单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-18	Functional defects in FOXG1 variants predict the severity of brain anomalies in FOXG1 syndrome 2025-Jun-16, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03077-y PMID:40524015	研究论文	研究FOXG1基因变异如何影响脑部异常严重程度及其功能缺陷	通过结合蛋白表达、COUP-TFI抑制和神经元迁移实验，开发了一种预测FOXG1综合征严重程度的分层范式	样本量较小（14例），可能影响结果的普遍性	探究FOXG1基因变异与脑部异常严重程度之间的精确关系	14名携带FOXG1变异的个体及小鼠胚胎脑部	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq, IUE, 荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、脑部影像数据	14名FOXG1变异个体及小鼠胚胎脑部
102	2025-06-18	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal MAZ(+) NPC-like clusters as key role contributing to glioma recurrence and drug resistance 2025-Jun-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06706-w PMID:40524155	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析揭示MAZ(+) NPC样细胞簇在胶质瘤复发和耐药中的关键作用	首次在单细胞和空间转录组水平上鉴定出MAZ(+) NPC样细胞簇是胶质瘤耐药的关键因素，并揭示了MAZ通过上调FOXM1表达增强肿瘤细胞干性和耐药性的机制	研究样本量有限，且机制研究主要在细胞水平进行，缺乏动物模型验证	探究胶质瘤对替莫唑胺耐药的细胞和分子机制，并寻找克服耐药的治疗策略	胶质瘤细胞	数字病理	胶质瘤	单细胞测序，空间转录组测序，批量RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但包含治疗前后胶质瘤样本
103	2025-06-18	Role for Complement C5 in Eosinophilic Inflammation of Severe Asthma 2025-Jun-16, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16616 PMID:40524528	research paper	该研究探讨了补体系统，特别是补体C5，在严重哮喘中嗜酸性炎症的作用	首次通过痰蛋白质组学分析揭示了补体C5在严重哮喘嗜酸性炎症中的直接作用，并验证了C5抑制在小鼠模型中的抗炎效果	研究样本可能有限，且小鼠模型结果需进一步验证是否完全适用于人类	阐明补体C5在严重哮喘嗜酸性炎症中的病理机制	健康对照者和严重哮喘患者的痰样本，以及哮喘小鼠模型	生物医学研究	哮喘	数据依赖性采集质谱、加权相关网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序、免疫荧光染色	小鼠哮喘模型	蛋白质表达数据、RNA测序数据	健康对照者和严重哮喘患者（具体数量未明确说明）
104	2025-06-18	Loss of N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 leads to meiotic prophase abnormalities and male sub-fertility in mice† 2025-Jun-15, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf052 PMID:40079145	研究论文	本研究揭示了N-6腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1（N6AMT1）在小鼠精子发生过程中的减数分裂进展中的关键作用	首次证明N6AMT1在减数分裂性染色体失活（MSCI）和DNA双链断裂（DSB）修复中的重要作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究N6AMT1在精子发生和雄性生育能力中的作用机制	小鼠生殖细胞特别是精母细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据	N6amt1基因敲除小鼠及其对照组的生殖细胞样本
105	2025-06-18	The role of tumor microenvironment and immune cell crosstalk in triple-negative breast cancer (TNBC): Emerging therapeutic opportunities 2025-Jun-15, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217865 PMID:40516902	综述	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）和免疫细胞相互作用的研究现状，以探索新兴的治疗机会	整合单细胞RNA测序和空间分析技术，揭示了T细胞异质性和细胞间相互作用对TNBC预后的影响，并提出了针对Tregs和TK1等新靶点的治疗策略	需要更多多组学数据和患者来源模型来验证和优化治疗干预措施	探索TNBC中肿瘤微环境和免疫细胞相互作用的新治疗机会	三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤微环境和免疫细胞	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
106	2025-06-18	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了B细胞激活过程中的基因调控机制及其与免疫介导疾病的关联	首次系统研究了B细胞在多种激活状态下的基因调控动态，并建立了交互式浏览器共享数据	样本仅来自26名健康女性捐赠者，未包括疾病患者或男性样本	阐明B细胞激活状态下的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的作用	26名健康女性捐赠者的B细胞	基因组学	免疫介导疾病（包括自身免疫、过敏、感染和癌症相关疾病）	RNA-seq、单细胞RNA-seq（CITE-seq）、ATAC-seq	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	26名健康女性捐赠者的B细胞，在6种激活条件下产生24种激活状态和5种对照条件
107	2025-06-18	Single-cell transcriptomics identify a chemotherapy-resistance related cluster overexpressed CLIC3 in ovarian cancer 2025-Jun-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02882-9 PMID:40515890	研究论文	通过单细胞转录组学识别卵巢癌中与化疗耐药相关的细胞亚群及其关键基因CLIC3	首次在卵巢癌中识别出一个与化疗耐药和不良预后相关的特定上皮细胞亚群c3，并确定CLIC3为其关键标记基因	样本量较小（仅5个卵巢癌样本）	探索卵巢癌化疗耐药机制	卵巢癌患者样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	GSVA分析、细胞通讯分析、加权基因共表达网络分析	单细胞转录组数据	5个卵巢癌样本（3个耐药，2个敏感）
108	2025-06-18	Single-cell and bulk RNA analysis identifies EMT-associated CAF signatures and prognostic model in lung adenocarcinoma 2025-Jun-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02951-z PMID:40517220	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，识别与上皮-间质转化(EMT)相关的癌症相关成纤维细胞(CAFs)特征基因，并构建了肺腺癌(LUAD)的预后模型	整合单细胞和批量转录组数据识别EMT-CAF相关基因，构建具有临床价值的预后风险评分模型	需要进一步研究验证这些发现的临床适用性和生物学机制	理解CAFs在LUAD中的分子机制及其临床意义	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	RNA-seq	LASSO regression	RNA sequencing data	来自TCGA和GEO数据库的LUAD患者RNA测序数据和临床信息
109	2025-06-18	Enhanced cytotoxicity of aging associated NKG2C + CD8 + T cells in ankylosing spondylitis via HLA-B27 2025-Jun-14, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-025-03585-w PMID:40517268	研究论文	本研究探讨了衰老与强直性脊柱炎(AS)发病机制之间的共同机制，并确定了潜在的治疗靶点	发现HLA-B27通过激活PI3K‒Akt信号通路驱动衰老相关的NKG2C+ CD8+ T细胞的细胞毒性，提出NKG2C抑制可能作为AS的新型治疗策略	样本量相对较小(87例AS患者)，且部分机制验证依赖于小鼠模型	探索衰老与强直性脊柱炎发病机制的联系并寻找治疗靶点	强直性脊柱炎患者和小鼠模型	免疫学	强直性脊柱炎	多维流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序	HLA-B27转基因小鼠模型	流式细胞数据、RNA测序数据	87例AS患者及匹配对照
110	2025-06-18	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Jun-13, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究探索了克罗恩病纤维狭窄性回肠病变的转录组特征，以全面描述肠道纤维化的生物学和细胞机制	发现了81个差异表达基因，并利用机器学习分析和单细胞RNA测序技术鉴定了与纤维狭窄相关的特异性基因和细胞亚群	样本量较小（仅9名患者），且仅针对手术切除样本进行研究	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠病变的转录组特征及其潜在治疗靶点	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	数字病理学	克罗恩病	RNA测序（bulk RNA-seq和scRNA-seq）、qPCR	随机森林模型	RNA测序数据	9名克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织样本
111	2025-06-18	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jun-13, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	该研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态相互作用的神经元及其转录响应	首次在单个神经元水平上揭示了饥饿状态下睡眠调节的转录变化，并鉴定出多个调控睡眠-代谢相互作用的关键基因	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，结果在高等动物中的普适性有待验证	探究睡眠与代谢状态相互作用的细胞机制	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	RNA测序数据	喂食和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
112	2025-06-18	EZH2 inhibition and 5-azacytidine enhance antitumor immunity in PTEN-deficient glioblastoma by activation viral mimicry response 2025-Jun-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011650 PMID:40514071	research paper	该研究探讨了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤(GBM)中EZH2抑制和5-氮杂胞苷通过激活病毒模拟反应增强抗肿瘤免疫的机制	首次揭示了PTEN缺陷通过ERV-MAVS-IFN通路失调抑制I型干扰素反应的机制，并开发了EZH2i与5-AZA联合治疗的新策略	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索PTEN缺陷型GBM免疫逃逸机制并开发新的联合治疗方案	PTEN缺陷型胶质母细胞瘤及其肿瘤微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、表观遗传数据	NA
113	2025-06-18	Exercise alters transcriptional profiles of senescence and gut barrier integrity in intestinal crypts of aging mice 2025-Jun-13, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-025-00242-z PMID:40514364	research paper	研究探讨了运动如何通过影响衰老小鼠肠道隐窝中的转录组来延缓肠道干细胞衰老并改善肠道屏障功能	首次在衰老小鼠模型中系统揭示了运动通过调控DNA复制、细胞周期及Wnt信号通路等多途径抑制肠道干细胞衰老的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究运动对衰老过程中肠道干细胞功能维持的影响机制	衰老小鼠的肠道隐窝细胞（包括肠道干细胞、过渡扩增细胞和潘氏细胞）	衰老生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	衰老小鼠模型（具体数量未明确说明）
114	2025-06-18	Resolving spatial subclonal genomic heterogeneity of loss of heterozygosity and extrachromosomal DNA in gliomas 2025-Jun-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59805-z PMID:40514380	研究论文	该研究通过整合空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序和批量RNA测序技术，解析了胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织	开发了一个综合框架来识别胶质瘤中染色体外DNA（ecDNA）的局部扩增和亚克隆肿瘤异质性，揭示了ecDNA在快速扩增癌基因和增强肿瘤适应性中的作用	样本量较小（初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤），可能限制结果的普遍性	解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织，以理解驱动发病机制的分子和细胞过程	胶质瘤（包括不同病理类型的11例初始队列和6例高级别胶质母细胞瘤复制队列）	基因组学	胶质瘤	空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序、批量RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	初始队列11例胶质瘤，复制队列6例高级别胶质母细胞瘤
115	2025-06-18	Gαi3: a crucial biomarker and therapeutic target in bladder cancer 2025-Jun-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00989-4 PMID:40514424	研究论文	本研究探讨了Gαi3在膀胱癌中的表达、功能及其机制，揭示了其作为生物标志物和治疗靶点的重要性	首次发现Gαi3在膀胱癌中过度表达，并通过单细胞测序数据确认其在膀胱癌上皮细胞中的表达，同时揭示了Gαi3通过Akt-mTOR通路促进癌症进展的机制	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究Gαi3在膀胱癌中的作用及其潜在的治疗应用	膀胱癌细胞和组织	癌症研究	膀胱癌	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA沉默	NA	基因表达数据、蛋白质活性数据	多种膀胱癌细胞系和裸鼠异种移植模型
116	2025-06-18	Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Jun-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02970-w PMID:40514625	research paper	本研究通过多种生物信息学方法识别与肝内胆管癌肿瘤微环境中耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物	整合BayesPrism去卷积、WGCNA和SMR方法，结合单细胞RNA测序数据，发现与耗竭CD8+T细胞相关的关键基因	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源和数量未明确说明	寻找肝内胆管癌肿瘤微环境中的生物标志物和治疗靶点	肝内胆管癌肿瘤微环境中的细胞亚群，特别是耗竭CD8+T细胞	生物信息学	肝内胆管癌	scRNA-seq, WGCNA, Mendelian randomization, BayesPrism	NA	基因表达数据	NA
117	2025-06-18	Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer 2025-Jun-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03843-6 PMID:40514677	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肝癌中肝脏昼夜节律基因的广泛失调，并开发了一个基于四个关键基因的预后预测模型	首次将昼夜节律基因失调与肝癌进展联系起来，并发现RBM17通过促进癌症干细胞表型影响肝癌进展和顺铂耐药性	未明确说明样本量大小，且机制研究可能还不够全面	阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制，并开发预后预测模型	肝癌及其与昼夜节律基因的关系	癌症研究	肝癌	多组学分析、单细胞转录组、空间转录组、机器学习算法	预后预测模型	转录组数据	NA
118	2025-06-18	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2025-Jun-12, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.263927 PMID:40501363	research paper	介绍了一个名为MatriCom的scRNA-Seq数据挖掘工具，用于推断ECM-ECM和细胞-ECM通信系统	开发了一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的相互作用，用于从表达数据中推断相互作用	NA	推断ECM组件之间以及不同细胞群体与ECM之间的通信	scRNA-Seq数据集	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	46个健康成人组织的scRNA-Seq数据集
119	2025-06-18	Positionally distinct interferon-stimulated dermal immune-acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2025-Jun-12, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.029 PMID:40516577	研究论文	本研究通过单核和批量转录组学分析，揭示了Sweet综合征皮肤中的干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，以及这些细胞在招募中性粒细胞中的作用	首次在Sweet综合征皮肤中识别出显著的干扰素特征，并发现位置不同的干扰素激活成纤维细胞亚群在招募中性粒细胞中的不同作用	研究依赖于存档的临床皮肤样本，可能限制了样本的新鲜度和实验的灵活性	定义Sweet综合征皮肤的细胞和分子景观，并探索其与其他中性粒细胞性皮病的区别	Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照者的皮肤样本	数字病理学	Sweet综合征	单核转录组学、批量转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	来自Sweet综合征、坏疽性脓皮症患者及健康对照者的存档临床皮肤样本
120	2025-06-18	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	介绍了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	提出了一种新的贝叶斯融合建模框架，能够在局部和全局水平上估计分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	NA	解决空间组学数据中检测空间变化共表达的统计方法不足的问题	空间组学数据集中的分子共表达	空间组学	癌症	空间转录组学和质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA