单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-05	A dynamic molecular landscape in colorectal cancer progression at single-cell resolution 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06785-9 PMID:40597160	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究结直肠癌发展过程中的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌发展过程中的分子机制，揭示了配体-受体基因表达在区分细胞亚型中的重要性	样本量较小，仅分析了十个临床结直肠样本	理解结直肠癌发生和发展的分子机制	结直肠癌样本，包括息肉、腺瘤和癌变组织	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组织化学, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 图像数据	十个临床结直肠样本，外加独立的结直肠组织队列和公共TCGA、GEO数据集
102	2025-07-05	stGRL: spatial domain identification, denoising, and imputation algorithm for spatial transcriptome data based on multi-task graph contrastive representation learning 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02290-z PMID:40597202	研究论文	提出了一种名为stGRL的新型深度多任务图神经网络模型，用于解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题	stGRL采用编码器-解码器架构和零膨胀负二项分布重建输入数据，同时整合图对比表示学习以提高节点嵌入的一致性	NA	解决空间转录组数据的高丢失率和噪声问题，提高下游分析性能	空间转录组数据	数字病理学	乳腺癌, 卵巢癌	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	多种空间转录组数据集
103	2025-07-05	A rare IDH-Mutant glioma case: insights from single-cell transcriptomic analysis of tumor recurrences 2025-Jul-01, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03913-z PMID:40597255	research paper	本文通过单细胞转录组分析研究了一例罕见的IDH突变型胶质瘤多灶性复发病例	揭示了IDH突变型胶质瘤多灶性复发中的细胞异质性和谱系关系	仅分析单一样本，结果可能不具有普遍性	探究IDH突变型胶质瘤多灶性复发的分子机制	一例36岁男性IDH突变型少突胶质细胞瘤患者的复发肿瘤组织	digital pathology	glioma	single-cell sequencing	NA	transcriptomic data	1例患者（2个复发灶组织样本）
104	2025-07-05	Gremlin1 repression-mediated mitochondrial network hyperfunction contributes to TCE-induced zebrafish cardiac defects 2025-Jul-01, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02314-9 PMID:40597303	研究论文	研究三氯乙烯（TCE）通过抑制Gremlin1基因导致线粒体网络功能亢进，进而引起斑马鱼心脏缺陷的机制	首次揭示了TCE通过抑制Gremlin1基因导致线粒体功能亢进进而影响心脏发育的新机制，为环境应激导致的心脏发育缺陷提供了新的病因学见解	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TCE诱导先天性心脏病（CHD）的分子机制	斑马鱼胚胎和人胚胎干细胞来源的心肌细胞（hPSC-CMs）	发育生物学	先天性心脏病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/dCas9系统	斑马鱼模型	RNA测序数据、荧光成像数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼胚胎和hPSC-CMs
105	2025-07-05	Cross-tissue gene expression interactions from bulk, single cell and spatial transcriptomics with crossWGCNA 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11747-y PMID:40597567	研究论文	提出了一种基于共表达的跨组织基因表达相互作用分析方法crossWGCNA，用于研究乳腺癌中基质-上皮细胞的通信	开发了crossWGCNA方法，能够无偏地识别高度相互作用的基因，并适用于批量、单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体局限性	研究生物系统中细胞、组织或器官间的分子相互作用	乳腺癌中的基质-上皮细胞通信	生物信息学	乳腺癌	bulk, single cell和spatial transcriptomics	crossWGCNA	转录组数据	NA
106	2025-07-05	Multiple cell types guided by neurocytes orchestrate horn bud initiation in dairy goats 2025-Jul-01, Genetics, selection, evolution : GSE DOI:10.1186/s12711-025-00981-3 PMID:40597626	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了山羊早期角芽形成过程中的细胞异质性和命运轨迹，揭示了关键基因表达谱	首次揭示了神经细胞在角芽起始中的引导作用，以及多种细胞类型在角芽发育中的协同机制	研究仅针对山羊胎儿特定发育阶段，未涵盖整个角发育周期	解析山羊角芽发育的细胞和分子机制	山羊胎儿角芽组织	发育生物学	NA	scRNA-seq, HE染色, 免疫组化分析	NA	单细胞转录组数据, 组织学图像	山羊胎儿角芽组织在E50、E60和E70三个发育阶段
107	2025-07-05	Single-cell transcriptome of mouse hippocampus identifies neural precursor-like cells, and reveals IL15Rα knock out-mediated neuron remodeling 2025-Jul-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11785-6 PMID:40597645	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了IL15Rα敲除对成年小鼠海马细胞功能的影响，并鉴定出一种具有前体样属性的神经元（PLN）	首次鉴定出具有前体样属性的神经元（PLN），并提出其作为调节兴奋-抑制平衡的潜在枢纽	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究IL15Rα敲除对成年小鼠海马细胞功能的影响	成年小鼠海马组织	神经科学	精神疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	64,399个单细胞转录组（来自WT和KO小鼠）
108	2025-07-05	Single-cell sequencing reveals the role of SALL4 in cervical cancer development 2025-Jul-01, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14469-2 PMID:40597906	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探讨了SALL4在宫颈癌发展中的作用及其作为治疗靶点的潜力	利用单细胞测序技术揭示SALL4在宫颈癌细胞增殖、迁移和粘附中的关键作用，并探索其作为治疗靶点的临床潜力	研究主要基于HeLa细胞系，可能无法完全代表所有宫颈癌亚型的生物学特性	探究SALL4在宫颈癌发展和进展中的作用及其治疗潜力	宫颈癌细胞系HeLa	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，使用HeLa细胞系进行体外和体内实验
109	2025-07-05	Single-cell transcriptomics and time-series metabolite profiling reveal the spatiotemporal regulation of flavonoid biosynthesis genes and phytohormone homeostasis by PAP1 in Arabidopsis 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02297-6 PMID:40598113	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和时间序列代谢物分析，揭示了PAP1在拟南芥中调控类黄酮生物合成基因和植物激素稳态的时空调控机制	首次采用单细胞RNA测序和时间序列代谢物分析相结合的方法，揭示了PAP1在不同细胞类型中对苯丙烷途径基因的时空特异性调控	研究仅针对拟南芥模型，结果在其他植物中的普适性有待验证	阐明植物特化代谢的时空调控机制	拟南芥(PAP1突变体和野生型)叶片	植物分子生物学	NA	scRNA-seq, 代谢组学分析	NA	转录组数据, 代谢物数据	拟南芥PAP1突变体和野生型叶片样本
110	2025-07-05	Mechanical force-induced oncostatin M secretion by Jun-positive neutrophils promotes craniofacial bone regeneration for midface hypoplasia treatment 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04458-4 PMID:40598376	研究论文	本研究探讨了机械力诱导的中性粒细胞分泌抑瘤素M（OSM）在颅面骨再生中的作用，为治疗中面部发育不全提供了新的机制解释	首次揭示了Jun阳性中性粒细胞（Jun-Neu）通过分泌OSM促进骨再生的机制，并明确了机械力通过PI3K-AKT通路激活中性粒细胞的过程	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证；对中性粒细胞亚群的具体调控机制仍需进一步研究	阐明经缝牵引成骨术（TSDO）促进颅面骨再生的分子机制	4周龄C57BL/6小鼠和中性粒细胞缺失小鼠的颧颌缝（ZMS）区域	骨再生医学	颅面畸形/中面部发育不全	单细胞RNA测序、CellChat细胞通讯分析、体外拉伸实验	小鼠TSDO模型	基因表达数据、细胞信号数据	未明确说明具体样本量（使用小鼠模型和HL-60细胞系）
111	2025-07-05	Spatial transcriptomics and multi-omics reveal relapse and resistance mechanisms of EndMT-derived CAFs mediated by TNC and FLNC in glioblastoma 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06743-5 PMID:40598496	研究论文	本研究通过空间转录组学和多组学分析，揭示了胶质母细胞瘤中由TNC和FLNC介导的EndMT衍生的CAFs在复发和耐药机制中的作用	首次揭示了TNC和FLNC通过介导EndMT促进CAFs的形成，进而影响胶质母细胞瘤的复发和耐药性，并发现天然产物punicalin可通过靶向TNC和FLNC逆转耐药性	研究主要基于体外和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探索胶质母细胞瘤复发和耐药的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤组织样本、TMZ敏感和耐药细胞系、HCMECs	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组测序、RNA-seq、LFQ蛋白质组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、组织图像	原发性和复发性胶质瘤组织微阵列样本、TMZ耐药动物模型
112	2025-07-05	Construction of a prostate adenocarcinoma molecular classification: integrating spatial transcriptomics with retrospective cohort validation 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06661-6 PMID:40598508	研究论文	该研究通过空间转录组分析构建了一个前列腺腺癌分子分类系统，并验证了其预后预测价值	结合空间转录组分析和回顾性队列验证，构建了基于恶性细胞分化相关预后基因的前列腺腺癌分子分类系统	研究依赖于回顾性队列数据，需要在前瞻性研究中进一步验证	开发一个更精确的前列腺腺癌分子分类系统以改善患者预后	前列腺腺癌(PRAD)患者	数字病理学	前列腺癌	空间转录组分析, Kaplan-Meier分析, 单变量Cox回归	ConsensusClusterPlus算法	转录组数据, 临床随访数据	TCGA-PRAD队列和回顾性队列患者
113	2025-07-05	A single-cell transcriptomic atlas of human lens epithelium: identification and functional insights into lens stem/progenitor cells 2025-Jul-01, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04436-w PMID:40598599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了人类晶状体上皮细胞的转录组图谱，识别并功能性地解析了晶状体干细胞/祖细胞	首次在人类晶状体上皮中识别出四种亚型细胞，并发现其遵循从祖细胞到成熟细胞的渐进发展阶段，同时确定了TOP2A作为TAC的生物标志物以及ID1在LPLCs中的作用	样本量相对较小（8对供体样本），且仅关注了晶状体上皮细胞	探索人类晶状体上皮细胞亚型及其在年龄相关性白内障中的作用	人类供体晶状体上皮样本、晶状体类器官、兔再生晶状体、小鼠晶状体及细胞系	单细胞转录组学	白内障	scRNA-seq、转录组测序、免疫荧光	UMAP、CytoTRACE	单细胞转录组数据	8对（4对非老年和4对老年）人类供体晶状体上皮样本
114	2025-07-05	Identification of Crucial Genes Associated With MYCN-Driven Neuroblastoma Based on Single-Cell Analysis and Machine Learning 2025-Jul, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.71008 PMID:40600620	研究论文	通过单细胞分析和机器学习识别与MYCN驱动的神经母细胞瘤相关的关键基因	结合单细胞转录组分析和机器学习方法（随机生存森林和列线图分析）识别关键基因，并探讨这些基因在免疫浸润和肿瘤进展中的作用	研究样本量有限，且部分机制尚未完全阐明	阐明MYCN扩增在神经母细胞瘤中的分子机制，为个性化治疗提供潜在靶点	神经母细胞瘤（NB）患者样本和细胞系	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组分析、随机生存森林（RSF）、列线图分析、RT-qPCR	随机生存森林（RSF）	转录组数据	GSE218450数据集中的神经母细胞瘤样本
115	2025-07-05	ShinySC: an R/Shiny-based desktop application for seamless analysis of scRNA-Seq data 2025-Jul-01, Biomedical journal IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.bj.2025.100885 PMID:40609640	research paper	介绍了一个基于R/Shiny的桌面应用程序ShinySC，用于简化单细胞RNA测序数据分析	ShinySC提供了一个统一的、用户友好的平台，支持多种输入格式和自动细胞类型注释方法，适合非编程用户使用	在处理超过20万个细胞的数据集时，性能依赖于标准桌面系统的64 GB RAM，分析时间因具体任务和注释方法而异	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高非编程用户的可访问性和可重复性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	基准测试显示可处理多达20万个细胞的数据集
116	2025-07-05	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	本研究探讨了通过靶向葡萄糖代谢的肿瘤基质特异性疗法，利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)递送GLUT1抑制剂BAY-876，以重塑肿瘤微环境(TME)并增强免疫治疗效果	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为靶向递送GLUT1抑制剂的载体，并证明其能有效重塑TME、逆转CAFs表型并增强CD8+ T细胞浸润	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行临床试验验证	开发一种通过靶向CAFs代谢来改善肿瘤免疫治疗效果的策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据和治疗效果数据	未明确说明样本数量，但使用了公共scRNA-seq数据集和小鼠模型
117	2025-07-05	Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury 2025-Jul-01, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674 PMID:40609925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键作用	首次发现piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键调控作用，并鉴定出piR_021767作为精子生成障碍的关键调节因子	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的分子机制	猪和小鼠的精子生成细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序, PANDORA-seq, 双荧光素酶报告实验	小鼠睾丸热应激模型	RNA测序数据	23,385个猪数据点和小鼠模型
118	2025-07-05	Palmitoylation Dynamics in Systemic Lupus Erythematosus: Multi-Omics Insights and Potential Therapeutic Implications 2025-Jul, International journal of rheumatic diseases IF:2.4Q2 DOI:10.1111/1756-185X.70346 PMID:40613570	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了棕榈酰化在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用及其潜在治疗意义	首次通过多组学方法鉴定了与SLE相关的棕榈酰化相关基因，并发现ACSL1和ZDHHC12作为潜在治疗靶点	需要进一步研究验证这些发现并探索其临床应用的潜力	探讨棕榈酰化在SLE发病机制中的作用及其治疗潜力	系统性红斑狼疮（SLE）患者	生物信息学	系统性红斑狼疮	多组学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）	机器学习模型	基因表达数据	GSE61635数据集中的样本（具体数量未提及）
119	2025-07-05	Mosaic loss of chromosome Y in blood is associated with male susceptibility for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jun-28, Communications medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1038/s43856-025-00966-9 PMID:40581694	研究论文	探讨男性血液中Y染色体嵌合缺失（mLOY）与特发性肺纤维化（IPF）易感性之间的关系	首次在人类中证实mLOY通过上调促纤维化基因和增强TGF-β信号传导加剧IPF，解释了IPF中显著的性别偏见	研究主要基于流行病学和临床数据集，缺乏直接的实验验证	研究mLOY是否在人类中促进纤维化疾病进程，特别是在IPF中	男性特发性肺纤维化患者	医学遗传学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	流行病学数据、临床数据和scRNAseq数据	UK Biobank数据集和两个队列中的男性患者
120	2025-07-05	Chromatin accessibility module identified by single-cell sequencing underlies the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i6.107329 PMID:40606924	研究论文	通过单细胞测序技术研究肝细胞癌（HCC）中染色质可及性模块的诊断和预后价值	结合单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了HCC中多层染色质重编程如何通过肿瘤-基质相互作用和DGAT1相关致癌转录维持肿瘤进展	研究主要基于特定队列数据，可能需要更多独立验证	解析多层染色质调控如何维持HCC的致癌转录和肿瘤-基质相互作用	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理	肝癌	单细胞RNA测序、单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）、批量RNA测序	ArchR	单细胞测序数据、批量RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas、Liver Cancer Institute和GSE25907队列的HCC样本