单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-18	Citrullination of NF-κB p65 by PAD2 as a Novel Therapeutic Target for Modulating Macrophage Polarization in Acute Lung Injury 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413253 PMID:40087815	研究论文	本文研究了PAD2通过瓜氨酸化NF-κB p65调控巨噬细胞极化在铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤中的作用，并开发了一种基于金纳米颗粒的靶向治疗策略	发现NF-κB p65上的新瓜氨酸化位点R171，并开发了一种结合PAD2抑制剂和ICAM-1抗体的金纳米颗粒靶向治疗策略	研究主要针对铜绿假单胞菌诱导的急性肺损伤，对其他病原体或肺损伤模型的适用性尚不明确	探索PAD2介导的瓜氨酸化在巨噬细胞极化中的作用，并开发针对急性肺损伤的新型纳米治疗方法	巨噬细胞极化、急性肺损伤	纳米医学	急性肺损伤	单细胞RNA测序、质谱蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	NA
102	2025-05-18	PLXDC1+ Tumor-Associated Pancreatic Stellate Cells Promote Desmoplastic and Immunosuppressive Niche in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415756 PMID:40091495	研究论文	本研究通过RNA测序和ATAC-seq技术分析了胰腺星状细胞（PSCs）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的转录和表观遗传激活，揭示了其在肿瘤微环境中的异质性和功能	首次通过单细胞和空间转录组学结合ATAC-seq技术，系统鉴定了PDAC中PSCs的异质性及其在免疫抑制和纤维化微环境形成中的作用，特别是PLXDC1+ TPSCs的功能	研究主要基于转录组和表观遗传学分析，缺乏直接的体内功能验证实验	探究胰腺星状细胞在胰腺导管腺癌进展和治疗抵抗中的具体功能	胰腺星状细胞（PSCs）及其在PDAC肿瘤微环境中的亚群	肿瘤微环境研究	胰腺导管腺癌	RNA测序, ATAC-seq, 单细胞转录组测序, 空间转录组, 原位测序	NA	转录组数据, 表观遗传数据	来自PDAC组织和邻近正常组织的PSCs样本
103	2025-05-18	Single-cell transcription reveals hepatocyte-to-cholangiocyte reprogramming and biliary gene profile in biliary atresia 2025-May-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000710 PMID:40366121	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了胆道闭锁中肝细胞向胆管细胞的重新编程过程及胆管基因特征	首次在胆道闭锁中发现肝细胞向胆管细胞的重新编程现象，并鉴定了胆管特异性标记物和转录因子	样本量较小（4例BA和3例正常对照）	解析胆道闭锁中胆管反应的细胞来源和功能	胆道闭锁患者的肝脏上皮细胞	digital pathology	biliary atresia	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4例胆道闭锁和3例正常对照肝脏样本
104	2025-05-18	Selective inhibition of stromal mechanosensing suppresses cardiac fibrosis 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08945-9 PMID:40307543	研究论文	该研究探讨了通过抑制基质机械感应来抑制心脏纤维化的潜在机制	研究发现，通过联合抑制SRC介导的基质机械感应和TGFβ信号通路，可以有效抑制心脏纤维化，这一策略在工程化心脏组织和心衰小鼠模型中均显示出效果	研究主要基于小鼠模型和工程化心脏组织，尚未在人体中进行验证	探索抑制心脏纤维化的新治疗策略	心脏成纤维细胞和肌成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序分析	小鼠模型和工程化心脏组织	基因表达数据和生理功能数据	公共人类和小鼠单细胞测序数据集的分析
105	2025-05-18	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Apr-30, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	通过单细胞转录组学和空间转录组学方法，研究水稻根系在不同土壤条件下的适应性	揭示了根系在单细胞尺度上如何适应不同土壤条件的分子机制，特别是外层根细胞类型的表达变化	研究仅针对水稻，未涵盖其他植物种类	探究根系在不同土壤条件下的适应性及其分子机制	水稻根系	植物生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
106	2025-05-18	Development and validation of tryptophan metabolism-related risk model and molecular subtypes for predicting postoperative biochemical recurrence in prostate cancer 2025-Apr-30, Translational andrology and urology IF:1.9Q3 DOI:10.21037/tau-2025-39 PMID:40376539	研究论文	本研究开发并验证了基于色氨酸代谢的风险模型和分子亚型，用于预测前列腺癌患者术后生化复发	首次将色氨酸代谢相关基因与前列腺癌术后生化复发风险预测相结合，并构建了分子亚型分类	研究主要基于TCGA数据库，需要更多外部数据验证模型的普适性	开发前列腺癌术后生化复发的预测工具	前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	差异表达分析、单变量Cox分析、LASSO回归、免疫组化、单细胞测序	多变量Cox回归模型、共识聚类	基因表达数据	TCGA-PRAD数据集中的421例前列腺癌患者
107	2025-05-18	Cold-Induced DHRS4 Promotes Thermogenesis via Enhanced Fatty Acid β-Oxidation in Porcine Subcutaneous Adipocytes 2025-Apr-22, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani15091190 PMID:40362005	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量转录组分析，揭示了猪皮下脂肪组织在冷暴露下通过上调DHRS4表达促进脂肪酸β氧化和产热能力的机制	首次在缺乏经典棕色脂肪组织的大型哺乳动物（猪）中，发现冷诱导的DHRS4通过表观遗传调控促进脂肪酸β氧化和产热能力的新机制	研究仅关注了皮下脂肪组织，未涉及其他脂肪库或组织的适应性反应	探究大型哺乳动物（特别是猪）在冷暴露下脂肪组织适应性代谢重编程的表观遗传机制	猪皮下脂肪组织（subWAT）	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，批量转录组分析	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用猪冷暴露模型
108	2025-05-18	Integrative single-cell analysis reveals transcriptional and epigenetic regulatory features of human developmental dysplasia of the hip 2025-Mar-26, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2025.02.788 PMID:40154730	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序的整合分析，揭示了人类发育性髋关节发育不良（DDH）的转录和表观遗传调控特征	发现了DDH软骨中七种分子上不同的软骨细胞群体，包括一种具有独特分子特征的新型炎症性软骨细胞群体，并重建了软骨细胞的分化轨迹	NA	了解DDH发展过程中涉及的特定软骨细胞组成，识别DDH预测的有效生物标志物，并阐明驱动DDH进展的基因调控元件	人类发育性髋关节发育不良（DDH）	表观遗传学	髋关节发育不良	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），免疫组织化学检测	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
109	2025-05-18	Histological signatures map anti-fibrotic factors in mouse and human lungs 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08727-3 PMID:40108456	research paper	该研究通过分析小鼠和人类肺部的组织学特征，绘制了抗纤维化因子的图谱，揭示了纤维化进展与消退的生物学特征	利用高维组织学纤维特征和单细胞测序技术，鉴定了与纤维化消退相关的成纤维细胞亚型及其功能	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用仍需进一步验证	探索肺纤维化过程中促纤维化和抗纤维化因子的作用机制	小鼠和人类肺部组织	digital pathology	lung cancer	单细胞测序, Visium空间分析	NA	组织学图像, 转录组数据	NA
110	2025-05-18	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文提出了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的汇总统计数据，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状（包括疾病）	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组数据集，可能无法完全代表成年个体的复杂性状	开发一种方法，用于空间解析地映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状（包括疾病）相关的细胞	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	gsMap	空间转录组数据, 基因组数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集
111	2025-05-18	Continuous replenishment of the dysfunctional CD8 T cell axis is associated with response to chemoimmunotherapy in advanced breast cancer 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101973 PMID:39983715	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，分析了接受化疗和免疫检查点阻断治疗的转移性三阴性乳腺癌患者的免疫特征	研究发现晚期功能障碍的CD8 T细胞克隆扩增与治疗反应相关，并提出了基线克隆扩增作为潜在反应预测因子	样本量较小(27例患者)，且仅针对三阴性乳腺癌	探索肿瘤免疫特征如何决定对化疗免疫治疗的免疫和临床反应	转移性三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	单细胞测序数据	27例患者的40份活检样本
112	2025-05-18	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本研究通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单个细胞水平上追踪了抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排，揭示了修复序列可用性在抗原选择机制中的关键作用	研究仅限于模型原生动物寄生虫Trypanosoma brucei，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示非洲锥虫抗原表达层次性的分子机制	Trypanosoma brucei寄生虫	基因组学	寄生虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个Trypanosoma brucei细胞
113	2025-05-18	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	利用可扩展的单细胞扰动筛选系统重建分子通路特征	引入了改进的计算框架Mixscale以解决扰动效率中的细胞变异问题，并优化了统计方法来学习差异表达基因列表和保守分子特征	NA	预测因果调控关系并增强对信号调节因子及其靶标的理解	信号调节因子及其靶标	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	超过1,500个扰动，分布在六种细胞系和五种生物信号环境中
114	2025-05-18	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Macrophage Dynamics During MASH in Leptin-Deficient Rats 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020096 PMID:39851524	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了瘦素缺陷大鼠在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）过程中巨噬细胞的动态变化	首次在大鼠模型中详细描述了MASH期间肝巨噬细胞的动态变化，包括M1到M2的独特转变及Cd163的表达特征	研究仅基于瘦素缺陷大鼠模型，结果可能不适用于其他MASH模型或人类疾病	探究大鼠MASH模型中肝巨噬细胞的动态变化及其在疾病发展中的作用	瘦素缺陷大鼠的肝组织	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	16周龄瘦素缺陷大鼠的肝组织
115	2025-05-18	Immune Gene Expression Profiling in Individuals with Turner Syndrome, Graves' Disease, and a Healthy Female by Single-Cell RNA Sequencing: A Comparative Study 2025-01-10, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14020093 PMID:39851522	研究论文	通过单细胞RNA测序比较特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的免疫基因表达差异	首次使用scRNA-seq技术比较特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者的免疫基因表达差异，并鉴定出43个差异表达基因	样本量较小，仅包括一名特纳综合征患者、一名健康女性和一名Graves病患者	分析特纳综合征患者与健康女性及Graves病患者之间免疫基因表达的差异	特纳综合征患者、健康女性和Graves病女性患者的抗原特异性CD4(+) T细胞	基因组学	特纳综合征, Graves病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	3名个体（1名特纳综合征患者、1名健康女性、1名Graves病患者）
116	2025-05-18	Temporal evolution of fibroblast responses following salivary gland ductal ligation injury 2025, Frontiers in dental medicine IF:1.5Q3 DOI:10.3389/fdmed.2025.1581376 PMID:40375832	research paper	研究唾液腺导管结扎损伤后成纤维细胞反应的时序演变	通过单细胞RNA测序和通路分析，识别了三种独特的成纤维细胞群，并确定了主要的损伤响应纤维化细胞类型	研究仅关注了7天内的反应，未涉及长期纤维化机制	理解成纤维细胞在损伤早期和后期的反应，以促进开发减少纤维化和促进腺体再生的治疗方法	唾液腺中的成纤维细胞	生物医学研究	Sjögren's Disease	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
117	2025-05-18	Integrative single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing reveals the characteristics of glutathione metabolism and protective role of GSTA4 gene in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571431 PMID:40375987	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了胰腺癌中谷胱甘肽代谢的特征以及GSTA4基因的保护作用	首次在胰腺癌中系统分析了谷胱甘肽代谢相关基因的预后意义，并实验验证了GSTA4基因的肿瘤抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验	探究谷胱甘肽代谢相关基因在胰腺癌中的预后意义并识别关键分子靶点	胰腺癌组织和细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq data	930例胰腺癌患者样本
118	2025-05-18	Integrating single-cell sequencing and transcriptome analysis to unravel the mechanistic role of sialylation-related genes in sepsis-induced acute respiratory distress syndrome 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1528769 PMID:40375981	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组分析，探讨了唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的机制作用	首次将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据与转录组分析相结合，揭示了CD19和GPR65作为关键基因在脓毒症诱导的ARDS中的作用，并确定了CD14单核细胞（CD14Mono）为关键细胞类型	研究依赖于公开数据集和有限的临床样本，可能影响结果的普遍性	探讨唾液酸化相关基因在脓毒症诱导的ARDS中的分子机制	脓毒症诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）患者	生物信息学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习	列线图模型（nomogram model）	基因表达数据	三个公开数据集（GSE32707、GSE66890、GSE151263）及临床样本
119	2025-05-18	Integrative multi-omics and Mendelian randomization analysis reveal SPP1+ tumor-associated macrophage-driven prognostic signature for hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1594610 PMID:40376263	研究论文	本研究通过整合多组学和孟德尔随机化分析，揭示了SPP1+肿瘤相关巨噬细胞驱动的肝细胞癌预后特征	首次构建了基于SPP1+ TAMs相关基因的风险评分模型(STRS)，用于预测肝细胞癌患者的总体生存率	研究结果需要进一步在更大规模的前瞻性队列中进行验证	探索SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的预后意义并构建预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)分析、LASSO回归	STRS风险评分模型	基因表达数据	TCGA和GEO数据库中的肝细胞癌患者队列
120	2025-05-18	Tumor-microenvironment and molecular biology of classic Hodgkin lymphoma in children, adolescents, and young adults 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1515250 PMID:40376590	综述	本文综述了儿童、青少年和年轻成人经典霍奇金淋巴瘤（cHL）的肿瘤微环境（TME）和分子生物学特性，强调了近期在cHL生物学理解、年龄差异和生物标志物开发方面的突破	利用单细胞测序和多路空间成像技术揭示了TME组成和功能的年龄相关差异，并开发了年龄特异性预后指标	NA	解析cHL的肿瘤微环境及其年龄相关差异，以促进生物标志物驱动的靶向治疗开发	儿童、青少年和年轻成人（AYAs）的经典霍奇金淋巴瘤（cHL）	肿瘤生物学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞测序、多路空间成像	NA	分子生物学数据、成像数据	NA