单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-28	Transcriptome Analysis Identifies Functional and Prognostic Hypoxia-Associated Genes in Multiple Myeloma 2025-Sep-26, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.70009 PMID:41013981	研究论文	通过转录组分析鉴定多发性骨髓瘤中具有功能和预后价值的缺氧相关基因	首次系统识别多发性骨髓瘤缺氧相关基因并验证其预后价值，发现9个核心HAGs中8个与患者总生存期显著相关	样本来源包含细胞系和公共数据库，需要更多独立队列验证临床适用性	探索缺氧促进多发性骨髓瘤进展的分子机制并寻找预后标志物	多发性骨髓瘤细胞系、MMRF CoMMpass项目患者数据、CD138+骨髓细胞	生物信息学	多发性骨髓瘤	转录组分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	差异表达分析、生存分析	基因表达数据、临床数据	3个MM细胞系+MMRF队列患者+独立验证队列
102	2025-09-28	Decoding immune aging at single-cell resolution 2025-Sep-25, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2025.09.001 PMID:41006183	综述	本文综述单细胞测序技术在免疫衰老研究中的应用与挑战	通过单细胞多组学技术揭示人类生命周期中免疫轨迹的异质性和功能变化	存在跨平台和跨人群数据整合的技术挑战	解析免疫衰老机制并推动临床转化应用	外周免疫细胞	生物医学	老年性疾病	单细胞测序、单细胞多组学	NA	单细胞组学数据	NA
103	2025-09-28	Mechanism of Piezo1 regulating chondrocyte mitochondrial function and promoting fracture healing through β-catenin/LARS2 signaling pathway 2025-Sep-24, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-025-00459-4 PMID:40993116	研究论文	本研究揭示了Piezo1通过β-catenin/LARS2信号通路调控软骨细胞线粒体功能并促进骨折愈合的分子机制	首次发现Piezo1通过β-catenin/LARS2轴调控软骨细胞线粒体生物能量学，并证实软骨细胞向成骨细胞转分化在骨折愈合中的关键作用	NA	探究Piezo1在软骨细胞内软骨骨化过程中的调控机制	软骨细胞及其线粒体功能	骨分子生物学	骨折愈合障碍	谱系追踪、单细胞RNA测序、蛋白互作分析	基因敲除模型	基因表达数据、线粒体功能参数	NA
104	2025-09-28	Developing a thyroid cancer differentiation state classification system using deep residual networks and metabolic signature profiling 2025-Sep-24, NPJ digital medicine IF:12.4Q1 DOI:10.1038/s41746-025-01927-1 PMID:40993300	研究论文	开发基于深度残差网络和多组学数据的甲状腺癌分化状态分类系统	首次整合代谢组学、外显子组测序和转录组学数据，结合可解释性分析构建甲状腺癌分化状态分类模型	样本量相对有限（158例肿瘤和57例正常组织），需要更大规模验证	建立甲状腺癌分化状态的精准分类模型以辅助早期诊断和临床决策	甲状腺肿瘤组织（包括高分化、低分化和未分化癌）及匹配正常组织	数字病理	甲状腺癌	非靶向代谢组学、全外显子组测序、转录组测序、单细胞RNA测序	ResNet（深度残差网络）	多组学数据（代谢组、基因组、转录组）	158例甲状腺肿瘤和57例匹配正常组织
105	2025-09-28	Single-cell RNA-seq reveals gene expression heterogeneity in NSCLC and its link to the immune microenvironment 2025-Sep-24, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03494-z PMID:40993499	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示非小细胞肺癌的基因表达异质性及其与免疫微环境的关联	首次在单细胞水平系统解析NSCLC细胞亚群的基因表达特征，发现60多个与免疫微环境相关的差异表达基因	仅使用单一数据库（GSE117570）的数据，样本来源和数量未明确说明	探究非小细胞肺癌不同细胞类型的基因表达模式及其与免疫微环境的相关性	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的各类细胞	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、UMAP聚类分析	NA	单细胞转录组数据	NA
106	2025-09-28	CCDC137 knockdown suppresses bladder cancer progression by downregulating SCD 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07033-w PMID:40993629	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证揭示了CCDC137基因在膀胱癌进展中的促癌作用及其通过调控SCD影响肿瘤发展的新机制	首次系统研究CCDC137在膀胱癌中的功能，结合机器学习、多组学数据和体内外实验验证其通过调节SCD影响肿瘤进展的新机制	研究主要基于TCGA数据库和实验模型，需要更多临床样本验证其临床转化价值	探究CCDC137基因在膀胱癌中的临床意义和生物学功能	膀胱癌细胞系、组织样本和皮下异种移植瘤模型	生物信息学与肿瘤学	膀胱癌	机器学习算法、单细胞测序、空间转录组、RNA测序、Western blot、qRT-PCR	预后模型、皮下异种移植瘤模型	多组学数据（基因组、转录组）、实验数据	TCGA-BLCA队列数据、组织微阵列样本、体外细胞实验和体内动物模型
107	2025-09-28	Spatiotemporal microenvironment landscape and malignant epithelial pattern transition in breast ductal carcinoma progression 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-07010-3 PMID:40993701	研究论文	本研究通过多组学技术揭示乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境时空动态与恶性上皮细胞模式转变的关系	首次系统描绘乳腺导管癌从原位癌到浸润性导管癌及淋巴结转移的微环境景观演变，发现FAM111B基因在增殖亚群中的关键作用及铜死亡/双硫死亡新机制	样本来源和数量未明确说明，验证实验主要基于体外模型	阐明乳腺导管癌进展过程中肿瘤微环境与癌细胞亚群的空间结构和细胞行为变化	乳腺导管癌患者组织样本（DCIS、IDC及淋巴结转移）	数字病理	乳腺癌	单细胞测序、空间转录组、bulk RNA测序、免疫组化、多重免疫荧光、流式细胞术	NA	基因组数据、空间转录组数据、蛋白质数据	NA
108	2025-09-28	scKAN: interpretable single-cell analysis for cell-type-specific gene discovery and drug repurposing via Kolmogorov-Arnold networks 2025-Sep-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03779-0 PMID:40993718	研究论文	提出基于Kolmogorov-Arnold网络的可解释单细胞分析框架scKAN，用于细胞类型注释和特异性基因发现	利用KAN网络的可学习激活曲线直接建模基因-细胞关系，相比注意力机制提供更直观的可视化解释	NA	开发可解释的单细胞RNA测序分析方法，连接分子发现与治疗应用	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺导管腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，分子动力学模拟	Kolmogorov-Arnold网络(KAN)	基因表达数据	NA
109	2025-09-28	SH3BP5-driven metabolic-immune crosstalk in DLBCL: a prognostic biomarker and therapeutic target for reshaping immunosuppressive microenvironment 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06951-z PMID:40993727	研究论文	本研究探讨SH3BP5在弥漫大B细胞淋巴瘤中的代谢-免疫调控作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统揭示SH3BP5在DLBCL ABC亚型中的特异性高表达及其通过线粒体代谢重编程促进免疫抑制微环境形成的新机制	需要更大临床队列和功能模型验证结果，尚未开展体内实验验证治疗潜力	探索SH3BP5作为DLBCL预后生物标志物和治疗靶点的可行性	弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本和细胞系，特别是ABC亚型	肿瘤免疫学	淋巴瘤	转录组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、体外功能实验	NA	基因表达数据、临床数据、单细胞测序数据	多个数据集和验证队列的DLBCL患者样本
110	2025-09-28	Integrative single-cell and machine learning approach to characterize immunogenic cell death and tumor microenvironment in LUAD 2025-Sep-24, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06889-2 PMID:40993741	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和机器学习方法，系统表征了肺腺癌中免疫原性细胞死亡特征并构建预后模型	首次结合单细胞测序与机器学习量化ICD活性，开发了优于112个现有特征的11基因预后标志物，并通过功能实验验证关键基因SLC2A1的促癌作用	回顾性研究设计，需要前瞻性临床试验验证ICDRS模型的临床适用性	揭示免疫原性细胞死亡在肺腺癌进展和免疫治疗反应中的作用机制	肺腺癌患者样本和细胞系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序、qRT-PCR、CCK-8、Transwell、克隆形成、异种移植	CoxBoost + SuperPC机器学习组合模型	基因表达数据	6个外部验证队列（具体样本数未明确说明）
111	2025-09-28	Cell-cell communication dysregulation in tuberous sclerosis complex cortical tubers and focal cortical dysplasia 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02113-w PMID:40993764	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析mTORopathies（包括TSC皮质结节和FCD）中细胞类型特异性转录改变和细胞间通讯网络失调	首次在mTORopathies中系统揭示细胞间通讯网络异常，特别是发现NRXN-NLGN信号通路在谷氨酸能和GABA能神经元中的改变	NA	研究mTORopathies中细胞特异性转录改变和细胞通讯网络失调对皮质网络功能障碍的影响	TSC皮质结节、MTOR_FCD和DEPDC5_FCD等皮质发育畸形样本	神经科学	癫痫及相关共病（如自闭症谱系障碍）	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	包含对照组和病理样本的33个转录 distinct 细胞簇
112	2025-09-28	A mouse model of stereotactic radiosurgery-induced neuroinflammation and blood-brain barrier compromise 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02112-x PMID:40993780	研究论文	建立小鼠立体定向放射外科模型，研究放射诱导的神经血管单元损伤机制	首次结合空间转录组学分析放射后神经血管单元各组分的基因表达变化和细胞间通讯	动物模型与人类病理存在物种差异，单次高剂量辐射与临床分次放疗方案不同	阐明立体定向放射外科对神经血管单元的影响机制	小鼠脑组织及神经血管单元（小胶质细胞、星形胶质细胞、内皮细胞）	神经科学	放射性脑坏死	空间转录组学、组织病理学分析	NA	转录组数据、组织学图像	接受15-60 Gy辐射的小鼠脑组织样本
113	2025-09-28	Unveiling the mechanisms of yanhusuo's therapeutic effects in neuropathic pain through network pharmacology, single-cell RNA sequencing, and molecular docking 2025-Sep-24, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00551-z PMID:40993792	研究论文	本研究通过整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，系统揭示延胡索治疗神经病理性疼痛的多靶点作用机制	首次结合单细胞测序与网络药理学分析延胡索抗神经病理性疼痛的免疫细胞互作机制，并通过分子对接验证关键化合物与靶点的结合能力	研究结果主要基于生物信息学预测，需要后续实验验证其生物学功能	阐明延胡索治疗神经病理性疼痛的分子作用机制	神经病理性疼痛患者样本和延胡索活性成分	生物信息学	神经病理性疼痛	网络药理学、单细胞RNA测序、分子对接、生物信息学分析	NA	基因组数据、化合物结构数据	未明确样本数量，包含神经病理性疼痛患者分组样本
114	2025-09-28	JMJD6-driven epigenetic activation of COL4A2 reprograms glioblastoma vascularization via integrin α1β1-dependent PI3K/MAPK signaling 2025-Sep-24, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-02114-9 PMID:40993804	研究论文	本研究通过多组学分析发现JMJD6通过表观遗传激活COL4A2，进而通过整合素α1β1依赖的PI3K/MAPK信号通路调控胶质母细胞瘤血管生成	首次揭示JMJD6-COL4A2-ITGA1/ITGB1轴作为胶质母细胞瘤抗血管生成治疗的新靶点	NA	探究胶质母细胞瘤血管生成的分子机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤细胞和肿瘤相关内皮细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA-seq、单细胞RNA-seq、多组学分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
115	2025-09-28	Comprehensive profiling of immune cell infiltration and biomarker identification in intervertebral disc degeneration 2025-Sep-24, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-025-06250-9 PMID:40993805	研究论文	通过整合生物信息学分析和实验验证，系统描绘了椎间盘退变中的免疫细胞浸润动态并识别了关键治疗靶点	首次结合CIBERSORT、WGCNA和单细胞RNA测序技术全面解析IDD免疫浸润景观，发现术后第14天为免疫浸润高峰，并鉴定VAMP8/JUN为巨噬细胞相关调控因子	研究主要基于大鼠模型和体外实验，人类样本验证不足	揭示椎间盘退变的免疫浸润机制并筛选治疗靶点	大鼠椎间盘组织及髓核细胞	生物信息学	椎间盘退行性疾病	生物信息学分析、scRNA-seq、流式细胞术、Western blot、免疫组化	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、蛋白质印迹数据	公共数据集分析+大鼠椎间盘穿刺模型实验验证
116	2025-09-28	Single-cell RNA sequencing reveals the ameliorative effects of Kai-Xin-San on depression via regulating neuroplasticity and inflammation in the hypothalamus of rats 2025-Sep-24, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2025.09.037 PMID:41005486	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示开心散通过调节下丘脑神经可塑性和炎症改善大鼠抑郁的分子机制	首次运用单细胞RNA测序技术系统解析开心散抗抑郁作用的下丘脑微环境调控机制	研究局限于大鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究开心散改善抑郁症状的分子作用机制	慢性不可预见温和应激诱导的抑郁模型大鼠	生物医学研究	抑郁症	单细胞RNA测序、分子生物学实验、行为学测试	动物模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	45,482个下丘脑细胞（来自对照组、CUMS模型组、开心散治疗组和氟西汀治疗组大鼠）
117	2025-09-28	Loss of RPL22 Expression Identifies a Transcriptional Subset of MLH1 Deficient Endometrial Cancers with Lower Numbers of Tumor-Associated Lymphocytes 2025-Sep-24, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100899 PMID:41005533	研究论文	本研究通过免疫组化发现RPL22蛋白缺失可识别MLH1缺陷型子宫内膜癌中免疫细胞浸润较少的特殊亚型	首次揭示RPL22缺失与肿瘤微环境免疫抑制特征的相关性，并开发可临床应用的免疫组化检测方法	未明确RPL22突变与肿瘤突变负荷或PD-L1表达之间的关联机制	探索RPL22在MLH1缺陷型子宫内膜癌免疫调控中的作用	子宫内膜癌组织样本和细胞系	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组化、数字空间转录组学、基因敲低	NA	组织切片图像、基因表达数据	子宫内膜癌队列（具体数量未明确）
118	2025-09-28	Macrophage-derived FN1 promotes peritoneal cavity metastasis of gastric cancer by inhibiting the Hippo signaling pathway via SDC4 2025-Sep-24, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2025.120063 PMID:41005547	研究论文	本研究揭示巨噬细胞来源的FN1通过SDC4抑制Hippo信号通路促进胃癌腹膜腔转移的分子机制	首次发现FN1-SDC4轴介导巨噬细胞与胃癌细胞通讯，并阐明其通过抑制Hippo通路促进腹膜转移的新机制	NA	探究FN1在胃癌腹膜腔转移中的功能及分子机制	胃癌细胞系、巨噬细胞、动物模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序数据分析、Western blot、MTT法、迁移侵袭实验、克隆形成实验、细胞黏附实验、动物实验	NA	单细胞测序数据、实验数据	使用单细胞数据集GSE140182（具体样本量未明确说明）
119	2025-09-28	Lipid-laden macrophages in atherosclerosis and cancer 2025-Sep-24, Seminars in cancer biology IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.semcancer.2025.09.007 PMID:41005549	综述	探讨脂质负载巨噬细胞在动脉粥样硬化和癌症中的双重作用及分子机制	通过单细胞RNA测序技术系统比较不同疾病背景下LL-Macs的基因特征差异	存在研究空白需要开发新的LL-TAM靶向疗法	阐明脂质代谢调控巨噬细胞极化在疾病中的作用机制	脂质负载巨噬细胞(LL-Macs)	分子病理学	动脉粥样硬化, 癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
120	2025-09-28	Integrating multi-omic Mendelian randomization, microarray, single-cell RNA sequencing, and spatial RNA sequencing to identify potential therapeutic targets for vitiligo 2025-Sep-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.09.015 PMID:41005615	研究论文	通过多组学孟德尔随机化等方法识别CTSS作为白癜风潜在治疗靶点	首次整合多组学孟德尔随机化、单细胞和空间转录组技术系统筛选白癜风药物靶点	NA	识别白癜风的新型治疗靶点	人类白癜风患者样本（黑色素细胞、晕痣）	生物信息学	白癜风	多组学孟德尔随机化、微阵列、单细胞RNA测序、空间RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、临床样本数据	4,479个可成药基因的QTL数据，结合GWAS Catalog和FinnGen联盟的白癜风GWAS数据