单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 40345 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
101	2026-06-10	Lense: Optimizing data preprocessing in single-cell omics using LLMs 2026-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.64898/2026.05.07.723465 PMID:42182127	研究论文	介绍一种名为Lense的基于语言模型的方法，用于自动优化单细胞组学数据预处理	利用大语言模型自动选择最优预处理流程，无需手动调参，并整合到Seurat平台中	未在标题和摘要中明确说明局限性	优化单细胞组学数据预处理，提高鲁棒性	单细胞组学数据，尤其是空间转录组学等新兴平台的数据	机器学习	NA	单细胞组学	大语言模型	单细胞组学数据	NA	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
102	2026-06-10	Gut-brain axis-mediated mechanisms and immune regulatory pathways in vascular dementia: Insights into microbiota-derived metabolites and novel therapeutic strategies 2026-May-08, Behavioural brain research IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.bbr.2026.116113 PMID:41722735	研究论文	本研究通过整合框架分析肠道微生物及其代谢物通过肠脑轴影响血管性痴呆的分子机制，并鉴定PIK3CG为关键致病基因	首次结合多机器学习方法（LASSO、神经网络、SVM-RFE）与SHAP分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序及肠道微生物-代谢物-靶点网络和分子对接，系统揭示血管性痴呆中肠脑轴介导的免疫调节通路及潜在治疗策略	未在独立队列或动物模型中验证PIK3CG的因果关系及代谢物-蛋白质相互作用的体内效果	阐明血管性痴呆中肠脑轴介导的分子机制并探索基于肠道微生物代谢物的新型治疗策略	血管性痴呆相关的差异表达基因、肠道微生物代谢物及免疫调节通路	自然语言处理	血管性痴呆	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, 神经网络, SVM-RFE	基因表达数据, 单细胞转录组数据	未明确说明样本数量	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
103	2026-06-10	Hepatocyte-targeted Bap1 reduction in the liver primes an inflammatory transcriptional response 2026-May-06, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkag047 PMID:41712409	研究论文	通过CRISPR/Cas9技术在小鼠肝细胞特异性敲除Bap1，结合空间转录组学和分析免疫组化，研究Bap1缺失对肝脏生物学和损伤应答的影响	首次在体内小鼠模型中通过AAV8介导的CRISPR/Cas9实现肝细胞特异性Bap1敲除，并结合单细胞分辨率空间转录组学与定量纹理分析，揭示Bap1在肝脏免疫细胞反应中的关键调控作用	未提及	探究Bap1在肝脏中的正常功能及其缺失对肝脏损伤应答和免疫环境的影响	小鼠肝细胞	数字病理学	肝细胞癌	CRISPR/Cas9基因组编辑, 空间转录组学, 免疫组化, 批量RNA测序	NA	基因表达数据, 图像	小鼠肝脏组织样本	NA	空间转录组学, 批量RNA-seq	NA	NA
104	2026-06-10	Lense: optimizing data preprocessing in single-cell omics using large language models 2026-May-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag288 PMID:42242684	研究论文	介绍Lense，一种利用大语言模型自动优化单细胞组学数据预处理的框架	首次将大语言模型应用于单细胞组学数据预处理流程的自动化选择，替代传统手动调参方式	依赖低维可视化图的质量比较，可能难以处理需要更复杂评估指标的预处理步骤	开发自动化方法提升单细胞组学数据预处理的鲁棒性和效率	单细胞组学数据（包括空间转录组数据）的预处理流程优化	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	大语言模型	单细胞组学数据	NA	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
105	2026-06-10	Xenium-based spatial transcriptomic analyses uncover prognosis-associated heterogeneity in the tumor microenvironment (TME) of angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL) 2026-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.70035 PMID:41711078	研究论文	利用基于Xenium的空间转录组技术分析血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）肿瘤微环境中的预后相关异质性	首次在AITL中鉴定出具有干性特征的NEIL3+滤泡辅助T细胞（Tfh）新亚群，并揭示难治/复发型与治疗响应型肿瘤微环境在免疫细胞组成和组织上的显著差异	未明确提及，但样本量较小（10例临床样本），可能限制结果的普适性	阐明难治/复发型AITL的肿瘤微环境异质性及潜在的预后和治疗靶点	10例血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）临床样本	数字病理学	血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤（AITL）	空间转录组学	NA	空间转录组数据	10例临床样本（包括难治/复发型和治疗响应型）	10x Genomics	空间转录组学	Xenium	基于Xenium的空间转录组分析
