单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading 2025-Jan-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05572-x PMID:39833543	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了后肢卸载大鼠颈动脉和股动脉的细胞图谱，揭示了血管重塑过程中的细胞异质性和基因表达变化	首次构建了后肢卸载大鼠传导动脉的细胞图谱，发现了血管重塑过程中特定细胞亚群和转录因子的作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究微重力模拟条件下血管重塑的细胞和分子机制	后肢卸载大鼠的颈动脉和股动脉	单细胞组学	血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	后肢卸载3个月的大鼠动脉组织
102	2025-05-03	Fibrocyte enrichment and myofibroblastic adaptation causes nucleus pulposus fibrosis and associates with disc degeneration severity 2025-Jan-20, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00372-2 PMID:39828732	研究论文	该研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，探讨了人类退行性髓核样本中的细胞异质性和成纤维细胞样实体，揭示了髓核纤维化与椎间盘退变严重程度的关系	首次发现髓核退变严重程度与纤维细胞表型富集相关，并证实了髓系来源的纤维细胞在髓核纤维化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，临床转化应用仍需进一步验证	探究椎间盘退变过程中髓核纤维化的细胞机制	人类退行性髓核样本和小鼠椎间盘退变模型	单细胞测序分析	椎间盘退变	单细胞RNA测序	CD11b-DTR小鼠模型	单细胞转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集（具体数量未明确说明）
103	2025-05-03	Sleeve gastrectomy reveals the plasticity of the human gastric epithelium 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56135-y PMID:39833151	研究论文	本研究通过组织学和单细胞RNA测序技术，探讨了袖状胃切除术后人类胃上皮的可塑性变化	首次在分子和细胞水平揭示了袖状胃切除术引起的胃上皮重塑现象，并发现胃泌素通过非线性比例积分控制机制维持pH稳态	研究样本仅包含12名女性患者，样本量较小且缺乏性别对照	探究袖状胃切除术对胃上皮细胞组成和功能的影响机制	接受袖状胃切除术患者的胃上皮细胞	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序、组织学分析、数学建模	非线性比例积分控制模型	基因表达数据、组织学数据	12名女性患者
104	2025-05-03	Spatiotemporal transcriptome and metabolome landscapes of cotton somatic embryos 2025-Jan-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-55870-6 PMID:39833155	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，探索了棉花体细胞胚胎发生过程中的关键基因和代谢物的时空表达模式	首次在棉花中应用单细胞RNA测序、空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢重编程	研究仅聚焦于棉花，结果可能无法直接推广到其他植物物种	解析棉花体细胞胚胎发生过程中的基因表达和代谢调控机制	棉花体细胞胚胎	植物分子生物学	NA	scRNA-seq, ST, SM	NA	基因表达数据, 代谢组数据	未明确说明样本数量
105	2025-05-03	Polycystin-1 regulates tendon-derived mesenchymal stem cells fate and matrix organization in heterotopic ossification 2025-Jan-20, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00392-y PMID:39833160	研究论文	研究探讨了机械蛋白Polycystin-1（PC1，Pkd1）如何通过调控CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞（TDMSCs）的命运和细胞外基质（ECM）组织来影响异位骨化（HO）的进展	揭示了CTSK谱系TDMSCs是HO中成骨细胞和成纤维细胞的主要来源，并通过PC1-TAZ信号轴调控细胞命运和ECM组织	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究机械应力如何通过PC1-TAZ信号轴调控TDMSCs的命运和ECM组织，从而影响HO的进展	CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞（TDMSCs）	细胞生物学	异位骨化	单细胞RNA测序分析、谱系追踪小鼠模型	小鼠模型	基因表达数据、细胞图像	NA
106	2025-05-03	Benchmarking cell type annotation methods for 10x Xenium spatial transcriptomics data 2025-Jan-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06044-0 PMID:39833693	研究论文	本文比较了五种基于参考的细胞类型注释方法在10x Xenium空间转录组数据上的性能	首次系统评估了基于参考的细胞类型注释工具在成像空间转录组数据上的表现	研究仅针对人类乳腺癌Xenium数据，未涵盖其他疾病或平台	评估不同细胞类型注释方法在空间转录组数据上的适用性	10x Xenium平台的人类乳腺癌空间转录组数据	空间转录组学	乳腺癌	10x Xenium空间转录组技术	SingleR, Azimuth, RCTD, scPred, scmapCell	空间转录组数据	NA
107	2025-05-03	A practical guide for choosing an optimal spatial transcriptomics technology from seven major commercially available options 2025-Jan-20, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11235-3 PMID:39833687	review	本文分析和比较了七种主要商业可用的空间转录组技术，以帮助研究人员根据其特定研究目标选择最合适的平台	提供了针对七种商业空间转录组技术的详细比较和选择指南	仅涵盖商业可用技术，可能未包括所有最新或实验性技术	帮助研究人员选择最适合其需求的空间转录组技术	七种商业可用的空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	RNA分子空间分布数据	NA
