单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-28	Author Correction: Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2025-May-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08195-5 PMID:40419725	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
102	2025-05-28	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-May-26, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术，分析了11例ETMR患者的样本，揭示了ETMR的细胞层次结构和致癌机制	揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干细胞性和谱系承诺的转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为致癌通路的新靶点	样本量较小（11例ETMR患者样本），可能影响结果的普遍性	研究ETMR的细胞层次结构和致癌机制，为更有效的靶向治疗提供理论基础	ETMR（多层玫瑰花结胚胎性肿瘤）患者的肿瘤样本	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、图像数据	11例ETMR患者样本
103	2025-05-28	Exploiting the endothelial-immune axis to improve radiotherapy efficacy 2025-May-26, The British journal of radiology DOI:10.1093/bjr/tqaf114 PMID:40419861	review	本文探讨了内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	提出通过靶向内皮细胞来调节免疫反应，以提高放疗的治疗增益	需要更多体内实验数据来验证内皮细胞在放疗中的具体作用机制	研究内皮细胞在放疗中对免疫细胞招募的调控作用及其对治疗效果的影响	内皮细胞、免疫细胞、肿瘤组织和正常组织	肿瘤学	肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	动物模型和人类患者样本
104	2025-05-28	Fibroblast reprogramming in the dura mater of NTG-induced migraine-related chronic hypersensitivity model drives monocyte infiltration via Angptl1-dependent stromal signaling 2025-May-26, The journal of headache and pain IF:7.3Q1 DOI:10.1186/s10194-025-02058-4 PMID:40419944	research paper	该研究揭示了NTG通过重编程脑膜成纤维细胞，扩增促炎性成纤维细胞亚型，通过TNF-α/NF-κB信号和Angptl1介导的单核细胞互作驱动偏头痛相关慢性超敏反应	发现了NTG诱导的脑膜成纤维细胞重编程及其通过Angptl1介导的基质-免疫细胞互作在偏头痛慢性化中的作用，并确定了Mafk-Angptl1轴作为潜在治疗靶点	需要进一步的人类验证	探究脑膜基质-免疫细胞互作在偏头痛慢性化中的作用机制	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型中的脑膜组织	神经科学	偏头痛	scRNA-seq, GWAS整合分析, 细胞互作网络分析, 转录调控分析	NTG诱导的偏头痛相关慢性超敏反应模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及Vehicle组和NTG组的比较
105	2025-05-28	Revealing a novel Decorin-expressing tumor stromal subset in hepatocellular carcinoma via integrative analysis single-cell RNA sequencing 2025-May-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03811-0 PMID:40420150	研究论文	通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中一种新的表达Decorin的肿瘤基质亚群	首次在肝细胞癌中发现并描述了一种独特的表达Decorin及其相关硫酸软骨素合成酶的肿瘤基质亚群，并验证了其作为预后标志物的潜力	研究主要基于RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证Decorin在肿瘤微环境中的具体作用机制	探索Decorin在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其治疗潜力	肝细胞癌组织及肿瘤微环境中的基质细胞	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但包含肿瘤组织和癌旁组织的测序数据
106	2025-05-28	Targeting of the IL-33/Wnt axis restricts breast cancer stemness and metastasis 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03260-9 PMID:40414980	research paper	该研究探讨了IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用，并提出了AAV介导的ST2沉默作为一种新的治疗策略	发现了IL-33通过Wnt/β-catenin信号通路促进乳腺癌干性的新机制，并提出了AAV介导的ST2沉默作为治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	研究IL-33/Wnt轴在乳腺癌干性和转移中的作用	乳腺癌细胞（4T1和MDA-MB-231）和小鼠模型（orthotopic 4T1和自发MMTV-PyMT）	癌症研究	乳腺癌	CRISPR/Cas9、单细胞RNA测序、AAV介导的基因沉默	小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	小鼠模型和乳腺癌细胞系
107	2025-05-28	The antioxidant stress effect of granulin precursor in vitiligo 2025-May-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03486-7 PMID:40415096	research paper	该研究探讨了granulin前体在白癜风中的抗氧化应激作用及其机制	首次发现granulin-sortilin 1配体-受体在白癜风病变中显著下调，并证实其通过激活细胞内抗氧化系统来抵抗黑色素细胞死亡	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证	探究细胞间信号传递对白癜风皮肤微环境稳态的影响	白癜风患者的黑色素细胞和皮肤细胞	皮肤病学	白癜风	单细胞测序和微阵列数据	NA	基因表达数据	NA
108	2025-05-28	An inducible mouse model of osteogenesis imperfecta type V reveals aberrant osteogenesis caused by Ifitm5 c.-14C>T mutation 2025-May-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf022 PMID:39908237	research paper	该研究开发了一种可诱导的小鼠模型，用于探索由IFITM5基因c.-14C>T突变引起的V型成骨不全症的致病机制	开发了一种可诱导的小鼠模型，克服了以往模型胚胎致死的问题，并利用单细胞RNA测序技术揭示了SOX9异常表达和骨生成、软骨生成及脂肪生成平衡失调的致病机制	研究主要基于小鼠模型，结果向人类疾病的转化需要进一步验证	探究V型成骨不全症的分子机制	携带Ifitm5 c.-14C>T突变的小鼠模型	遗传疾病研究	成骨不全症	单细胞RNA测序	可诱导小鼠模型(Ifitm5flox c.-14C>T)	基因表达数据	多种Cre重组酶诱导的突变小鼠模型(Prx1-Cre, Col1a1-Cre, Ocn-Cre)
109	2025-05-28	Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer 2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04048-6 PMID:40411560	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌进展和免疫中的作用	使用SAHMI流程系统性地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上研究肿瘤-微生物相互作用	NA	探究肿瘤内微生物群在胃癌发生和进展中的作用	胃癌组织中的细胞群和幽门螺杆菌	digital pathology	gastric cancer	single-cell RNA sequencing, fluorescence in situ hybridization, immunohistochemistry	NA	RNA sequencing data, image data	一个大型胃癌队列中的多个肿瘤和正常样本
110	2025-05-28	Unraveling the significance of cuproptosis in hepatocellular carcinoma heterogeneity and tumor microenvironment through integrated single-cell sequencing and machine learning approaches 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02696-9 PMID:40411678	研究论文	通过整合单细胞测序和机器学习方法，揭示铜死亡在肝细胞癌异质性和肿瘤微环境中的重要性	首次将铜死亡与肝细胞癌的异质性和肿瘤微环境联系起来，并构建了基于铜死亡相关基因的风险评分模型和预后列线图	研究主要依赖于公共数据库的数据，缺乏实验验证	提高肝细胞癌的预后预测和个性化治疗策略	肝细胞癌（HCC）细胞亚群	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，机器学习	LASSO回归，多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据
111	2025-05-28	Prognostic model identification of ribosome biogenesis-related genes in pancreatic cancer based on multiple machine learning analyses 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02733-7 PMID:40411705	研究论文	本研究通过多机器学习分析识别了胰腺癌中与核糖体生物合成相关的基因，构建了一个预后风险模型	首次结合机器学习算法和单细胞RNA测序分析，筛选出9个关键生物标志物，揭示了核糖体生物合成在胰腺癌进展和治疗抵抗中的关键作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证	探索胰腺癌中核糖体生物合成的分子机制，寻找新的生物标志物和治疗靶点	胰腺癌患者和相关的基因表达数据	机器学习	胰腺癌	单细胞RNA测序，机器学习算法	Cox回归和多种机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本，以及GSE155698单细胞RNA测序数据集
112	2025-05-28	Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data 2025-May-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01862-x PMID:40413226	research paper	提出了一种名为STaCker的深度学习算法，用于通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以构建空间转录组数据的共同坐标框架	STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，能够抵抗噪声和批次效应，且仅使用合成数据进行训练以克服训练数据稀缺的问题	未提及具体局限性	构建空间转录组数据的共同坐标框架，以解决切片间坐标不统一导致的数据分析和整合难题	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	deep learning	image, gene expression data	多种基准数据集和真实空间转录组数据集
113	2025-05-28	Dissecting PTPN7-driven aggressiveness in IDH-wildtype astrocytomas: multi-omics, clinical validation, and spatial transcriptomics for prognostic insights 2025-May-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02662-5 PMID:40413344	研究论文	本研究探讨了PTPN7在IDH野生型星形细胞瘤中的预后意义、空间分布及免疫相关功能，旨在阐明其作为胶质瘤治疗预后标志物和治疗靶点的潜力	首次全面评估PTPN7在胶质瘤中的预后价值和免疫调节作用，并利用空间转录组学技术揭示其空间分布特征	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证PTPN7的具体作用机制	探索PTPN7作为胶质瘤预后生物标志物和免疫调节因子的潜力	IDH野生型星形细胞瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫组化图像	TCGA和CGGA数据库的胶质瘤样本，70例免疫组化验证病例
114	2025-05-28	Compromised efferocytosis during aging is related to COVID-19 severity in mice 2025-May-24, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2025.05.008 PMID:40419113	研究论文	本研究通过建立老年小鼠COVID-19模型，揭示了老年个体中SARS-CoV-2感染后免疫细胞景观的变化及炎症反应过度激活的机制	首次在老年小鼠模型中揭示了efferocytosis（凋亡细胞清除）功能受损与COVID-19严重程度的关系	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究老年个体COVID-19病情加重的免疫学机制	老年小鼠的肺组织免疫细胞	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析	老年小鼠COVID-19模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
115	2025-05-28	Genetically supported causality between gut microbiota, prefrontal cortex and depression: insights from multiple Mendelian randomization, multi-omics analysis, and network pharmacology 2025-May-24, Journal of affective disorders IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.jad.2025.119458 PMID:40419156	研究论文	通过多组学分析和网络药理学方法，研究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的遗传支持因果关系	首次综合运用多变量孟德尔随机化、多组学分析和网络药理学方法，揭示了肠道菌群通过前额叶皮层结构影响抑郁症的潜在机制，并鉴定了新的治疗靶点	研究主要基于欧洲人群的GWAS数据，可能不适用于其他人群	探究肠道菌群与前额叶皮层及抑郁症之间的因果关系及其生物学机制	肠道菌群、前额叶皮层结构和抑郁症患者	生物医学	抑郁症	GWAS、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、RT-qPCR、免疫荧光分析	NA	基因组数据、脑成像数据、RNA测序数据	肠道菌群数据(n=5959)、抑郁症数据(43,280病例/329,192对照)、脑成像数据(n=33,224)
116	2025-05-28	Identification of key genes and diagnostic biomarkers for peripheral atherosclerosis: A multi-omics approach 2025-May-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042437 PMID:40419934	研究论文	本研究通过多组学方法识别外周动脉粥样硬化的关键基因和诊断生物标志物	整合多种组学数据（基因表达、单细胞RNA测序、全基因组关联研究等）识别出6个与PAS相关的关键基因，并开发了一个高精度的诊断模型	研究主要基于公开数据集，可能需要进一步实验验证	识别外周动脉粥样硬化的分子生物标志物并阐明其进展机制	外周动脉粥样硬化患者	生物信息学	心血管疾病	基因表达分析、单细胞RNA测序、全基因组关联研究、孟德尔随机化分析	诊断列线图	基因表达数据	2个GEO数据集（GSE28829、GSE100927）
117	2025-05-28	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	research paper	该研究探讨了抗PD-1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制，特别是在老年小鼠模型中	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在抗PD-1治疗诱导的肺毒性中的关键作用，并发现老年宿主环境对此过程至关重要	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	研究抗PD-(L)1治疗引起的器官毒性的细胞机制，以开发更安全有效的癌症免疫疗法	老年小鼠模型和癌症患者	免疫学	lung cancer	单细胞转录组学，细胞过继转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠，癌症患者样本
118	2025-05-28	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-Binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2025-May-22, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321173 PMID:40401371	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4/5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用	首次发现FABP4/5在肺动脉高压中的关键作用，并阐明其通过调控内皮细胞糖酵解和动脉编程促进血管重塑的分子机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化仍需进一步验证	探究FABP4/5在肺动脉高压发病机制中的作用	肺动脉内皮细胞、肺动脉高压患者样本和PH大鼠模型	digital pathology	pulmonary hypertension	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomic analysis, bulk RNA-seq	Egln1Tie2Cre (CKO) mice, Egln1Tie2Cre/Fabp4/5-/- (TKO) mice	RNA-seq data, histology images	患者样本和PH大鼠模型（具体数量未明确说明）
119	2025-05-28	Cell simulation as cell segmentation 2025-May-22, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02697-0 PMID:40404994	research paper	该论文提出了一种名为Proseg的概率分割方法，通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组学中的细胞分割准确性	采用ab initio细胞模拟方法，提出Proseg算法，显著提高了细胞分割的形态学合理性和计算效率	仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，未涵盖所有可能的实验条件	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组数据中的细胞边界	digital pathology	renal cell carcinoma	spatial transcriptomics	probabilistic segmentation model (Proseg)	spatial transcriptomics data	来自肾细胞癌患者的样本数据
120	2025-05-28	Regulatory network analysis of Dclk1 gene expression reveals a tuft cell-ILC2 axis that inhibits pancreatic tumor progression 2025-May-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115734 PMID:40408246	研究论文	本研究通过Dclk1报告小鼠模型和单细胞RNA测序技术，揭示了Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用	发现了Dclk1表达的两种细胞群在胰腺肿瘤进展中的对立作用，并揭示了一种保护性的tuft细胞-ILC2轴机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺肿瘤中的相关性需要进一步验证	阐明Dclk1基因表达的调控网络及其在胰腺肿瘤进展中的作用机制	Dclk1表达的细胞群及其在胰腺肿瘤微环境中的功能	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Dclk1报告小鼠模型	基因表达数据	NA