单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-25	Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2025-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00840-2 PMID:40164771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录变化	创建了Matn4-mEGFP转基因小鼠系，并利用单细胞RNA测序技术揭示了OPCs在不同状态下的转录组变化，特别是HIF-1α和WNT通路的激活	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组变化	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	Matn4-mEGFP转基因小鼠系的皮质OPCs
102	2025-04-25	MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis 2025-Apr, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-025-01976-0 PMID:40181105	研究论文	本文揭示了MYB74转录因子在拟南芥脱落区表皮细胞新生过程中的指导作用	发现了非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的三个阶段过程，并确定了MYB74转录因子在这一过程中的核心作用	未明确比较这种机制与伤口愈合途径的具体优势差异	探究植物脱落区表皮细胞新生的分子机制	拟南芥脱落区的非表皮残留细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
103	2025-04-25	Human Neonatal MR1T Cells Have Diverse TCR Usage, are Less Cytotoxic and are Unable to Respond to Many Common Childhood Pathogens 2025-Apr-01, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6265058/v1 PMID:40235492	research paper	该研究探讨了新生儿MR1T细胞的多样性、细胞毒性及对常见儿童病原体的反应能力	揭示了新生儿MR1T细胞在TCR使用上的多样性、较低的细胞毒性以及对多种常见儿童病原体无反应的特点	研究样本量较小（n=5），且仅针对特定MR1T细胞亚群进行分析	了解新生儿MR1T细胞的免疫特性及其在感染易感性中的作用	新生儿和成人的MR1T细胞	免疫学	新生儿败血症	scRNA-seq/scTCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据	5例新生儿脐带血样本和5例成人样本
104	2025-04-25	Identifying reproducible transcription regulator coexpression patterns with single cell transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012962 PMID:40257984	研究论文	利用单细胞转录组学数据识别转录调控因子共表达模式	通过整合大量单细胞RNA-seq数据集，构建跨细胞类型和物种的转录调控因子共表达网络，并验证其与ChIP-seq数据的一致性	研究主要关注共表达模式的跨上下文一致性，未深入探讨特定生物背景下的信号保留	识别人类和小鼠转录调控因子（TR）的共表达模式，并评估其跨物种和细胞类型的可重复性	人类和小鼠的转录调控因子及其共表达基因伙伴	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	120个人类和103个小鼠scRNA-seq数据集（超过2800万个细胞）
105	2025-04-25	An expandable synthetic library of human paired antibody sequences 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012932 PMID:40258041	研究论文	本文介绍了一种名为IgHuAb的大型语言模型，用于高通量生成配对人类抗体序列，并创建了一个名为SynAbLib的合成人类抗体库	开发了IgHuAb模型和SynAbLib库，显著提高了人类抗体序列的多样性，并验证了其表达效率	未提及具体的技术限制或样本量限制	解决现有单细胞测序方法在人类抗体序列数据上的高通量和高成本问题	人类抗体序列	自然语言处理	NA	单细胞测序	大型语言模型	序列数据	NA
106	2025-04-25	Oncolytic Virus Infection Modulates Lysine Acetyltransferase in Gliomas: Comprehensive Analysis and Experimental Validation of KAT8 in Glioma 2025-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70558 PMID:40259204	research paper	该研究探讨了溶瘤病毒感染如何调节胶质瘤中的赖氨酸乙酰转移酶，特别是KAT8的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次揭示了溶瘤病毒EV-A71感染胶质瘤细胞后KAT8的下调，并验证了KAT8在胶质瘤中的表达与临床病理特征、患者生存率及细胞凋亡的关系	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证，且样本来源有限	探索溶瘤病毒感染对胶质瘤中赖氨酸乙酰转移酶的调控机制及其临床意义	胶质瘤细胞和胶质瘤组织	digital pathology	glioma	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	TCGA和GTEx数据库中的胶质瘤组织样本及体外培养的胶质瘤细胞系
107	2025-04-25	Indoleamine 2,3-dioxygenase 1-mediated immune suppressive status is positively associated with brain metastasis in patients with non-small cell lung cancer 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.12.004 PMID:40265090	research paper	研究探讨了IDO1活性与非小细胞肺癌脑转移患者生存期的关联及其对免疫细胞抗肿瘤功能的负面影响	首次揭示了IDO1代谢物在NSCLC脑转移患者中的免疫抑制作用，并发现其与Treg细胞比例及患者生存期显著相关	样本量有限（195例），且未探讨IDO1抑制剂的治疗潜力	探究IDO1活性与NSCLC脑转移患者生存期的关系及其免疫调节机制	非小细胞肺癌伴脑转移患者	肿瘤免疫学	非小细胞肺癌	scRNA-seq分析、非靶向代谢组学分析	NA	血液/组织样本的代谢物检测数据、单细胞转录组数据	195例NSCLC患者（含脑转移病例）
108	2025-04-25	The single-cell immune landscape of HIV-associated aggressive B-cell lymphoma 2025-Apr, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2025.02.001 PMID:40265092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫景观及其独特的基因组和免疫特征	首次在单细胞水平上描绘了HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的免疫图谱，发现了恶性B细胞的高增殖和OXPHOS型代谢特征，以及T细胞的衰老样功能障碍	样本量相对较小（14例），且仅分析了淋巴结样本	阐明HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤的基因组和免疫特征	HIV相关侵袭性B细胞淋巴瘤（主要是弥漫大B细胞淋巴瘤和伯基特淋巴瘤）患者和非HIV感染者的淋巴瘤样本	数字病理学	B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	14例（6例HIV相关DLBCL，5例HIV相关BL，3例非HIV相关DLBCL）
109	2025-04-25	Angiogenesis and targeted therapy in the tumour microenvironment: From basic to clinical practice 2025-Apr, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70313 PMID:40268524	review	本文系统回顾了肿瘤微环境中血管生成的病理生理学进展，以及靶向血管生成治疗策略的最新进展	从单细胞角度阐明内皮细胞的异质性，并探讨抗血管生成免疫治疗和纳米技术在抗血管生成治疗中的应用	NA	探讨肿瘤微环境中血管生成的作用及靶向治疗策略	肿瘤内皮细胞及其与周围细胞的相互作用	肿瘤学	癌症	单细胞测序技术	NA	NA	NA
110	2025-04-25	Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes 2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.28.25324850 PMID:40196253	研究论文	本研究通过全基因组测序（WGS）对100名来自9p相关综合征家族的个体进行了分析，揭示了染色体9p综合征的个体和群体水平特征	首次大规模使用全基因组测序技术研究9p相关综合征，并开发了基于机器学习的预测模型，识别了两个新的晚期复制区域（LRR1和LRR2）	样本量相对较小（100名个体），且研究依赖于9P-ARCH研究网络的进一步扩展	深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构及其在个体间的共性和差异	100名来自9p相关综合征家族的个体（包括85名无关先证者）	基因组学	染色体9p综合征	全基因组测序（WGS）、机器学习、空间转录组学	机器学习模型	基因组数据	100名个体（85名无关先证者）
111	2025-04-25	Sequencing-free whole genome spatial transcriptomics at molecular resolution in intact tissue 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641951 PMID:40161724	research paper	开发了一种名为RAEFISH的新型基于图像的空间转录组技术，实现了全基因组覆盖和单分子空间分辨率	RAEFISH技术首次在完整组织中实现了全基因组水平的空间转录组分析，同时保持了单分子空间分辨率	虽然技术先进，但尚未在更广泛的生物医学应用中验证其普适性	开发高覆盖度、高分辨率的空间转录组技术，用于生物医学研究	人类和小鼠的转录组，包括蛋白质编码转录本和长链非编码RNA	digital pathology	NA	RAEFISH（基于图像的空间转录组技术）	NA	图像数据	人类23,000种转录本和小鼠22,000种转录本，包括培养细胞和组织切片中的单细胞
112	2025-04-25	Androgen Deprivation-Induced TET2 Activation Fuels Prostate Cancer Progression via Epigenetic Priming and Slow-Cycling Cancer Cells 2025-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645495 PMID:40196510	研究论文	研究探讨了雄激素剥夺诱导的TET2激活通过表观遗传启动和慢循环癌细胞促进前列腺癌进展的机制	首次提供了前列腺癌中5hmC动态的单核苷酸分辨率图谱，并确定了TET2作为慢循环癌细胞的关键调节因子及其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，需要进一步临床验证	探索前列腺癌对雄激素剥夺疗法产生耐药的机制，并寻找新的治疗靶点	前列腺癌细胞和模型	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因组5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)分析	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
113	2025-04-25	An accelerated human in-vitro aging model mimicsin-vivo aging and facilitates dynamic testing of anti-aging compounds 2025-Mar-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6173768/v1 PMID:40195985	research paper	该研究开发了一种加速的人类体外衰老模型，模拟体内衰老并便于动态测试抗衰老化合物	通过长期的有丝分裂后培养人类成纤维细胞，真实再现并加速了体内衰老特征，并利用单细胞转录组学揭示了衰老异质性的时间依赖性增加	研究主要基于成纤维细胞，可能无法完全代表其他细胞类型的衰老过程	开发一种加速的人类体外衰老模型，以研究衰老机制并测试抗衰老化合物的疗效	人类成纤维细胞和神经元	生物医学	衰老相关疾病	转录组学、表观遗传学分析、单细胞转录组学	体外衰老模型	转录组数据、表观遗传数据	NA
114	2025-04-25	Genome-wide association meta-analysis identifies 126 novel loci for diverticular disease and implicates connective tissue and colonic motility 2025-Mar-28, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.27.25324777 PMID:40196262	研究论文	通过全基因组关联研究荟萃分析，发现了126个与憩室病相关的新基因位点，并揭示了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动之间的联系	发现了126个新的憩室病相关基因位点，并通过多种下游分析策略验证了憩室病与结缔组织生物学和结肠运动的关联	研究主要基于遗传关联分析，功能验证和机制研究仍需进一步深入	探索憩室病的遗传基础和生物学机制	憩室病患者及其遗传数据	遗传学	憩室病	全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、蛋白质定量性状位点分析	NA	遗传数据、RNA测序数据、手术标本数据	大规模的憩室病患者样本
115	2025-04-25	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法	提出了一个评估框架，用于从scRNA-seq数据中推断遗传祖先，并验证了现有工具的准确性	scRNA-seq数据中遗传多态性数量有限，变异检测不完美	确保单细胞RNA测序数据的遗传同质性，减少分析偏差，并理解祖先特异性调控机制在疾病中的作用	196名来自人类细胞图谱的scRNA-seq数据捐赠者	生物信息学	NA	scRNA-seq	ADMIXTURE	RNA-seq数据	196名捐赠者
116	2025-04-25	Integrated single-cell and spatial analysis identifies context-dependent myeloid-T cell interactions in head and neck cancer immune checkpoint blockade response 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.24.644582 PMID:40196610	research paper	该研究通过整合单细胞和空间组学技术，揭示了头颈癌免疫检查点阻断（ICB）反应中髓系细胞与T细胞相互作用的上下文依赖性	结合10X Visium和Nanostring CosMx空间组学技术，首次系统描绘了ICB应答者与非应答者之间髓系-T细胞相互作用的空间特异性差异	样本量相对有限（26例单细胞数据+8例空间转录组），且机制研究需要进一步动物实验验证	探究头颈鳞癌（HNSCC）免疫治疗响应的空间免疫微环境特征	26例HNSCC患者的522,399个单细胞和8例ICB治疗患者的空间转录组数据	digital pathology	head and neck cancer	scRNA-Seq, 10X Visium, Nanostring CosMx, 空间转录组	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	26例患者的单细胞数据（522,399细胞）和8例ICB治疗患者的空间转录组数据
117	2025-04-25	A factor-based analysis of individual human microglia uncovers regulators of an Alzheimer-related transcriptional signature 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.641500 PMID:40196633	research paper	通过单细胞层次泊松因子化（scHPF）分析人类小胶质细胞的异质性，揭示了与阿尔茨海默病相关的转录特征调控因子	提出了一个23因子模型来捕捉小胶质细胞的连续基因表达特征，并识别了与阿尔茨海默病相关的转录调控网络	研究依赖于死后或神经外科手术中获取的样本，可能无法完全反映活体状态下的情况	探索人类小胶质细胞的分子异质性及其在神经退行性疾病中的作用	441,088个活体小胶质细胞，来自161名捐赠者的不同脑区	digital pathology	Alzheimer's disease	single-cell hierarchical Poisson factorization (scHPF), MERFISH	scHPF	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	441,088个小胶质细胞，来自161名捐赠者
118	2025-04-25	Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.24.644836 PMID:40196654	研究论文	本研究通过海星作为非脊索动物代表，探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化	揭示了海星卵巢中存在与哺乳动物相似的细胞类型及神经内分泌信号系统，支持卵巢细胞类型的脊索前起源假说	研究仅基于海星这一单一物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探索卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源	海星卵巢细胞类型及其空间组织	进化生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）与高分辨率3D成像	NA	单细胞转录组数据与3D成像数据	海星卵巢组织样本
119	2025-04-25	Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations 2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.03.631250 PMID:39803530	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据和数学模型探讨了细胞间信号如何影响癌症细胞的表型动态，特别是在上皮-间质转化过程中	揭示了细胞间信号在小细胞肺癌中强化单细胞表型转变并维持群体水平肿瘤内异质性的机制	研究主要基于计算模型和scRNA-seq数据，缺乏实验验证	探索细胞间通讯在癌症细胞表型可塑性中的作用	小细胞肺癌(SCLC)及其他多种癌症类型的癌细胞	computational biology	lung cancer	scRNA-seq, 数学建模	dynamical systems model	单细胞RNA测序数据	NA
120	2025-04-25	Developmental molecular signatures define de novo cortico-brainstem circuit for skilled forelimb movement 2025-Mar-26, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6150344/v1 PMID:40196004	research paper	该研究识别了一种先前未被认识的直接皮质-脑干回路，该回路在发育早期出现并持续到成年期，对成年运动控制至关重要	发现了一种新的皮质-脑干神经元（CBN），这些神经元在发育过程中通过表达神经肽Y（Npy）可被前瞻性识别，并揭示了它们在成年运动控制中的关键作用	NA	研究皮质-脑干回路在精细运动控制中的作用及其发育分子特征	皮质-脑干神经元（CBN）及其在脑干的投射	神经科学	NA	FACS纯化和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA