单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-29	Identification and Experimental Validation of PANoptosis-Related Genes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis by Bioinformatics Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505229 PMID:40291456	research paper	通过生物信息学分析识别和实验验证与特发性肺纤维化（IPF）中PANoptosis相关的基因	建立了包含IGF1、GPX3、GADD45β、SMAD7和TIMP3的五基因PANoptosis相关特征，并验证了其诊断性能	需要进一步研究这些基因在IPF发病机制中的生物学功能和机制	识别与IPF中PANoptosis相关的差异表达基因（DEGs）并解释其免疫景观和细胞分布特征	特发性肺纤维化（IPF）	生物信息学	特发性肺纤维化	生物信息学分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	两个IPF数据集和一个额外的GEO数据集，以及博来霉素诱导的肺纤维化模型
102	2025-04-29	Dynamic changes in lactate-related genes in microglia and their role in immune cell interactions after ischemic stroke 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1178 PMID:40292254	研究论文	本研究旨在阐明缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的关联	首次系统性地研究了缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的相互作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索缺血性卒中后乳酸相关基因在小胶质细胞中的表达变化及其功能	小胶质细胞和免疫细胞	生物信息学	缺血性卒中	bulk-sequencing, scRNA-seq, t-SNE, CIBERSORT	NA	基因表达数据	多个公开数据集（GSE30655、GSE35338、GSE174574、GSE225948）
103	2025-04-27	Identifying similar populations across independent single cell studies without data integration 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf042 PMID:40276039	研究论文	提出了一种名为ClusterFoldSimilarity（CFS）的新统计方法，用于在不需要数据校正或整合的情况下量化独立数据集间细胞群体的相似性	CFS方法无需数据整合或校正，避免了信息丢失和伪影引入，提供了一种简单、高效且可扩展的解决方案	NA	开发一种方法来识别独立单细胞研究中的相似细胞群体	单细胞RNA测序、ATAC测序、单细胞蛋白质组学等多模态数据中的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、ATAC测序、单细胞蛋白质组学	NA	单细胞多模态数据	成年小鼠的运动皮层和脊髓单核RNA测序数据
104	2025-04-27	Metabolic alterations and immune heterogeneity in gastric cancer metastasis 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112296 PMID:40276776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌及其转移灶中的代谢变化和免疫异质性	首次发现线粒体ATP合成酶亚基ATP5MC2在胃癌早期转移中的独特改变，并构建了与胃癌转移相关的单细胞图谱	样本量相对较小(11个胃癌样本和8个转移灶)，且未涉及其他癌症类型的验证	探究胃癌转移过程中的代谢重编程和免疫微环境变化	胃癌细胞、基质细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	11个胃癌样本和8个转移灶，共92,842个细胞
105	2025-04-27	Sequencing technologies to measure translation in single cells 2025-May, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00822-z PMID:39833532	研究论文	本文讨论了用于在单细胞水平测量翻译的单细胞测序技术	介绍了在单细胞分辨率下测量翻译的最新技术优化和适应方法	技术限制阻碍了对多细胞组织、稀有细胞类型和动态细胞过程中翻译控制的理解	研究单细胞水平上的翻译测量技术	单细胞中的翻译过程	基因组学	NA	单细胞测序、核糖体分析、核糖体亲和纯化、空间翻译组方法	NA	基因组数据	NA
106	2025-04-27	Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data Reveals Spatial Architecture and Potential Biomarkers in Alzheimer's Disease 2025-May, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04617-3 PMID:39543008	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组数据，揭示了阿尔茨海默病前额叶皮层的空间结构及潜在生物标志物	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术，构建了AD患者前额叶皮层的细胞图谱和空间结构，并发现Oligodendrocytes在AD中的新作用及PLXDC2作为非侵入性生物标志物的潜力	样本量有限（8个scRNA-seq数据集），且仅聚焦前额叶皮层区域	解析阿尔茨海默病的细胞空间结构与分子机制	阿尔茨海默病患者与正常对照的前额叶皮层组织	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、微阵列验证	CARD工具（空间重构）、无监督聚类	单细胞转录组数据、空间基因表达数据、微阵列数据	8个scRNA-seq数据集（含正常对照与AD患者）
107	2025-04-27	Hypoxia-Driven Neurovascular Impairment Underlies Structural-Functional Dissociation in Diabetic Sudomotor Dysfunction 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70173 PMID:40276644	research paper	该研究探讨了糖尿病患者汗腺功能障碍的机制，揭示了缺氧驱动的神经血管损伤在其中的作用	通过整合转录组和蛋白质组分析，揭示了汗腺微环境对缺氧的反应，并发现了神经血管-汗腺轴在糖尿病病理生理中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本的验证可能不足	阐明糖尿病患者汗腺功能障碍的机制，寻找潜在治疗靶点	糖尿病患者的汗腺功能及神经血管网络	糖尿病研究	糖尿病	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、组织清除技术	小鼠糖尿病神经病变模型、体外SGC-NC相互作用模型(SNIM)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像	糖尿病患者和糖尿病小鼠模型的汗腺样本
