单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-29	High-resolution reconstruction of cell-type specific transcriptional regulatory processes from bulk sequencing samples 2025-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646189 PMID:40291712	研究论文	介绍了一种名为DeepDETAILS的新型准监督框架，用于从批量测序样本中高分辨率重建细胞类型特异的转录调控过程	DeepDETAILS能够利用scATAC-seq参考库对其他批量数据集进行跨模态反卷积，实现了基对精度的细胞类型特异性基因组信号重建	NA	解决从批量基因组学数据中实现单细胞分辨率的技术挑战，以解析细胞类型特异的调控过程	人类39种不同组织和86种不同细胞类型	基因组学	原发性硬化性胆管炎(PSC)	scRNA-seq, scATAC-seq, PRO-cap, PRO-seq, ChIP-seq	深度学习	基因组测序数据	39种人类组织和86种细胞类型
102	2025-04-29	Advances in Microfluidic Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics 2025-Apr-02, Micromachines IF:3.0Q2 DOI:10.3390/mi16040426 PMID:40283301	综述	本文综述了微流控技术在单细胞RNA测序和空间转录组学领域的进展及其在多组学中的应用	强调了微流控技术在单细胞和空间多组学中的整合与改进，为组织基因表达谱的分子特征提供了新见解	讨论了微流控方法的相对优势和局限性，但未具体说明技术细节或实验验证	探讨微流控技术在单细胞和空间多组学领域的应用及其在发育、神经科学和疾病机制中的贡献	单细胞和空间多组学技术，特别是微流控芯片的应用	生物技术	NA	微流控技术，单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	分子特征数据，基因表达谱	NA
103	2025-04-29	Elucidating the Role of Trem2 in Lipid Metabolism and Neuroinflammation 2025-Apr, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70338 PMID:40205810	研究论文	本研究探讨了Trem2在阿尔茨海默病（AD）中脂质代谢和神经炎症中的作用	首次整合单细胞RNA测序、转录组学和高通量代谢组学分析Trem2在星形胶质细胞中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类AD中的直接相关性需要进一步验证	阐明Trem2在AD中调控脂质代谢和神经炎症的分子机制	AD小鼠模型中的星形胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, 转录组学, 高通量代谢组学	AD小鼠模型	基因表达数据, 代谢组数据	未明确说明样本数量
104	2025-04-29	Microglia-Derived IL-6 Promotes Müller Glia Reprogramming and Proliferation in Zebrafish Retina Regeneration 2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.4.67 PMID:40266594	研究论文	本研究探讨了斑马鱼视网膜再生中微胶质细胞衍生的IL-6在Müller胶质细胞重编程和增殖中的作用	揭示了IL-6通过Jak1-Stat3信号通路促进Müller胶质细胞状态转变和增殖的新机制	研究结果主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性尚需验证	探索斑马鱼视网膜再生中Stat3激活因子IL-6的表达和功能	斑马鱼视网膜中的微胶质细胞和Müller胶质细胞	神经再生	视网膜损伤	单细胞RNA测序(scRNAseq)、PCR、EdU标记、谱系追踪和免疫染色	斑马鱼模型	基因表达数据、细胞增殖数据	使用mpeg1:nsfb-mcherry转基因斑马鱼进行微胶质细胞消融实验
105	2025-04-29	Emerging targets for advancing endometrial therapeutics 2025-Apr, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104785 PMID:40287196	review	本文综述了子宫内膜研究的最新靶点及其在妇科病理学中的作用	介绍了单细胞RNA测序、空间转录组学、微生物组、类器官模型等新兴技术和方法在子宫内膜研究中的应用	未提及具体研究数据的局限性和样本量的不足	促进子宫内膜治疗的研究进展	子宫内膜及其在妇科病理学中的作用	妇科病理学	子宫内膜/子宫疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微生物组分析, 类器官模型	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 微生物组数据	NA
106	2025-04-29	Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium 2025-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4 DOI:10.1177/03000605251333646 PMID:40287984	研究论文	通过机器学习分析FOSL2和RHoBTB1作为膝关节骨关节炎滑膜中的核心免疫调节因子	使用多种机器学习算法识别关键基因，并通过外部数据集和动物模型验证，揭示了这些基因与免疫细胞浸润水平的关联	需要进一步的研究和验证以确认这些基因在膝关节骨关节炎中的确切作用和治疗潜力	理解膝关节骨关节炎的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	膝关节骨关节炎滑膜组织	机器学习	膝关节骨关节炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE55235和GSE51588数据集，膝关节骨关节炎小鼠模型
107	2025-04-29	Targeting Hepatic Stellate Cells for the Prevention and Treatment of Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma: Strategies and Clinical Translation 2025-Mar-31, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph18040507 PMID:40283943	研究论文	本文探讨了靶向肝星状细胞（HSC）在预防和治疗肝硬化及肝细胞癌（HCC）中的策略及其临床转化	利用HSC特异性表面标记物和受体进行靶向治疗，以及单细胞测序和空间转录组学等新技术在识别新靶点中的应用	未提及具体临床试验结果或治疗效果的具体数据	研究肝星状细胞在肝纤维化和肝细胞癌发病机制中的作用，并探索靶向治疗策略	肝星状细胞（HSC）、肝纤维化、肝硬化、肝细胞癌（HCC）	NA	肝细胞癌、肝硬化	单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
108	2025-04-29	A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers 2025-Mar-24, Viruses DOI:10.3390/v17040461 PMID:40284904	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了HPV阳性和HPV阴性头颈癌中的上皮亚群转录组图谱	首次利用单细胞RNA测序技术系统比较HPV阳性和HPV阴性头颈癌中上皮细胞亚群的差异，并鉴定新的生物标志物	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，未进行实验验证	优化头颈鳞状细胞癌的治疗方案，减少治疗毒性	HPV阳性和HPV阴性头颈鳞状细胞癌的上皮细胞亚群	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	已发表的HPV+和HPV-头颈鳞癌单细胞RNA测序数据集
109	2025-04-29	Enhancer RNA in cancer: identification, expression, resources, relationship with immunity, drugs, and prognosis 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf007 PMID:40285345	综述	本文综述了增强子RNA（eRNA）在癌症中的识别、表达、资源、与免疫、药物及预后的关系	强调了eRNA在免疫细胞互作和肿瘤微环境重编程中的关键作用，以及其作为免疫治疗反应和化疗耐药性监测的预测生物标志物的潜力	未提及具体实验数据或样本量的限制	探讨eRNA在癌症生物学中的调控作用及其在精准肿瘤学中的潜在应用	增强子RNA（eRNA）及其在癌症中的功能	癌症生物学	多种恶性肿瘤	RNA-seq、单细胞转录组学、表观基因组整合方法	NA	RNA序列数据、表观遗传数据	NA
110	2025-04-29	The Potential Biological Roles and Clinical Significance of Anaphase-Promoting Complex Subunit 1 in Colorectal Cancer 2025 Jan-Dec, Cancer control : journal of the Moffitt Cancer Center IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10732748251330059 PMID:40229946	research paper	该研究全面评估了ANAPC1在结直肠癌中的异常表达模式及其生物学行为和临床意义	首次整合大量mRNA表达数据、单细胞RNA测序和免疫组化数据，全面评估ANAPC1在结直肠癌中的作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨ANAPC1在结直肠癌中的生物学角色和临床意义	结直肠癌组织和细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	scRNA-seq, RT-PCR, WB, CCK-8, 伤口愈合实验, 细胞周期分析, 凋亡实验	NA	mRNA表达数据, 单细胞RNA测序数据, 免疫组化数据	2329例mRNA表达数据, 416例组织样本
111	2025-04-29	scRSSL: Residual semi-supervised learning with deep generative models to automatically identify cell types 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12107 PMID:40261690	研究论文	提出了一种基于半监督学习的深度残差生成模型（scRSSL），用于自动识别单细胞转录组数据中的细胞类型	创新性地将残差网络引入半监督生成模型，解决了单细胞数据样本不平衡的问题	未提及具体局限性	解决单细胞转录组数据分析中细胞类型识别的挑战	单细胞转录组数据	数字病理	NA	scRNA-seq	深度残差生成模型（scRSSL）	单细胞转录组数据	未提及具体样本数量
112	2025-04-29	Macrophages and cardiac lesion in zebrafish: what can single-cell RNA sequencing reveal? 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1570582 PMID:40290186	review	本文综述了单细胞RNA测序在斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术揭示斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞的表型可塑性及其在再生过程中的作用	需要更多关于损伤后更长时间点的基因表达研究以理解胶原瘢痕吸收的动态	探讨斑马鱼心脏损伤后巨噬细胞的表型变化及其在心脏再生中的作用	斑马鱼心脏损伤后的巨噬细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq	NA	RNA sequencing data	斑马鱼心脏损伤后1至14天的巨噬细胞样本
113	2025-04-29	Integrating multi-omics and experimental techniques to decode ubiquitinated protein modifications in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1545472 PMID:40290433	研究论文	本研究通过整合多组学数据和实验技术，系统探索了泛素化在肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对癌症进展和免疫调节的影响	揭示了泛素化在HCC中的多面性调控作用，特别是UBE2C基因在免疫逃逸和肿瘤进展中的关键作用，并提出了UBE2C作为HCC潜在预后生物标志物和治疗靶点的新方向	研究主要基于公共数据集和体外实验，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	系统探索泛素化在HCC肿瘤微环境中的作用及其对癌症进展和免疫调节的影响	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的各种细胞类型（浆细胞、成纤维细胞、内皮细胞和上皮-间质转化细胞）	生物信息学	肝细胞癌	多组学数据分析、空间转录组学、体外实验（transwell、CCK8、伤口愈合实验）	NA	多组学数据、转录组数据、实验数据	多个公共HCC数据集
114	2025-04-29	Identification and Experimental Validation of PANoptosis-Related Genes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis by Bioinformatics Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505229 PMID:40291456	research paper	通过生物信息学分析识别和实验验证与特发性肺纤维化（IPF）中PANoptosis相关的基因	建立了包含IGF1、GPX3、GADD45β、SMAD7和TIMP3的五基因PANoptosis相关特征，并验证了其诊断性能	需要进一步研究这些基因在IPF发病机制中的生物学功能和机制	识别与IPF中PANoptosis相关的差异表达基因（DEGs）并解释其免疫景观和细胞分布特征	特发性肺纤维化（IPF）	生物信息学	特发性肺纤维化	生物信息学分析、单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	两个IPF数据集和一个额外的GEO数据集，以及博来霉素诱导的肺纤维化模型
115	2025-04-29	Dynamic changes in lactate-related genes in microglia and their role in immune cell interactions after ischemic stroke 2025, Open medicine (Warsaw, Poland) DOI:10.1515/med-2025-1178 PMID:40292254	研究论文	本研究旨在阐明缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的关联	首次系统性地研究了缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的相互作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索缺血性卒中后乳酸相关基因在小胶质细胞中的表达变化及其功能	小胶质细胞和免疫细胞	生物信息学	缺血性卒中	bulk-sequencing, scRNA-seq, t-SNE, CIBERSORT	NA	基因表达数据	多个公开数据集（GSE30655、GSE35338、GSE174574、GSE225948）
116	2025-04-27	Identifying similar populations across independent single cell studies without data integration 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf042 PMID:40276039	研究论文	提出了一种名为ClusterFoldSimilarity（CFS）的新统计方法，用于在不需要数据校正或整合的情况下量化独立数据集间细胞群体的相似性	CFS方法无需数据整合或校正，避免了信息丢失和伪影引入，提供了一种简单、高效且可扩展的解决方案	NA	开发一种方法来识别独立单细胞研究中的相似细胞群体	单细胞RNA测序、ATAC测序、单细胞蛋白质组学等多模态数据中的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、ATAC测序、单细胞蛋白质组学	NA	单细胞多模态数据	成年小鼠的运动皮层和脊髓单核RNA测序数据
117	2025-04-27	Metabolic alterations and immune heterogeneity in gastric cancer metastasis 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112296 PMID:40276776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌及其转移灶中的代谢变化和免疫异质性	首次发现线粒体ATP合成酶亚基ATP5MC2在胃癌早期转移中的独特改变，并构建了与胃癌转移相关的单细胞图谱	样本量相对较小(11个胃癌样本和8个转移灶)，且未涉及其他癌症类型的验证	探究胃癌转移过程中的代谢重编程和免疫微环境变化	胃癌细胞、基质细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	11个胃癌样本和8个转移灶，共92,842个细胞
118	2025-04-27	Sequencing technologies to measure translation in single cells 2025-May, Nature reviews. Molecular cell biology DOI:10.1038/s41580-024-00822-z PMID:39833532	研究论文	本文讨论了用于在单细胞水平测量翻译的单细胞测序技术	介绍了在单细胞分辨率下测量翻译的最新技术优化和适应方法	技术限制阻碍了对多细胞组织、稀有细胞类型和动态细胞过程中翻译控制的理解	研究单细胞水平上的翻译测量技术	单细胞中的翻译过程	基因组学	NA	单细胞测序、核糖体分析、核糖体亲和纯化、空间翻译组方法	NA	基因组数据	NA
119	2025-04-27	Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data Reveals Spatial Architecture and Potential Biomarkers in Alzheimer's Disease 2025-May, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-024-04617-3 PMID:39543008	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组数据，揭示了阿尔茨海默病前额叶皮层的空间结构及潜在生物标志物	首次结合scRNA-seq和空间转录组学技术，构建了AD患者前额叶皮层的细胞图谱和空间结构，并发现Oligodendrocytes在AD中的新作用及PLXDC2作为非侵入性生物标志物的潜力	样本量有限（8个scRNA-seq数据集），且仅聚焦前额叶皮层区域	解析阿尔茨海默病的细胞空间结构与分子机制	阿尔茨海默病患者与正常对照的前额叶皮层组织	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、微阵列验证	CARD工具（空间重构）、无监督聚类	单细胞转录组数据、空间基因表达数据、微阵列数据	8个scRNA-seq数据集（含正常对照与AD患者）
120	2025-04-27	Hypoxia-Driven Neurovascular Impairment Underlies Structural-Functional Dissociation in Diabetic Sudomotor Dysfunction 2025-May, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70173 PMID:40276644	research paper	该研究探讨了糖尿病患者汗腺功能障碍的机制，揭示了缺氧驱动的神经血管损伤在其中的作用	通过整合转录组和蛋白质组分析，揭示了汗腺微环境对缺氧的反应，并发现了神经血管-汗腺轴在糖尿病病理生理中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本的验证可能不足	阐明糖尿病患者汗腺功能障碍的机制，寻找潜在治疗靶点	糖尿病患者的汗腺功能及神经血管网络	糖尿病研究	糖尿病	转录组分析、蛋白质组分析、单细胞RNA测序、组织清除技术	小鼠糖尿病神经病变模型、体外SGC-NC相互作用模型(SNIM)	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像	糖尿病患者和糖尿病小鼠模型的汗腺样本