423
PMID:42239092
|
研究论文 | 通过空间转录组学揭示FLASH-RT对CA3神经元中AMPAR的持续激活介导的神经保护机制 | 首次发现FLASH辐照通过持续上调谷氨酸受体AMPAR表达，提供长期神经保护，并揭示早期钙离子内流与后续AMPAR持续表达的可能机制 | 未提及具体局限性 | 阐明FLASH-RT在正常大脑中长期神经保护作用的早期机制 | C57BL/6J小鼠海马CA3和DG区域神经元 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | C57BL/6J小鼠经全脑照射，使用1或3个分次10 Gy，FLASH剂量率5.6×10^6 Gy/s或常规剂量率0.1 Gy/s | Nanostring | 空间转录组学 | Nanostring平台 | NA |
| 107 | 2026-06-05 |
Integrated spatial transcriptomic and metabolic profiling identifies molecular networks associated with cognitive performance in the porcine prefrontal cortex
2026-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 整合空间转录组学与代谢组学分析猪前额叶皮层，揭示认知能力相关的分子网络 | 首次在大型脑回类动物中构建空间分辨多组学框架，将转录活动、代谢状态与神经化学信号联系起来，识别出与认知表现相关的新基因 | 研究主要聚焦于皮层III-V层，未涵盖其他皮层区域，且结果基于猪模型，需进一步验证在人类中的适用性 | 阐明认知功能的分子结构基础，探索神经退行性疾病的通路 | 猪前额叶皮层（特别是III-V层）及分层小鼠模型 | 空间转录组学、代谢组学、数字病理学 | 神经退行性疾病 | 空间转录组学、代谢组学、免疫组织化学分析、Y迷宫行为测试 | NA | 空间转录组数据、代谢组数据、组织图像 | 猪组织样本（具体数量未说明）及分层小鼠模型（用于Y迷宫行为测试） | NA | 空间转录组学、代谢组学 | NA | NA |
| 108 | 2026-06-05 |
Integrated transcriptomic analysis reveals lymphatic Icam1-mediated immune dynamics after myocardial infarction
2026-May-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 综合转录组分析揭示淋巴ICAM1介导的心肌梗死后免疫动态变化 | 首次利用淋巴内皮细胞特异性Icam1条件性敲除模型，结合单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示ICAM1在心肌梗死后免疫微环境中的调控作用 | 未明确说明具体局限性，但可能涉及动物模型与人类疾病的差异、时间点选择的局限性等 | 研究淋巴内皮细胞中ICAM1在心肌梗死后免疫微环境重塑中的作用 | 具有淋巴内皮细胞特异性Icam1条件性敲除的小鼠模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒、10x Visium空间基因表达试剂盒 |
| 109 | 2026-06-05 |
Workload-induced changes to cell state contribute to β-cell failure in diabetes
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.13.725004
PMID:42239070
|
研究论文 | 揭示工作量诱导的β细胞状态变化在2型糖尿病中导致β细胞衰竭的机制 | 首次通过单细胞RNA测序定义工作量诱导的β细胞转录状态变化，识别出与失代偿β细胞应激状态不同的新型补偿状态，并发现Lsd1在约束β细胞状态转变中的关键作用 | 研究主要在动物模型中进行，结果在人类中尚需进一步验证 | 探讨β细胞在2型糖尿病自然病程中从功能正常到失代偿的进展机制 | β细胞 | 生物信息学 | 2型糖尿病 | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 糖尿病小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 110 | 2026-06-05 |
AKT3-Driven Epithelial-Mesenchymal Plasticity Governs Ovarian Metastasis in Colorectal Cancer via Tumor Microenvironment Remodeling
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-1718
PMID:41662163
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示AKT3驱动的上皮-间充质可塑性通过肿瘤微环境重塑调控结直肠癌卵巢转移的机制 | 首次鉴定AKT3+上皮间充质转化样细胞作为结直肠癌卵巢转移起始细胞，并揭示其与癌相关成纤维细胞的互作形成前馈环路驱动转移 | 未提及 | 阐明结直肠癌卵巢转移的生物学机制及潜在治疗靶点 | 结直肠癌卵巢转移患者的肿瘤样本、异种移植模型、患者来源类器官 | 机器学习 | 结直肠癌，卵巢转移 | 单细胞RNA测序，批量转录组分析，多重免疫荧光染色，异种移植模型，患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序数据，批量转录组数据，多重免疫荧光图像 | 35名患者的155,163个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 111 | 2026-06-05 |
Efficacy and Safety of Tunlametinib in Adults with Inoperable Neurofibromatosis Type 1-Associated Plexiform Neurofibromas: Phase IIa Trial and Biomarker Research
2026-May-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-3291
PMID:41671075
|
研究论文 | 评估Tunlametinib在成人不可手术的1型神经纤维瘤病相关丛状神经纤维瘤中的疗效和安全性，进行IIa期试验及生物标志物研究 | 首次在成人PN患者中评估Tunlametinib的疗效和安全性，并结合单细胞转录组分析探索治疗反应异质性 | 单臂、开放标签设计，样本量小（15例），且未与现有疗法直接比较 | 评估Tunlametinib对成人不可手术PN的疗效和安全性，并探索生物标志物 | 15名成人PN患者（10男5女，中位年龄27岁） | 机器学习 | 神经纤维瘤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床变量数据和单细胞转录组数据 | 15例成人PN患者（治疗前活检来自1例快速应答者和2例缓慢应答者） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-06-05 |
