单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-10-02	Single-Cell RNA Sequencing Shows Exercise Protects db/db Mouse Pancreatic Injuries by Regulating Endothelial Cell Homeostasis 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/9676094 PMID:41030325	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示运动通过调节内皮细胞稳态保护db/db小鼠胰腺损伤的机制	首次在单细胞水平系统分析运动对糖尿病小鼠多种胰腺细胞类型的影响，特别是发现内皮细胞亚型在运动保护机制中的关键作用	研究仅使用db/db小鼠模型，样本量相对有限，且机制研究仍需进一步验证	探究运动对糖尿病胰腺多种细胞类型的保护作用及分子机制	6周龄雄性db/db小鼠	单细胞组学	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因本体(GO)富集分析	NA	单细胞转录组数据	db/db小鼠分组研究（具体数量未明确说明）
102	2025-10-02	Spatial transcriptomics reveals distinct role of monocytes/macrophages with high FCGR3A expression in kidney transplant rejections 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1654741 PMID:41030449	研究论文	本研究通过空间转录组学分析揭示了FCGR3A高表达的单核/巨噬细胞在肾移植排斥中的关键作用	首次在肾移植排斥中识别出FCGR3A高表达的单核/巨噬细胞亚群，并揭示其空间分布与组织病理特征的对应关系	对特定先天免疫细胞亚群在肾移植排斥中的作用理解仍不完整	探究先天免疫细胞亚群在肾移植排斥中的作用机制	人类肾移植物的石蜡包埋核心针活检样本	空间转录组学	肾移植排斥	空间转录组学	NA	转录组数据	人类肾移植物核心针活检样本
103	2025-10-02	Cytotoxic CD4+ T-follicular cells may mediate killing against lymphoma cells 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1657046 PMID:41030456	研究论文	本研究揭示了具有细胞毒性表型的CD4+ T滤泡细胞在滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤中的存在及其功能相关性	首次在淋巴瘤中鉴定出具有细胞毒性功能的CD4+ T滤泡细胞（T killer细胞），并证实其对淋巴瘤细胞的直接杀伤能力	研究样本主要来源于扁桃体和淋巴瘤细胞悬液，需要更多临床样本验证	阐明细胞毒性CD4+ T滤泡细胞在不同淋巴瘤亚型中的存在和功能作用	滤泡性淋巴瘤(FL)和弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本	免疫学	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、杀伤实验	NA	细胞悬液、测序数据、组织切片图像	滤泡性淋巴瘤和弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本
104	2025-10-02	Characterization of MAIT cells in glioblastoma reveals a potential immunosuppressive role through a MAIT-neutrophil axis 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf173 PMID:41030524	研究论文	本研究揭示了MAIT细胞在胶质母细胞瘤中的免疫抑制功能及其通过MAIT-中性粒细胞轴的作用机制	首次系统表征MAIT细胞在胶质母细胞瘤中的作用，发现MAIT-中性粒细胞轴这一新的免疫抑制机制	样本量有限（20例GBM组织样本），需要进一步功能验证实验	探究MAIT细胞在胶质母细胞瘤免疫微环境中的功能和机制	胶质母细胞瘤患者的外周血样本和肿瘤组织	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	流式细胞术、bulk RNA-seq、scRNA-seq、多重组织成像	NA	流式细胞数据、RNA测序数据、空间成像数据	20例胶质母细胞瘤组织样本及对应外周血样本
105	2025-10-02	Exosome-based Sfrp2 inhibition in mesangial cells alleviates osteoporosis and promotes osteointegration in diabetic kidney disease 2025, Regenerative biomaterials IF:5.6Q1 DOI:10.1093/rb/rbaf093 PMID:41030909	研究论文	本研究通过外泌体递送Sfrp2 siRNA靶向肾小球系膜细胞，揭示SFRP2介导的肾-骨轴机制并改善糖尿病肾病中的骨质疏松和骨整合	首次发现肾小球系膜细胞分泌的SFRP2是连接肾脏损伤与骨丢失的关键分子桥梁，并开发了外泌体介导的靶向治疗策略	研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证其治疗效果和安全性	探究糖尿病肾病与骨质疏松之间的分子机制并开发治疗策略	糖尿病肾病小鼠和大鼠模型，重点关注肾小球系膜细胞和骨组织	分子病理学	糖尿病肾病和骨质疏松	单细胞测序、外泌体递送、siRNA干扰	动物模型	基因表达数据、组织病理数据、骨密度测量数据	糖尿病小鼠和大鼠模型（具体数量未在摘要中说明）
106	2025-10-02	Characterization of the phenotype and function of PRELP+ fibroblast subtype in liver metastatic colorectal cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1615259 PMID:41031085	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序鉴定并表征了结直肠癌肝转移中PRELP阳性癌症相关成纤维细胞亚型的表型和功能	首次发现并系统表征了PRELP+ CAF这一与肝转移相关的特异性成纤维细胞亚型，揭示了其免疫抑制功能和终末分化状态	研究样本量有限，需要更大规模的验证研究来确认这些发现	探究结直肠癌肝转移中成纤维细胞的异质性和特定功能	结直肠癌原发灶伴肝转移(mCC)和肝转移灶(mLC)组织样本	单细胞生物学	结直肠癌肝转移	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光、转录组分析、拟时序轨迹分析、多重免疫荧光染色、细胞间通讯分析	NA	单细胞RNA测序数据、组织切片图像数据	结直肠癌肝转移相关组织样本(具体数量未明确说明)
107	2025-10-02	Identification and Validation of Fibroblast-Associated Genes in Osteoarthritis Based on High-Dimensional Weighted Gene Coexpression Network Analysis 2025, Journal of immunology research IF:3.5Q2 DOI:10.1155/jimr/5547701 PMID:41031145	研究论文	本研究基于单细胞转录组数据筛选与骨关节炎成纤维细胞相关的关键基因并构建诊断模型	首次结合成纤维细胞特异性单细胞数据和hdWGCNA方法系统筛选验证具有诊断潜力的关键基因	NA	筛选骨关节炎中与成纤维细胞相关的关键基因并探索其诊断价值	骨关节炎患者的RNA-seq和scRNA-seq数据	生物信息学	骨关节炎	RNA-seq, scRNA-seq, hdWGCNA, 细胞通讯分析	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的骨关节炎RNA测序数据
108	2025-10-02	SPP1+ Macrophage-Associated Prognostic Signature in Hepatocellular Carcinoma via Integrated Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5555332 PMID:41031219	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组分析开发SPP1+巨噬细胞相关预后标志物用于肝细胞癌	首次构建基于SPP1+巨噬细胞的七基因预后特征，并采用多算法AI框架提升模型性能	NA	开发肝细胞癌的预后预测模型和生物标志物	肝细胞癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量转录组分析、配体-受体相互作用分析	Cox回归、Lasso回归、多算法AI框架	转录组数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌样本
109	2025-10-02	Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease 2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14164 PMID:39356058	研究论文	本研究系统分析了人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件的失调现象，并鉴定了相关的表达数量性状位点	首次在人类阿尔茨海默病衰老大脑中系统鉴定转座元件表达数量性状位点，并通过CRISPRi实验验证特定转座元件对炎症基因的调控作用	研究主要基于三个脑组织生物样本库的数据，样本来源相对有限	探究人类阿尔茨海默病衰老大脑中转座元件的失调机制及其与疾病的关系	人类阿尔茨海默病患者的衰老脑组织及iPSC来源的神经元	基因组学	阿尔茨海默病	RNA测序、全基因组测序、CRISPR干扰、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	三个人类AD脑组织生物样本库的样本
110	2025-10-02	Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation 2024-Sep-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10763-8 PMID:39294566	研究论文	本研究开发了一种基于惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)的统计方法，用于小鼠血液单细胞RNA测序数据的细胞类型鉴定和衰老预测	首次将惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)应用于单细胞RNA测序数据分析，构建了完整的细胞类型和衰老预测流程	NA	开发新的计算方法来分析单细胞RNA测序数据，以理解衰老过程的分子机制	小鼠血液细胞	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)	基因表达数据	NA