108	2025-04-27	Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis 2025-Apr-25, Lymphatic research and biology IF:1.6Q4 DOI:10.1089/lrb.2024.0080 PMID:40279249	research paper	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和嘌呤霉素掺入技术，揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞（LECs）的转录和翻译活动增强现象	首次发现LECs在皮肤利什曼病病灶中表现出增强的翻译活性和抗原呈递能力，揭示了其在炎症性皮肤病中的潜在免疫调节作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态及其功能	感染利什曼原虫的小鼠皮肤淋巴管内皮细胞	免疫学	皮肤利什曼病	单细胞RNA测序、流式细胞术、嘌呤霉素掺入技术	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	感染小鼠与对照小鼠的皮肤组织样本
109	2025-04-27	TissueViewer: A Web-Based Multiplexed Image Viewer 2025-Apr-25, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246 PMID:40279289	research paper	开发了一个名为TissueViewer的基于网络的多重图像查看器，用于高效查看和共享空间生物学技术生成的大型数据集	开发了一个易于设置和使用的基于网络的查看器，能够在低带宽需求下高速传输高分辨率图像	上传数据限制为50GB，可能不适合处理超大规模数据集	解决空间生物学技术生成的大型数据集查看和共享的挑战	空间生物学技术生成的多重图像数据集	digital pathology	NA	multiplex immunofluorescence staining, spatial transcriptomics profiling	NA	image	NA
110	2025-04-27	The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale 2025-Apr-25, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120523-024422 PMID:40279573	review	本文综述了单细胞测序技术在研究衰老相关细胞变化中的应用，总结了近期关于衰老对哺乳动物器官中细胞类型特异性群体影响的研究	系统总结了衰老对哺乳动物全身细胞类型特异性群体的影响，填补了衰老相关系统功能障碍细胞基础的知识空白	缺乏对衰老如何影响整个哺乳动物生物体中细胞类型特异性群体的系统性理解	阐明衰老的细胞基础，为衰老及衰老相关疾病提供潜在治疗靶点	哺乳动物器官中的细胞类型特异性群体	基因组学	老年疾病	单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
111	2025-04-27	Transcriptomics, single-cell sequencing and spatial sequencing-based studies of cerebral ischemia 2025-Apr-24, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02596-2 PMID:40275374	综述	本文综述了基于转录组学、单细胞测序和空间测序的脑缺血研究进展	整合多层次的转录组学数据（包括转录组学、单细胞转录组学和空间转录组学）来揭示脑缺血的分子机制	NA	全面理解脑缺血的病理生理过程并寻找新的治疗策略	脑缺血的分子机制	转录组学	脑缺血	转录组学、单细胞测序、空间测序	NA	转录组数据	NA
112	2025-04-27	Cellular immunotherapy targeting CLL-1 for juvenile myelomonocytic leukemia 2025-Apr-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59040-6 PMID:40268927	研究论文	本研究开发了一种针对CLL-1的细胞免疫疗法，用于治疗青少年粒单核细胞白血病（JMML）	首次利用CLL-1 CAR T细胞（CLL1CART）进行JMML的临床前测试，并报告了其体外和体内的抗白血病活性	研究尚处于临床前阶段，未进行临床试验	开发针对青少年粒单核细胞白血病（JMML）的新型免疫疗法	青少年粒单核细胞白血病（JMML）患者细胞	细胞免疫治疗	青少年粒单核细胞白血病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、质谱分析、流式细胞术	CAR T细胞	RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据	未明确提及样本数量，但涉及JMML患者细胞
113	2025-04-27	Gene regulatory networks analysis for the discovery of prognostic genes in gliomas 2025-Apr-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98542-7 PMID:40269178	研究论文	通过分析胶质瘤的基因调控网络，发现与预后相关的关键基因	首次在胶质瘤中重建基因调控网络，并鉴定出与预后相关的关键基因，如GAS2L3、HOXD13和OTP	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	发现胶质瘤中的预后基因并解析其基因调控网络	胶质瘤患者和胶质瘤细胞	生物信息学	胶质瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	弹性网络正则化, Cox回归	基因表达数据	989例原发性胶质瘤样本（来自TCGA和CGGA数据库）和201,986个单细胞
114	2025-04-27	In-depth single-cell transcriptomic exploration of the regenerative dynamics in stony coral 2025-Apr-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08089-6 PMID:40269231	研究论文	通过单细胞转录组测序等技术深入研究了石珊瑚的再生动态	首次在石珊瑚中鉴定了11个功能特异性细胞簇，并揭示了表皮细胞向钙化细胞分化的过程	珊瑚快速再生的时间限制尚未完全解决	探索珊瑚再生的分子机制以促进珊瑚生长	快速生长的石珊瑚Acropora muricata	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、批量RNA测序、高分辨率显微计算机断层扫描	NA	转录组数据、影像数据	未明确说明样本数量，但研究了伤后2-4周的关键再生阶段
115	2025-04-27	6-Gingerol, an active compound of ginger, attenuates NASH-HCC progression by reprogramming tumor-associated macrophage via the NOX2/Src/MAPK signaling pathway 2025-Apr-23, BMC complementary medicine and therapies IF:3.3Q1 DOI:10.1186/s12906-025-04890-2 PMID:40269843	研究论文	研究6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞，从而减缓NASH-HCC进展的作用机制	首次揭示6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路调控肿瘤相关巨噬细胞极化，抑制NASH-HCC进展	仅进行了体外实验验证，缺乏体内动物模型或临床数据支持	探索生姜活性成分6-姜酚治疗NASH-HCC的潜在机制	非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌(NASH-HCC)和肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)	肿瘤免疫学	肝癌	网络药理学、生物信息学分析、单细胞RNA测序、分子对接	体外细胞实验模型	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
116	2025-04-27	An integrated machine learning model of transcriptomic genes in multi-center chronic obstructive pulmonary disease reveals the causal role of TIMP4 in airway epithelial cell 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03238-1 PMID:40269868	研究论文	通过整合多中心慢性阻塞性肺疾病（COPD）的转录组数据，构建了一个包含13个潜在致病基因的机器学习模型，并验证了TIMP4在COPD发病机制中的关键作用	首次整合多中心COPD患者的肺组织测序数据，结合加权基因共表达网络分析和机器学习方法，识别出13个与COPD发病相关的核心基因，并通过单细胞测序和体外实验验证了TIMP4的关键作用	研究样本来自两个中心，可能存在一定的患者异质性，且体外实验的验证结果需要在更大规模的临床样本中进一步确认	识别COPD发病机制中的核心基因，并构建分子水平的诊断模型	COPD患者的肺组织样本和小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	加权基因共表达网络分析、机器学习、单细胞测序、孟德尔随机化	机器学习模型	转录组数据	来自两个中心的COPD患者肺组织样本
117	2025-04-27	Molecular characteristics of early- and late-onset ovarian cancer: insights from multidimensional evidence 2025-Apr-23, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01664-9 PMID:40269926	研究论文	本研究通过多维度证据探讨了早发性和晚发性卵巢癌的分子特征	结合机器学习、生物信息学分析和单细胞测序技术，鉴定了与卵巢癌相关的年龄特异性基因，并探讨了这些基因在肿瘤进展和免疫微环境中的作用	研究主要基于数据库分析和实验室数据，需要进一步临床验证	探索早发性和晚发性卵巢癌的分子机制差异及其临床意义	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	机器学习、生物信息学分析、单细胞测序	NA	基因组数据、临床数据	基于GBD数据库的全球卵巢癌数据
118	2025-04-27	Comprehensive single-cell RNA-sequencing study of Tollip deficiency effect in IL-13-stimulated human airway epithelial cells 2025-Apr-23, BMC research notes IF:1.6Q2 DOI:10.1186/s13104-025-07255-7 PMID:40269942	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Tollip缺失对IL-13刺激的人气道上皮细胞的影响	首次在单细胞水平分析了Tollip缺失的影响，并首次探索了其与IL-13的相互作用	研究仅关注了人气道上皮细胞，未涉及其他细胞类型或体内模型	阐明Tollip在IL-13介导的气道上皮反应中的作用	人气道上皮细胞	单细胞测序	哮喘及相关过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
119	2025-04-27	Serum C-C motif chemokine ligand 17 as a predictive biomarker for the progression of non-idiopathic pulmonary fibrosis interstitial lung disease 2025-Apr-23, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03237-2 PMID:40269953	research paper	该研究旨在识别可预测非特发性肺纤维化间质性肺疾病（非IPF-ILD）进展的临床可测量生物标志物	首次将血清CCL17确定为预测非IPF-ILD进展的临床可测量生物标志物	验证队列样本量相对较小（154例患者），且仅针对非IPF-ILD患者	寻找能够预测间质性肺疾病进展的临床可测量生物标志物	非特发性肺纤维化间质性肺疾病（非IPF-ILD）患者	生物标志物研究	间质性肺疾病	化学发光酶免疫测定、免疫印迹、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	血清样本、肺组织样本	发现队列252例患者，验证队列154例非IPF-ILD患者
120	2025-04-27	Single-cell sequencing reveals intracranial microvasculature-derived CXCL12 promotes CD8+ T-cell infiltration and blood-brain barrier dysfunction after subarachnoid hemorrhage in mice 2025-Apr-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03444-0 PMID:40270006	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了蛛网膜下腔出血后颅内微血管来源的CXCL12促进CD8+ T细胞浸润及血脑屏障功能障碍的机制	首次阐明颅内微血管通过CXCL12-CXCR4轴介导CD8+ T细胞浸润加剧血脑屏障破坏的具体机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究蛛网膜下腔出血后颅内微血管介导T细胞浸润对血脑屏障功能的影响机制	成年雄性C57BL/6J小鼠的脑白质区域	神经科学	蛛网膜下腔出血	单细胞RNA测序	小鼠血管内穿孔诱导的SAH模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本量（使用公共数据库OMIX006611数据）