单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-27	Spatiotemporal Single-Cell Analysis Reveals T Cell Clonal Dynamics and Phenotypic Plasticity in Human Graft-versus-Host Disease 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.24.655962 PMID:40501545	研究论文	通过时空单细胞分析揭示人类移植物抗宿主病中T细胞克隆动态和表型可塑性	开发了新的计算工具DecompTCR用于纵向TCR分析，揭示了与GVHD严重程度相关的克隆扩增程序和TCR特征	样本量相对较小（27名alloHCT受者），可能限制结果的普遍性	解析异基因造血细胞移植后T细胞介导的复杂病理机制	27名异基因造血细胞移植受者的T细胞	单细胞分析	移植物抗宿主病	混合淋巴细胞反应克隆'指纹识别'、TCR克隆分型、单细胞RNA/TCR测序、空间转录组学	DecompTCR	单细胞RNA测序数据、TCR测序数据、空间转录组数据	27名异基因造血细胞移植受者
102	2025-06-27	A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 ( PIK3R1 ) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) 2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655625 PMID:40568112	研究论文	本文发现了一种新型的PIK3R1移码突变，该突变导致免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化症（ALS）	首次报道了PIK3R1移码突变c.1710dup与ALS的关联，并通过iPSC和iPSC-derived motor neurons揭示了该突变导致PIK3R1单倍剂量不足及其对神经元功能和存活的影响	研究仅基于单个患者的样本，未进行大规模验证	探究PIK3R1突变在免疫缺陷和神经系统疾病中的作用机制	一名患有常见变异型免疫缺陷并发展为ALS的患者	遗传学	肌萎缩侧索硬化症	iPSC技术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	iPSC-derived motor neurons、brain organoids	基因测序数据、单细胞RNA表达数据	1名患者及其iPSC衍生细胞
103	2025-06-27	Correction: Desterke et al. Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma. Biomolecules 2024, 14, 1394 2025-May-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15060769 PMID:40563546	correction	对已发表文章中关于单细胞RNA测序分析链接DNMT3B和PFKFB4转录谱与肝母细胞瘤转移特性的更正	NA	NA	NA	NA	NA	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
104	2025-06-27	Alternatively activated monocyte-derived myeloid cells promote extracellular pathogen persistence within pulmonary fungal granulomas 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655817 PMID:40568097	研究论文	本文利用空间转录组学和流式细胞术研究了隐球菌肉芽肿的免疫动态和细胞结构，揭示了单核细胞来源的髓系细胞通过CD4 T辅助2型细胞的替代激活在潜在感染期间抑制肺部真菌清除的机制	研究发现替代激活的髓系细胞并非真菌的内在复制场所，且真菌主要存在于细胞外环境，提出了T辅助2型细胞-髓系细胞回路驱动细胞外真菌持续存在的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类肉芽肿的免疫机制可能存在差异	探究潜在真菌感染中无法产生灭菌免疫的机制	隐球菌肉芽肿的免疫细胞动态和真菌持续机制	免疫学	真菌感染	空间转录组学, 流式细胞术, 命运图谱分析	小鼠遗传模型	基因表达数据, 细胞表型数据	NA
105	2025-06-27	Multi-Transcriptomic Analysis Reveals GSC-Driven MES-Like Differentiation via EMT in GBM Cell-Cell Communication 2025-May-26, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061304 PMID:40564022	研究论文	通过多转录组分析揭示了胶质母细胞瘤中胶质瘤干细胞通过EMT模式驱动MES样分化的细胞间通讯机制	首次利用多转录组分析结合scRNA-seq数据，揭示了GSCs通过EMT模式促进GBM进展的细胞通讯机制，并发现EMT相关基因驱动GSCs向MES样表型分化	研究主要基于转录组数据分析，缺乏体内实验验证EMT通路靶向治疗GBM的效果	探索胶质母细胞瘤中胶质瘤干细胞的细胞间通讯模式及其对肿瘤进展的影响	胶质母细胞瘤中的胶质瘤干细胞（GSCs）及其与其他细胞的通讯	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq, GSEA, ssGSEA, 空间转录组	CellChat	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于公共scRNA-seq数据库）
106	2025-06-27	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何针对特定组织和器官	探讨了植物病毒趋向性的新机制，如超分辨率显微镜和单细胞转录组学技术的应用	NA	理解植物病毒趋向性以改善作物抗性和设计疾病管理策略	植物病毒及其与宿主的相互作用	植物病理学	植物病毒感染	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	分子和细胞数据	NA
107	2025-06-27	Evaluation of the Effects of the Quaternary Ammonium Silane K21 on Zebrafish Viability, Toxicity, Growth, and Development 2025-May-22, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13061267 PMID:40563986	研究论文	本研究评估了季铵硅烷K21对斑马鱼生存、毒性、生长和发育的影响，并探讨其在人类健康保护和疾病治疗中的潜在应用	首次在斑马鱼模型中系统评估K21的多代发育影响，并发现其具有抗炎特性和促进生长的潜在新通路	研究主要基于斑马鱼模型，人类应用潜力需要进一步验证	评估K21的生物相容性及在健康领域的应用潜力	斑马鱼（野生型、Casper突变体和转基因品系）和丰年虾	生物医学	炎症性疾病	单细胞RNA测序	斑马鱼动物模型	生物发育数据、基因表达数据	多代斑马鱼（F1-F3）和丰年虾孵化实验
108	2025-06-27	Dissecting key contributions of TH2 and TH17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	探讨TH2和TH17细胞因子在特应性皮炎病理生理学中的关键作用	揭示了IL-22在TH2驱动的急性特应性皮炎病理生理学中的重要作用，并强调了联合用药在靶向治疗中的潜力	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	解析特应性皮炎相关细胞因子如何驱动特定的表皮疾病特征	原代和永生化角质形成细胞来源的人类表皮等效物	皮肤病学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	NA
109	2025-06-27	Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response 2025-May-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050575 PMID:40428397	research paper	该研究通过基因组关联分析，识别出与自身免疫性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并提出了潜在的癌症免疫治疗靶点	系统地搜索具有自身免疫性疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并利用人类遗传学方法识别潜在的癌症免疫治疗靶点	研究依赖于GWAS数据，可能受到样本量和统计方法的限制	识别与自身免疫性疾病和癌症风险相反的遗传变异，以发现潜在的癌症免疫治疗靶点	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者以及七种自身免疫/自身炎症性疾病患者	genetics	breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune/autoinflammatory diseases	GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq	meta-analysis	genomic data, RNA-Seq data	240,540 癌症病例/317,000 对照，112,631 自身免疫/自身炎症病例/895,386 对照
110	2025-06-27	Integrative single-cell RNA sequencing and mendelian randomization analysis reveal the potential role of synaptic vesicle cycling-related genes in Alzheimer's disease 2025-May, The journal of prevention of Alzheimer's disease DOI:10.1016/j.tjpad.2025.100097 PMID:40021385	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，研究了突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用	首次通过孟德尔随机化方法识别出四个突触小泡循环相关基因作为阿尔茨海默病的保护因素，并揭示了它们在免疫细胞浸润和神经元损伤中的潜在机制	研究数据完全来自公共数据库，缺乏实验验证	探索突触小泡循环相关基因在阿尔茨海默病中的潜在作用及其机制	阿尔茨海默病患者和健康个体的基因表达数据	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR)	NA	基因表达数据	公共数据库中的数据集
111	2025-06-27	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-Apr-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究心理压力通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染的机制	揭示了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞的免疫防御功能，从而增加皮肤感染的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究心理压力增加皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	NA	转录组数据、脂质组数据	小鼠模型
112	2025-06-27	Spatial profiling of ANO7 in prostate tissue: links to AR-signalling-associated lipid metabolism and inflammation 2025-04, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6405 PMID:39978863	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探究了ANO7在良性前列腺上皮中的作用及其与AR信号通路相关的脂质代谢和炎症的关联	首次揭示了ANO7在前列腺中的异质性表达模式及其与AR信号通路和脂质代谢的关联，并提出了ANO7可能作为肿瘤抑制因子的新假设	研究样本仅来自局限性前列腺癌患者，可能无法完全代表其他阶段的前列腺癌	阐明ANO7基因在前列腺中的具体功能及其与前列腺癌的关系	良性前列腺上皮组织和前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，RNA-seq	NA	基因表达数据	来自局限性前列腺癌患者的前列腺切除样本（具体数量未明确说明），共评估了18,676个蛋白质编码基因
113	2025-06-27	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-04, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	通过珠磨均质法在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核，相比酶解方法有显著改进	方法虽适用于多种发育阶段，但未明确说明具体适用范围及潜在限制条件	开发高效分离斑马鱼胚胎细胞核的方法，以支持单细胞测序研究	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞组合索引RNA测序(sci-RNAseq)	NA	RNA测序数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎样本
114	2025-06-27	Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644194 PMID:40166168	研究论文	提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组学数据，以保持生物结构单元的完整性和基因表达相似性	SOCS方法通过最优传输技术，解决了现有方法在时间序列空间转录组学数据中无法保持生物结构单元完整性的问题	未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证	提高时间序列空间转录组学数据中轨迹推断的准确性和生物结构单元的保持	时间序列空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输	基因表达数据	NA
115	2025-06-27	Single-cell-guided identification of logic-gated antigen combinations for designing effective and safe CAR therapy 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644074 PMID:40568068	研究论文	本文提出了一种计算方法，利用单细胞转录组数据识别癌症特异性抗原逻辑门组合，以设计更有效和安全的CAR疗法	首次系统量化了所有可能的CAR电路的疗效和安全性，并展示了共享电路和个性化电路在肿瘤靶向效果上的差异	即使优化的共享电路对某些患者仍然不足	克服CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的限制，提高疗效和安全性	乳腺癌患者样本中的肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	342例临床患者样本，约200万个细胞（包括>62万个肿瘤细胞）
116	2025-06-27	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	研究论文	评估肿瘤微环境中神经浸润的程度，揭示其作为癌症标志物的作用	提出了一种预测癌症相关神经浸润的评分（C-Neural score），并揭示了其在癌症进展和免疫治疗中的潜在作用	研究基于RNA-seq数据，未涉及其他分子层面的验证	评估神经浸润在肿瘤微环境中的作用，并探索其作为癌症标志物的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境	癌症研究	多种癌症	RNA-seq，单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据，单细胞RNA测序数据	40个批量RNA-seq数据集（涵盖10种癌症类型），55个单细胞RNA测序数据集
117	2025-06-27	Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues 2025-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6383 PMID:39846232	research paper	评估空间转录组学和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性中的应用	开发了一个癌症异质性研究流程，优化了两种测序协议以处理具有挑战性的FFPE组织，并评估了多种成像方法	研究仅针对皮肤来源的组织，且样本存储时间跨度较大（4至14年），可能影响RNA质量	探索空间转录组学在存档癌症组织中解析分子和病理异质性的应用	存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）皮肤组织	digital pathology	skin cancer	spatial transcriptomics (ST), multiplex RNAScope, CODEX	NA	RNA sequencing data, imaging data	存档时间跨度4至14年的FFPE组织样本
118	2025-06-27	Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia 2025-Feb-06, Veterinary pathology IF:2.3Q1 DOI:10.1177/03009858241312623 PMID:39916473	research paper	本研究利用空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）中细胞特异性的RNA景观	首次将人类细胞标记物应用于马DRG的空间转录组学研究，并成功识别了不同区域的基因表达差异	研究仅针对健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化	进一步定义马背根神经节的空间转录组学景观	健康成年马的背根神经节（DRG）	空间转录组学	NA	GeoMx Digital Spatial Profiling from NanoString	NA	RNA表达数据	未明确提及样本数量，研究对象为健康成年马的DRG
119	2025-06-27	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-02-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统神经鞘瘤的分子生物学研究现状，包括基因突变、表观遗传调控及肿瘤微环境的最新发现	揭示了新型遗传变异如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合及SOX10突变，并探讨了单细胞测序和多组学分析在肿瘤异质性研究中的应用	对神经鞘瘤分子生物学的理解仍不完整，部分机制尚存争议	阐明中枢神经系统神经鞘瘤的肿瘤发生和进展机制，为开发新治疗靶点提供依据	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	基因组数据、表观遗传数据	NA
120	2025-06-27	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	通过CRISPR-Cas9筛选发现FER作为肿瘤抑制基因的作用	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤起始和进展中的关键作用	研究未涉及FER在特定肿瘤类型中的具体作用机制，且临床应用的潜力尚未验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解并开发早期诊断和疾病缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体内和体外实验