单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-26	Single-Cell RNA Transcriptomics and Multi-omics Analyses Reveal the Clinical Effects of Acupuncture on Methadone Reduction 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0741 PMID:40556944	research paper	该研究通过单细胞RNA转录组学和多组学分析，探讨了针灸对美沙酮减量的临床效果及其生物学机制	首次整合临床试验数据与多组学分析（包括单细胞测序、转录组学、代谢组学和宏基因组学），揭示针灸通过调节胆汁酸代谢和免疫细胞功能减轻美沙酮用量的机制	样本量较小（48名参与者），且仅针对接受美沙酮维持治疗的患者，结果可能不适用于其他人群	评估针灸在美沙酮维持治疗患者中的效果及其生物学机制	48名接受美沙酮维持治疗的参与者	multi-omics analysis	opioid use disorders	single-cell sequencing, transcriptomics, metabolomics, metagenomics	NA	clinical trial data, omics data	48名美沙酮维持治疗参与者（25名针灸组，23名假针灸组）
102	2025-06-26	Single-cell ligand-receptor profiling reveals an immunotherapy-responsive subtype and prognostic signature in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1590951 PMID:40557143	研究论文	通过单细胞配体-受体分析揭示三阴性乳腺癌中一个对免疫治疗有反应的亚型及其预后标志	首次通过单细胞RNA测序数据将TNBC分为12个亚组和10种不同细胞类型，并构建了一个基于配体-受体对的预后评分系统（LR.score）	研究样本量相对较小，且仅在三阴性乳腺癌中进行验证	探究TNBC中配体-受体相互作用的分子细节及其作为预后或预测标志的潜力	三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和MDA-MB-231细胞系	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、siRNA介导的基因敲除	Lasso回归和逐步多元分析	RNA测序数据	METABRIC TNBC队列（n = 298）和GSE58812数据集（n = 107）
103	2025-06-26	Construction of a novel inflammatory-related prognostic signature of acute myelocytic leukemia based on conjoint analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565954 PMID:40557150	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序联合分析，构建急性髓系白血病的新型炎症相关预后特征	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个新的炎症相关风险模型，用于预测AML患者的生存结果	研究依赖于外部数据集进行验证，可能存在样本选择偏差	优化AML患者的精准治疗策略并改善预后	急性髓系白血病（AML）患者	数字病理学	急性髓系白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, LASSO分析	预后模型	RNA测序数据	涉及多个数据集，具体样本数量未明确说明
104	2025-06-26	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP方法在计算速度上比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据，支持非转录组协变量的灵活整合，并能重建去噪和空间平滑的单个基因表达值	NA	开发一种计算高效的空间感知降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	数字病理学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集，涉及人类和小鼠组织
105	2025-06-26	Substrate Stiffness Dictates Unique Doxorubicin-induced Senescence-associated Secretory Phenotypes and Transcriptomic Signatures in Human Pulmonary Fibroblasts 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.623471 PMID:39605579	研究论文	研究机械张力如何通过细胞培养基底刚度影响人类原发性肺成纤维细胞的衰老标志物和分泌表型	揭示了机械张力对细胞衰老及其分泌表型的影响，特别是在高刚度条件下观察到的独特分泌蛋白谱和转录组特征	研究主要基于体外细胞培养模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨物理刺激对细胞衰老和衰老相关分泌表型(SASP)的影响	人类原发性肺成纤维细胞(IMR-90)	细胞生物学	肺纤维化	质谱分析, 转录组分析, 单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据, 转录组数据	人类原发性肺成纤维细胞在不同刚度基底(2 kPa, 50 kPa, ~3 GPa)上的培养
106	2025-06-26	scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614685 PMID:39386549	研究论文	介绍了一种基于transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示	scEMB采用创新的分箱策略整合多平台数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性，并在下游任务中表现优于现有模型	未明确提及具体局限性	从复杂基因表达数据中提取有生物学意义的见解，加速精准医学和治疗开发的发现	大规模单细胞转录组数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞转录组技术	transformer	单细胞转录组数据	超过3000万个单细胞转录组
107	2025-06-26	scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769 PMID:38897145	研究论文	提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E	scHD4E仅使用四种顶级方法进行集成学习，相比现有方法scDEA（使用12种方法）表现更优	未提及具体局限性	开发更准确稳定的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	集成学习	基因表达数据	六个真实scRNA-seq数据集和五个实验数据集
108	2025-06-26	Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg 2024-Jun-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202937 PMID:38912552	综述	本文总结了2023年EMBO研讨会'发育代谢：能量、物质和信息的流动'中的关键讨论，强调了现代发育生物学面临的挑战与机遇	探讨了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算模型等新技术如何为发育代谢领域带来全新的研究方向	NA	探索发育代谢领域的新机遇与技术进展	细胞特异性和组织特异性代谢网络、器官间代谢通讯以及基因与代谢物在时空上的相互作用	发育生物学	NA	代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序、计算模型	NA	代谢数据、基因表达数据	NA
109	2025-06-26	Autophagy unrelated transcriptional mechanisms of hydroxychloroquine resistance revealed by integrated multi-omics of evolved cancer cells 2024-Apr, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2024.2402191 PMID:39299930	研究论文	通过多组学方法揭示羟基氯喹耐药性的自噬无关转录机制	揭示了羟基氯喹耐药性的主要机制是转录可塑性，而非自噬或溶酶体途径	研究仅针对OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结肠癌细胞，可能不适用于其他癌细胞类型	探索癌细胞对羟基氯喹产生耐药性的分子机制	OVCAR3卵巢癌细胞和CCL218结肠癌细胞	癌症研究	卵巢癌, 结肠癌	多组学分析(RNA-seq, exome-seq, scRNA-seq), CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据, 转录组数据	两种癌细胞系(OVCAR3和CCL218)经过15次药物脉冲追踪处理
110	2025-06-26	Single-cell landscape analysis unravels molecular programming of the human B cell compartment in chronic GVHD 2023-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169732 PMID:37129971	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示人类B细胞区室在慢性移植物抗宿主病中的分子编程	首次在allo-HCT患者中通过scRNA-Seq揭示了B细胞区室的分子编程，并识别了与cGVHD相关的潜在致病性非典型B细胞	研究样本可能不足以代表所有cGVHD患者，且未深入探讨发现的分子机制如何具体导致疾病	理解异基因造血干细胞移植后B细胞在慢性移植物抗宿主病中的分子编程	来自异基因造血干细胞移植患者的纯化B细胞	数字病理学	移植物抗宿主病	scRNA-Seq	NA	单细胞RNA测序数据	大量来自患者的纯化B细胞
111	2025-06-26	Single-cell transcriptome analysis reveals three sequential phases of gene expression during zebrafish sensory hair cell regeneration 2022-03-28, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.03.001 PMID:35316618	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼感觉毛细胞再生过程中基因表达的三个连续阶段	首次在斑马鱼感觉毛细胞再生过程中发现了三个顺序激活的基因模块，并提供了前所未有的时空分辨率	研究结果主要基于斑马鱼模型，可能不完全适用于哺乳动物	理解感觉毛细胞再生的分子机制，并为哺乳动物毛细胞再生提供潜在策略	斑马鱼感觉毛细胞	单细胞转录组学	听力缺陷	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
112	2025-06-26	CRISPR/Cas9-based genetic screen of SCNT-reprogramming resistant genes identifies critical genes for male germ cell development in mice 2021-07-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-94851-9 PMID:34326397	研究论文	通过CRISPR/Cas9基因筛选技术，研究小鼠体细胞核移植重编程抗性基因（SRRGs）在雄性生殖细胞发育中的关键作用	首次利用CRISPR技术系统性筛选SRRGs基因，并发现Cox7b2、Gm773和Tuba3a/3b对精子生成的关键调控作用	研究仅针对小鼠模型，人类生殖医学的转化应用仍需进一步验证	揭示SRRGs基因在雄性生殖细胞发育中的分子机制	C57BL/6N小鼠的五个未表征SRRGs基因（Cox8c、Cox7b2、Tuba3a/3b、Faiml和Gm773）	生殖生物学	男性不育症	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、RT-qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、组织形态学数据	C57BL/6N小鼠（具体数量未明确说明）
113	2025-06-24	Kidney diseases and single-cell sequencing research: a bibliometric analysis from 2015 to 2024 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2521457 PMID:40545992	研究论文	本文通过文献计量学方法分析了2015年至2024年间单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肾脏疾病研究中的应用	揭示了scRNA-seq技术在肾脏疾病研究中的快速发展和应用趋势，包括疾病进展机制、基因调控表达等新兴研究方向	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库，可能未涵盖所有相关文献	评估scRNA-seq在肾脏疾病研究中的应用现状和未来趋势	2015年至2024年间发表的关于scRNA-seq在肾脏疾病研究中应用的文献	数字病理学	肾脏疾病	scRNA-seq	NA	文本	1,210篇出版物
114	2025-06-24	Sex-specific neurotoxicity induced by long-term bisphenol A exposure: Single-cell sequencing reveals dual mechanisms involving hippocampal gliosis and neuronal apoptosis 2025-Aug-10, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2025.179810 PMID:40505511	研究论文	本研究探讨了长期暴露于双酚A（BPA）对成年小鼠行为记忆和神经系统的影响，揭示了性别特异性的神经毒性机制	首次结合单细胞测序技术，揭示了BPA暴露引起的性别特异性神经毒性机制，包括雌性小鼠海马胶质增生和雄性小鼠海马齿状回颗粒神经元凋亡	研究仅在小鼠模型中进行，结果向人类外推需谨慎	探究长期BPA暴露对神经系统的影响及其性别特异性机制	成年小鼠	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞测序	小鼠模型	行为数据、形态学数据、单细胞测序数据	未明确说明小鼠数量
115	2025-06-24	Dual nature of type I interferon responses and feedback regulations by SOCS1 dictate malaria mortality 2025-Jul, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.027 PMID:39181199	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和数学模型，揭示了I型干扰素(IFN-I)在抗疟疾免疫中的双重作用及其调控机制	首次采用两种疟原虫模型比较研究IFN-I反应的机制，并揭示SOCS1通过负反馈和前馈环路调控IFN-α/β动态的新机制	研究仅使用了小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明I型干扰素在疟原虫感染中的双重作用及其调控机制	疟原虫感染的小鼠模型(17XL和PbANKA)	免疫学	疟疾	scRNA-seq, 流式细胞术, 数学模型	数学模型	基因表达数据	NA
116	2025-06-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Jul, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了黏膜巨噬细胞在肠道损伤后再生过程中的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin分子诱导肠道上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明辐射性肠炎后肠道再生的分子机制	肠道巨噬细胞与肠道干细胞	分子生物学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、流式细胞术、器官共培养系统	小鼠辐射损伤模型、人类肠道类器官模型	基因表达数据、细胞成像数据	未明确说明具体样本数量（小鼠模型和人类类器官）
117	2025-06-24	Molecular characterization of benign intracranial glioependymal and arachnoid cysts suggest heterogeneous mechanisms of action 2025-Jul-01, Journal of neuropathology and experimental neurology IF:3.2Q2 DOI:10.1093/jnen/nlaf029 PMID:40197611	研究论文	本研究对良性颅内胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿进行了分子特征分析，揭示了它们不同的发病机制	通过单细胞测序和RNA表达谱比较，首次揭示了胶质室管膜囊肿和蛛网膜囊肿具有不同的细胞特征和表达谱，提出了不同的发病机制	样本量较小（仅16例患者和8例病理样本），可能影响结果的普遍性	探究良性颅内囊肿的形成和生长机制	16例接受手术治疗的良性颅内囊肿患者（8例病理样本）	神经病理学	颅内囊肿	H&E染色、免疫荧光染色、单细胞测序、RNA表达谱分析	NA	病理样本、囊肿液体、单细胞测序数据、RNA表达数据	16例患者（8例病理样本，其中5例胶质室管膜囊肿，3例蛛网膜囊肿）
118	2025-06-24	Targeting FGFR Attenuates Tumor Growth in an Anal Squamous Cell Carcinoma Patient Derived Xenograft Model 2025-Jul, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23919 PMID:40256931	研究论文	通过患者来源的异种移植模型和单细胞RNA测序，研究发现FGFR抑制能有效减缓肛门鳞状细胞癌的肿瘤生长	首次在肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型中验证FGFR抑制剂的治疗效果，并通过单细胞RNA测序揭示了肿瘤细胞的异质性	研究仅基于一个转移性肛门鳞状细胞癌样本，样本量较小	寻找肛门鳞状细胞癌的可操作治疗靶点	肛门鳞状细胞癌患者来源的异种移植模型	肿瘤学	肛门鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 傅里叶变换红外光谱	患者来源的异种移植模型(PDX)	基因表达数据, 光谱数据	1例转移性肛门鳞状细胞癌样本
119	2025-05-14	Simultaneous single-cell sequencing of RNA and DNA at scale with DEFND-seq 2025-Jul, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00853-y PMID:40355601	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
120	2025-06-22	Deciphering Macrophage-Fibroblast Cross Talk in Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis: Insights From Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2025-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db25-0337 PMID:40540667	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA