单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-26	CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens 2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码解决方案，用于CRISPR筛选	开发了一种与mRNA嵌入条形码兼容的多重扰动系统，提高了条形码检测效率和解码效率	未明确提及具体限制	改进CRISPR筛选中的多重扰动和解码技术	遗传元素和表型	基因编辑	NA	CRISPR, SpCas9, 单细胞测序	NA	mRNA条形码	未明确提及样本数量
102	2025-07-26	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	本文介绍了一种名为vSPACE的新方法，用于在2D空间中虚拟展示单细胞RNA测序数据	开发了vSPACE系统，通过模拟空间转录组学技术的概念，在虚拟2D图中展示人类关节软骨细胞的区域分布模式	目前仅应用于健康捐赠者的关节软骨细胞，未涉及疾病状态下的细胞	探索单细胞RNA测序数据的虚拟空间表示方法	人类关节软骨细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞RNA测序数据	6名健康捐赠者的关节软骨细胞
103	2025-07-26	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本研究评估了子宫内膜癌中错配修复(MMR)/微卫星不稳定性(MSI)状态检测的一致性及其表达异质性的影响因素	揭示了MMR表达异质性病例的高复发率及其与肿瘤侵袭性的关联，并指出仅报告MMR完整/缺失会错过生物标志物导向治疗的机会	样本量相对有限(666例)，且未对所有病例进行全转录组分析和下一代测序	评估子宫内膜癌中MMR/MSI状态检测的一致性及其临床意义	666例子宫内膜癌患者	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组化(IHC)、MSI检测、MLH1甲基化分析、全转录组分析、下一代测序	NA	组织样本、基因表达数据	666例子宫内膜癌病例
104	2025-07-26	A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms 2024, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/1874467217666230517104426 PMID:37198994	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和RNA测序的生物医学数据，以及药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用的网络医学数据，识别了腹主动脉瘤的关键靶点和潜在药物化合物	提出了一个基于炎症基因的网络医学框架，用于识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物，并发现了与免疫评分和炎症通路密切相关的关键靶点SLC2A3和IER3	研究主要依赖于计算模拟和体外数据，尚未进行体内实验验证	识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物	腹主动脉瘤的单细胞RNA测序和RNA测序数据，药物-靶标相互作用和蛋白质-蛋白质相互作用网络	数字病理学	腹主动脉瘤	scRNA-seq, RNA-seq	网络医学框架	基因表达数据，药物-靶标相互作用数据，蛋白质-蛋白质相互作用数据	AAA和非动脉瘤对照样本中的10种细胞类型
105	2025-07-26	Tobacco smoke exposure recruits inflammatory airspace monocytes that establish permissive lung niches for Mycobacterium tuberculosis 2023-12-06, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg3451 PMID:38055798	research paper	研究探讨了烟草烟雾如何通过招募炎症性空气单核细胞，为结核分枝杆菌创造有利的肺部微环境	首次通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了吸烟者肺部未成熟炎症单核细胞的富集及其在结核分枝杆菌生长中的作用	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏在体实验验证	探究吸烟如何增加结核病易感性的分子机制	吸烟者和非吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞	免疫学	结核病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	当前吸烟者和从未吸烟者的支气管肺泡灌洗细胞
106	2025-07-26	Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers 2023-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01536-3 PMID:36593397	研究论文	开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质分析技术，用于整合空间转录组学和蛋白质组学数据	SPOTS技术首次实现了高通量的空间转录组和蛋白质同时分析，显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力	未提及该技术在特定组织类型或疾病模型中的验证情况	解决空间转录组学和蛋白质组学数据整合的实验限制	生物组织的空间转录组和蛋白质数据	空间组学	NA	SPOTS (Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing)	NA	空间转录组数据、蛋白质数据	NA
107	2025-07-26	Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype 2023-06, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008 PMID:36931600	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞，揭示了一种新发现的表型	首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中发现并描述了IgE抗体分泌细胞的转录组特征及其与IgD和记忆B细胞的克隆关系	样本量较小（n=3），可能影响结果的普遍性	研究IgE抗体分泌细胞在过敏性真菌性鼻窦炎中的特征和功能	过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉中的CD19和CD19抗体分泌细胞	免疫学	过敏性真菌性鼻窦炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	3例患者的鼻息肉样本
108	2025-07-26	T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma 2022-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01623-z PMID:35027754	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤患者在接受免疫检查点抑制剂治疗时，T细胞特征与毒性反应之间的关系	首次发现循环中激活的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个预处理因素与严重irAE发展相关	样本量相对较小(n=27, 26和18)，且仅针对黑色素瘤患者	探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征	接受抗PD-1单药或抗PD-1与抗CTLA-4联合ICIs治疗的黑色素瘤患者	免疫学	黑色素瘤	飞行时间质谱流式细胞术、单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、批量RNA测序和批量T细胞受体(TCR)测序	NA	血液样本	93份治疗前和早期治疗血液样本，3个患者队列(n=27, 26和18)
109	2025-07-25	A novel immunocompetent transgenic mouse model of DHF reveals Syk-mediated Th2-polarized cytokine storm as a key driver of vascular leakage 2025-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2531178 PMID:40623122	研究论文	该研究建立了一种新型免疫活性转基因小鼠模型，用于研究登革热出血热（DHF）的发病机制	首次建立了具有完整先天/适应性免疫的免疫活性小鼠模型，揭示了Syk介导的Th2极化细胞因子风暴是血管渗漏的关键驱动因素	NA	研究登革热出血热（DHF）的发病机制	hTim4转基因C57BL/6J小鼠和人类DHF组织	免疫病理学	登革热出血热	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	转基因小鼠模型	RNA测序数据和转录组数据	NA
110	2025-07-25	PD-1 regulates tumor-infiltrating CD8+ T cells in both a cell-intrinsic and a cell-extrinsic fashion 2025-Oct-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20230542 PMID:40705010	研究论文	研究PD-1在肿瘤浸润CD8+ T细胞中的细胞内在和外在调控机制	开发了一种可诱导的PD-1敲除模型，揭示了PD-1抑制剂通过非细胞自主机制增强T细胞功能的新机制	研究仅基于MC38肿瘤细胞模型，未在其他肿瘤模型中验证	探究PD-1缺失对CD8+ T细胞功能的影响及其在肿瘤微环境中的作用机制	PD-1缺失和表达的CD8+ T细胞	癌症免疫治疗	癌症	单细胞RNA-seq和TCR-seq	可诱导PD-1敲除模型	基因表达数据和T细胞受体序列数据	MC38肿瘤细胞模型中的CD8+ T细胞
111	2025-07-25	POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer 2025-Sep, Molecular and clinical oncology IF:1.4Q4 DOI:10.3892/mco.2025.2877 PMID:40692747	research paper	该研究揭示了POSTN在胃癌相关成纤维细胞中的特异性激活及其与患者不良预后的关联	首次发现POSTN在CAFs中的显著上调及其通过YAP1/TEAD1共转录因子的直接调控机制	研究主要基于公共数据库和免疫组化数据，缺乏体内实验验证	探究胃癌肿瘤微环境中CAF相关标志物的临床意义及其在耐药性中的作用	胃癌患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	digital pathology	gastric cancer	免疫组化染色、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、临床样本数据	内部队列胃癌患者样本及公共数据库数据
112	2025-07-25	Single-cell transcriptional landscape of peripheral myeloid cells in autoimmune diseases 2025-Aug-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113026 PMID:40703454	研究论文	通过单细胞RNA测序分析自身免疫性疾病中外周髓系细胞的转录景观，揭示了13个不同的髓系细胞亚群及其在自身免疫性疾病中的功能失调	首次在单细胞水平上对14种自身免疫性疾病中的髓系细胞进行了全面分类，并鉴定了与髓系细胞激活相关的共表达模块在自身免疫性疾病中的普遍上调	研究主要关注髓系细胞，可能忽略了其他免疫细胞类型在自身免疫性疾病中的作用	探索自身免疫性疾病中外周髓系细胞的转录特征及其在疾病发展中的作用	351,905个髓系细胞，来自375个单细胞RNA测序样本，涵盖14种自身免疫性疾病	生物信息学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	351,905个髓系细胞，来自375个单细胞RNA测序样本
113	2025-07-25	Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era 2025-Aug, Molecular ecology IF:4.5Q1 DOI:10.1111/mec.17378 PMID:38721834	perspective	探讨基因组时代下非模式生物基因表达研究的生态与进化研究新方向	提出利用长读长测序和单细胞RNA测序技术解决传统RNA测序在非模式生物研究中的局限性	未具体说明技术应用中的实际挑战或数据解读难度	推动生态基因组学中基因表达研究的精度与深度	非模式生物的基因表达	生态基因组学	NA	长读长测序(long-read sequencing), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
114	2025-07-25	NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells 2025-Aug, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014 PMID:39733935	研究论文	本文研究了NFATc1在过敏性接触性皮炎中对IL-17产生的CD8 T细胞（Tc17细胞）的诱导作用	揭示了NFATc1在调控CD8 T细胞向Tc17细胞分化中的关键作用，并提出了NFATc1作为减轻CD8 T细胞介导的过敏反应的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究NFATc1在过敏性接触性皮炎中的作用机制	小鼠模型中的CD8 T细胞	免疫学	过敏性接触性皮炎	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	野生型小鼠和Nfatc1xCd4-cre小鼠
115	2025-07-25	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-Aug, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性纵向队列研究，旨在评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究通过多模态深度表型分析，探索代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用先进的测序技术进行遗传和转录组学分析	样本量相对有限（400例），且随访时间可能不足以捕捉长期代谢变化的影响	改善心脏移植患者的长期生存率，优化移植后代谢监测和治疗时机	心脏移植术后患者	数字病理学	心血管疾病	第三和第四代测序（短读长和长读长测序）、单细胞测序、心脏磁共振成像/波谱（cMRI/MRS）	NA	影像学数据、生物标志物数据、基因组数据	400例心脏移植术后患者，随访5年
116	2025-07-25	Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution 2025-Aug, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70276 PMID:40692664	研究论文	本研究通过单细胞分辨率探讨了长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响	揭示了长期高脂饮食导致骨髓微环境中成骨向成脂转变的机制，并发现了骨髓与大脑之间可能的信号交流轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明长期高脂饮食如何影响衰老过程中的骨髓和实体器官	衰老小鼠的骨髓微环境	生物医学	骨质疏松症	单细胞转录组学	LHA小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
117	2025-07-25	SETDB1 ensures the continuity of embryonic to adult neural stem cells through metabolic alterations in the dentate gyrus 2025-Jul-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424315122 PMID:40699919	研究论文	本文揭示了SETDB1通过代谢改变在胚胎神经祖细胞向成人神经干细胞（aNSCs）转变过程中的关键作用	发现SETDB1通过调控COX6B2影响氧化磷酸化（OXPHOS），从而控制aNSCs的命运，防止其向星形胶质细胞分化	研究主要聚焦于齿状回发育过程中的SETDB1功能，可能不适用于其他脑区	探究胚胎神经祖细胞如何转变为成人神经干细胞并维持其池的机制	胚胎神经祖细胞、成人神经干细胞（aNSCs）、星形胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
118	2025-07-25	Targeting tumor-associated CCR2+ macrophages to inhibit pancreatic cancer recurrence following irreversible electroporation 2025-Jul-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adw2937 PMID:40700478	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不可逆电穿孔（IRE）后胰腺导管腺癌（PDAC）模型的肿瘤免疫微环境，发现IRE诱导了CCR2肿瘤相关巨噬细胞（CCR2 TAM）介导的免疫抑制微环境，并开发了一种新型巨噬细胞蛋白脂质体（mPLV）共封装CCR2拮抗剂PF-4136309和吉西他滨，以抑制肿瘤复发	揭示了CCR2 TAM在IRE诱导的免疫抑制中的作用，并开发了新型mPLV药物递送系统以增强IRE的临床潜力	研究仅限于临床前PDAC模型，尚未进行人体试验	探索IRE治疗后PDAC复发机制并开发抑制复发的治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	单细胞RNA测序	临床前PDAC模型	RNA测序数据	NA
119	2025-07-25	Generation of Porcine Blastoids from Embryonic Stem Cells 2025-Jul-25, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_651 PMID:40705202	research paper	该研究开发了一种从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的方法	首次报道了从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的三维两步分化策略	未提及体内发育潜能或功能验证	建立大型动物胚胎发育研究模型	猪胚胎干细胞	发育生物学	NA	3D细胞培养	类囊胚模型	单细胞转录组数据	未明确样本数量
120	2025-07-25	Spatial transcriptomics reveals macrophage domestication by epithelial cells promotes immunotherapy resistance in small cell lung cancer 2025-Jul-24, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01005-5 PMID:40702109	研究论文	该研究通过空间单细胞转录组学揭示了小细胞肺癌中上皮细胞与髓系细胞间的复杂互作如何促进免疫化疗耐药性	发现Epi-I和Epi-II两种上皮细胞亚型及其在耐药性中的作用，揭示了MIF-SPP1信号轴驱动的细胞转化机制	样本量较小（18例患者），需要在更大队列中验证发现	阐明小细胞肺癌肿瘤微环境中免疫化疗耐药的分子机制	广泛期小细胞肺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肺癌	空间单细胞转录组学	NA	转录组数据	18例广泛期小细胞肺癌患者样本