108	2025-05-03	Desmoglein-2 was a novel cancer-associated fibroblasts-related biomarker for oral squamous cell carcinoma 2025-Jan-20, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05284-5 PMID:39833796	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，识别出口腔鳞状细胞癌(OSCC)中与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的生物标志物DSG2，并评估其预后价值	首次将DSG2鉴定为OSCC中CAFs相关的预后生物标志物，并揭示其与免疫治疗反应的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究有待深入	探索OSCC中CAFs相关的生物标志物及其临床意义	口腔鳞状细胞癌(OSCC)患者样本	数字病理学	口腔癌	单细胞RNA测序(ScRNA-seq)、qPCR、western blot	Cox回归分析、受试者工作特征(ROC)分析	基因表达数据	未明确说明
109	2025-05-03	Gene function revealed at the moment of stochastic gene silencing 2025-Jan-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07530-0 PMID:39828795	research paper	介绍了一种名为scSGS的新方法，利用单细胞基因表达的自然变异性来解析基因功能	提出scSGS方法，通过分类转录活跃和沉默的细胞样本，识别差异表达基因来推断目标基因功能，避免了基因敲除和扰动研究中的生存偏差	NA	开发一种高效的方法来预测基因功能，减少基因功能研究中转基因动物的使用	基因表达和功能	genomics	NA	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
110	2025-05-03	Intercellular TIMP-1-CD63 signaling directs the evolution of immune escape and metastasis in KRAS-mutated pancreatic cancer cells 2025-Jan-18, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02207-4 PMID:39825392	research paper	研究揭示了KRAS突变的胰腺癌细胞通过TIMP-1-CD63信号通路逃避免疫清除和促进转移的机制	发现了早期浸润巨噬细胞通过TIMP-1-CD63信号维持ERKactiveDUSP2low癌细胞群的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证有限	探究KRAS突变上皮细胞获得免疫逃逸和转移能力的机制	KRAS突变的胰腺导管腺癌细胞	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、数字空间转录组分析	基因工程小鼠模型	RNA测序数据、空间转录组数据	人类和小鼠原代胰腺癌细胞系、临床PDAC样本
111	2025-05-03	Cortisol regulates neonatal lung development via Smoothened 2025-Jan-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03104-0 PMID:39827090	研究论文	研究揭示了皮质醇通过竞争性结合Smoothened（SMO）的富含半胱氨酸结构域（CRD）来调节胆固醇对SMO的刺激，从而调控新生小鼠肺成熟的新机制	首次发现皮质醇通过竞争性结合SMO的CRD结构域抑制Shh/SMO信号通路的激活，进而调控肺成纤维细胞的增殖和肺发育	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明皮质醇在新生儿肺发育中的保护机制	新生小鼠肺组织	分子生物学	新生儿呼吸窘迫综合征（NRDS）	分子对接模拟（Autodock）、体外结合实验、CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq、FISH	基因编辑小鼠模型（Smoa/a）	分子相互作用数据、基因表达数据、形态学数据	基因编辑小鼠模型及对照组的肺组织样本
112	2025-05-03	ERG mediates the differentiation of hepatic progenitor cells towards immunosuppressive PDGFRα+ cancer-associated fibroblasts during hepatocarcinogenesis 2025-Jan-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07270-9 PMID:39827226	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肝祖细胞在炎症刺激下异常分化为PDGFRα+癌症相关成纤维细胞的机制及其在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用	首次发现肝祖细胞可通过TLR4受体激活MAPK信号通路和下游转录因子ERG分化为PDGFRα+ CAFs，并阐明这类CAFs在肿瘤微环境中的双重免疫调节作用	研究主要基于大鼠原发HCC模型，人类HCC中的验证仍需进一步研究	阐明肝细胞癌中免疫抑制微环境形成的机制	肝祖细胞和PDGFRα+癌症相关成纤维细胞	肿瘤微环境	肝细胞癌	单细胞测序	大鼠原发HCC模型	单细胞转录组数据	NA
113	2025-05-03	Inferring single-cell and spatial microRNA activity from transcriptomics data 2025-Jan-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07454-9 PMID:39827321	research paper	该研究介绍了一种名为miTEA-HiRes的方法，用于高分辨率评估单细胞和空间转录组数据中的miRNA活性	提出了一种新的方法miTEA-HiRes，能够在单细胞和空间转录组数据中高分辨率地评估miRNA活性	未明确提及方法的局限性	开发一种方法来评估miRNA在不同细胞群体和系统中的活性	单细胞转录组数据、特定类型的单细胞群体和空间转录组数据	生物信息学	多发性硬化症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	外周血单核细胞（比较多发性硬化症患者和对照组）
114	2025-05-03	Distinct myeloid-derived suppressor cell populations in human glioblastoma 2025-Jan-17, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abm5214 PMID:39818911	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定了人类胶质母细胞瘤中两种不同的髓系来源的抑制细胞（MDSC）群体，并揭示了它们与肿瘤细胞的相互作用机制	首次在IDH野生型胶质母细胞瘤中鉴定出两种功能不同的MDSC亚群（E-MDSC和M-MDSC），并发现E-MDSC与代谢性干细胞样肿瘤细胞在假栅栏区的空间共定位及相互调控关系	样本量相对有限（33例胶质瘤），且未深入探讨MDSCs在其他类型胶质瘤中的作用	阐明胶质瘤相关髓系细胞在肿瘤生长和免疫逃逸中的作用机制	人类胶质瘤组织中的免疫细胞和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	33例人类胶质瘤样本
115	2025-05-03	Real-world effectiveness and safety of oral azvudine versus nirmatrelvir‒ritonavir (Paxlovid) in hospitalized patients with COVID-19: a multicenter, retrospective, cohort study 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02126-w PMID:39819859	研究论文	比较阿兹夫定与尼马特雷韦-利托那韦（Paxlovid）在住院COVID-19患者中的真实世界有效性和安全性	首次在大规模真实世界数据中比较阿兹夫定与Paxlovid的疗效和安全性，并发现阿兹夫定对肝细胞癌（HCC）患者的额外益处	研究为回顾性队列设计，可能存在选择偏倚	评估两种抗病毒药物在COVID-19住院患者中的临床效果差异	40,876名来自中国河南和新疆的COVID-19住院患者	临床医学	COVID-19	单细胞RNA测序，体外和体内实验	Cox回归模型	临床数据	40,876名住院患者（匹配后3,606名）
116	2025-05-03	Tissue-resident immune cells: from defining characteristics to roles in diseases 2025-Jan-17, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-02050-5 PMID:39820040	review	本文综述了组织驻留免疫细胞（TRICs）的定义特征及其在健康和疾病中的作用	系统总结了所有TRIC类型的发育和功能特征，并探讨了其在疾病治疗中的潜在应用	未完全总结每种TRIC类型的起源、发育轨迹和细胞间交互作用，且缺乏对TRICs在疾病进展中的系统性概述	探讨组织驻留免疫细胞在健康和疾病中的主要作用及其治疗潜力	组织驻留免疫细胞（TRICs）	免疫学	NA	单细胞测序、时空组学	NA	NA	NA
117	2025-05-03	Single-cell transcriptome atlas of lamprey exploring Natterin- induced white adipose tissue browning 2025-Jan-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56153-w PMID:39820434	研究论文	本研究构建了一个包含604,460个细胞/核和70种细胞类型的七鳃鳗全面细胞图谱，探索了Natterin诱导的白色脂肪组织褐变	首次构建了七鳃鳗的全面细胞图谱，发现了与有颌脊椎动物同源的细胞类型，并揭示了Natterin在脂质代谢中的作用	研究仅基于14个七鳃鳗组织样本，样本量相对较小	探索脊椎动物细胞进化及脂肪组织可塑性和代谢调控	七鳃鳗的多种组织和细胞类型	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	604,460个细胞/核，来自14个七鳃鳗组织样本
118	2025-05-03	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-Jan-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	research paper	通过单细胞转录组分析揭示乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	利用单细胞测序数据首次系统分析了乳腺癌原发灶与淋巴结、骨和脑转移灶之间的细胞异质性，并发现了pCAFs在转移过程中的关键作用	样本量较小（原发灶n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2），且数据来自公共数据库	探究乳腺癌转移过程中的细胞异质性和细胞间通讯机制	乳腺癌原发灶和转移灶（淋巴结、骨、脑）的微环境	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing, immunohistochemical staining, multispectral immunohistochemical staining	InferCNV, CellChat	transcriptomic data, image	13 samples (4 primary, 4 lymphatic node metastasis, 3 brain metastasis, 2 bone metastasis)
119	2025-05-03	Innovative treatment of age-related hearing loss using MSCs and EVs with Apelin 2025-Jan-17, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-025-09988-4 PMID:39820591	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术探索间充质干细胞（MSCs）及其外泌体（EVs）在治疗年龄相关性听力损失（ARHL）中的潜力	首次证明MSCs可分化为内耳细胞亚群，并通过EVs递送Apelin促进M2巨噬细胞极化，从而恢复听觉功能	研究仅在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索MSCs和EVs在治疗年龄相关性听力损失中的治疗效果	间充质干细胞（MSCs）、外泌体（EVs）和老年小鼠模型	再生医学	老年性疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	老年小鼠模型
120	2025-05-03	An atlas of neuropathic pain-associated molecular pathological characteristics in the mouse spinal cord 2025-Jan-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07506-0 PMID:39820760	研究论文	本研究通过整合空间转录组学、单核RNA测序和大块RNA测序，揭示了小鼠脊髓在神经病理性疼痛条件下的区域病理异质性	首次系统地展示了DRG神经元与脊髓背角神经元及胶质细胞之间的'跨组学对话'，揭示了神经病理性疼痛条件下通讯模式的改变	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	解析神经病理性疼痛的分子病理机制	小鼠脊髓和背根神经节	神经科学	神经病理性疼痛	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)、大块RNA测序(bulk RNA-seq)	小鼠神经病理性疼痛模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用NP小鼠和假手术小鼠进行比较