单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-08-08	ScaleSC: a superfast and scalable single-cell RNA-seq data analysis pipeline powered by GPU 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf167 PMID:40761324	research paper	介绍了一种基于GPU加速的大规模单细胞RNA-seq数据处理工具ScaleSC，显著提高了处理速度和可扩展性	利用GPU计算生态系统（如CuPy和CUDA）开发了ScaleSC，实现了超过20倍的速度提升，并能处理10-20百万个细胞的超大规模数据集	未明确提及具体限制，但暗示单A100卡处理能力虽强，但可能仍受限于更大规模数据集或多GPU支持的需求	解决大规模单细胞RNA-seq数据处理速度慢和可扩展性差的问题	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	单细胞RNA-seq数据	10-20百万个细胞，超过1000批次
102	2025-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Integrated with Bulk-RNA Sequencing Analysis Reveals Prognostic Signatures Based on PANoptosis in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S533777 PMID:40761429	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序与批量RNA测序分析结合，揭示了基于PANoptosis的肝细胞癌预后特征	整合单细胞和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，识别与PANoptosis相关的预后特征，并发现YIF1B作为双重预后生物标志物和肿瘤驱动因子	研究主要依赖生物信息学分析和实验研究，临床验证尚不充分	探索肝细胞癌进展中PANoptosis相关机制，以确定可操作的治疗靶点并优化患者特异性治疗结果	肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习	NA	RNA测序数据	NA
103	2025-08-08	Chevreul: an R bioconductor package for exploratory analysis of full-length single cell sequencing 2025, GigaByte (Hong Kong, China) DOI:10.46471/gigabyte.158 PMID:40761736	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul与其他scRNA-seq分析包的不同之处在于其易用性、分析全长RNA测序数据以获取外显子覆盖和转录本异构体推断的能力，以及对批次校正的支持	NA	开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
104	2025-08-08	Unraveling NK cell heterogeneity through single-cell sequencing: insights from physiological and tumor contexts for clinical applications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1612352 PMID:40761786	review	本文综述了通过单细胞测序技术揭示自然杀伤细胞（NK细胞）异质性的研究进展及其在肿瘤免疫治疗中的潜在应用	利用单细胞测序技术高分辨率地解析NK细胞的异质性，为肿瘤免疫治疗提供更精确的信息	NA	探究NK细胞异质性的形成机制及其在肿瘤微环境中的作用，以优化基于NK细胞的个性化治疗策略	自然杀伤细胞（NK细胞）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达谱	NA
105	2025-08-08	Integrated multi-omics analysis and machine learning identify G protein-coupled receptor-related signatures for diagnosis and clinical benefits in soft tissue sarcoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561227 PMID:40761790	研究论文	本研究通过整合多组学分析和机器学习方法，识别了G蛋白偶联受体相关特征，用于软组织肉瘤的诊断和临床获益预测	结合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一个包含12种机器学习算法及其127种组合的新型框架，构建了GPR相关特征的诊断和预后模型	研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证	开发软组织肉瘤的诊断和预后预测工具	软组织肉瘤患者	机器学习	软组织肉瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	Stepglm+Enet, 多种机器学习算法组合	基因表达数据	基于TCGA和GEO数据库的数据集
106	2025-08-08	Analysis of immune characteristics and inflammatory mechanisms in COPD patients: a multi-layered study combining bulk and single-cell transcriptome analysis and machine learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1592802 PMID:40761855	研究论文	本研究通过结合大量和单细胞转录组分析及机器学习，探讨了COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	结合了批量转录组和单细胞转录组分析，利用机器学习构建COPD风险预测模型，并筛选了潜在的中药单体成分	研究依赖于公开数据库的数据，未进行实验验证	探讨COPD患者炎症基因的潜在作用和机制	COPD患者和正常个体的气道上皮组织	数字病理	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	转录组分析、Lasso回归、随机森林算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学模拟	Lasso回归、随机森林	转录组数据	未明确说明样本数量，数据来源于GEO数据库
107	2025-08-08	Comprehensive analysis of pyroptosis-related genes in psoriasis and targeted gene editing of CASP1 and CASP5 using lipid nanoparticles to alleviate skin inflammation 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1639869 PMID:40771724	研究论文	本文通过生物信息学分析和基因编辑技术，系统研究了焦亡相关基因在银屑病中的作用，并提出了一种基于脂质纳米颗粒的基因编辑策略以缓解皮肤炎症	首次系统分析了焦亡相关基因在银屑病中的表达，并利用CRISPR-Cas9技术通过脂质纳米颗粒递送靶向编辑CASP1和CASP5基因，展示了显著的治疗效果	研究主要依赖于公开数据集和动物模型，临床前研究尚未在人类患者中进行验证	探究焦亡相关基因在银屑病发病机制中的作用，并开发新的治疗策略	银屑病患者和IMQ诱导的银屑病小鼠模型	数字病理学	银屑病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析	机器学习算法构建的风险评分模型	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据集中的银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病小鼠模型
108	2025-08-08	WISP1 drives esophageal squamous cell carcinoma progression via modulation of cancer-associated fibroblasts and immune microenvironment 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1586790 PMID:40771797	研究论文	本研究探讨了WISP1在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及其对肿瘤微环境和癌症相关成纤维细胞(CAFs)的影响	首次深入研究了WISP1在ESCC中的作用机制，特别是其对CAFs和肿瘤微环境的调控作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	阐明WISP1在ESCC进展中的作用机制及其临床意义	食管鳞状细胞癌(ESCC)组织和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤生物学	食管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、生物信息学分析	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据库中的ESCC样本数据
109	2025-08-08	Autonomic nervous system development-related signature as a novel predictive biomarker for immunotherapy in pan-cancers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1611890 PMID:40771813	研究论文	该研究开发了一种基于自主神经系统发育相关特征的新型预测模型，用于评估泛癌免疫治疗的疗效	首次将自主神经系统发育相关特征(ANSDR.Sig)与免疫治疗预后关联，并构建了基于随机森林算法的预测模型	研究样本量有限，需要更多临床数据验证模型的普适性	开发新型生物标志物以提高免疫治疗预测准确性	多种癌症类型的单细胞和批量RNA测序数据	生物信息学	泛癌(包括胃癌等多种癌症)	scRNA-Seq, 批量RNA-Seq, RT-PCR, IHC	随机森林等7种机器学习算法	RNA测序数据	34个scRNA-Seq数据集和8个批量RNA-Seq数据集
110	2025-08-08	Machine learning analysis of ARVC informed by sodium channel protein-based interactome networks 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1611342 PMID:40771922	研究论文	本研究通过机器学习分析钠通道蛋白互作网络，识别出治疗致心律失常性右室心肌病(ARVC)的潜在化合物	整合机器学习模型与类器官验证平台，首次发现山奈酚(Kaempferol)对SCN5A具有高亲和力并证实其治疗ARVC的效果	研究主要基于大鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	识别治疗致心律失常性右室心肌病(ARVC)的新型化合物	ARVC大鼠模型的scRNA-seq数据及蛋白质互作网络	机器学习	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质互作网络分析, Western blotting, ELISA, MEA, Masson染色	机器学习模型	基因表达数据	ARVC大鼠模型
111	2025-08-08	Deciphering the tumor ecosystem dynamics undergoing immunochemotherapy therapy across multiple cancer types unveils the immunosuppressive role of S100A4 in fibroblasts by promoting PD-L1 expression in tumor cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1613296 PMID:40772225	研究论文	本研究通过跨癌症单细胞测序数据解析了免疫化疗期间肿瘤生态系统的动态变化，揭示了成纤维细胞中S100A4通过促进肿瘤细胞PD-L1表达发挥免疫抑制作用的机制	首次构建跨癌症类型的单细胞图谱，系统表征新辅助治疗后肿瘤细胞和微环境细胞的动态变化，并发现CAFs分泌的S100A4是驱动PD-L1上调的保守介质	需要在更大队列和机制研究中进一步验证	解析新辅助治疗期间肿瘤生态系统动态变化，识别免疫抑制和治疗抵抗的关键介质	五种实体肿瘤（食管鳞癌、食管胃结合部癌、结直肠癌、宫颈癌和三阴性乳腺癌）	数字病理学	多癌种	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组化(IHC)、Western blot	非负矩阵分解(Meta-Programs分析)	单细胞转录组数据	五种癌症类型的scRNA-seq数据集
112	2025-08-08	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次将图信号处理技术应用于基因嵌入问题，并开发了GSPA方法用于基因表征学习	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射和表征学习的问题	单细胞测序数据中的基因	生物信息学	NA	单细胞测序	图信号处理（GSPA）	单细胞测序数据	NA
113	2025-08-08	WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis 2024-Nov-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886 PMID:39515332	研究论文	提出了一种名为WEST的加权集成方法，用于提高空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	WEST方法利用集成技术改进了空间转录组学数据分析的准确性和灵活性，相比现有方法有显著提升	NA	改进空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	集成方法	空间转录组学数据	合成数据集和真实数据集
114	2025-08-08	Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors 2024-08-06, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773 PMID:39044395	研究论文	本文介绍了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法及其在小鼠乳腺肿瘤中的应用	开发了一种结合滚环扩增(RCA)和双扫描方法的高灵敏度空间检测技术，能够同时定量检测7种microRNA，并具有较大的动态范围(4个数量级)和极低的检测限(0.17 zeptomoles)	目前仅在小鼠乳腺肿瘤中进行了应用验证，尚未在人类临床样本中进行测试	开发高灵敏度的空间microRNA检测方法，以获取更多样本信息	小鼠乳腺肿瘤中的microRNA	数字病理学	乳腺癌	滚环扩增(RCA), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	小鼠乳腺肿瘤样本(具体数量未明确说明)
115	2025-08-08	Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants 2024-01-01, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030 PMID:37918471	研究论文	研究纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响	首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面最早的细胞群，并发现纳米级表面通过影响骨祖细胞和免疫细胞（巨噬细胞）以表面特异性方式改变骨形成过程	研究主要关注短期（21天内）的骨整合效果，长期效果尚不明确	评估不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能和组织反应的影响	间充质干细胞（MSCs）和骨髓来源巨噬细胞（BMMs）	生物材料	骨疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	体外和体内实验，具体样本数量未明确说明
116	2025-08-08	Adult skin fibroblast state change in murine wound healing 2023-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27152-4 PMID:36650180	研究论文	本研究通过分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的单细胞RNA测序数据，探讨了成纤维细胞的异质性及其在伤口愈合中的作用	发现了一个特定的成纤维细胞亚群（cluster 3），该亚群在伤口皮肤中显著增加，并具有促进上皮间质转化（EMT）和血管生成的特征	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其功能	小鼠皮肤伤口愈合过程中的成纤维细胞	生物医学	伤口愈合	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多个时间点（第2、4、7、14天）的小鼠皮肤样本
117	2025-08-08	Integrated single-cell transcriptomics and epigenomics reveals strong germinal center-associated etiology of autoimmune risk loci 2021-Oct-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abh3768 PMID:34623901	研究论文	通过单细胞转录组学和表观基因组学整合分析，揭示了生发中心在自身免疫风险位点中的重要作用	首次构建了人类扁桃体的单细胞转录组和表观基因组图谱，并揭示了生发中心相关细胞群在自身免疫遗传变异中的调控潜力	研究仅基于扁桃体组织，可能无法完全代表其他淋巴组织的特性	理解生发中心反应的基因调控原理及其在自身免疫疾病中的作用	人类扁桃体中的免疫细胞亚群	基因组学	自身免疫疾病	单细胞转录组学, 单细胞表观基因组学	NA	单细胞RNA测序数据, 表观遗传数据	人类扁桃体组织样本
118	2025-08-07	Current concepts in the pathogenesis and clinical management of lymphangioleiomyomatosis 2025-Sep-01, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001185 PMID:40501369	综述	本文综述了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）的发病机制和临床管理的最新进展，包括对激素途径、免疫系统相互作用、mTOR信号抑制及LAM微环境的理解，以及新型治疗方法的开发	探讨了LAM细胞的子宫起源、免疫逃逸机制、新一代mTOR通路阻断剂的应用，以及单细胞RNA测序和空间转录组学在LAM研究中的应用	NA	总结LAM的发病机制和临床管理的最新研究进展，探索新型诊断和治疗方法	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者及其相关生物学机制	医学研究	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序、空间转录组学、人工智能	NA	生物标志物数据、转录组数据	NA
119	2025-08-07	Single-cell transcriptomic analyses reveal cellular and molecular patterns of rose petal responses to gray mold infection 2025-Sep, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhaf152 PMID:40756631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了玫瑰花瓣对灰霉病感染的细胞和分子响应模式	首次在单细胞水平上解析了玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制，鉴定了7个不同的细胞群和多个关键基因	研究仅针对'Jumilia'玫瑰品种，结果可能不适用于其他玫瑰品种	探究玫瑰花瓣对灰霉病感染的防御机制	玫瑰花瓣细胞	植物病理学	灰霉病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（玫瑰花瓣细胞）
120	2025-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals the sphingolipid metabolism pathway plays an important role in leaf senescence in tobacco 2025-Aug-06, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-07051-2 PMID:40764913	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究烟草叶片衰老过程中鞘脂代谢途径的作用	首次在衰老烟草叶片中分析单细胞转录组，发现鞘脂代谢途径基因在衰老过程中显著上调	研究仅聚焦于烟草叶片，结果可能不适用于其他植物或组织	阐明烟草叶片衰老的分子机制	烟草叶片组织	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,100个高质量细胞，分为15个簇和10种细胞类型