106	2026-06-10	Decoding the Cardiac Immune Microenvironment and Fibroblast Crosstalk in Radiotherapy Combined with Immunotherapy-Induced Cardiac Fibrosis Based on Single-Cell Transcriptomic Analysis 2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202519216 PMID:41717832	研究论文	基于单细胞转录组分析解码放疗联合免疫治疗诱导心脏纤维化中的心脏免疫微环境和成纤维细胞交互作用	首次通过单细胞转录组分析揭示放疗联合免疫治疗（放射免疫治疗）诱导心脏纤维化中成纤维细胞与免疫细胞（特别是IL-6介导的成纤维细胞-巨噬细胞交互作用）的关键机制，并发现托珠单抗（IL-6R抑制剂）具有缓解心脏毒性的治疗潜力	未提及具体局限性，但可能包括临床样本量有限、动物模型与人类病理差异、长期心脏毒性评估不足等	阐明放射免疫治疗诱导心脏纤维化的潜在机制，特别是心脏微环境中成纤维细胞与免疫细胞的交互作用，并探索靶向干预策略	放射免疫治疗诱导心脏纤维化的小鼠模型和接受胸部分次放疗联合免疫治疗的患者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞基因表达数据	临床前小鼠模型（多个时间点：第28天、3个月、5个月）和患者血清样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
107	2026-06-10	Stabilin-1+ lipid-associated macrophages promote lung adenocarcinoma liver metastasis and osimertinib resistance through impairing macrophage phagocytosis via SIRPα-CD47 axis 2026-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2026.101379 PMID:41719890	研究论文	研究揭示STAB1+脂质相关巨噬细胞通过SIRPα-CD47轴损害巨噬细胞吞噬功能，促进肺腺癌肝转移和奥希替尼耐药	首次鉴定出STAB1+脂质相关巨噬细胞亚群在肺腺癌肝转移中富集，并阐明其通过SIRPα-CD47信号抑制巨噬细胞吞噬作用的机制	未明确说明局限性	探究脂质相关巨噬细胞在肺腺癌肝转移和奥希替尼耐药中的功能及分子机制	肺腺癌患者原发肿瘤和肝转移肿瘤组织、小鼠异种移植模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、RNA-seq、Luminex多因子检测、免疫共沉淀	NA	基因表达数据、细胞共培养数据	人类原发性和肝转移性肺腺癌肿瘤组织样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
108	2026-06-10	Single-cell transcriptomics reveals diversity and conservation of chicken lymphocytes 2026-May, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2026.106475 PMID:41719991	研究论文	通过单细胞转录组学构建鸡免疫器官高分辨率图谱，揭示了淋巴细胞的多样性和保守性	首次系统构建鸡胸腺、法氏囊和脾脏三个主要免疫器官的单细胞转录组图谱，鉴定出24种免疫和基质细胞类型，并比较了它们在不同器官中的分布与发育轨迹	未说明	了解禽类免疫防御机制，推进家禽抗病育种，并为脊椎动物免疫学提供进化见解	鸡（Gallus gallus）的三个主要免疫器官：胸腺、法氏囊和脾脏	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
109	2026-06-10	Construction of a multi-tissue immune atlas for Chinese tongue sole (Cynoglossus semilaevis) reveals granulocyte functional adaptation and underlying regulatory mechanisms 2026-May, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2026.111215 PMID:41720367	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据，构建了半滑舌鳎多组织免疫图谱，揭示了粒细胞功能适应及调控机制	首次在鱼类中系统描述粒细胞亚群的功能适应性和组织特异性分布，发现保守的cd44b介导的通讯模块	信息不足，输出NA	解析鱼类粒细胞在不同组织微环境中的功能适应性及其调控机制	半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）的血液、肝脏、脾脏和头肾中的粒细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多组织样本（血液、肝脏、脾脏、头肾）	信息不足，输出NA	单细胞RNA测序	信息不足，输出NA	信息不足，输出NA
110	2026-06-10	Pancancer Fine-Mapping of Mutational Intolerance Identifies CHEK1 as an Immunosuppressive Driver in Lung Adenocarcinoma 2026-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202521265 PMID:41722056	研究论文	通过泛癌突变不耐受基因精细定位，发现CHEK1在肺腺癌中作为免疫抑制驱动因子的作用	开发了miDriver计算框架，通过泛癌-正常组织突变对比识别突变不耐受基因，并发现CHEK1作为双重治疗靶点，同时破坏肿瘤内在适应性和重塑免疫抑制微环境	未明确提及	识别泛癌中的突变不耐受基因并探索其作为治疗靶点的潜力	突变不耐受基因，特别是CHEK1	机器学习	肺腺癌	单细胞转录组学, 多重免疫荧光, CRISPR筛选	NA	基因组数据, 转录组数据	8,096个肿瘤样本，涵盖13种癌症类型	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3'
111	2026-06-10	Radiotherapy disrupts ferroptosis tolerance by reducing DNMT1 levels and uncouples STING silencing in LKB1-deficient lung tumors 2026-May, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2026.02.052 PMID:41722660	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示LKB1缺陷肺癌中放疗通过降低DNMT1水平破坏铁死亡耐受并解除STING沉默，联合抗PD-1抗体可有效抑制肿瘤	首次发现LKB1缺陷通过铁死亡耐受导致免疫检查点抑制剂耐药，并阐明放疗通过DNMT1-OSGIN1轴和STING通路双重机制逆转该耐药	主要基于小鼠模型和临床队列分析，尚需更多临床验证及机制深入研究	探究LKB1缺陷非小细胞肺癌对免疫检查点抑制剂原发耐药的机制及放疗逆转策略	LKB1缺陷肺癌细胞、Kras驱动Lkb1条件敲除小鼠模型及多个临床队列样本	生物医学研究	肺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	多个临床队列及基因工程小鼠模型	10x Genomics	单细胞RNA-seq	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'转录组测序
112	2026-06-10	Single-cell insights into cisplatin resistance mechanisms in bladder cancer tumor microenvironment 2026-May, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2026.111304 PMID:41724379	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序与体外实验验证，揭示了膀胱癌肿瘤微环境中顺铂耐药性的分子机制和细胞异质性	通过整合顺铂敏感与耐药膀胱癌样本的单细胞测序数据，首次系统鉴定了耐药细胞亚群、代谢重编程特征及MIF信号通路在耐药性形成中的关键作用	未提及体内模型验证及多中心临床试验中的泛化性验证	阐明膀胱癌顺铂耐药性的分子机制并识别潜在治疗靶点	膀胱癌肿瘤微环境中的多个细胞亚群，包括耐药上皮细胞、成纤维细胞、免疫细胞等	机器学习	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	整合了顺铂敏感和耐药膀胱癌样本的单细胞RNA测序数据集	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序
113	2026-06-10	Intra-Tissue Bacteriome and Cellular Profiles in Periodontal Granulation Tissue From Osseous Defects and Extraction Sockets 2026-May, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.70108 PMID:41732956	研究论文	研究牙周肉芽组织在骨缺损和拔牙窝中的组织内菌群和细胞特征，探索其生物学本质和转化潜力	首次系统比较骨缺损区、拔牙窝和牙周袋壁组织的组织内菌群与细胞谱，发现骨缺损区牙周肉芽组织具有健康相关菌群和高间充质干细胞比例	样本量有限（49例患者），需要进一步转化研究以验证牙周肉芽组织作为间充质干细胞替代来源用于牙周再生	阐明牙周肉芽组织在不同临床来源中的菌群和细胞特征，探索其再生医学应用价值	严重牙周炎患者的牙周肉芽组织样本（来自骨缺损、拔牙窝和牙根表面）及对照牙周袋壁组织	数字病理学	牙周病	16S rRNA测序,单细胞测序,组织学分析	NA	基因序列数据,组织图像,细胞计数数据	49例严重牙周炎患者的牙周肉芽组织样本（包括手术区骨缺损组织、拔牙窝组织、牙根表面组织及对照牙周袋壁组织）	Illumina	16S rRNA测序,单细胞RNA测序	Illumina NovaSeq	16S rRNA基因测序和单细胞RNA测序均使用Illumina NovaSeq平台
114	2026-06-10	ATP-binding cassette subfamily A member 5 suppresses pancreatic ductal adenocarcinoma progression and chemoresistance by promoting β-catenin ubiquitin-dependent degradation 2026-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2026.101381 PMID:41734476	研究论文	该研究首次确定ABCA5在胰腺导管腺癌中作为肿瘤抑制因子，通过促进β-catenin的泛素依赖性降解来抑制肿瘤进展和化疗耐药	首次发现ABCA5通过与BTRC的WD40重复结构域结合诱导β-catenin泛素依赖性降解，抑制WNT通路，并验证了ABCA5过表达联合吉西他滨和PRI-724的治疗效果	研究未明确ABCA5在PDAC中表达下调的机制，且临床样本量有限	探究ABCA5在胰腺导管腺癌中的功能及其分子机制	胰腺导管腺癌肿瘤样本、细胞系、小鼠模型及患者来源类器官	机器学习	胰腺导管腺癌	RNA-seq，单细胞RNA-seq，免疫荧光，质谱分析，免疫共沉淀，泛素化检测	NA	转录组数据	80个临床胰腺导管腺癌样本	Illumina	单细胞RNA-seq，转录组测序	Illumina NovaSeq	批量转录组测序和单细胞RNA测序用于表达分析
115	2026-06-10	Single cell transcriptomic atlas reveals macrophage polarization dynamics and intercellular communication networks in gingival tissue of periodontitis patients undergoing orthodontic treatment 2026-May, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.slast.2026.100402 PMID:41722860	研究论文	通过单细胞转录组图谱揭示牙周炎正畸治疗患者牙龈组织中巨噬细胞极化动态及细胞间通讯网络	首次在单细胞水平解析牙周炎正畸治疗背景下巨噬细胞亚型异质性、极化动态路径及力学-炎症信号整合机制	未提及具体局限性	探究牙周炎患者正畸治疗过程中牙龈组织内巨噬细胞亚型异质性及其极化动态	接受正畸治疗的牙周炎患者的牙龈组织样本	单细胞转录组学	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
116	2026-06-10	Integrative single-cell and spatial transcriptomic reveals S100A16+ tumor endothelial cells drive angiogenesis and immunosuppression in hepatocellular carcinoma 2026-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2026.218335 PMID:41722834	研究论文	整合单细胞与空间转录组学揭示S100A16+肿瘤内皮细胞在肝细胞癌中驱动血管生成与免疫抑制	首次鉴定出S100A16+肿瘤内皮细胞亚群，并阐明其通过协调促进病理性血管生成和免疫抑制驱动肝癌进展的机制	NA	探究肿瘤相关内皮细胞在肝细胞癌中的分子特征及其功能贡献	肝细胞癌患者的肿瘤组织、癌旁正常组织及肿瘤边界区域样本	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, RNA测序, 多重免疫荧光	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织芯片数据	49个样本（145,692个高质量单细胞），12个空间转录组样本（49,091个空间点），90对配对肝癌样本组织和免疫治疗晚期肝癌队列	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
117	2026-06-10	Aflatoxin B1 accelerates diabetic nephropathy progression via ITGA11/LTBP1-dependent oxidative and fibrotic pathways: Evidence from multi-omics and molecular simulations 2026-May-01, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2026.111974 PMID:41722833	研究论文	通过多组学整合分析揭示黄曲霉毒素B1通过ITGA11/LTBP1依赖的氧化和纤维化通路加速糖尿病肾病进展	首次系统整合bulk转录组、单细胞转录组和空间转录组数据，结合分子模拟，阐明AFB1在糖尿病肾病中的分子机制，并优先鉴定ITGA11和LTBP1作为关键介质	研究基于计算分析和体外模拟，缺乏体内或临床验证实验；分子相互作用的直接实验证据有待进一步确证	明确黄曲霉毒素B1加快糖尿病肾病进展的相关分子通路及关键介质	糖尿病肾病相关转录组数据及AFB1响应分子	计算生物学	糖尿病肾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 分子对接, 分子动力学模拟	NA	图像, 文本	多队列转录组数据（具体数量未提供）	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
118	2026-06-10	MIF-CD74 axis facilitates MDSC infiltration in the tumor microenvironment of pancreatic ductal adenocarcinoma 2026-May-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2026.218348 PMID:41722836	研究论文	本研究探讨了MIF-CD74轴在胰腺导管腺癌肿瘤微环境中促进髓系抑制细胞浸润的机制	首次揭示MIF-CD74轴在PDAC中驱动MDSC与CAF之间的相互作用，并鉴定出MIF CAFs为免疫抑制关键细胞群	NA	研究PDAC肿瘤微环境的免疫抑制特征	胰腺导管腺癌组织、肿瘤浸润白细胞、MDSC、CAF	NA	胰腺导管腺癌	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA	PDAC手术标本（具体数量未提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序, 空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium	NA
119	2026-06-10	SEAL: Semantic-Aware Contrastive Learning for scRNA-Seq Clustering 2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3669981 PMID:41774662	研究论文	提出了一种语义感知对比学习方法SEAL，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	通过随机掩蔽基因表达生成不同增强版本，并利用伪标签的语义信息进行对比学习，捕捉细胞表示的语义不变性	在数据高丢失率和高噪声情况下，现有方法难以完全捕捉细胞的内在特性，导致聚类性能不稳定	提高单细胞RNA测序数据聚类性能，准确区分不同细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对比学习	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
120	2026-06-10	SAD: Sparse-Aware Diffusion Model for Single-Cell Gene Expression Completion 2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3674362 PMID:41838515	research paper	提出SAD，一种基于扩散模型的框架，用于单细胞RNA测序的基因补全，纠正稀疏性偏差，并支持超过30k基因的输入	首次针对scRNA-seq开创性地提出基因补全任务，并设计了专门应对极端稀疏数据的扩散模型SAD，可生成原本缺失的基因条目并纠正分布偏差	未明确说明，但可能涉及极端高缺失率场景下的性能边界或计算成本	解决单细胞RNA测序数据中基因覆盖不全和技术性零点问题，为下游任务提供可靠且一致的基因表达数据	单细胞RNA测序表达数据，特别是高缺失率的稀疏数据集	机器学习, 自然语言处理	NA	scRNA-seq	扩散模型（Diffusion Model）	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA