单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-13	miR-190 is a Key Regulator in Establishing Cell Polarity and Specification in the Drosophila Nervous System 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656688 PMID:40501908	研究论文	本文发现miR-190在果蝇神经系统细胞极性和分化中的关键调控作用	首次揭示miR-190通过调控Par复合体和基底决定因子的定位来建立神经母细胞极性的分子机制	研究仅限于果蝇胚胎神经母细胞，尚未在哺乳动物系统中验证	探究神经系统发育过程中细胞不对称分裂的分子调控机制	果蝇胚胎神经母细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、转录组分析、qPCR	NA	RNA测序数据、基因表达数据	NA
102	2025-06-13	Molecular Fingerprint of Endocannabinoid Signaling in the Developing Paraventricular Nucleus of the Hypothalamus as Revealed by Single-Cell RNA-Seq and In Situ Hybridization 2025-May-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110788 PMID:40497964	研究论文	通过单细胞RNA测序和原位杂交技术，揭示了小鼠下丘脑室旁核发育过程中内源性大麻素信号传导的分子指纹	首次描述了PVN中内源性大麻素信号传导的纳米结构，特别是在神经元发育过程中，并提供了2-AG和AEA信号传导的时空图谱	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索下丘脑室旁核（PVN）中内源性大麻素信号传导的分子机制及其在发育过程中的变化	小鼠下丘脑室旁核（PVN）中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	小鼠胎儿和出生后发育阶段的PVN组织
103	2025-06-13	Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.21.655347 PMID:40501697	研究论文	通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征	使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型	更好地表征AUD中的免疫失调	酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	酒精使用障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AUD患者和健康对照者的PBMCs样本
104	2025-06-13	Huangqi decoction ameliorated intestinal barrier dysfunction via regulating NF-κB signaling pathway in slow transit constipation model mice 2025-May-27, World journal of gastrointestinal surgery IF:1.8Q2 DOI:10.4240/wjgs.v17.i5.106000 PMID:40502512	研究论文	该研究探讨了黄芪汤通过调节NF-κB信号通路改善慢传输型便秘模型小鼠的肠道屏障功能障碍	首次使用单细胞RNA测序和空间转录组测序技术揭示黄芪汤在慢传输型便秘中的治疗机制	研究仅在小鼠模型和LS174T细胞系中进行，尚未进行人体临床试验	探究黄芪汤是否通过下调NF-κB信号通路和恢复肠道屏障功能来缓解慢传输型便秘	KM小鼠和LS174T细胞系	基础医学研究	慢传输型便秘	单细胞RNA测序、空间转录组测序、免疫组化、Western blot	动物模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明小鼠数量，使用LS174T细胞系进行体外实验
105	2025-06-13	The cGAS/STING Pathway: Friend or Foe in Regulating Cardiomyopathy 2025-May-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110778 PMID:40497954	研究论文	本文综述了cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的作用及其潜在治疗靶点	整合了公开的人类单细胞RNA测序数据和系统文献综述，识别了新的分子干预措施和治疗靶点	cGAS/STING通路在心肌病相关炎症中的具体分子机制仍不清楚，存在争议	探讨cGAS/STING信号通路在心肌病炎症调控中的作用及其治疗潜力	心肌病相关的炎症反应和cGAS/STING信号通路	心血管疾病	心肌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
106	2025-06-13	Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development 2025-May-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110774 PMID:40497950	研究论文	本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义	首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞系中的动态表达模式和亚细胞定位	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证	阐明Dchs1基因在心脏发育中的功能机制	小鼠心脏发育过程中的Dchs1基因表达	发育生物学	心血管疾病	免疫组织化学、Western blotting、单细胞转录组学	Dchs1-HA敲入小鼠模型	基因表达数据、蛋白质定位数据	多个发育阶段的小鼠心脏组织样本
107	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
108	2025-06-13	Prehabilitation during neoadjuvant chemotherapy results in an enhanced immune response in esophageal adenocarcinoma tumors: A randomized controlled trial 2025-May-24, Journal of sport and health science IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.jshs.2025.101063 PMID:40499717	research paper	该研究探讨了在食管腺癌新辅助化疗期间进行预康复运动训练对肿瘤免疫反应的影响	首次证明预康复运动训练可以增强食管腺癌肿瘤中的免疫细胞浸润和三级淋巴结构的成熟度	样本量较小(n=22)，且未观察到临床结局(如生存率)的显著差异	评估预康复运动训练是否增加肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)	局部晚期食管癌患者	肿瘤免疫学	食管腺癌	高分辨率多光谱免疫组化(mIHC)和NanoString空间转录组学	NA	组织样本和心肺功能数据	22名患者(预康复组11人，对照组11人)
109	2025-06-13	Functional heterogeneity and clinical implications of CD4+ T cell subtypes in high-grade serous ovarian carcinoma 2025-May-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v16.i5.104138 PMID:40503412	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了高级别浆液性卵巢癌中CD4+ T细胞亚型的功能异质性和空间分布，并评估了其预后意义	首次在高级别浆液性卵巢癌中系统描述了CD4+ T细胞亚型的组织特异性分布模式，并鉴定出与不良预后相关的Treg3亚型	样本量相对有限(42例患者)，且仅分析了原发灶和腹水样本	阐明CD4+ T细胞亚型在高级别浆液性卵巢癌中的功能异质性及其临床意义	高级别浆液性卵巢癌患者的CD4+ T细胞亚群	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	无监督聚类分析	单细胞转录组数据	42例高级别浆液性卵巢癌患者的附件组织和腹水样本
110	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）
111	2025-06-13	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-May-22, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	介绍了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	提出了一种无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	开发一种解析复杂空间转录组数据的协议	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
112	2025-06-13	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未明确提及具体局限性	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	human endothelial cell atlas
113	2025-06-13	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-May-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了TARGET-seq+协议，该协议结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度	优化了TARGET-seq，开发出TARGET-seq+，结合了RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和单细胞基因分型，提高了灵敏度	未提及具体局限性	研究预恶性和癌性组织中体细胞突变的后果	单细胞	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据、基因分型数据	NA
114	2025-06-13	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学，对儿童高级别胶质瘤（pHGG）的免疫景观进行了全面转录组分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未明确提及样本数量	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境变化及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
115	2025-06-13	Study on Liver Sinusoidal Endothelial Cell Fenestrations Based on Cellular Omics-Structure Integration Technology and Its Application in Metabolic Diseases 2025-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.653525 PMID:40475559	研究论文	本研究开发了一种新的细胞组学-结构整合（COSI）技术平台，用于解决传统技术在单细胞水平上同时获取基因表达谱和超分辨率细胞结构信息的局限性	开发了COSI技术平台，能够同时获取单细胞水平的基因表达谱和超分辨率荧光图像，填补了现有空间组学和细胞生物学研究的空白	NA	研究肝脏窦状内皮细胞窗孔形成的机制，并为代谢性疾病的早期诊断和治疗评估提供新的分子标志物和潜在治疗靶点	肝脏窦状内皮细胞	细胞生物学	代谢性疾病	单细胞转录组学、超分辨率荧光显微镜、电子显微镜、深度学习分辨率增强	深度学习	基因表达谱、超分辨率荧光图像、电子显微镜图像	NA
116	2025-06-13	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌恶性进展的机制	首次发现SLC31A1通过调控巨噬细胞M2极化影响三阴性乳腺癌的恶性表型	研究主要基于体外实验，缺乏体内动物模型的验证	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中关键调控基因的作用机制	三阴性乳腺癌组织样本和巨噬细胞	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq, qPCR, flow cytometry, Transwell assay	NA	RNA sequencing data, flow cytometry data	未明确说明样本数量
117	2025-06-13	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次发现骨髓基质细胞中的牛磺酸生物合成是白血病干细胞生长的关键依赖，并揭示了TAUT抑制与venetoclax联合治疗急性髓系白血病（AML）的协同效应	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生中的作用机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型
118	2025-06-13	In situ profiling of plasma cell clonality with image-based single-cell transcriptomics 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.09.653118 PMID:40463110	研究论文	本文介绍了一种名为BCR-MERFISH的图像单细胞转录组学方法，用于在组织原位分析浆细胞的克隆性	开发了BCR-MERFISH技术，首次实现了在组织原位同时检测浆细胞的V基因使用情况和转录组特征	目前仅在细胞培养和小鼠模型中验证，尚未应用于人类样本	开发能够解析适应性免疫系统中浆细胞克隆多样性的新技术	浆细胞及其B细胞受体(BCR)的V基因使用情况	单细胞组学	NA	BCR-MERFISH（B细胞受体多重误差稳健荧光原位杂交）	NA	单细胞转录组数据和图像数据	细胞培养物和小鼠肠道组织中的浆细胞
119	2025-06-13	POPARI: Modeling multisample variation in spatial transcriptomics 2025-May-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652741 PMID:40462963	research paper	介绍Popari，一种用于多样本空间转录组学数据建模的概率图模型	Popari通过差异先验和空间降采样实现多分辨率层次分析，能够捕捉条件特异性空间组织变化	未明确提及具体限制	开发针对多样本空间转录组学数据分析的方法	空间转录组学数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 卵巢癌	空间转录组学	概率图模型	基因表达数据	涉及小鼠大脑、胸腺和卵巢癌等多个真实数据集
120	2025-06-13	CellTypeAgent: Trustworthy cell type annotation with Large Language Models 2025-May-13, ArXiv PMID:40463689	research paper	介绍了一种名为CellTypeAgent的可信大语言模型代理，用于单细胞RNA测序分析中的细胞类型注释	结合大语言模型和相关数据库验证，提高了注释准确性并减少了幻觉现象	NA	提高单细胞RNA测序分析中细胞类型注释的效率和可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	LLM（大语言模型）	RNA测序数据	9个真实数据集，涉及36个组织的303种细胞类型