Discovery and Evaluation of Biomarkers for Triple-Negative Breast Cancer Subtypes Uncovers Patient Stratification and Targeted Therapeutic Strategies
2026-May-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2758
PMID:41671401
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据计算分析，发现三阴性乳腺癌基底标志物，识别出真基底型三阴性乳腺癌亚型，并验证达沙替尼作为潜在靶向治疗药物 | 首次利用单细胞RNA测序数据定义基底身份基因，识别出预后更差的真基底型三阴性乳腺癌亚型，并发现TAGLN作为达沙替尼反应的预测生物标志物 | 研究主要依赖体外细胞系和异种移植模型，临床验证样本量可能有限，且FDA化合物库筛选结果需进一步临床验证 | 寻找三阴性乳腺癌亚型的生物标志物，改善患者分层并识别靶向治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本、乳腺癌细胞系、患者来源异种移植模型 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、高通量化合物筛选 | NA | 单细胞转录组数据、组织切片图像 | 两个独立的三阴性乳腺癌队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2026-06-05 |
The modified Zuojin formula (SQQT) associates ILC2-linked JAK-2/STAT5/c-Myc cascade and gastric metaplasia regression
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121345
PMID:41663001
|
研究论文 | 改良左金方通过ILC2介导的JAK-2/STAT5/c-Myc通路促进胃化生消退的机制研究 | 首次揭示了改良左金方通过调控ILC2激活及JAK-2/STAT5/c-Myc通路这一新机制来治疗胃化生 | 未明确说明研究局限性，可能包括样本量有限或动物模型与临床转化的差异 | 研究改良左金方在免疫微环境中对胃化生治疗的机制 | 胃化生患者及他莫昔芬诱导的胃化生小鼠模型 | 数字病理学 | 胃化生 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 胃化生患者样本和小鼠模型，具体样本数未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-06-05 |
Inhibition of the p38/JNK MAPK pathway mediated by circadian rhythm genes: Study of the mechanism of Linggan Wuwei Jiangxin decoction in the treatment of COPD
2026-May-10, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121349
PMID:41672117
|
研究论文 | 研究苓甘五味姜辛汤通过调节生物钟基因抑制p38/JNK MAPK通路治疗慢阻肺的机制 | 首次整合代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序、机器学习和分子动力学模拟，揭示苓甘五味姜辛汤通过调节生物钟基因（Bmal1、Per2、Nr1d1）抑制p38/JNK MAPK信号通路治疗慢阻肺的机制 | 未在人体临床实验中验证，仅基于大鼠模型和细胞实验；未探讨全部潜在活性成分的协同作用 | 阐明苓甘五味姜辛汤预防和治疗慢阻肺的作用机制 | 慢阻肺大鼠模型和CS/LPS刺激的BEAS-2B细胞模型 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | UPLC-MS/MS, 代谢组学, 转录组学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | 机器学习算法（未具体说明类型）, WGCNA | 质谱数据、转录组数据、单细胞转录组数据、分子结构数据 | 大鼠模型（未提供具体数量）和BEAS-2B细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2026-06-05 |
Integrated Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies Macrophage Heterogeneity and Mitophagy-Related Biomarkers in Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2026-May-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27104201
PMID:42196184
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序，识别特发性肺纤维化中巨噬细胞异质性和与线粒体自噬相关的生物标志物 | 首次整合单细胞和批量转录组分析，揭示RACGAP1和KIF11在IPF巨噬细胞-线粒体自噬轴中的关键作用，为理解IPF发病机制中的巨噬细胞-线粒体自噬轴提供新框架 | NA | 阐明特发性肺纤维化、巨噬细胞和线粒体自噬之间的关联，以推进早期诊断和临床管理 | IPF患者的巨噬细胞亚群和相关生物标志物 | 机器学习 | 肺纤维化 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 116 | 2026-06-05 |
Accurate classification of ependymomas and medulloblastomas using Raman spectroscopy and pilot transcriptomic profiling
2026-May-05, Spectrochimica acta. Part A, Molecular and biomolecular spectroscopy
DOI:10.1016/j.saa.2026.127532
PMID:41653757
|
研究论文 | 利用拉曼光谱和后颅窝室管膜瘤与髓母细胞瘤的转录组谱分析实现准确分类 | 首次将拉曼光谱与空间转录组学结合，用于区分后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤，并在冷冻和FFPE标本中验证了分类模型的准确性 | 样本量较小（34份标本），患者级别的性能需在更大队列中验证，且为回顾性研究 | 评估拉曼光谱在区分后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤中的准确性，并探索相关生化差异的生物学背景 | 后颅窝室管膜瘤和髓母细胞瘤的冷冻及FFPE组织标本 | 数字病理学 | 脑肿瘤（室管膜瘤和髓母细胞瘤） | 拉曼光谱，空间转录组学 | 主成分分析-支持向量机分类器 | 光谱数据，转录组数据 | 34份标本（21份冷冻，13份FFPE） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium In Situ v2 FFPE workflow | 10x Genomics Xenium In Situ v2 FFPE工作流程 |
| 117 | 2026-06-05 |
Deciphering the glioblastoma microenvironmental landscape with multi-modal radiogenomics to guide prognosis and personalized therapy
2026-May-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08226-7
PMID:42087207
|
研究论文 | 通过多模态影像基因组学解析胶质母细胞瘤微环境特征，以指导预后和个性化治疗 | 首次结合MRI影像组学特征与单细胞转录组数据建立非侵入性框架，揭示胶质母细胞瘤的异质性和微环境结构，并利用计算药物筛选识别与特定影像组学特征相关的高风险表达模式的可逆靶向药物 | 未明确提及，但可能包括样本量有限、影像组学特征的临床验证不足以及单细胞数据的整合方法依赖性 | 建立非侵入性框架以表征胶质母细胞瘤的异质性，桥接影像组学特征与肿瘤微环境结构，并识别个性化治疗的新型可药物靶点 | 胶质母细胞瘤患者的MRI影像数据、单细胞转录组数据以及药物敏感性数据 | 医学影像与计算生物学 | 胶质母细胞瘤 | MRI影像组学、单细胞RNA测序 | 排名计算方法用于评估单细胞水平的基因集活性 | 图像（MRI）和基因表达数据（scRNA-seq） | 未明确数量，但包括了来自公共数据集的影像组学数据和单细胞转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2026-06-05 |
spatiAlytica: Viewer-Grounded Multimodal Agentic System for Interactive Spatial Omics Analysis
2026-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.29.721735
PMID:42146494
|
研究论文 | 提出一个嵌入Napari查看器的多模态交互式智能系统spatiAlytica，使无编程背景的生物学家可通过自然语言进行迭代、假设驱动的空间组学分析 | 首个将查看器状态序列化、智能体记忆、生物概念至数据字段映射、代码生成与调试、空间视觉问答及有依据解释相结合的查看器中心化多模态交互系统 | 未提及具体局限性 | 为无编程背景的生物学家提供可通过自然语言进行空间组学分析的交互式工具 | 空间转录组学和蛋白质组学数据 | 数字病理学 | 卡波西肉瘤, 结直肠癌, 卵巢癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | 多模态智能体系统 | 空间组学数据, 图像 | 222个单轮空间分析编码问题, 178个多轮序列工作流问题, 7350个图像基础推理问题 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 119 | 2026-06-05 |
PVAED: prior-guided variational autoencoders with diffusion denoising for interpretable single-cell representation learning
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag259
PMID:42202286
|
研究论文 | 提出了一种结合生物先验知识和扩散去噪的可解释单细胞表示学习框架PVAED | 将生物先验知识整合到变分自编码器中，并利用扩散去噪模块优化潜在嵌入，同时引入邻域保持损失项确保细胞局部相似性，提高了可解释性和聚类性能 | 未明确说明局限性，但可能依赖于先验知识的完整性和准确性 | 开发一种能够整合生物先验知识的可解释降维方法，用于单细胞RNA测序数据的表示学习 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体及其调控因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器（VAE）与扩散模型 | 基因表达数据 | 多个基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2026-06-05 |
Integrating Spatial Proteogenomics in Cancer Research
2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202520744
PMID:41655216
|
综述 | 系统回顾空间蛋白质基因组学在肿瘤研究中的发展，从单模态分析到多模态整合，以及从传统机器学习到人工智能驱动分析框架的演进 | 系统性梳理了空间蛋白质基因组学从单模态到多模态整合的演进脉络，涵盖RNA-蛋白共定位、空间蛋白质组+代谢组联合分析、深度视觉蛋白质组学及多模态基础AI模型等前沿技术 | 面临分辨率、标准化和数据复杂性等挑战，同时需要量子计算、活体成像和类器官整合等前沿技术的进一步突破 | 总结空间蛋白质基因组学在肿瘤研究中的应用进展和未来方向 | 肿瘤微环境中的蛋白质、RNA、代谢物等多模态分子信息 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间蛋白质基因组学, 空间转录组学, 空间代谢组学, MALDI成像, 质谱成像 | KRONOS, HEIST，多模态基础AI模型 | 空间蛋白质组数据, 空间转录组数据, 空间代谢组数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 单细胞多组学 | 不适用 | 空间CITE-seq、NanoPOTS、PiMS等技术平台的具体配置信息未提供 |