单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-07	Single-cell transcriptomics in colorectal cancer uncover the potential of metastasis and immune dysregulation of a cell cluster overexpressed PRSS22 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586428 PMID:40463392	research paper	该研究通过单细胞转录组学技术，在结直肠癌中发现了一个过度表达PRSS22的细胞亚群，该亚群具有转移和免疫失调的潜力	发现了一个与结直肠癌进展、免疫失调和预后密切相关的细胞亚群，并确定了PRSS22作为其枢纽基因，具有成为新的免疫治疗靶点的潜力	样本量相对较小，仅包括25个结直肠癌和10个相邻正常组织样本	探究结直肠癌中肿瘤细胞亚群的特征及其生物学意义，寻找新的免疫治疗靶点	结直肠癌组织和相邻正常组织	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing	Boruta feature selection algorithm	RNA-seq	25个结直肠癌样本和10个相邻正常组织样本
102	2025-06-07	Unveiling the Therapeutic Potential of Baicalin in Intervertebral Disc Degeneration: Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analysis with Experimental Validation of PANoptosis Inhibition 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519179 PMID:40463856	研究论文	本文通过整合批量转录组和单细胞RNA-seq分析，结合实验验证，探讨了PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗潜力	首次揭示了PANoptosis在椎间盘退变中的关键作用，并验证了黄芩素通过抑制PANoptosis缓解椎间盘退变的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证有限	探索PANoptosis在椎间盘退变中的作用及黄芩素的治疗机制	椎间盘退变(IVDD)及其相关细胞死亡过程	生物医学研究	椎间盘退变	批量转录组分析、单细胞RNA-seq、体外细胞模型、动物模型	IL-1β诱导的NPC退变模型、穿刺诱导的大鼠IVDD模型	转录组数据、临床样本数据	多个公开数据集(GSE167199, GSE245147, GSE266883, GSE244889)及实验样本
103	2025-06-07	Depletion of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0298 PMID:39620946	研究论文	本研究探讨了表达血小板衍生生长因子受体β（Pdgfrb）和脂肪基质细胞（ASC）标记的癌症相关成纤维细胞（CAF）在胰腺导管腺癌小鼠模型中的作用，并发现靶向ASC样CAF可增强免疫检查点阻断疗法的效果	揭示了不同CAF亚群对胰腺癌进展和治疗抵抗的独特影响，特别是ASC样CAF的耗竭可增强免疫检查点阻断疗法的抗肿瘤和抗转移效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探究CAF亚群在胰腺癌进展和免疫治疗抵抗中的作用，并开发新的联合治疗策略	胰腺导管腺癌小鼠模型中的CAF亚群	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠胰腺导管腺癌模型	基因表达数据	未明确说明，但涉及雌性和雄性小鼠
104	2025-06-07	Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1562261 PMID:40474982	研究论文	本研究通过单细胞RNA数据探索了肺腺癌肿瘤微环境中的代谢景观，并鉴定了前列腺素D2信号轴的关键作用	首次揭示了前列腺素D2（PGD2）信号轴在肺腺癌中的肿瘤抑制和抗炎作用，并开发了基于该信号轴的风险模型以预测免疫治疗反应	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索肺腺癌肿瘤微环境中的代谢重编程和代谢物介导的细胞间通讯	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞类型和代谢物	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RT-qPCR，荧光原位杂交	风险模型	RNA测序数据，基因表达数据	TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集，具体样本数量未明确说明
105	2025-06-07	Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829 PMID:40475762	research paper	该研究通过单细胞和批量转录组分析，揭示了结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸	开发了基于AUCell算法的氨基酸代谢评分，并建立了31基因AA评分和6基因风险评分，用于预测PD-1阻断治疗的响应和预后	样本量相对较小（17例PD-1阻断治疗患者和23例额外CRC患者），且主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究结直肠癌中氨基酸代谢与免疫逃逸的关系，以及其对免疫治疗响应的影响	结直肠癌患者的上皮细胞和肿瘤浸润免疫细胞	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, LASSO, Cox回归分析	machine learning	RNA-seq数据	17例PD-1阻断治疗的CRC患者（46,374个上皮细胞）和23例额外CRC患者的scRNA-seq数据
106	2025-06-07	Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693 PMID:40475775	研究论文	本研究探讨了PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响	首次全面分析了PSMD14在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润和患者预后的关系，并利用单细胞RNA测序技术深入研究了PSMD14表达的免疫细胞类型	研究主要基于生物信息学分析和有限的临床样本，需要进一步实验验证PSMD14的功能机制	探索PSMD14在肺腺癌中的表达及其对肿瘤免疫和临床预后的潜在影响	肺腺癌组织和相关免疫细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 单细胞RNA测序数据, 临床样本	未明确说明具体样本数量，但包括肺腺癌患者组织和多种免疫细胞类型
107	2025-06-07	Metabolic profiles in laryngeal cancer defined two distinct molecular subtypes with divergent prognoses 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512502 PMID:40475768	research paper	该研究通过综合分析转录组、突变、甲基化和单细胞RNA测序数据，确定了与代谢相关的喉癌亚型，并开发了预后和诊断模型	首次通过多组学数据定义了喉癌的两种代谢相关分子亚型，并开发了具有高预测性能的诊断和预后模型	研究样本量相对较小（114例），且所有数据均来自TCGA数据库，需要更多独立队列验证	探索喉癌的代谢相关分子亚型及其对预后的影响	喉癌患者	digital pathology	laryngeal cancer	RNA-seq, scRNA-seq, 甲基化测序	LASSO Cox回归, Random Forest	转录组数据、突变数据、甲基化数据、单细胞RNA测序数据	114例喉癌患者（来自TCGA数据库）
108	2025-06-07	Tumor-infiltrating lymphocytes in cancer immunotherapy: from chemotactic recruitment to translational modeling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601773 PMID:40475782	综述	本文综述了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在癌症免疫治疗中的作用及其研究进展	强调了TILs的多样性及其在肿瘤微环境中的动态相互作用，并探讨了新兴技术如单细胞测序和生物材料平台对TIL生物学的理解	未提及具体的临床转化障碍或个体化治疗中的具体挑战	探讨TILs在癌症免疫治疗中的作用及其作为生物标志物和治疗剂的潜力	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs），包括CD8细胞毒性T细胞、CD4辅助T细胞、调节性T细胞、B细胞和自然杀伤（NK）细胞	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、新抗原预测、生物材料平台	3D肿瘤球体、类器官共培养、同源小鼠模型、人源化系统	NA	NA
109	2025-06-07	stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1566675 PMID:40476268	research paper	提出了一种基于注意力机制的监督图学习模型stGuide，用于空间转录组学中的跨切片对齐和高效标签转移	利用注意力机制和监督表示学习，将查询数据集映射到共享嵌入空间，并通过最近邻信息分配标签	未提及具体的技术限制或数据局限性	解决空间转录组学数据中的批次效应、不平衡参考注释和组织异质性等挑战	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集	空间转录组学	乳腺癌	注意力机制和监督图表示学习	attention-based supervised graph learning model	空间转录组数据	NA
110	2025-06-07	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	介绍了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据	提出了一种新颖的空间感知降维方法RASP，其计算速度比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组学数据	生物信息学	NA	随机化两阶段主成分分析(PCA)框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和 10x Xenium）
111	2025-06-07	Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310 PMID:39485042	研究论文	通过单细胞分析骨髓CD8+ T细胞在髓系肿瘤中的作用，揭示了与疾病进展和阿扎胞苷治疗反应相关的通路	发现了CD57+CXCR3+ CD8+ T细胞亚群与阿扎胞苷治疗反应及患者生存率的关系，并揭示了IFN和TGF-β信号通路在治疗反应中的作用	样本量相对较小（104例），且仅针对髓系肿瘤患者	探究CD8+ T细胞在髓系肿瘤进展和治疗反应中的作用	骨髓CD8+ T细胞	数字病理学	髓系肿瘤（包括骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病）	质谱流式细胞术、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	104例治疗前骨髓样本
112	2025-06-07	Tumor Expression of CD83 Reduces Glioma Progression and Is Associated with Reduced Immunosuppression 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0281 PMID:39601621	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胶质瘤中CD83表达对肿瘤进展和免疫抑制的影响	首次发现胶质瘤细胞表达CD83可抑制肿瘤生长并增强T细胞抗肿瘤反应	尚未验证CD83表达是否能增强免疫治疗效果并改善患者预后	探究胶质瘤细胞CD83表达对肿瘤微环境和免疫治疗的影响	人类和小鼠胶质瘤样本	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序	免疫活性小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量
113	2025-06-07	Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01909-1 PMID:39327486	research paper	该研究开发了一种名为Genotype-Neighborhood Associations (GeNA)的统计工具，用于在高维单细胞数据中识别影响细胞状态丰度的遗传变异	GeNA工具能够灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态，而无需预先定义细胞状态	研究仅基于969名个体的单细胞RNA测序数据，样本量可能不足以覆盖所有可能的遗传变异	识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	GeNA	单细胞RNA测序数据	969名个体的外周血单细胞RNA测序数据
114	2025-06-07	DLL1/NOTCH1 signaling pathway maintain angiogenesis in meniscus development and degeneration 2024-07, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106589 PMID:38772475	研究论文	研究探讨了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板发育和退化过程中维持血管生成的作用	揭示了DLL1/NOTCH1信号通路在半月板血管生成中的关键作用，为骨关节炎治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于人类胚胎和成熟半月板组织，未涉及其他年龄段或更广泛的样本	探究半月板发育和退化过程中内皮细胞和血管的特征	人类胚胎和成熟半月板组织	生物医学	骨关节炎	单细胞RNA测序、计算机分析、多种染色技术	NA	RNA测序数据、组织学图像	人类胚胎和成熟半月板组织样本
115	2025-06-07	Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026 PMID:38627968	研究论文	通过单细胞转录组学定义间充质干细胞/基质细胞诱导的髓系来源的抑制细胞	揭示了MSC诱导的MDSCs的独特转录谱，并鉴定出CSF-1R作为检测和治疗性富集MDSCs的关键细胞表面标记物	RELM-γ对T细胞增殖、Treg扩增或脾细胞活化无直接影响，其具体作用机制尚不明确	探究间充质干细胞/基质细胞如何通过调节免疫细胞来缓解自身免疫性炎症	间充质干细胞/基质细胞(MSCs)及其诱导的髓系来源的抑制细胞(MDSCs)	免疫学	自身免疫性葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠模型和体外培养细胞
116	2025-06-07	Single-nucleus RNA sequencing demonstrates an autosomal dominant Alzheimer's disease profile and possible mechanisms of disease protection 2024-Jun-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.02.009 PMID:38417436	研究论文	通过单核RNA测序技术比较了常染色体显性阿尔茨海默病(ADAD)与散发性阿尔茨海默病的转录组差异，并探讨了可能的疾病保护机制	首次在单细胞水平上揭示了ADAD与散发性AD的转录组差异，并发现APOE3-Christchurch变异可能通过调节特定基因表达提供神经保护	样本量相对较小(27例)，且仅针对PSEN1-E280A这一特定ADAD突变进行研究	比较不同形式阿尔茨海默病的细胞水平差异并探索神经保护机制	PSEN1-E280A ADAD携带者、散发性AD患者和对照组	基因组学	阿尔茨海默病	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	转录组数据	27例(包括ADAD携带者、散发性AD患者和对照组)
117	2024-08-07	Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009 PMID:38795702	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
118	2025-06-07	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	research paper	该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出将SCT重新构想为一种细胞疗法，通过造血祖细胞恢复免疫细胞群体，实现免疫“重置”，并揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本来自难治性CD患者，可能不适用于所有CD患者，且HSCs的异质性可能影响SCT效果	探索SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制及其临床效果	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本，以及造血干细胞移植的干细胞移植物	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术、异种移植模型	NA	外周血和肠道组织样本的免疫表型和功能数据	难治性克罗恩病患者的样本，具体数量未明确说明
119	2025-06-07	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提出了一种用于小鼠脑干单细胞RNA测序的解剖、解离和冷冻保存方案	该方案允许异步样本收集和下游处理，适用于脑干组织中的细胞，特别是新生儿小鼠	虽然该方案以孤立的preBötzinger复合体和SmartSeq3 cDNA文库制备为例，但可能不适用于所有脑干区域和文库制备方法	开发一种适用于小鼠脑干单细胞RNA测序的样本处理方案	小鼠脑干组织，特别是新生儿小鼠的脑干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SmartSeq3 cDNA文库制备	NA	RNA测序数据	新生儿小鼠的脑干组织
120	2025-06-07	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺空间转录组数据的实验方案	针对肺肺泡中存在空腔导致切片困难的问题，提出了一种新的实验方案，包括肺灌注、获取冷冻切片、收集肺切片cDNA及数据分析等步骤	NA	解决肺组织空间转录组实验中切片困难的问题，获取高质量的空间转录组数据	小鼠肺组织	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA