单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-26	Unraveling aging from transcriptomics 2025-Mar, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.09.006 PMID:39424502	综述	本文综述了转录组学技术在衰老研究中的最新进展及其在生物标志物发现、分子通路阐明和靶向治疗策略开发中的应用	总结了不同类型转录本（如mRNA、lncRNA、tRNA和miRNA）在衰老研究中的最新突破，并讨论了它们对未来研究的潜在影响	NA	阐明衰老的生物学机制及年龄相关疾病，促进健康长寿	衰老过程中的转录组变化	生物信息学	老年疾病	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
102	2025-04-26	The Microscope and Beyond: Current Trends in the Characterization of Kidney Allograft Rejection From Tissue Samples 2025-Mar-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000005153 PMID:39436268	综述	本文综述了当前和新兴的创新工具在从组织样本中增强对肾移植排斥反应表征的潜力	讨论了数字病理工作流程、深度学习、多重免疫组化、单细胞转录组学和空间转录组学等新兴技术在肾移植排斥反应表征中的应用	Banff分类法目前仍以活检为中心，主要依赖半定量组织学评分系统，缺乏可重复性和精细度	增强对肾移植排斥反应的表征和理解	肾移植排斥反应的组织样本	数字病理	肾移植排斥反应	多重免疫组化、单细胞转录组学、空间转录组学	深度学习	组织样本、转录组数据	NA
103	2025-04-26	Bioengineered Extracellular Vesicles Delivering siMDM2 Sensitize Oxaliplatin Therapy Efficacy in Colorectal Cancer 2025-Mar, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202403531 PMID:39440640	研究论文	本研究通过生物工程改造的细胞外囊泡递送siMDM2，增强奥沙利铂在结直肠癌治疗中的疗效	结合单细胞转录组测序与动态网络生物标志物（DNB）方法，发现线粒体电子传递链复合物I的功能抑制是奥沙利铂获得性耐药的早期事件，并构建了携带siMDM2的工程化细胞外囊泡	研究主要基于小鼠模型和PDX模型，尚未在人体临床试验中验证	探索结直肠癌奥沙利铂耐药的早期机制并开发新的治疗策略	结直肠癌细胞、小鼠模型和患者来源的异种移植（PDX）模型	癌症治疗	结直肠癌	单细胞转录组测序、动态网络生物标志物（DNB）分析、电穿孔技术	患者来源的异种移植（PDX）模型、肝肺转移小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及多种小鼠模型和PDX模型
104	2025-04-26	Active immunologic participation and metabolic shutdown of kidney structural cells during kidney transplant rejection 2025-Mar, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2024.10.015 PMID:39461479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了18例肾移植活检样本，揭示了肾脏结构细胞在移植排斥反应中的主动免疫参与和代谢关闭现象	首次系统性地描述了肾脏结构细胞（包括内皮细胞和上皮细胞）在移植排斥反应中的主动免疫参与和代谢变化	样本量相对较小（18例活检样本来自14名受者），且为观察性研究	阐明肾脏结构细胞在移植排斥反应中的作用机制	肾移植患者的活检样本中的肾脏结构细胞和浸润免疫细胞	单细胞组学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	18例肾移植活检样本（来自14名受者）
105	2025-04-26	Glial 'omics in ischemia: Acute stroke and chronic cerebral small vessel disease 2025-Mar, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24634 PMID:39463002	research paper	本文探讨了胶质细胞在急性缺血性中风和慢性脑小血管病中的多组学研究	结合单细胞RNA测序、空间转录组学和核糖体标记策略，揭示了胶质细胞亚群在缺血条件下的新功能和基因表达模式	NA	阐明胶质细胞在急性和慢性脑血管疾病中的反应机制	胶质细胞（包括小胶质细胞和星形胶质细胞）在缺血条件下的反应	digital pathology	cardiovascular disease	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 核糖体标记策略	NA	转录组数据, 空间表达数据	NA
106	2025-04-26	Seq-Scope: repurposing Illumina sequencing flow cells for high-resolution spatial transcriptomics 2025-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01065-0 PMID:39482362	研究论文	Seq-Scope是一种利用Illumina测序平台进行高分辨率空间转录组分析的新方法	通过重新利用Illumina测序平台，实现了亚微米级分辨率的高通量空间转录组分析，克服了现有技术在分辨率、转录覆盖范围、操作复杂性和成本方面的限制	需要研究人员具备分子生物学、组织学和基本Unix技能	开发一种高分辨率、高覆盖度的空间转录组分析方法	新鲜冷冻组织切片	空间转录组学	NA	Illumina测序	NA	转录组数据	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片区域
107	2025-04-26	A multiplex single-cell RNA-Seq pharmacotranscriptomics pipeline for drug discovery 2025-Mar, Nature chemical biology IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41589-024-01761-8 PMID:39482470	研究论文	本文介绍了一种用于药物发现的多重单细胞RNA-Seq药物转录组学流程	通过活细胞条形码技术和抗体-寡核苷酸结合物，实现了高通量药物转录组分析，结合了药物筛选与96重单细胞RNA测序	研究主要针对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC），可能不适用于其他癌症类型	探索癌症药物反应的基因调控动态，开发个性化药物测试方法	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）细胞	药物发现	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），活细胞条形码技术	NA	单细胞转录组数据	45种药物处理的HGSOC细胞，涵盖13种不同作用机制的药物类别