111	2025-10-02	scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604740 PMID:39211080	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了臭氧暴露在过敏性哮喘小鼠模型中诱导独特巨噬细胞亚群的机制	首次在臭氧诱导的哮喘加重小鼠模型中鉴定出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群，并发现这些细胞激活了与胆固醇生物合成、细胞外基质降解等相关的特殊转录通路	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究臭氧暴露如何通过免疫细胞机制诱发哮喘气道高反应性	尘螨、豚草和臭氧暴露的小鼠模型	单细胞基因组学	哮喘	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	暴露于DRA、臭氧或DRA+臭氧的小鼠肺组织样本
112	2025-10-02	Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19 2024-07-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136 PMID:39018367	研究论文	通过比较临床样本和动物模型的单细胞RNA测序数据，揭示IFN-γ是急性COVID-19后呼吸系统后遗症的驱动因素	首次在人类和小鼠模型中同时发现促纤维化单核来源巨噬细胞反应及肺巨噬细胞与呼吸系统驻留T细胞的异常相互作用	研究主要关注呼吸系统后遗症，未涉及PASC的其他临床表现	理解SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)的病因学机制	人类PASC临床样本和PASC小鼠模型	生物医学研究	COVID-19后遗症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	动物模型	基因表达数据	人类PASC样本和小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
113	2025-10-02	Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data 2024-Mar, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-024-00804-y PMID:41020135	研究论文	本研究对PENCIL监督学习框架进行可重复性和可转移性评估，并通过改进提升了其在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞亚群的能力	通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征(CyTIR)	原始PENCIL版本对输入扰动敏感，存在可重复性挑战	评估和改进PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞亚群的可重复性和实用性	12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型	机器学习	皮肤癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因集变异分析	监督学习框架(PENCIL)	单细胞RNA测序数据	12个单细胞RNA测序数据集
114	2025-10-02	A high-throughput single-cell RNA expression profiling method identifies human pericyte markers 2023-12, Neuropathology and applied neurobiology IF:4.0Q1 DOI:10.1111/nan.12942 PMID:37812061	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序技术鉴定人脑周细胞的特异性标志物	首次使用EasySci单细胞转录组测序方法系统鉴定人脑周细胞特异性标志物SLC6A12和SLC19A1	在其他人体器官（肾脏、肺、肝脏、肌肉）中免疫组化未显示相同的周细胞样染色模式	鉴定和优化人脑周细胞的通用组织学标志物	人和小鼠不同脑区的单细胞RNA表达谱及FFPE人脑组织	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序(EasySci)、免疫组化、免疫印迹	NA	单细胞RNA表达数据、组织图像数据	多个人和小鼠脑区样本及FFPE人脑组织
115	2025-10-02	Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution 2023-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06569-5 PMID:37758947	研究论文	本研究通过原位测序技术构建了小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱	开发了STARmap PLUS原位测序方法，首次在三维空间中以单细胞分辨率同时分析1022个基因，系统鉴定了230种分子细胞类型和106个分子组织区域	NA	构建小鼠中枢神经系统的分子分辨率空间图谱，揭示大脑解剖结构和功能的分子基础	成年小鼠大脑和脊髓组织	空间转录组学	NA	STARmap PLUS原位测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，空间位置数据	109万个高质量细胞，覆盖整个成年小鼠大脑和脊髓
116	2025-10-02	Single-cell sequencing of a novel model of neonatal bile duct ligation in mice identifies macrophage heterogeneity in obstructive cholestasis 2023-08-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41207-0 PMID:37644108	研究论文	本研究通过建立新生小鼠胆管结扎模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞的异质性特征	开发了死亡率低的新生小鼠胆管结扎模型，首次通过单细胞测序比较了不同病因胆汁淤积中巨噬细胞的功能差异	尚未与人类数据进行直接对比验证	阐明梗阻性胆汁淤积中巨噬细胞亚群的特异性功能	新生BALB/c小鼠胆管结扎模型和轮状病毒诱导的胆道闭锁模型	单细胞测序分析	梗阻性胆汁淤积	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、组织学染色	动物模型	基因表达数据、实验室检测数据、组织学图像	新生BALB/c小鼠胆管结扎模型与假手术对照组，以及轮状病毒诱导的胆道闭锁模型
117	2025-10-02	A spatially resolved atlas of the human lung characterizes a gland-associated immune niche 2023-01, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01243-4 PMID:36543915	研究论文	通过多组学单细胞/细胞核和空间转录组学构建人类肺部空间分辨率图谱，发现并验证气道黏膜下腺体中的免疫生态位	首次在人类肺部发现并验证了气道黏膜下腺体中的IgA浆细胞生存生态位，揭示了腺体上皮细胞通过表达CCL28、APRIL和IL-6招募B细胞和浆细胞的机制	仅使用健康人类肺部样本，未涉及疾病状态的研究	重新定义肺部和气道的组织结构，解析肺部细胞类型的空间分布	健康人类肺部的五个近端到远端位置	空间转录组学	呼吸系统疾病	多组学单细胞/细胞核测序、空间转录组学	计算数据整合分析	单细胞转录组数据、空间转录组数据	五个健康人类肺部位置的组织样本
118	2025-10-02	Transcription and splicing regulation by NLRC5 shape the interferon response in human pancreatic β cells 2022-09-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abn5732 PMID:36103539	研究论文	本研究揭示了NLRC5在人类胰腺β细胞中通过调控转录和选择性剪接介导干扰素反应的新机制	首次发现NLRC5不仅调控HLA I类表达，还介导IFNα对选择性剪接的影响，这是β细胞新抗原生成的关键机制	研究主要使用人工诱导的多能干细胞衍生的胰岛样细胞和EndoC-βH1细胞系，未涉及原代人体组织的全面验证	阐明NLRC5在人类胰腺β细胞中介导IFNα反应的分子机制及其在1型糖尿病自身免疫中的作用	人类诱导多能干细胞衍生的胰岛样细胞、EndoC-βH1胰岛素产生细胞和人类胰岛细胞	分子生物学	1型糖尿病	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）、靶向基因/蛋白检测	NA	基因表达数据、转录组数据	NA
119	2025-10-02	Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells 2021-05, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db20-0802 PMID:33685924	研究论文	本研究使用fliFISH技术验证了胰腺胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式	首次应用fliFISH技术在完整胰岛空间背景下量化单细胞转录本，揭示了基因表达的径向分布模式	研究仅限于小鼠胰腺胰岛，未涉及其他物种或疾病模型	验证胰岛β细胞中基因表达的异质性和空间分布模式	小鼠胰腺胰岛β细胞	数字病理学	糖尿病	fliFISH（波动定位成像荧光原位杂交），scRNA-Seq	NA	图像，基因表达数据	小鼠胰腺胰岛切片
120	2025-10-02	Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19 2020-12-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005 PMID:33207244	研究论文	本研究通过分析胰腺组织中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达模式，探讨COVID-19与糖尿病之间的潜在关联	首次系统评估了人类胰腺在整个生命周期中ACE2的表达分布，并结合COVID-19患者胰腺样本进行验证	内分泌细胞中ACE2的mRNA表达罕见，样本数量有限	探究SARS-CoV-2感染是否通过ACE2直接感染胰腺内分泌细胞导致糖尿病	正常器官捐献者的胰腺组织和COVID-19患者的胰腺组织	病理学研究	COVID-19/糖尿病	scRNA-seq、荧光原位杂交、Western blotting、免疫定位	NA	单细胞RNA测序数据、组织图像数据、蛋白质印迹数据	五个公共scRNA-seq胰腺数据集和COVID-19病例胰腺组织