单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-30	Integrative Analysis of TLS-Associated Gene Signatures, Immune Infiltration and Drug Sensitivity in Pancreatic Cancer 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70038 PMID:41016829	研究论文	通过整合分析三级淋巴结构相关基因特征、免疫浸润和药物敏感性，探索胰腺癌个性化治疗策略	首次系统分析9个TLS相关基因在胰腺癌中的综合作用，结合TMB提升生存预测，并验证关键基因对化疗药物敏感性的调控作用	研究样本量有限，仅通过两种细胞系进行验证，需要更大规模的临床验证	开发胰腺癌个性化治疗策略，探索TLS作为生物标志物的潜力	胰腺腺癌患者和Mia PaCa2、Jurkat细胞系	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序、实时荧光定量PCR、生物信息学分析	NA	基因表达数据、临床数据、药物敏感性数据	未明确具体样本数量，包含胰腺癌患者数据和两种细胞系验证
102	2025-09-30	Function value of basement membrane-related genes in odontogenic keratocyst by bioinformatics analysis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1658125 PMID:41018070	研究论文	通过生物信息学分析基底膜相关基因在牙源性角化囊肿中的功能价值	首次通过整合转录组数据和单细胞RNA测序确定SPARC是牙源性角化囊肿的关键枢纽基因，并揭示其在基质成纤维细胞中的特异性过表达	样本量较小（12个OKC和4个正常样本），需要更大规模研究验证	探讨基底膜相关基因在牙源性角化囊肿发病机制中的作用	牙源性角化囊肿组织和正常口腔黏膜组织	生物信息学	牙源性角化囊肿	转录组分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学、免疫荧光	蛋白-蛋白相互作用网络、基因集富集分析	基因表达数据	12个非综合征性OKC样本和4个正常口腔黏膜样本
103	2025-09-30	GADD45G as a novel prognostic biomarker and therapeutic target in glioma: integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1608710 PMID:41018072	研究论文	本研究通过整合分析批量与单细胞RNA测序数据，揭示GADD45G作为胶质瘤新型预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次在胶质瘤中系统研究GADD45G的预后价值，并通过单细胞RNA测序揭示其在胶质母细胞瘤细胞亚群中的表达模式	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证GADD45G的具体作用机制	探索GADD45G在胶质瘤中的预后价值和治疗潜力	胶质瘤患者样本和胶质瘤细胞系	生物信息学	胶质瘤	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot	Cox回归模型、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、单细胞测序数据	整合TCGA、TARGET、GTEx、CGGA和GEO等多个数据库的胶质瘤样本数据
104	2025-09-30	Single-cell RNA profiling of colorectal granular-type laterally spreading tumor uncovers progression trajectory toward carcinoma and transcriptional signatures favoring lateral morphogenesis 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1552841 PMID:41018078	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的转录特征及其向癌变的进展轨迹	首次在单细胞水平揭示LST-Gs的化生分化细胞群体及其与肿瘤进展的关联，发现Arp2/3复合物在高度分化细胞中的显著上调	未明确说明样本规模和具体技术限制	探究结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤的形态发生机制和向癌变的进化轨迹	结直肠颗粒型侧向发育型肿瘤、突起型腺瘤和正常黏膜组织	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
105	2025-09-30	Predicting the prognosis of hepatocellular carcinoma based on genes related to polyamine metabolism 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19985 PMID:41018906	研究论文	基于多胺代谢相关基因构建肝细胞癌预后预测模型	首次基于多胺代谢相关基因对肝细胞癌进行分子分型，并鉴定出四个关键生物标志物基因	研究主要基于公共数据库数据，需要更多临床样本验证	开发肝细胞癌预后预测模型并探索潜在治疗靶点	肝细胞癌患者和HuH-7细胞系	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CCK8, 伤口愈合实验, Transwell实验	Cox回归, Lasso回归, 列线图	基因表达数据, 单细胞数据	公共数据库中的肝细胞癌样本和HuH-7细胞系
106	2025-09-30	Characterization of cancer-related fibroblasts in bladder cancer and construction of CAFs-based bladder cancer classification: insights from single-cell and multi-omics analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1580986 PMID:41019085	研究论文	通过单细胞和多组学分析表征膀胱癌中癌症相关成纤维细胞并构建基于CAFs的膀胱癌分型	首次系统鉴定膀胱癌中10种不同的CAF亚群，并建立基于pCAFs的四种膀胱癌分子亚型分类系统	样本量相对有限，需要进一步实验验证各亚型靶向治疗的临床效果	解析膀胱癌肿瘤微环境中CAFs的异质性及其对疾病进展的影响	膀胱癌患者组织样本中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、多组学分析	机器学习算法	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确具体样本数量，但包含多个膀胱癌数据集
107	2025-09-30	PLK2 as a key regulator of glycolysis and immune dysregulation in polycystic ovary syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1610713 PMID:41019094	研究论文	本研究揭示了PLK2作为多囊卵巢综合征中糖酵解和免疫失调的关键调控因子	首次通过单细胞RNA测序分析发现卵巢基质内皮细胞在PCOS中具有最高糖酵解活性，并鉴定PLK2为内皮细胞糖酵解的核心调控基因	研究主要基于动物模型和生物信息学分析，需要在人类样本中进行进一步验证	探讨多囊卵巢综合征中卵巢基质细胞糖酵解失调的分子机制	多囊卵巢综合征患者和DHEA诱导的PCOS大鼠模型	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、CIBERSORT、ESTIMATE、ssGSEA算法	DHEA诱导的PCOS大鼠模型	RNA测序数据	三个独立的bulk RNA-seq数据集和单细胞RNA测序数据
108	2025-09-30	A splicing-based multitissue association study of joint transcriptomes identified susceptibility genes for osteoarthritis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590008 PMID:41019096	研究论文	本研究通过跨组织和单组织转录组关联分析结合单细胞测序技术，识别并验证了骨关节炎的易感基因LTBP1	首次整合跨组织/单组织TWAS分析与单细胞测序数据，系统揭示LTBP1在软骨细胞分化及信号通路调控中的动态作用	未明确说明样本规模及具体验证实验设计	探索骨关节炎的遗传基础并识别关键易感基因	骨关节炎相关基因表达数据和软骨细胞亚型	生物信息学	骨关节炎	转录组关联分析(TWAS)、单细胞测序、UTMOST、FUSION、MAGMA方法	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
109	2025-09-30	Spatial and single-cell transcriptomics capture two distinct cell states in soybean defense response to Phakopsora pachyrhizi infection 2025, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2025.1637176 PMID:41019740	研究论文	本研究通过空间和单细胞转录组技术揭示大豆对锈病感染的两种不同细胞状态及其空间分布模式	首次结合空间转录组和单核转录组技术揭示植物免疫反应的空间协调性，发现感染区域与周边区域存在不同的防御反应状态	仅针对大豆-锈病互作系统进行研究，未验证其他植物-病原体系统	解析植物对病原体感染的免疫反应空间协调机制	大豆植物及其对亚洲大豆锈病病原体(Phakopsora pachyrhizi)的免疫反应	植物免疫学	植物病害	空间转录组学、单核RNA测序、基因共表达网络分析	NA	转录组数据	NA
110	2025-09-30	Dissecting and validation the biomarker of heart failure progression in patients with atherosclerosis by single-cell sequencing, bioinformatics, and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1587274 PMID:41019764	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和转录组数据，结合机器学习方法鉴定出CD48作为动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物	首次通过整合单细胞测序、转录组数据和多种机器学习算法系统筛选动脉粥样硬化向心力衰竭进展的生物标志物	研究基于公共数据库的回顾性数据，需要进一步实验验证CD48的生物学功能	识别动脉粥样硬化向心力衰竭进展的早期生物标志物并探索潜在机制	动脉粥样硬化患者和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、转录组测序、WGCNA、差异表达分析、机器学习	LASSO、随机森林、SVM-RFE	基因表达数据	使用多个GEO数据集（GSE28829、GSE57345、GSE53274、GSE5406、GSE59867）和人类细胞图谱平台数据
111	2025-09-30	Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data 2024-Mar, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-024-00804-y PMID:41020135	研究论文	通过监督学习框架PENCIL评估单细胞RNA测序数据中表型相关细胞亚群的识别能力	修正了PENCIL对输入扰动的敏感性，结合基因集变异分析创建了可预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征	对输入扰动敏感（已在研究中得到修正）	评估PENCIL框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞亚群的再现性和可转移性	12个单细胞RNA测序数据集，涵盖四种不同表型	生物信息学	皮肤癌	单细胞RNA测序，基因集变异分析	监督学习框架PENCIL	单细胞RNA测序数据	12个单细胞RNA测序数据集
112	2025-09-30	Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer 2023-11-08, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-023-00486-4 PMID:37941075	综述	本文综述了单细胞分析在嵌合抗原受体T细胞免疫治疗中的应用进展	系统总结了单细胞测序技术如何优化CAR-T细胞受体设计、指导T细胞基因修饰和改进制造工艺	NA	探讨CAR-T免疫治疗在临床实践中失败的原因及单细胞分析技术的应用价值	嵌合抗原受体T细胞免疫治疗	免疫治疗	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
113	2025-09-30	Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer 2023-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06367-z PMID:37532934	研究论文	本研究探讨了Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的效果，通过临床前模型和I期临床试验验证其抑制肿瘤生长和上皮间质转化的作用	首次报道Netrin-1在子宫内膜癌中的上调现象，并证明其阻断剂NP137能够同时诱导肿瘤消退和抑制EMT，且与标准化疗联合使用效果更佳	I期临床试验样本量较小（14例患者），需要更大规模的临床试验验证疗效	评估Netrin-1阻断在子宫内膜癌治疗中的疗效和机制	子宫内膜癌患者和小鼠模型	肿瘤学研究	子宫内膜癌	RNA-seq、空间转录组学、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、临床数据	14例晚期子宫内膜癌患者和EC小鼠模型
114	2025-09-30	Cryopreservation and post-thaw characterization of dissociated human islet cells 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0263005 PMID:35081145	研究论文	本研究优化了分离人胰岛细胞的冷冻保存方法，获得了可用于糖尿病研究的功能性细胞	开发了分级冷冻方案，首次系统评估了冷冻保存对胰岛细胞分子表型和功能特性的影响	未明确说明样本数量和具体实验重复次数	优化胰岛细胞冷冻保存方法，为糖尿病研究提供细胞来源	分离的人胰岛细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、膜片钳电生理学、冷冻保存技术	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
115	2025-09-29	Daytime SHP2 inhibitor dosing, when immune cell numbers are elevated, shrinks neurofibromas 2025-Dec, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202503359 PMID:40992926	研究论文	本研究探讨SHP2抑制剂在特定给药时间通过靶向单核细胞来源的巨噬细胞缩小神经纤维瘤的机制	发现SHP2抑制剂仅在白天给药时有效缩小肿瘤，揭示了药物疗效与髓系细胞浸润昼夜模式的关联	研究仅在动物模型中进行，尚未验证人类患者的适用性	研究SHP2抑制剂对神经纤维瘤体积和免疫微环境的影响	神经纤维瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	神经纤维瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞计数数据	NA
116	2025-09-29	Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation 2025-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20760 PMID:40439472	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了苔藓样移植物抗宿主病的干扰素特征，并在小鼠模型中验证了IFNAR1抗体治疗的潜力	首次通过单细胞RNA测序揭示lGVHD皮肤的干扰素特征，并证明IFNAR1抗体可预防皮肤炎症	人类样本量较小（n=3），需要更大规模研究验证	解析苔藓样GVHD的免疫机制并评估阻断I型干扰素通路的效果	人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型	免疫学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq, bulk-RNA-Seq, 定量PCR, 微阵列数据分析	小鼠异基因移植模型	基因表达数据	人类皮肤样本：lGVHD 3例+健康对照4例（单细胞测序），lGVHD 13例+健康对照10例（PCR）；小鼠模型使用公开微阵列数据
117	2025-09-29	The bone marrow immune ecosystem shapes daratumumab acquired resistance in plasma cell myeloma 2025-Oct, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-025-02712-5 PMID:40750676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和数字空间分析技术揭示了多发性骨髓瘤患者对达雷妥尤单抗获得性耐药的骨髓免疫生态系统机制	首次系统性地揭示了骨髓免疫生态系统中IFN-γ通过激活MYC调控网络诱导达雷妥尤单抗获得性耐药的新机制	样本量相对有限，需要更大规模的临床验证	探究多发性骨髓瘤对达雷妥尤单抗产生获得性耐药的免疫学机制	多发性骨髓瘤患者治疗前后的配对样本	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析，体外和体内实验	单细胞调控网络推断	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	配对治疗前后样本，4个外部验证队列（GSE24080、GSE136337、GSE57317和coMMpass）
118	2025-09-29	SPP1 exacerbates ischemic stroke by promoting ferroptosis induced brain injury 2025-Oct-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152627 PMID:40957318	研究论文	本研究揭示SPP1通过PI3K/AKT信号通路加剧铁死亡诱导的脑损伤，从而恶化缺血性卒中	首次发现SPP1通过调控PI3K/AKT信号通路促进脑缺血再灌注损伤中的铁死亡过程	研究主要基于细胞和动物模型，尚未在临床样本中验证	探究SPP1在缺血性卒中中的作用机制及其与铁死亡的关系	HT22细胞系和小鼠MCAO/R模型	分子生物学	缺血性卒中	单细胞测序、Western blot、蛋白组学分析、免疫荧光、电子显微镜	NA	蛋白质表达数据、显微镜图像、活性氧定量数据	HT22细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
119	2025-09-29	Computational Analysis of Exosome-Derived Signature in TNBC: Integrating Single-Cell and Bulk Transcriptomics for Prognosis Prediction 2025-Oct, Clinical and translational science DOI:10.1111/cts.70368 PMID:40994257	研究论文	通过整合单细胞和批量转录组数据，开发基于外泌体相关基因的三阴性乳腺癌预后预测模型	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，从外泌体相关基因构建预后特征，并发现其与肿瘤免疫微环境的关联	需要进一步验证EDPS与外泌体生物学的直接关系	探索外泌体相关基因在三阴性乳腺癌预后预测中的作用	三阴性乳腺癌患者样本	计算生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、机器学习	整合机器学习、Cox回归	基因表达数据	10个TNBC样本的31,140个细胞，TCGA和METABRIC队列的批量RNA-seq数据
120	2025-09-29	How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems 2025-Sep-26, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf090 PMID:40504553	综述	本文综述了利用水螅虫单细胞转录组学研究刺胞动物感觉系统的演化	构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱，探索细胞类型特异性标记和再生机制	NA	研究刺胞动物感觉系统的演化和细胞生物学	水螅虫（Hydractinia）的细胞类型和感觉系统	发育生物学	NA	单细胞转录组学、CRISPR/Cas9基因敲除、shRNA敲低、转基因报告系统	NA	转录组数据	两种水螅虫物种（H. symbiolongicarpus和H. echinata）的实验室克隆系