108	2025-04-26	Alterations in PD-L1 succinylation shape anti-tumor immune responses in melanoma 2025-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02077-6 PMID:40069506	研究论文	本研究探讨了PD-L1琥珀酰化在黑色素瘤抗肿瘤免疫反应中的作用	揭示了琥珀酰辅酶A通过PD-L1琥珀酰化影响抗PD-1治疗效果的分子机制，并发现CPT1A作为PD-L1琥珀酰转移酶的新功能	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证	探究线粒体代谢在肿瘤免疫中的作用及其对抗PD-1治疗效果的影响	黑色素瘤患者样本及体外/体内模型	肿瘤免疫学	黑色素瘤	空间转录组学、批量转录组学、蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量，包含患者样本及实验模型
109	2025-04-26	Recent advances in basic research on prostate cancer: Where we are heading? 2025-Mar, International journal of urology : official journal of the Japanese Urological Association IF:1.8Q3 DOI:10.1111/iju.15628 PMID:39474871	综述	本文综述了前列腺癌基础研究的最新进展，重点关注前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	强调了液体活检在实时肿瘤监测中的应用以及单细胞RNA测序和空间转录组学在肿瘤微环境研究中的潜力	未提及具体临床转化应用的挑战	概述前列腺癌基础研究的现状和未来方向	前列腺癌细胞及其肿瘤微环境	肿瘤学	前列腺癌	液体活检、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
110	2025-04-26	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq data to explore diverse cell death patterns and develop a programmed cell death-related relapse prediction model in pediatric B-ALL 2025-02-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86148-y PMID:39955305	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，探索了儿童B-ALL中多种细胞死亡模式，并开发了一个与程序性细胞死亡相关的复发预测模型	首次在儿童B-ALL中系统分析了16种PCD模式的活性，并构建了包含7个关键PCD相关基因的复发预测模型	研究结果需要在更大样本量的独立队列中进行验证	识别PCD相关生物标志物并开发儿童B-ALL患者的复发预测模型	儿童B-ALL患者	生物信息学	B细胞急性淋巴细胞白血病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	Cox回归模型	RNA-seq数据	多个队列的儿童B-ALL患者样本
111	2025-04-26	A tumor cornification and immune-infiltration-based scheme for anti-PD-1 plus chemotherapy response in advanced squamous cell lung carcinoma 2025-Feb-14, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2024.09.005 PMID:39395411	研究论文	该研究通过RNA测序和免疫组化技术，探索了鳞状细胞肺癌中肿瘤角质化和免疫浸润对抗PD-1联合化疗反应的预测作用	提出了一种基于肿瘤角质化和免疫浸润特征的LICC分类方案，用于预测抗PD-1联合化疗的疗效	研究结果需要进一步的大规模临床验证	探索鳞状细胞肺癌中预测抗PD-1联合化疗反应的生物标志物	鳞状细胞肺癌患者	数字病理	肺癌	RNA-seq, 流式细胞术, 多重免疫组化(mIHC), 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据, 免疫组化数据	349例来自ORIENT-12临床试验的LUSC样本，外加其他临床队列样本
112	2025-04-26	B-cell signatures characterize the immune landscape and predict LUAD prognosis via the integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq 2025-02-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89213-8 PMID:39953119	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，研究B细胞特征在肺腺癌免疫景观中的作用并构建预后风险模型	首次通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，识别B细胞相关差异表达基因并构建预后风险模型，为肺腺癌预后和免疫治疗提供新视角	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	阐明B细胞在肺腺癌中的作用并构建预后预测模型	肺腺癌患者和B细胞	数字病理	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的GSE164983、GSE50081、GSE37745和GSE30219数据集，以及TCGA-LUAD数据集
113	2025-04-26	B-cell interleukin 1 receptor 1 modulates the female adipose tissue immune microenvironment during aging 2025-Feb-13, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae219 PMID:39378334	研究论文	研究探讨了B细胞白细胞介素1受体1（Il1r1）在女性脂肪组织免疫微环境老化过程中的作用	揭示了IL-1β-B细胞信号在多个细胞类型中支持炎症反应的新机制，并提供了对老化vWAT复杂微环境的深入理解	研究主要关注女性，可能无法完全代表男性或其他群体的老化过程	探究IL-1β是否在老化过程中促进AAB相关炎症	老化过程中的内脏白色脂肪组织（vWAT）和B细胞	免疫学	老年疾病	单细胞RNA测序	B细胞特异性敲除小鼠（BKO mice）	基因表达数据	未明确说明样本数量，但使用了BKO小鼠模型
114	2025-04-26	Glioblastoma Cortical Organoids Recapitulate Cell-State Heterogeneity and Intercellular Transfer 2025-Feb-07, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1336 PMID:39373549	research paper	该研究通过将胶质母细胞瘤（GBM）培养成长期培养的人皮质类器官，模拟了GBM在神经胶质微环境中的生态系统	相比匹配的胶质瘤球模型，GBM皮质类器官更忠实地再现了患者肿瘤中恶性细胞状态的多样性和表达程序，并观察到GBM转录本和GFP在类器官中非恶性细胞间的广泛转移	研究未明确GBM转录本和GFP转移对微环境重编程的具体影响机制	模拟GBM在神经胶质微环境中的生态系统，研究恶性与非恶性细胞间的信息传递	胶质母细胞瘤（GBM）皮质类器官	digital pathology	glioblastoma	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	organoid model	RNA sequencing data	未明确提及具体样本数量
115	2025-04-26	An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus 2025-Feb-04, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae062 PMID:39383111	研究论文	本研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应T细胞亚群的异常增加及其临床意义	首次发现SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性CD4和CD8 T细胞亚群的异常扩增，并通过单细胞RNA测序揭示了这些细胞与自然杀伤T细胞的相似特征	样本量相对有限(57例SLE患者和31例健康对照)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异	阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用	系统性红斑狼疮患者和健康成年志愿者的外周血单个核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、RNA测序数据	57例SLE患者和31例健康对照
116	2025-04-26	Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7-Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease 2025-Feb, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.09.021 PMID:39343250	研究论文	本研究通过多模态分析外周血，识别增殖性循环效应CD4+ T细胞作为炎症性肠病对整合素α4β7阻断疗法反应的预测因子	整合多模态参数和机器学习，首次发现增殖性CD4+记忆T细胞在无应答者治疗前显著增加，并构建了可靠的预测分类器	研究样本量有限，且仅针对vedolizumab一种生物疗法	寻找炎症性肠病生物治疗反应的可靠预测标志物	接受抗整合素α4β7抗体vedolizumab治疗的炎症性肠病患者	数字病理学	炎症性肠病	质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞BCR/TCR测序、血清蛋白质组学、多参数流式细胞术	机器学习	多组学数据	2个前瞻性队列的炎症性肠病患者
117	2025-04-26	Spatial Transcriptomics of the Respiratory System 2025-Feb, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-022724-105144 PMID:39353142	综述	本文综述了呼吸系统空间转录组学的最新技术进展及其在健康和疾病研究中的应用	结合机器学习与深度学习计算工具的空间解析基因表达技术，为理解呼吸系统细胞类型的三维空间互作提供了新视角	虽然技术前景广阔，但当前空间分析流程仍存在一定局限性，具体未详细说明	探讨呼吸系统在健康和疾病状态下的空间转录组学特征	肺部及气道的细胞类型及其三维空间互作	数字病理学	肺癌	空间转录组学	机器学习和深度学习	基因表达数据	NA
118	2025-04-26	Matrix stiffness regulates mitochondria-lysosome contacts to modulate the mitochondrial network, alleviate the senescence of MSCs 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13746 PMID:39353686	研究论文	研究探讨了基质硬度如何通过调节线粒体-溶酶体接触来影响间充质干细胞的衰老和线粒体功能	揭示了基质硬度通过线粒体-溶酶体接触调控线粒体网络和功能的机制，并提出了针对线粒体的抗衰老策略	未明确说明样本的具体数量和来源	探究基质硬度对间充质干细胞衰老的影响及其分子机制	间充质干细胞（MSCs）	细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序、原子力显微镜	NA	基因表达数据、力学测量数据	NA
119	2025-04-26	Maternal infection with SARS-CoV-2 during early pregnancy induces hypoxia at the maternal-fetal interface 2025-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13749 PMID:39375953	研究论文	研究早期妊娠期间母体感染SARS-CoV-2对母胎界面缺氧的影响	首次揭示SARS-CoV-2早期感染导致母胎界面缺氧及细胞代谢异常，并随妊娠进展逐渐缓解	研究样本量未明确说明，长期影响需进一步验证	探究SARS-CoV-2早期感染对母胎界面的影响机制	妊娠早期感染SARS-CoV-2的孕妇胎盘样本	生殖医学	COVID-19	免疫荧光、免疫组化、单细胞RNA测序、代谢组学测序	NA	组织样本、转录组数据、代谢组数据	未明确说明（妊娠6-8周与12-16周样本对比）
120	2025-04-26	The role of fibroblast in chronic rhinosinusitis with nasal polyps: a key player in the inflammatory process 2025-Feb, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2024.2414774 PMID:39378160	综述	本文综述了鼻息肉来源的成纤维细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的关键作用，特别是在组织重塑和炎症反应中的贡献	强调了单细胞RNA测序数据在揭示成纤维细胞异质性和功能机制中的新应用	针对成纤维细胞的靶向治疗在CRSwNP中的临床开发仍面临挑战	探讨成纤维细胞在CRSwNP发病机制中的具体作用，以开发靶向治疗	鼻息肉来源的成纤维细胞（NPDFs）	病理学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序	NA	NA	NA