单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-17	Targeting Setdb1 in T cells induces transplant tolerance without compromising antitumor immunity 2025-May-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58841-z PMID:40374612	research paper	该研究揭示了Setdb1在T细胞中的作用，通过调节Treg细胞分化，实现移植耐受而不影响抗肿瘤免疫	发现Setdb1缺失能选择性抑制移植排斥反应而不损害抗肿瘤免疫，并鉴定了一个新的胸腺Treg细胞亚群	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索在维持抗肿瘤免疫的同时实现移植耐受的机制	Setdb1缺陷小鼠的T细胞和Treg细胞	免疫学	移植排斥和肿瘤	RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
102	2025-05-17	scRDEN: single-cell dynamic gene rank differential expression network and robust trajectory inference 2025-May-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01969-1 PMID:40374885	研究论文	提出了一种名为scRDEN的稳健框架，用于推断细胞亚群和基因差异表达网络，以理解细胞命运决定的异质性	将不稳定的基因表达值转化为相对稳定的基因-基因相互作用，提取差异表达顺序，并整合不同降维方法的表达特征	未明确提及具体限制	深入理解细胞命运决定的异质性，分析动态调控变化并准确推断分化轨迹	人类和小鼠细胞分化的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scRDEN	基因表达数据	五个已发表的scRNA-seq数据集
103	2025-05-17	Deciphering the role of acetylation-related gene NAT10 in colon cancer progression and immune evasion: implications for overcoming drug resistance 2025-May-15, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02617-w PMID:40374962	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了乙酰化相关基因NAT10在结肠癌进展和免疫逃逸中的关键作用	首次系统研究了NAT10在结肠癌中的功能，发现其与免疫逃逸和不良预后相关，并提出了作为治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据集分析，需要进一步实验验证NAT10的具体作用机制	探索乙酰化相关基因在结肠癌进展和免疫逃逸中的作用机制	结肠癌患者样本和公共数据库数据	癌症生物学	结肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学、孟德尔随机化分析	细胞-细胞相互作用模型、生存分析模型	基因组数据、转录组数据	来自GSE132465、UCSC Xena和GeneCards等公共数据库的样本
104	2025-05-17	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients 2025-May-15, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2849-2 PMID:40374987	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了FAS阳性T细胞和自噬相关特征在预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者对化疗免疫治疗反应中的作用	首次构建了基于自噬相关基因的预后模型，并鉴定FAS作为预后生物标志物，发现FAS阳性Treg和Tfh细胞富集的肿瘤微环境与良好预后相关	样本量相对有限，特别是单细胞测序数据仅来自4例患者，需要更大规模的研究验证	研究自噬相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后效应	弥漫大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞测序, 空间转录组学, 抗体阵列	自噬相关预后模型	转录组数据, 蛋白质组数据	1409例DLBCL患者转录组数据, 531例健康对照, 4例单细胞测序数据, 10例空间转录组数据, 110例本地队列蛋白质组数据
105	2025-05-17	Tyrosinase in melanoma inhibits anti-tumor activity of PD-1 deficient T cells 2025-May-15, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02237-4 PMID:40375241	研究论文	该研究探讨了酪氨酸酶在黑色素瘤中如何抑制PD-1缺陷T细胞的抗肿瘤活性	首次发现酪氨酸酶缺失可显著增加T细胞浸润并激活其抗肿瘤活性，特别是在PD-1缺陷小鼠中效果更为显著	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类黑色素瘤患者中进行验证	探索黑色素瘤抵抗免疫治疗的分子机制，寻找新的治疗靶点	B16黑色素瘤模型和PD-1缺陷小鼠	肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
106	2025-05-17	Atf3 + senescent chondrocytes mediate meniscus degeneration in aging 2025-May-15, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03566-z PMID:40375324	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Atf3+衰老软骨细胞在衰老半月板退化中的关键作用及其通过ANGPTL4通路的致病机制	首次鉴定出Atf3+衰老软骨细胞作为衰老半月板中的关键致病细胞群，并发现其通过ANGPTL4-SDC4轴促进退化	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体组织中验证	探究衰老半月板退化的细胞和分子机制	年轻(12周)和老年(24个月)大鼠的半月板组织	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫组化	Seurat, Monocle 2, CellChat	单细胞转录组数据	年轻和老年大鼠的半月板组织(具体数量未明确说明)
107	2025-05-17	Characterization and prognostic of CD8 + TIM3 + CD101 + T cells in glioblastoma multiforme 2025-May-15, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01390-1 PMID:40375334	research paper	本研究旨在表征GBM中CD8+TIM3+CD101+T细胞的差异表达基因，建立预后模型并探索其临床意义	首次揭示了CD8+TIM3+CD101-T细胞作为CCT细胞前体的细胞轨迹，并开发了一个包含22个基因特征的预后模型	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究GBM肿瘤免疫微环境中CCT细胞的特征及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用	GBM患者的肿瘤组织和相关免疫细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、全基因组表达谱分析、LASSO回归	预后模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA、CGGA和GEO数据库的多个GBM样本
108	2025-05-17	CD49d promotes T-cell senescence in chronic lymphocytic leukaemia 2025-May-15, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20135 PMID:40375447	research paper	该研究探讨了CD49d在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中对T细胞衰老的影响	揭示了CD49d在CLL患者T细胞衰老中的新作用，并提出了针对CD49d依赖性衰老途径可能逆转T细胞功能障碍的治疗策略	研究未涉及CD49d如何具体调控T细胞衰老的分子机制	探究CD49d对CLL患者T细胞生物学的影响	CLL患者和健康捐赠者的CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	慢性淋巴细胞白血病	流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据和基因表达数据	未明确提及样本数量，但包括CLL患者和健康捐赠者的T细胞
109	2025-05-17	Deciphering the Immunomodulatory Function of GSN+ Inflammatory Cancer-Associated Fibroblasts in Renal Cell Carcinoma Immunotherapy: Insights From Pan-Cancer Single-Cell Landscape and Spatial Transcriptomics Analysis 2025-May-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70062 PMID:40375605	研究论文	本研究通过泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析，探讨了GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在肾细胞癌免疫治疗中的免疫调节功能	首次利用泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析GSN iCAFs的亚型及其在ICI治疗中的空间分布特征，并开发了预测ICI反应的Caf.Sig模型	研究主要基于体外和动物模型实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制	泛癌患者样本和肾透明细胞癌(ccRCC)样本	癌症免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学测序(ST-seq)、机器学习	Caf.Sig模型	RNA测序数据	泛癌患者样本和ccRCC样本(具体数量未明确说明)
110	2025-05-17	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-May-15, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性纵向队列研究，评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究首次全面评估心脏移植后代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用多种先进技术进行深度代谢和心脏表型分析	研究仅纳入400名患者，样本量相对有限，且随访时间为5年，可能无法完全反映长期代谢变化的影响	探究心脏移植后代谢变化与心脏功能及预后的关系，优化移植后代谢监测和治疗策略	心脏移植患者	心血管疾病研究	心血管疾病	心脏磁共振成像和光谱学(cMRI/MRS)、冠状动脉造影、第三代和第四代测序技术(长短读长测序)、单细胞测序	NA	临床数据、影像数据、基因组数据	400名心脏移植患者，随访5年
111	2025-05-17	Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02562-24 PMID:39611685	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析致命性球孢子菌感染中的肺部免疫动态	识别了单核细胞来源的表达巨噬细胞作为组织重塑和纤维化的潜在介导者，并揭示了TGF-β和IL-6信号通路的激活	研究聚焦于致命性急性感染，可能不适用于所有类型的球孢子菌病	深入了解致命性球孢子菌感染中的免疫反应机制	致命性球孢子菌感染中的肺部免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	NA
112	2025-05-17	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	探讨肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系及其对肿瘤微环境的代谢重编程作用	揭示了肿瘤内微生物群在乳腺癌发展中的具体作用及其促进肿瘤生长的机制	样本量较小（102例），且研究仅针对乳腺癌导管癌，未涵盖其他类型乳腺癌	研究肿瘤内微生物群对乳腺癌导管癌发展的影响及其潜在临床应用价值	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织中的微生物群	肿瘤微生物学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组成数据、基因表达数据	102例乳腺癌导管癌样本
113	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌的恶性进展	发现SLC31A1在巨噬细胞中的过表达与M2极化及TNBC恶性表型相关	未涉及SLC31A1调控M2极化的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控基因及其功能	三阴性乳腺癌组织中的巨噬细胞亚群	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、流式细胞术、Transwell实验、划痕实验	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
114	2025-05-17	Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model 2025-May-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01236-z PMID:40361040	research paper	通过单细胞转录组学分析心理压力诱导的白癜风和白毛小鼠模型中黑色素细胞的不同命运及免疫微环境的动态变化	发现了两种具有不同命运的黑色素细胞簇以及CXCL16-CXCR6轴激活的促炎微环境，为压力诱导的白癜风发病机制提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心理压力诱导的白癜风和白毛的发病机制	C57BL/6 J小鼠模型中的黑色素细胞和免疫微环境	digital pathology	vitiligo	single-cell RNA sequencing, immunohistochemistry	chronic unpredictable mild stimulation (CUMS) mouse model	RNA-seq data, immunohistochemistry data	C57BL/6 J小鼠模型
115	2025-05-17	Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01338-24 PMID:40366160	research paper	该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养（DOAC）方法，用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用	开发了一种新的双氧-缺氧共培养（DOAC）平台，能够在维持宿主细胞氧供的同时，研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用	共培养时间限制在约48小时，可能无法完全模拟长期相互作用	研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制	厌氧菌和气道上皮细胞	微生物学与细胞生物学	气道疾病	双氧-缺氧共培养（DOAC）、bulk RNAseq、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
116	2025-05-17	scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-seq Data 2025-May-14, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265 PMID:40366848	research paper	介绍了一种名为scSTD的新型框架，结合Swin Transformer和潜在扩散模型，用于恢复单细胞RNA测序数据	首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型结合，用于scRNA-seq数据的恢复，能够更准确地恢复基因表达谱并保留细微的生物变异	未提及具体的数据集规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件和技术噪声问题，提高下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	Swin Transformer, latent diffusion model	gene expression data	NA
117	2025-05-17	Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics 2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01723-7 PMID:40369608	research paper	本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变（DR）的表观遗传调控机制	构建了DR相关的全面表观遗传调控网络，并鉴定了关键调控基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制	糖尿病视网膜病变（DR）相关的表观遗传修饰	生物信息学	糖尿病视网膜病变	DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	基因组学数据、转录组学数据	包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA
118	2025-05-17	Compromised adenosine-A2AR axis contributes to recurrent spontaneous abortion by promoting proinflammatory macrophage polarization 2025-May-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114838 PMID:40373597	research paper	本研究探讨了复发性自然流产(RSA)与巨噬细胞极化之间的关系，发现腺苷(Ado)可能作为生物标志物和治疗靶点	揭示了腺苷-A2AR轴在RSA中的作用机制，以及糖酵解过程可能参与其中	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验	探究复发性自然流产的发病机制并寻找潜在治疗靶点	RSA患者的蜕膜组织和正常妊娠组织	生殖医学	复发性自然流产	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明数量的RSA患者和正常妊娠样本
119	2025-05-17	Competing dynamic gene regulatory networks involved in fibroblast reprogramming to hematopoietic progenitor cells 2025-May-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102473 PMID:40185089	研究论文	研究通过诱导系统将成纤维细胞重编程为造血祖细胞，揭示了重编程过程中的基因调控网络	开发了通过表达SCL和LMO2转录因子诱导成纤维细胞重编程为造血祖细胞的系统，并识别了早期/中期重编程事件及相关通路	重编程过程的随机性限制了策略的应用	提高体细胞直接重编程为造血细胞的效率和功能性	成纤维细胞和造血祖细胞	基因调控与细胞重编程	NA	转录组和表观基因组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
120	2025-05-17	Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease 2025-May-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019 PMID:40311614	研究论文	本文探讨了Krabbe病中巨噬细胞的作用，并通过直接替换小胶质细胞揭示了其在病理和治疗中的贡献	使用单细胞测序揭示了早期干扰素反应特征，并通过直接小胶质细胞替换显著改善了疾病模型小鼠的生存和病理	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究巨噬细胞在Krabbe病病理生理和造血干细胞移植中的作用	Krabbe病小鼠模型和人类脑标本	神经科学	Krabbe病	单细胞测序	twitcher (Galc) 小鼠模型	基因表达数据	NA