单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-18	Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity 2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2421421122 PMID:40339128	研究论文	研究探讨了生物钟调控细胞周期进程对小鼠舌头味觉细胞更新的影响	揭示了生物钟通过调控细胞周期影响味觉细胞更新的机制，并发现味觉敏感性的时间依赖性变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索生物钟调控细胞周期对味觉细胞更新的影响及其生理意义	小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠舌头上皮细胞和味蕾类器官
102	2025-06-18	scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf279 PMID:40515392	研究论文	本文介绍了一种名为scValue的新方法，用于大规模单细胞转录组数据的基于价值的子采样，以优化机器学习和深度学习任务的表现	scValue通过随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排名，优先考虑高价值细胞，并更有效地保留子样本中的关键生物信号	NA	优化大规模单细胞RNA测序数据的子采样方法，以提高下游机器学习和深度学习任务的性能	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	随机森林	单细胞转录组数据	16个公共数据集，从数万到数百万个细胞不等
103	2025-06-18	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	通过多组学分析探讨食管腺癌（EAC）的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与微环境细胞类型的空间定位和相互作用	研究结果需要在更大规模的队列中进行验证	理解食管腺癌的异质性、疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组和染色质可及性测序，空间分析	NA	转录组数据，染色质可及性数据，空间数据	一组原发性和转移性EAC肿瘤样本
104	2025-06-18	An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus 2025-02-04, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae062 PMID:39383111	research paper	该研究探讨了系统性红斑狼疮(SLE)患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性效应CD4和CD8 T细胞群体的异常增加	揭示了SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其与自然杀伤T细胞的相似性	样本量相对较小(57名SLE患者和31名健康志愿者)，且糖皮质激素治疗效果存在个体差异	阐明CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用	系统性红斑狼疮(SLE)患者和健康成人的外周血单个核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序分析	NA	细胞数据	57名SLE患者和31名健康成人志愿者
105	2025-06-18	SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf065 PMID:40515555	研究论文	本研究开发了一种名为SpatialSNV的新方法，用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异（SNVs）	SpatialSNV方法首次利用空间转录组学平台在肿瘤切片中识别有效的SNVs，揭示了SNVs与肿瘤微环境动态的关系	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	探索SNVs在肿瘤微环境中的作用，并识别潜在的 therapeutic targets	肿瘤微环境中的单核苷酸变异（SNVs）	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
106	2025-06-18	Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension 2025, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004 PMID:40502298	研究论文	本文提出了一种高分辨率空间转录组学协议，用于分析小鼠肺组织中的细胞特异性基因表达变化，特别是在肺动脉高压模型中	开发了一种固定冷冻小鼠肺组织切片的方法，结合10X Genomics Xenium平台，实现了高保真度的空间转录组学数据	仅使用了预设计的379基因小鼠面板，可能未涵盖所有相关基因	研究肺动脉高压（PH）模型中肺组织的细胞特异性基因表达变化	小鼠肺组织	数字病理学	肺动脉高压	空间转录组学、荧光原位杂交（FISH）、高通量成像	NA	空间转录组数据	NA
107	2025-06-18	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	research paper	提出了一种基于网络分析的空间转录组数据细胞间通讯方法	构建了一个全连接、有向且加权的网络模型来量化配体-受体相互作用的信号活性，并强调了使用低维基因数据嵌入构建网络模型的重要性	仅在三种相互作用上进行了验证，样本量有限	开发一种新的方法来表征空间转录组数据中的细胞信号传导	空间转录组数据中的配体-受体相互作用	digital pathology	NA	Spatial Transcriptomics (ST)	network model	gene expression data	一个真实ST数据集上的三种相互作用
108	2025-06-18	Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1605116 PMID:40519263	综述	本文综述了关于海马神经发生的转录组分析，重点关注成年齿状回干细胞的研究	通过单细胞RNA测序和克隆研究揭示了成年齿状回中神经干细胞异质性群体的存在，包括长寿命和早期快速耗竭的群体	关于人类成年神经发生的研究较少，且存在物种间神经发生过程动态差异的问题	探讨海马神经发生的分子机制及其在学习和记忆中的作用	成年齿状回神经干细胞及其发育轨迹	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
109	2025-06-18	Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1610694 PMID:40519262	研究论文	研究成年发病甲状腺功能减退对大鼠卵巢发育和基因表达的影响	首次使用单细胞RNA测序技术研究甲状腺功能减退对卵巢颗粒细胞和卵母细胞基因表达的影响，并发现甲状腺功能减退促进氧化应激	研究仅基于大鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和生育能力的影响	成年雌性大鼠	生殖医学	甲状腺功能减退	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量的大鼠模型
110	2025-06-18	Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627 PMID:40519935	research paper	该研究通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达、预后价值及其与免疫特征的关系	首次全面探索TMED2在泛癌中的调控作用及其与免疫特征和信号通路的关联	研究主要基于公共数据库分析，需要进一步实验验证TMED2的具体作用机制	探究TMED2在癌症治疗中的潜在免疫特性和预后价值	多种癌症类型（包括CESC、MESO、LGG和UVM）及其相关细胞	digital pathology	pan-cancer	单细胞测序、通路富集分析、PPI网络分析	NA	基因表达数据、临床病理数据	多个公共数据库中的癌症和正常组织样本
111	2025-06-18	Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343 PMID:40519934	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了脑海绵状血管畸形（CCM）病变组织中的细胞亚群和免疫浸润动态	首次在CCM病变组织中进行了单细胞RNA测序，揭示了单核细胞、中性粒细胞和NK细胞的增加以及基因表达和信号通路的失调	样本来源仅限于散发性CCM患者，未涵盖家族性CCM病例	全面绘制散发性CCM患者病理组织中的细胞亚群和信号通路变化	CCM患者的病变脑血管组织和对照组的正常脑血管组织	digital pathology	cerebral cavernous malformation	单细胞RNA测序、多重荧光免疫组化	NA	RNA-seq数据	CCM患者的病变组织和对照组的正常组织（具体样本数量未明确说明）
112	2025-06-18	Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558 PMID:40519938	研究论文	本研究通过转录组生物信息学分析，揭示了幽门螺杆菌(H. pylori)感染在胃癌(GC)中通过ACSM5和HSPB2基因表达影响肿瘤微环境(TME)和化疗耐药的机制	建立了幽门螺杆菌相关预后指数(HPI)，发现高HPI与不良预后相关，并揭示了HPI与肿瘤微环境细胞浸润增强和抗肿瘤药物耐药性的关联	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了部分实验验证，但仍需更多体内外实验进一步证实	探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药的影响机制	胃癌患者样本和细胞系	生物信息学	胃癌	转录组生物信息学分析、scRNA-seq、药物敏感性检测	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床样本数据	TCGA和GSE62254数据集中的胃癌样本
113	2025-06-18	Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.112061 PMID:40520014	综述	本文系统总结了巨噬细胞在心血管疾病调控中的多样表型和功能可塑性，特别强调了多组学技术提供的新见解	利用单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学等多组学技术揭示了巨噬细胞的异质性、细胞间相互作用、功能机制和空间组织	NA	研究巨噬细胞在心血管疾病中的多样性和功能，为临床巨噬细胞靶向策略提供参考	巨噬细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学	NA	组学数据	NA
114	2025-06-18	Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.108618 PMID:40520021	研究论文	通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了ECM重塑的癌症相关成纤维细胞衍生的POSTN在胰腺导管腺癌进展中的关键作用	首次整合大规模单细胞转录组学和空间转录组学数据，鉴定了8种不同的成纤维细胞亚群，并发现ECM重塑成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5配体-受体轴促进肿瘤进展	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且药物抑制实验仅部分逆转了恶性表型	解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞的异质性及其与上皮细胞的相互作用	胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞和上皮细胞	数字病理	胰腺癌	单细胞转录组学, 空间转录组学(ST)	NA	转录组数据	NA
115	2025-06-18	ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105550 PMID:40520022	research paper	本研究探讨了肠道上皮细胞（IECs）的PANoptosis如何促进克罗恩病（CD）进展的机制	发现了ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在驱动IEC PANoptosis中的作用，并提出了ITLN1靶向治疗作为CD治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的验证可能有限	探究克罗恩病（CD）进展中肠道上皮细胞PANoptosis的机制	克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠模型	生物医学	克罗恩病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫共沉淀（Co-IP）、质谱分析（MS）、RNA-seq	IL-10 KO小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质相互作用数据	克罗恩病患者的结肠组织和IL-10 KO小鼠
116	2025-06-18	Enhanced resistance to Listeria infection in mice surviving sepsis: the role of lipid metabolism and myeloid cell reprogramming 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1588987 PMID:40520167	研究论文	本研究探讨了败血症存活小鼠对李斯特菌感染的增强抵抗力，揭示了脂质代谢和髓系细胞重编程的作用	发现败血症存活诱导的髓系细胞脂质代谢重编程增强了对细胞内病原体的免疫力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究败血症存活后免疫系统如何增强对二次感染的抵抗力	败血症存活小鼠及其对李斯特菌感染的免疫反应	免疫学	败血症	单细胞RNA测序、定量RT-PCR、免疫组织化学、血清细胞因子检测、血浆脂质组学	小鼠盲肠结扎穿刺(CLP)模型	基因表达数据、脂质代谢数据、细胞表型数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
117	2025-06-18	Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1533817 PMID:40520235	综述	本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层次的研究进展	从单基因、批量测序到单细胞测序三个阶段探讨结直肠癌的发生发展机制，强调了肿瘤内细胞间异质性和肿瘤微环境相互作用的重要性	未提及具体临床应用案例或治疗效果数据	探讨结直肠癌的发生、发展和转移机制	结直肠癌	基因组学与转录组学	结直肠癌	批量测序技术、单细胞测序技术	NA	基因组数据、转录组数据	NA
118	2025-06-18	Identification of biomarkers for the diagnosis of chronic kidney disease (CKD) with dilated cardiomyopathy (DCM) by bioinformatics analysis and machine learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1562891 PMID:40520229	research paper	通过生物信息学分析和机器学习识别慢性肾病（CKD）伴扩张型心肌病（DCM）的诊断生物标志物	鉴定了MNS1和HERC6作为生物标志物，并开发了新的诊断列线图，为CKD伴DCM的早期诊断提供了新方法	研究依赖于公开数据集，未进行独立实验验证	开发CKD伴DCM的早期诊断方法和潜在治疗策略	慢性肾病（CKD）和扩张型心肌病（DCM）患者	生物信息学	慢性肾病和心血管疾病	生物信息学分析、机器学习（LASSO、SVM-RFE、RF）、单细胞RNA测序	LASSO、SVM-RFE、RF	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE57338、GSE29819、GSE104954、GSE145154）
119	2025-06-18	Integrative transcriptomics and single-cell transcriptomics analyses reveal potential biomarkers and mechanisms of action in papillary thyroid carcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1536198 PMID:40520228	研究论文	通过整合转录组学和单细胞转录组学分析，揭示甲状腺乳头状癌的潜在生物标志物及其作用机制	结合RNA-seq和scRNA-seq技术，首次鉴定出ENTPD1、SERPINA1和TACSTD2作为PTC的潜在转录组水平生物标志物，并揭示了组织干细胞、上皮细胞和平滑肌细胞在PTC中的关键作用	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	鉴定PTC的可靠诊断生物标志物并阐明其发病机制	甲状腺乳头状癌(PTC)	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 生物信息学分析（差异基因表达分析、GO和KEGG富集分析、WGCNA、机器学习、ROC分析、列线图分析、GSEA）	机器学习	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE3467、GSE3678、GSE33630、GSE65144、GSE82208和GSE191288）
120	2025-06-18	Integrative single-cell and cell-free plasma RNA transcriptomics identifies biomarkers for early non-invasive AD screening 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1571783 PMID:40520536	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和血浆游离RNA测序数据，识别出用于阿尔茨海默病早期非侵入性筛查的生物标志物	首次整合血浆游离RNA和脑单细胞RNA测序数据，识别出34个与AD病理相关的基因，并开发了基于机器学习的预测模型	血浆游离RNA的稳定性可能影响临床转化应用	开发一种非侵入性工具来检测阿尔茨海默病脑部变化	阿尔茨海默病患者和年龄匹配的对照组	digital pathology	geriatric disease	RNA-seq, scRNA-seq	support vector machine, random forest, logistic regression	RNA sequencing data	337份血浆样本(172名AD患者和165名对照)和88份脑组织样本(46名AD患者和42名对照)