单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-20	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的非自噬相关转录机制	研究发现羟基氯喹耐药性主要通过转录可塑性而非自噬途径实现，揭示了与耐药性相关的多个新通路	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞，可能不适用于其他癌症类型	探究羟基氯喹耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结直肠癌细胞	癌症生物学	卵巢癌和结直肠癌	RNA-seq、外显子组测序、单细胞RNA-seq、CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据、转录组数据	两种癌细胞系（OVCAR3和CCL218）
102	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation controls meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2023-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2577844/v1 PMID:36993679	研究论文	研究探讨了MerlinS13磷酸化在脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征中的作用	揭示了Merlin通过去磷酸化S13位点激活Wnt通路的机制，并建立了基于MRI的非侵入性生物标志物	未提及样本量的具体限制，但研究涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面	阐明Merlin完整型脑膜瘤生长的生化机制并开发预测临床结果的非侵入性生物标志物	脑膜瘤细胞、异种移植模型和人类患者	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面的样本（具体数量未说明）
103	2025-06-20	Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT) 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1 PMID:36747718	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从细胞内分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，能够检测基因对和模块在细胞内及跨细胞的共定位模式，使用专门的统计测试和图挖掘技术	未提及具体的技术限制或数据处理的挑战	开发新的分析工具以充分利用成像空间转录组技术的潜力	人类癌细胞系和小鼠脑下丘脑视前区的数据集	数字病理	NA	MERFISH	NA	空间转录组数据	未明确提及样本数量，涉及人类癌细胞系和小鼠脑区域
104	2025-06-19	Single-cell transcriptomic profiling of the whole colony of Botrylloides diegensis: insights into tissue specialization and blastogenesis 2025-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204265 PMID:40406997	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对Botrylloides diegensis整个群体进行了转录组分析，揭示了细胞异质性并鉴定了细胞和组织标记	首次对整个B diegensis群体进行单细胞转录组测序，鉴定了29个主要细胞簇，并揭示了胃上皮特定区域的分子标记	NA	解析B diegensis群体的细胞异质性，鉴定细胞和组织标记，理解其发育和组织功能	Botrylloides diegensis群体（包括个体、芽体和血管被膜）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，原位杂交	NA	单细胞转录组数据	整个B diegensis群体（具体数量未明确说明）
105	2025-06-19	A dual-targeting strategy to inhibit colorectal cancer liver metastasis via tumor cell ferroptosis and cancer-associated fibroblast reprogramming 2025-Oct, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.05.025 PMID:40530415	研究论文	本文提出了一种双靶向策略，通过诱导肿瘤细胞铁死亡和重编程癌症相关成纤维细胞来抑制结直肠癌肝转移	利用单细胞转录组学鉴定关键驱动因素，并设计双靶向纳米系统实现肿瘤细胞铁死亡和CAFs重编程的双重协同效应	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发一种新型治疗策略以克服结直肠癌肝转移的治疗挑战	结直肠癌细胞和癌症相关成纤维细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床结直肠癌样本和多种小鼠模型（原位、肝转移和患者来源的肿瘤异种移植人源化免疫小鼠模型）
106	2025-06-19	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了孕期暴露于氟氯氰菊酯对子代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯的子代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育的毒性作用机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠及其子代	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	基因表达数据	不同年龄段的子代大鼠
107	2025-06-19	Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics 2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70172 PMID:40522253	research paper	通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆	使用新型组合多重免疫荧光(mIF)-RNA原位杂交(RISH)方法和单细胞空间转录组学技术，在单细胞水平定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆	研究仅基于一名严重SVALI患者的肝脏样本，样本量有限	表征SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SVALI)中的免疫浸润特征	一名严重SVALI患者的肝脏样本中的T细胞克隆	digital pathology	liver injury	T cell receptor sequencing, multiplex immunofluorescence (mIF)-RNA in situ hybridisation (RISH), single cell spatial transcriptomics (Xenium in situ platform)	NA	spatial proteomics and transcriptomics data	1名患者的肝脏样本
108	2025-06-19	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种疱疹病毒限制因子，通过抑制病毒转录和激活干扰素刺激基因来发挥作用	首次发现Sp140L作为一种限制因子，能够连接病毒DNA的感知和转录抑制，与干扰素无关的先天免疫反应相关	研究主要关注EBV病毒，对其他疱疹病毒的普遍性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制，特别是EBNA-LP蛋白在其中的作用	EBV病毒感染的B细胞	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	EBNA-LP敲除（LPKO）感染的B细胞
109	2025-06-19	[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy] 2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112148-20250213-00102 PMID:40528600	研究论文	本研究通过整合单细胞分析和ePharmaLib反向虚拟筛选技术，预测达格列净在治疗糖尿病心肌病中的血管内皮细胞新靶点	结合单细胞RNA测序和反向虚拟筛选技术，首次系统性地探索了达格列净在糖尿病心肌病中对内皮细胞异质性的影响及其潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证	探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性并鉴定达格列净在心脏血管内皮细胞中的潜在治疗靶点	糖尿病心肌病小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、ePharmaLib反向虚拟筛选、微阵列芯片分析、Western blot、实时逆转录聚合酶链反应	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型小鼠和db/db小鼠（糖尿病心肌病模型）的单细胞RNA测序数据，高脂饮食并接受达格列净治疗的小鼠心脏组织芯片数据，人脐静脉内皮细胞体外实验
110	2025-06-19	Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis 2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8492 PMID:40528637	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过胆汁酸受体/YAP信号通路减轻线粒体分裂，从而对抗狼疮性肾炎中的足细胞损伤	揭示了CK通过调节胆汁酸受体-YAP轴来抑制线粒体过度分裂的新机制，为狼疮性肾炎提供了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究CK在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制	MRL/lpr小鼠和体外培养的足细胞	分子生物学与肾脏病学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、代谢组学分析、体外实验	NA	基因表达数据、代谢物数据	MRL/lpr小鼠（具体数量未明确说明）和体外培养的足细胞
111	2025-06-19	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后促消退和修复反应的必要性，并展示了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的观察	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、功能表征数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照组的血液样本
112	2025-06-19	Multidimensional bioinformatics analysis of chondrosarcoma subtypes and TGF-β signaling networks using big data approaches 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02931-3 PMID:40526169	研究论文	通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，研究软骨肉瘤的细胞亚型、信号网络及基因表达模式，以发现潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示软骨肉瘤的细胞异质性，识别关键的TGF-β信号网络和细胞间通讯机制	研究样本可能有限，且未涉及大规模临床验证	解析软骨肉瘤的分子机制并识别潜在治疗靶点	软骨肉瘤的临床和实验样本	生物信息学	软骨肉瘤	scRNA-seq, UMAP/t-SNE, GSEA	机器学习模型	基因表达数据	临床和实验软骨肉瘤样本（具体数量未明确说明）
113	2025-06-19	Exploring genetic causal relationships between spinal cord injury and glioma: a Mendelian randomization study 2025-Jun-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02919-z PMID:40526188	research paper	本研究利用孟德尔随机化方法探索脊髓损伤与胶质瘤之间的遗传因果关系	首次应用孟德尔随机化方法研究脊髓损伤与胶质瘤的遗传关联，并结合多种统计方法和多组学数据进行验证	样本量有限，仅使用四个SNP作为工具变量，且不同统计方法结果存在不一致性	探究脊髓损伤与胶质瘤之间潜在的遗传因果关系	脊髓损伤患者和胶质瘤患者的遗传数据	genetic epidemiology	glioma	Mendelian Randomization, RNA-sequencing, single-cell RNA sequencing	MR Egger regression, Inverse Variance Weighted (IVW), Weighted mode	genetic data, RNA-seq data	FinnGen R11 release数据集和TCGA/GEO数据库样本
114	2025-06-19	Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics 2025-Jun-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01082-5 PMID:40526246	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组分析，识别了B细胞亚群及其相关的癌症亚型，并揭示了这些亚群在临床和分子特征上的差异	整合了14个单细胞RNA测序数据集，识别了8个B细胞亚群，并构建了预测癌症预后和免疫治疗反应的模型	研究仅基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他功能实验验证	研究B细胞亚群在泛癌中的临床和分子特征及其对癌症预后和免疫治疗反应的影响	B细胞亚群及其相关的癌症亚型	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组分析	预测模型	转录组数据	102,504个细胞来自424名患者，涵盖15种癌症类型
115	2025-06-19	Roles of ACSL4/GPX4 and FSP1 in oxalate-induced acute kidney injury 2025-Jun-17, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02557-y PMID:40527896	研究论文	本研究探讨了ACSL4/GPX4和FSP1在草酸盐诱导的急性肾损伤（AKI）中的作用及其调控机制	首次通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了草酸盐诱导的AKI小鼠模型中肾小管细胞铁死亡的发生，并验证了ACSL4和FSP1在调控铁死亡中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探究草酸盐诱导的AKI中铁死亡的关键调控基因及其机制	草酸盐诱导的AKI小鼠模型和小鼠肾小管上皮细胞系（MTECs）	分子生物学	急性肾损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型和体外细胞模型	RNA测序数据和细胞实验数据	NA
116	2025-06-19	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞研究奠定了基础	首次提供了深海管虫羽状物的单细胞转录组图谱，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能不适用于其他物种或组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
117	2025-06-19	Identification of an immunomodulatory lncRNA signature associated with immune cell reprogramming in high-grade glioma 2025-Jun-17, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00919-3 PMID:40527978	研究论文	本研究通过分析两种小鼠模型中的长链非编码RNA（lncRNA），揭示了其在高级别胶质瘤免疫微环境中的调控作用	首次鉴定出与高级别胶质瘤免疫抑制和促炎微环境相关的lncRNA特征，并揭示了这些lncRNA在免疫细胞中的空间分布	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证这些发现	探索lncRNA在高级别胶质瘤免疫微环境重塑中的作用	高级别胶质瘤及其免疫微环境	肿瘤免疫学	高级别胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	RCAS-PDGFb和RCAS-BRAF V600E小鼠模型	转录组数据	两种小鼠模型和GBM患者样本
118	2025-06-19	Pathway-based cancer transcriptome deciphers a high-resolution intrinsic heterogeneity within bladder cancer classification 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06682-1 PMID:40528211	研究论文	本研究通过基于通路的癌症转录组分析，揭示了膀胱癌内在异质性，并识别了四种具有不同分子、功能和表型特征的内在亚型	首次通过单细胞转录组数据识别膀胱癌纯肿瘤细胞，并基于通路分析揭示内在异质性亚型，这些亚型与现有转录分类重叠有限且展现出前所未有的预测和预后价值	研究主要依赖公开数据集(GSE135337和TCGA)，缺乏更大规模独立队列验证	探索癌症内在基因表达谱对膀胱癌分类和预后的贡献程度及机制	膀胱癌(BLCA)患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组测序	机器学习算法	转录组数据	来自GSE135337和TCGA数据集的膀胱癌样本
119	2025-06-19	Decoding hippocampal subfield and glial responses in ischemia using single-cell transcriptomics 2025-Jun-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06738-2 PMID:40528218	研究论文	通过单细胞转录组学解码缺血中海马亚区和胶质细胞的反应	揭示了全球脑缺血期间海马CA1和CA3-DG亚区胶质细胞和血管细胞的分子特征和功能差异，发现了一种在缺血后海马中出现的独特少突胶质细胞亚型	研究仅使用Sprague-Dawley大鼠模型，结果可能无法完全推广到人类	了解缺血前后海马亚区的细胞和分子变化，以深入了解中风病理和恢复机制	Sprague-Dawley大鼠的海马CA1和CA3-DG区域	神经科学	中风	单细胞RNA测序	四血管闭塞(4-VO)手术模型	转录组数据	Sprague-Dawley大鼠（具体数量未提及）
120	2025-06-19	Mechanical tension-induced Dalrd3 elevation enhances osteogenic differentiation of bone suture stem cells by upregulating Id3 translation 2025-Jun-17, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04380-9 PMID:40528244	研究论文	本研究探讨了机械张力通过上调Dalrd3表达和tRNA m3C修饰促进骨缝干细胞向成骨分化的机制	首次揭示了Dalrd3在机械张力诱导的骨缝干细胞成骨分化中的关键作用及其通过调控Id3翻译的分子机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	阐明机械力驱动骨缝重塑的分子机制	骨缝干细胞(SuSCs)	骨生物学	颅面畸形	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠快速上颌扩张(RME)模型	基因表达数据	NA