单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-27	An Improved, High-Yield Method for Isolating Nuclei from Individual Zebrafish Embryos for Single-Nucleus RNA Sequencing 2025-04, Zebrafish IF:1.4Q2 DOI:10.1089/zeb.2024.0175 PMID:40040474	研究论文	本文提出了一种改进的高效方法，用于从单个斑马鱼胚胎中分离细胞核，以进行单核RNA测序	通过珠磨均质法在裂解缓冲液中高效分离高质量细胞核，相比酶解方法有显著改进	方法虽适用于多种发育阶段，但未明确说明具体适用范围及潜在限制条件	开发高效分离斑马鱼胚胎细胞核的方法，以支持单细胞测序研究	斑马鱼胚胎	单细胞测序	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 单细胞组合索引RNA测序(sci-RNAseq)	NA	RNA测序数据	96孔板格式的斑马鱼胚胎样本
102	2025-06-27	Accurate trajectory inference in time-series spatial transcriptomics with structurally-constrained optimal transport 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644194 PMID:40166168	研究论文	提出了一种基于最优传输的时空轨迹推断方法SOCS，用于时间序列空间转录组学数据，以保持生物结构单元的完整性和基因表达相似性	SOCS方法通过最优传输技术，解决了现有方法在时间序列空间转录组学数据中无法保持生物结构单元完整性的问题	未提及具体的数据集或实验规模，可能影响方法的普适性验证	提高时间序列空间转录组学数据中轨迹推断的准确性和生物结构单元的保持	时间序列空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	最优传输	基因表达数据	NA
103	2025-06-27	Single-cell-guided identification of logic-gated antigen combinations for designing effective and safe CAR therapy 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644074 PMID:40568068	研究论文	本文提出了一种计算方法，利用单细胞转录组数据识别癌症特异性抗原逻辑门组合，以设计更有效和安全的CAR疗法	首次系统量化了所有可能的CAR电路的疗效和安全性，并展示了共享电路和个性化电路在肿瘤靶向效果上的差异	即使优化的共享电路对某些患者仍然不足	克服CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的限制，提高疗效和安全性	乳腺癌患者样本中的肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	342例临床患者样本，约200万个细胞（包括>62万个肿瘤细胞）
104	2025-06-27	Unveiling a novel cancer hallmark by evaluation of neural infiltration in cancer 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf082 PMID:40052442	研究论文	评估肿瘤微环境中神经浸润的程度，揭示其作为癌症标志物的作用	提出了一种预测癌症相关神经浸润的评分（C-Neural score），并揭示了其在癌症进展和免疫治疗中的潜在作用	研究基于RNA-seq数据，未涉及其他分子层面的验证	评估神经浸润在肿瘤微环境中的作用，并探索其作为癌症标志物的潜力	多种癌症类型的肿瘤微环境	癌症研究	多种癌症	RNA-seq，单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据，单细胞RNA测序数据	40个批量RNA-seq数据集（涵盖10种癌症类型），55个单细胞RNA测序数据集
105	2025-06-27	Assessing spatial sequencing and imaging approaches to capture the molecular and pathological heterogeneity of archived cancer tissues 2025-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6383 PMID:39846232	research paper	评估空间转录组学和成像方法在捕捉存档癌症组织分子和病理异质性中的应用	开发了一个癌症异质性研究流程，优化了两种测序协议以处理具有挑战性的FFPE组织，并评估了多种成像方法	研究仅针对皮肤来源的组织，且样本存储时间跨度较大（4至14年），可能影响RNA质量	探索空间转录组学在存档癌症组织中解析分子和病理异质性的应用	存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）皮肤组织	digital pathology	skin cancer	spatial transcriptomics (ST), multiplex RNAScope, CODEX	NA	RNA sequencing data, imaging data	存档时间跨度4至14年的FFPE组织样本
106	2025-06-27	Spatial transcriptomics defines the cell-specific RNA landscape of equine dorsal root ganglia 2025-Feb-06, Veterinary pathology IF:2.3Q1 DOI:10.1177/03009858241312623 PMID:39916473	research paper	本研究利用空间转录组学技术定义了健康成年马背根神经节（DRG）中细胞特异性的RNA景观	首次将人类细胞标记物应用于马DRG的空间转录组学研究，并成功识别了不同区域的基因表达差异	研究仅针对健康成年马，未涉及疾病状态下的转录变化	进一步定义马背根神经节的空间转录组学景观	健康成年马的背根神经节（DRG）	空间转录组学	NA	GeoMx Digital Spatial Profiling from NanoString	NA	RNA表达数据	未明确提及样本数量，研究对象为健康成年马的DRG
107	2025-06-27	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-02-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统神经鞘瘤的分子生物学研究现状，包括基因突变、表观遗传调控及肿瘤微环境的最新发现	揭示了新型遗传变异如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合及SOX10突变，并探讨了单细胞测序和多组学分析在肿瘤异质性研究中的应用	对神经鞘瘤分子生物学的理解仍不完整，部分机制尚存争议	阐明中枢神经系统神经鞘瘤的肿瘤发生和进展机制，为开发新治疗靶点提供依据	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	基因组数据、表观遗传数据	NA
108	2025-06-27	CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor 2025-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6374 PMID:39648412	研究论文	通过CRISPR-Cas9筛选发现FER作为肿瘤抑制基因的作用	首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选鉴定FER为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤起始和进展中的关键作用	研究未涉及FER在特定肿瘤类型中的具体作用机制，且临床应用的潜力尚未验证	系统识别肿瘤抑制基因以增进对肿瘤发生的理解并开发早期诊断和疾病缓解策略	FER基因及其在肿瘤发生中的作用	肿瘤生物学	肿瘤	CRISPR-Cas9筛选, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及体内和体外实验
109	2025-06-27	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	研究论文	本文整合了多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集，以研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的响应	整合了八个scRNA-seq数据集，涵盖九种癌症类型，提供了用户友好的界面和代码，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的技术能力进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的响应机制	223名患者的90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	数字病理学	多种癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	223名患者，90,270个癌细胞，265,671个其他细胞类型
110	2025-06-27	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征	首次定义了肉芽肿性肌炎的转录组特征，并发现CHIT1基因表达与疾病活动性高度相关	样本量相对有限，特别是GM患者样本仅38例	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检组织	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序，空间转录组学，免疫组织化学	支持向量机(SVM)	RNA序列数据，图像数据	722例肌肉活检样本(含38例GM患者)
111	2025-06-27	Multi-omics analysis unveils the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in chordoma progression 2025-01, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6369 PMID:39611243	研究论文	通过多组学分析揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在脊索瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序、空间转录组学等技术揭示了炎症性CAF（iCAF）在脊索瘤中的异质性、空间分布及其与肿瘤恶性进展的关系	样本量相对有限，且未深入探讨iCAF促进脊索瘤进展的具体分子机制	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在脊索瘤中的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织样本和正常髓核组织样本	数字病理学	脊索瘤	scRNA-seq, ST, bulk RNA-seq, QIF	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光数据	7个肿瘤样本和4个对照髓核样本（scRNA-seq），126例患者（bulk RNA-seq），116例患者（QIF验证）
112	2025-06-27	Refining breast cancer genetic risk and biology through multi-ancestry fine-mapping analyses of 192 risk regions 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02031-y PMID:39753771	研究论文	通过多祖先精细定位分析192个风险区域，细化乳腺癌遗传风险和生物学	发现了131个新的乳腺癌风险关联信号，并将50个信号的因果变异缩小到单一变异，整合功能基因组学数据鉴定了195个潜在的易感基因	因果变异和目标基因多数仍未知，部分信号的功能证据仍需进一步实验验证	细化乳腺癌遗传风险和生物学，支持多祖先数据在精细定位分析中的价值	172,737名女性乳腺癌病例和242,009名对照（非洲、亚洲和欧洲血统）	基因组学	乳腺癌	全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序，体外实验	NA	基因组数据	172,737例病例和242,009例对照
113	2025-06-27	Kininogen enhances seizure susceptibility in mice possibly through bradykinin-induced modulation of calcium transients in glutamatergic and GABAergic neurons 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1509837 PMID:40556759	研究论文	本研究探讨了kininogen在癫痫发生中的功能作用及其通过缓激肽调节谷氨酸能和GABA能神经元钙瞬变的潜在机制	首次揭示了kininogen在癫痫发作中的病理作用及其通过缓激肽调节神经元活动的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究kininogen对癫痫易感性的影响及其作用机制	小鼠脑组织及神经元	神经科学	癫痫	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫印迹, 双光子钙成像	小鼠癫痫模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 钙成像数据	未明确说明小鼠数量
114	2025-06-27	Single-Cell RNA Transcriptomics and Multi-omics Analyses Reveal the Clinical Effects of Acupuncture on Methadone Reduction 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0741 PMID:40556944	研究论文	通过单细胞RNA转录组学和多组学分析，研究针灸对美沙酮减量的临床效果及其生物学机制	首次整合临床试验数据与多组学分析（包括单细胞测序、转录组学、代谢组学和宏基因组学），揭示针灸通过调节胆汁酸代谢和免疫细胞功能减轻美沙酮使用的不良反应	样本量较小（48名参与者），且仅针对美沙酮维持治疗患者，结果可能不适用于其他阿片类药物使用障碍患者	评估针灸在美沙酮维持治疗患者中的效果，并探索其生物学机制	48名美沙酮维持治疗患者	多组学分析	阿片类药物使用障碍	单细胞测序、转录组学、代谢组学、宏基因组学	NA	外周血单核细胞、血浆、粪便样本	48名美沙酮维持治疗患者（针灸组25人，假针灸组23人）
115	2025-06-27	Single-cell ligand-receptor profiling reveals an immunotherapy-responsive subtype and prognostic signature in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590951 PMID:40557143	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TNBC中配体-受体（LR）相互作用的分子细节及其作为预后或预测标志物的潜力	首次在TNBC中系统分析LR相互作用的分子细节，并构建了一个基于LR的预后评分系统（LR.score），同时验证了CXCL9/CXCR3轴在免疫细胞招募和抗肿瘤反应中的关键作用	研究样本量相对有限（METABRIC队列n=298，GSE58812队列n=107），且仅在MDA-MB-231细胞系中验证了CXCL9/CXCR3轴的功能	探索TNBC中LR相互作用的分子机制及其在预后和免疫治疗响应中的潜在应用	TNBC患者样本（单细胞RNA测序数据）和MDA-MB-231细胞系	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、siRNA介导的基因敲低	Lasso回归和逐步多变量分析	RNA测序数据	METABRIC队列298例，GSE58812队列107例
116	2025-06-27	Construction of a novel inflammatory-related prognostic signature of acute myelocytic leukemia based on conjoint analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565954 PMID:40557150	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序的联合分析，构建了一个与炎症相关的急性髓性白血病预后特征模型	首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建急性髓性白血病的炎症相关预后模型	模型验证仅依赖于外部数据集，缺乏前瞻性临床验证	优化急性髓性白血病患者的精准治疗策略并改善预后	急性髓性白血病患者	数字病理学	急性髓性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, LASSO分析	预后风险模型	RNA测序数据	使用GSE114868数据集中的AML患者和对照样本
117	2025-06-27	Novel insights from comprehensive analysis: The role of cuproptosis and peripheral immune infiltration in Alzheimer's disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0325799 PMID:40560886	研究论文	本研究通过综合分析铜死亡和周围免疫浸润在阿尔茨海默病中的作用，揭示了与铜死亡相关的关键基因及其在免疫细胞中的表达变化	首次通过机器学习模型筛选出与铜死亡相关的五个hub基因，并探索了这些基因在免疫细胞中的表达变化及其潜在的分子机制	研究主要基于GEO数据库的基因表达数据，缺乏实验验证的广泛性	探讨铜死亡相关基因在阿尔茨海默病中的具体作用及其与免疫浸润的关系	阿尔茨海默病患者的外周血细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	基因表达分析、机器学习模型、分子对接分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	机器学习模型	基因表达数据	GEO数据库中的基因表达数据和单细胞RNA测序数据集
118	2025-06-27	Optimization of clustering parameters for single-cell RNA analysis using intrinsic goodness metrics 2025, Frontiers in bioinformatics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fbinf.2025.1562410 PMID:40567596	研究论文	本研究通过利用内在优良性指标，旨在预测单细胞RNA测序中不同参数变化对聚类方法准确性的影响	利用内在优良性指标预测聚类准确性，并提出UMAP方法和分辨率参数对聚类准确性的积极影响	研究仅使用了三个数据集和两种聚类方法，可能限制了结果的普遍适用性	优化单细胞RNA测序中的聚类参数，以提高细胞亚群划分的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	ElasticNet回归模型	RNA测序数据	三个数据集，每个数据集来自不同的解剖区域并具有真实细胞注释
119	2025-06-27	Stemness-driven clusters in ovarian cancer: immune characteristics and prognostic implications 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1577283 PMID:40567611	研究论文	该研究通过识别卵巢癌中的干细胞相关基因，定义了三个不同的干细胞相关亚组，并构建了一个预后模型，同时验证了AKAP12在卵巢癌进展中的作用	首次在卵巢癌中定义了干细胞相关亚组，并发现AKAP12作为潜在的生物标志物和治疗靶点	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证	探索卵巢癌中干细胞相关亚型的特征及其治疗意义	卵巢癌患者和SKOV3细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归	预后模型	转录组数据	卵巢癌患者样本和SKOV3细胞
120	2025-06-27	Hemoglobin-associated CALR in proximal tubule cells can be used as a biomarker for idiopathic membranous nephropathy 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1574852 PMID:40568201	研究论文	本研究通过RNA测序技术识别尿液细胞中的潜在生物标志物，探讨特发性膜性肾病的疾病机制	发现CALR基因与特发性膜性肾病的发病和进展显著相关，并揭示了其在免疫反应和生理过程中的关键作用	研究样本可能不足以代表所有特发性膜性肾病患者群体，且需要进一步验证CALR作为生物标志物的临床应用价值	识别特发性膜性肾病的尿液生物标志物并研究其疾病机制	特发性膜性肾病患者的尿液细胞和肾脏组织	数字病理学	肾病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但包括首次和二次晨尿样本及健康肾脏组织