本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-04-17 |
Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression
2025-Jul-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412
PMID:40199574
|
研究论文 | 本研究揭示了酒精相关性肝病中肠道与肝内CD8+ T细胞的反向调控机制及其在疾病进展中的关键作用 | 首次发现酒精暴露导致十二指肠CD8+ T细胞特异性减少而肝内CD8+ T细胞增加的反向调控现象,并证明BCL2在其中的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本的关联分析,需要进一步验证BCL2调控机制在人体中的直接作用 | 探究肠道与肝内CD8+ T细胞在酒精相关性肝病中的调控机制及其对疾病进展的影响 | ALD患者样本、野生型小鼠、CD8特异性Bcl2转基因小鼠和Cd8基因敲除小鼠 | 单细胞组学 | 酒精相关性肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | ALD患者样本及多种基因修饰小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-04-17 |
Technologies for Decoding Cancer Metabolism with Spatial Resolution
2025-Jul-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine
IF:7.8Q1
DOI:10.1101/cshperspect.a041553
PMID:39284668
|
综述 | 本文讨论了三种新兴的代谢组学技术:空间代谢组学、单细胞代谢组学和细胞器代谢组学,及其在癌症研究中的应用 | 聚焦于空间分辨率代谢组学技术,结合单细胞转录组学和蛋白质组学,为癌症代谢研究提供新视角 | 未提及具体实验数据或样本量,主要基于技术讨论,缺乏实证研究 | 探讨癌症代谢的调控机制及新兴代谢组学技术的应用 | 癌细胞及其代谢途径 | 代谢组学 | 癌症 | 代谢组学、质谱分析 | NA | 代谢物数据 | NA | NA | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学 | NA | NA |
| 103 | 2026-04-17 |
Identification of Immune Hub Genes in Obese Postmenopausal Women Using Microarray and Single-Cell RNA Seq Data
2025-Jun-30, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes16070783
PMID:40725440
|
研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据,识别了绝经后肥胖女性脂肪组织中的关键免疫枢纽基因 | 结合WGCNA、PPI网络分析和单细胞RNA测序验证,首次在绝经后肥胖女性中鉴定出与脂肪组织炎症相关的免疫枢纽基因,并揭示了NK细胞在这些基因表达中的重要作用 | 研究样本来源于公共数据库,可能受限于原始数据质量;动物模型验证仅使用斑马鱼,与人类生理存在差异 | 阐明绝经后肥胖女性脂肪组织中免疫失调的分子机制 | 绝经后肥胖女性的脂肪组织 | 生物信息学 | 肥胖症 | 微阵列分析, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | WGCNA, PPI网络分析, ssGSEA | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的微阵列数据集GSE151839和单细胞RNA测序数据集GSE176171,以及肥胖和对照斑马鱼模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 104 | 2026-04-17 |
Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics
2025-Jun-12, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1
PMID:40585205
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术解码了小鼠股骨和相邻骨骼肌中的细胞间通讯网络和信号通路,首次绘制了骨与骨骼肌之间空间解析的细胞通讯图谱 | 首次应用空间转录组学技术系统性地绘制了骨与骨骼肌之间的空间解析细胞通讯图谱,揭示了13个关键的信号通路和特定的配体-受体对,为理解骨肌互作提供了新的分子见解 | 研究仅基于小鼠模型,样本量有限,且未涵盖所有可能的细胞类型或疾病状态 | 研究骨与骨骼肌之间的细胞通讯网络和信号通路,以理解骨肌互作的分子机制 | 小鼠的股骨和相邻骨骼肌组织 | 空间转录组学 | 骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium ST profiling |
| 105 | 2026-04-17 |
Radiotherapy promotes cuproptosis and synergizes with cuproptosis inducers to overcome tumor radioresistance
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.031
PMID:40215978
|
研究论文 | 本研究揭示了放疗通过上调铜转运蛋白CTR1、消耗线粒体谷胱甘肽来诱导铜死亡,并发现放疗抵抗与BACH1下调导致的铜螯合蛋白MT1E/X表达升高有关,铜离子载体治疗可增强放疗敏感性 | 首次揭示了放疗诱导铜死亡的机制,并发现铜死亡诱导剂可协同放疗克服肿瘤放疗抵抗 | NA | 阐明放疗诱导铜死亡的机制,并探索通过靶向铜死亡克服肿瘤放疗抵抗的治疗策略 | 食管癌细胞、患者肿瘤样本、细胞系及患者来源的异种移植模型 | NA | 食管癌 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-04-17 |
Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes
2025-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419
PMID:40318561
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了干燥综合征患者外周血单个核细胞中B细胞和T细胞独特的基因表达模式和异常的激活状态 | 首次在干燥综合征患者中应用单细胞转录组学结合机器学习方法,系统揭示了B细胞和T细胞中独特的基因表达特征和激活状态改变 | 研究样本量未明确说明,且仅分析了外周血单个核细胞,未直接研究唾液腺等靶器官中的免疫细胞 | 探究干燥综合征的发病机制,识别参与疾病过程的细胞类型和功能变化 | 干燥综合征患者和症状性非干燥综合征对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 107 | 2026-04-17 |
Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence
2025-May-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101260
PMID:40215972
|
研究论文 | 本文利用单细胞测序技术,系统研究了CAR-T细胞中不同细胞内信号域(ICD)架构如何通过信号传导影响T细胞功能,特别关注其在体内持久性和抗肿瘤效果中的作用 | 首次通过单细胞测序系统性地将多样化的CAR信号输入映射到转录输出,识别出与特定ICD架构相关的独特强直信号特征,该特征驱动了在液体肿瘤中的持久体内持久性和疗效 | 研究发现识别的强直信号特征在实体瘤中未表现出相同的驱动持久性和疗效的效果 | 解码CAR信号传导的设计原则,以指导优化用于体内功能的下一代ICD架构的理性设计 | 表达嵌合抗原受体(CARs)的工程化T细胞及其细胞内信号域(ICD) | 单细胞分析 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 108 | 2026-04-17 |
Engineering sonogenetic EchoBack-CAR T cells
2025-May-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.035
PMID:40179881
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过超声波激活的EchoBack-CAR T细胞,用于治疗实体瘤,如胶质母细胞瘤和前列腺癌 | 利用超声波敏感的启动子和CAR信号的正反馈回路,实现CAR表达的持久激活,减少脱靶毒性和T细胞耗竭 | NA | 开发一种安全、高效的CAR T细胞疗法,以克服实体瘤治疗中的挑战,如脱靶毒性和T细胞持久性不足 | 胶质母细胞瘤和前列腺癌模型,以及相应的CAR T细胞 | 生物医学工程 | 胶质母细胞瘤, 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 109 | 2026-04-17 |
Direct microglia replacement reveals pathologic and therapeutic contributions of brain macrophages to a monogenic neurological disease
2025-May-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.019
PMID:40311614
|
研究论文 | 本文通过单细胞测序揭示了克拉伯病中巨噬细胞的早期干扰素反应特征和分子标志,并通过直接小胶质细胞替换在小鼠模型中验证了其治疗潜力 | 利用单细胞测序识别了克拉伯病中巨噬细胞的早期干扰素反应特征和分子标志,并通过直接小胶质细胞替换在小鼠模型中实现了超过80%的内源性小胶质细胞替换,显著改善了疾病表型 | 研究基于小鼠模型,人类临床转化仍需进一步验证;直接小胶质细胞替换技术的长期安全性和有效性尚待评估 | 探究巨噬细胞在克拉伯病病理生理和造血干细胞移植中的作用,并评估直接小胶质细胞替换作为治疗策略的可行性 | 克拉伯病(一种单基因神经系统疾病)中的巨噬细胞和小胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包括小鼠模型和人类脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2026-04-17 |
Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013
PMID:40118065
|
研究论文 | 本研究通过整合人类骨骼干细胞的前瞻性分离、功能实验和单细胞RNA测序分析,揭示了骨骼发育和再生中干细胞功能多样性的关键作用 | 首次系统性地鉴定了人类骨骼干细胞的软骨生成、骨生成、基质和纤维生成亚型,并揭示了这些亚型在不同骨骼部位的独特组成和克隆动态 | 研究主要基于体外实验和动物模型,人类体内验证有限,且样本来源可能未覆盖所有骨骼变异 | 探究人类骨骼干细胞的功能多样性如何影响骨骼发育、再生及与年龄相关的骨骼疾病 | 人类骨骼干细胞(hSSCs)及其在不同骨骼部位的亚型 | 单细胞组学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),前瞻性细胞分离,功能实验 | 布尔算法用于基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 来自十个骨骼部位的人类骨骼干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 111 | 2026-04-17 |
A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis
2025-05, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202401199
PMID:40411819
|
研究论文 | 本文提出了一种基于核的稳健工作流程,用于分析组织微环境的生态位轨迹,无需细胞类型注释即可建模空间连续变化 | 提出了一种新的基于核的策略,将生态位的结构组成建模为基因表达空间中的连续函数,从而消除了对细胞类型注释的需求,并通过与细胞类型反卷积分析的集成扩展了其应用范围 | NA | 开发一种更稳健、准确的生态位轨迹分析方法,以克服现有方法对细胞类型注释的依赖 | 组织微环境(生态位)的空间连续变化 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 基于核的方法 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 112 | 2026-04-17 |
Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina
2025-04-21, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014
PMID:39753128
|
研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,揭示了人类和小鼠视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化,并发现了Müller胶质细胞中的“可塑性基因”程序 | 首次在单细胞分辨率下整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,识别出Müller胶质细胞中转录沉默但染色质可及的“可塑性基因”,这些基因在视网膜应激和疾病反应中起关键作用 | 研究主要基于发育过程,对成年或疾病状态下的可塑性基因功能验证可能有限,且样本规模未明确说明 | 探究视网膜发育过程中细胞类型特异性的染色质结构变化及其在应激和疾病反应中的作用 | 人类和小鼠视网膜细胞,特别是Müller胶质细胞 | 表观遗传学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq),批量测序 | NA | 单细胞转录组数据,单细胞染色质可及性数据,批量测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 113 | 2026-04-17 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
|
研究论文 | 本研究利用非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型,结合多参数流式细胞术、群体转录组分析和单细胞RNA/TCR测序,揭示了肺和肝脏中浸润T细胞在转录程序和克隆扩增方面的器官特异性差异 | 首次在aGVHD模型中系统揭示组织微环境信号如何独立于抗原特异性驱动T细胞的器官特异性转录程序和克隆进化 | 研究基于非人灵长类动物模型,临床转化需进一步验证;单细胞测序样本量相对有限 | 探究组织特异性T细胞免疫应答在急性移植物抗宿主病中的机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序、单细胞TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据、TCR序列数据、流式细胞数据 | 非人灵长类动物模型样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 114 | 2026-04-17 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
|
研究论文 | 本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中,针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性,揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了胰腺中胰岛素特异性CD4 T细胞的命运异质性,并发现InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性 | 研究仅基于非肥胖糖尿病小鼠模型,结果可能不完全适用于人类自身免疫性糖尿病 | 探究自身免疫性糖尿病中胰岛素特异性CD4 T细胞的反应异质性和致病机制 | 非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2026-04-17 |
Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment
2024-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553
PMID:38885318
|
研究论文 | 本研究揭示了致癌性钙网蛋白通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增,在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制 | 首次在骨髓增殖性肿瘤中鉴定出ERK/Sp1/TGFβ1轴作为免疫抑制机制,并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探究致癌性钙网蛋白突变如何影响骨髓微环境并促进免疫逃逸 | 骨髓增殖性肿瘤患者和小鼠模型中的骨髓细胞及T细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四个独立患者队列及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 116 | 2026-04-17 |
CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia
2024-09-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021680
PMID:38776511
|
研究论文 | 本研究通过多模态方法揭示了急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态、功能障碍与治疗反应之间的关联 | 首次发现早期记忆CD8+ T细胞在AML治疗反应中的关键作用,并揭示其分化为激活状态与NK样/衰老状态两种终末状态的动态过程 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证CD8+ T细胞衰老与治疗抵抗的因果机制 | 探究急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态与治疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 高维流式细胞术,单细胞转录组测序 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 整合多个独立数据集的AML CD8+ T细胞单细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2026-04-17 |
Tumor immune microenvironment of NSCLC with EGFR exon 20 insertions may predict efficacy of first-line ICI-combined regimen
2024-09, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2024.107933
PMID:39191079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和多重免疫荧光染色,探讨了EGFR外显子20插入突变非小细胞肺癌的肿瘤免疫微环境特征及其与免疫检查点抑制剂联合方案疗效的关联 | 首次在单细胞水平上比较了EGFR外显子20插入突变、L858R突变和野生型非小细胞肺癌的免疫微环境差异,并揭示了ex20ins患者中更抑制性的免疫微环境特征 | 样本量相对有限(scRNA-seq仅15例,mIF分析共62例),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性研究验证结论 | 探究EGFR外显子20插入突变非小细胞肺癌的肿瘤免疫微环境特征,并分析其与免疫检查点抑制剂联合方案疗效的相关性 | 非小细胞肺癌患者,包括EGFR外显子20插入突变、L858R突变和野生型三种亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 组织图像数据 | scRNA-seq分析15例初治NSCLC样本,mIF分析62例(ex20ins 28例,L858R 30例,野生型4例) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 118 | 2026-04-17 |
Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease
2024-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07493-y
PMID:38987604
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了人类大脑血管系统在发育、成年和疾病状态下的分子图谱 | 首次大规模单细胞水平揭示了人类大脑血管系统的分子异质性,并识别了疾病血管中动脉静脉分化改变、胎儿基因重新激活以及保守的失调通路 | 样本来源包括胎儿和成人患者,但可能未覆盖所有疾病亚型或种族多样性,且为观察性研究,机制验证需进一步实验 | 解析人类大脑血管系统的细胞和分子结构,以理解其在发育、健康和疾病中的作用 | 人类胎儿和成人患者的大脑血管内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞 | 单细胞组学 | 脑肿瘤、脑血管畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 117个样本,来自68个人类胎儿和成人患者,共606,380个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 119 | 2026-04-17 |
Differences in microenvironment of lung cancer and pleural effusions by single-cell RNA sequencing
2024-07, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2024.107847
PMID:38889499
|
研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序比较了匹配的肺癌组织活检与胸腔积液微环境的差异 | 首次对同一患者的匹配肺癌活检组织和胸腔积液进行单细胞RNA测序直接比较 | 样本量较小(10例患者),未明确说明使用的具体单细胞测序平台 | 理解肺癌肿瘤微环境在组织与胸腔积液中的生物学差异 | 肺癌患者匹配的肿瘤组织活检和胸腔积液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10例患者的匹配肺癌活检和胸腔积液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-04-17 |
Large-scale neurophysiology and single-cell profiling in human neuroscience
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07405-0
PMID:38898291
|
综述 | 本文探讨了大规模单细胞神经生理学、单细胞RNA测序和空间转录组学等技术在人类神经科学研究中的整合应用及其前景 | 提出了将清醒脑手术中切除的功能映射人脑组织进行体外培养,并进行多模态细胞与功能分析的工作流程,为理解人脑功能细胞架构提供了统一框架 | NA | 为人类神经科学研究提供一个统一框架,探索网络水平活动背后的细胞基础 | 人脑组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 神经像素技术, 体外组织长期培养 | NA | 神经生理学数据, 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |