单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals developmental trajectories and environmental regulation of callus formation in Arabidopsis 2025-Sep-12, Stress biology DOI:10.1007/s44154-025-00255-4 PMID:40938467	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥愈伤组织形成过程中的发育轨迹和环境调控机制	首次在关键发育阶段（起始、增殖和绿化）系统解析愈伤组织细胞的转录组动态，并通过伪时间分析揭示独特的转录因子调控网络	研究聚焦于拟南芥模型，结论在其他植物物种中的普适性仍需验证	探究植物愈伤组织发育的调控网络和细胞命运机制	拟南芥愈伤组织细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, UMAP聚类, 伪时间分析, 基因本体分析	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量，但涵盖愈伤组织发育三个关键阶段
102	2025-09-13	Novel Genetic Loci for Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease and Potential Protective Effect of Body Mass Index 2025-Sep-12, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202406-1253OC PMID:40938630	研究论文	通过全基因组关联研究识别与非结核分枝杆菌肺病相关的遗传位点，并探讨体重指数的潜在保护作用	发现两个新的遗传位点（rs60084385和rs1479595）并验证一个已知位点（rs194792）与NTM-PD显著相关，首次揭示BMI与NTM-PD存在负向遗传相关和潜在因果关系	研究主要基于东亚（韩国、日本）和欧洲人群，结果在其他人群中的普适性需进一步验证	探究非结核分枝杆菌肺病（NTM-PD）的遗传基础及其与风险因素的关联	人类基因组变异与NTM-PD易感性	遗传学	肺部疾病	全基因组关联研究（GWAS）、数量性状位点分析、孟德尔随机化、单细胞转录组分析	统计遗传学模型	基因组数据、临床数据	总计5,900人（包括1,949例NTM-PD患者和2,955名健康对照，并在日本和欧洲队列中验证）
103	2025-09-13	Lead binds HIF-1α contributing to depression-like behaviour through modulating mitochondria-associated astrocyte ferroptosis 2025-Sep-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08824-z PMID:40935814	研究论文	本研究揭示铅通过结合HIF-1α蛋白触发星形胶质细胞铁死亡，导致小鼠抑郁样行为	首次发现铅离子直接结合HIF-1α的脯氨酸羟化位点，稳定其结构并促进核转位，通过HIF-1α/VDAC1轴调控线粒体功能障碍	研究主要基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证；具体信号通路细节仍需深入探索	探究铅暴露诱发抑郁行为的分子机制	小鼠星形胶质细胞	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序，计算模型，实验验证	NA	基因表达数据，实验数据	小鼠脑组织样本（具体数量未明确说明）
104	2025-09-13	Identification of CD159A as a prognostic and immune biomarker in kidney renal clear cell carcinoma 2025-Sep-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-18515-8 PMID:40935873	研究论文	本研究通过多组学分析和实验验证，探讨CD159A在肾透明细胞癌中的表达、预后意义及免疫调控作用	首次将CD159A识别为KIRC中的关键免疫检查点，并揭示其通过CD159A-HLA-E通路促进免疫逃逸的机制	研究主要基于回顾性数据和体外实验，需要更多前瞻性临床研究验证	评估CD159A作为肾透明细胞癌预后和免疫治疗生物标志物的潜力	肾透明细胞癌（KIRC）组织、细胞系及肿瘤微环境中的免疫细胞	肿瘤免疫学	肾癌	多组学分析、qRT-PCR、IHC、单细胞RNA测序、流式细胞术	机器学习分析	基因组数据、表达数据、临床数据	TCGA数据库样本及湘雅KIRC验证队列
105	2025-09-13	Insulin signalling-associated cell fate promotes neoplastic invasiveness in non-functioning pituitary gonadotroph adenoma via cis-regulatory elements activation 2025-Sep-11, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03122-1 PMID:40935899	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据，揭示了胰岛素信号相关细胞命运通过顺式调控元件激活促进无功能垂体促性腺激素腺瘤的侵袭性	首次发现胰岛素信号相关细胞命运是肿瘤侵袭性的驱动因素，并鉴定出SREBF1和IGF2BP2相关的顺式调控元件在染色质互作重建中的关键作用	样本量较小（仅3例患者进行单细胞分析），需要更大规模研究验证发现	探究无功能垂体促性腺激素腺瘤侵袭性的细胞机制和分子基础	无功能垂体促性腺激素腺瘤患者肿瘤组织和原代细胞系	肿瘤生物学	垂体腺瘤	scRNA-seq, scATAC-seq, 顺式共可及网络分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	3例患者进行单细胞测序，210例患者队列验证，3个原代细胞系
106	2025-09-13	AP2X-1 is a negative regulator of Toxoplasma gondii sexual commitment 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00052-25 PMID:40823841	研究论文	本研究揭示AP2X-1作为弓形虫有性发育的关键负调控因子，通过调控染色质可及性抑制缓殖子和有性阶段基因表达	首次发现AP2X-1通过HDAC3/MORC复合物调控染色质压缩，从而抑制弓形虫有性发育的新机制	研究主要基于基因敲除模型，体内具体调控网络和上下游信号通路仍需进一步验证	探究弓形虫生命周期转换的调控机制，特别是AP2X-1在发育阶段转换中的作用	弓形虫（Toxoplasma gondii）的速殖子、缓殖子、裂殖子和子孢子等发育阶段	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因敲除、单细胞测序、CUT&Tag、ATAC-seq	NA	基因组学数据、表观遗传学数据	弓形虫野生型和AP2X-1敲除株系
107	2025-09-13	Next-gen tools in cancer neuroscience 2025-Sep-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116258 PMID:40934086	综述	本文综述了推动癌症神经科学领域发展的新一代技术工具	整合单细胞与空间转录组学、光遗传学、化学遗传学及神经元活动可视化等前沿技术，革新神经与癌症交互作用的研究方法	NA	探讨连接肿瘤学与神经科学的关键技术，推动癌症神经科学领域发展	神经与癌症交互系统的组成成分	癌症神经科学	癌症	单细胞转录组学, 空间转录组学, 光遗传学, 化学遗传学, 工程病毒, 神经元活动可视化	NA	NA	NA
108	2025-09-13	Single-cell sequencing reveals the immune microenvironment in osteoarthritis: from heterogeneity to therapeutic targets 2025-Sep-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115521 PMID:40934543	综述	本文系统总结了单细胞RNA测序技术在解析骨关节炎免疫微环境中的关键进展，包括免疫细胞异质性、动态轨迹及细胞间互作网络	利用scRNA-seq技术首次在单细胞分辨率下揭示OA关节中免疫微环境的异质性及细胞间通讯网络	未明确提及具体数据量或技术验证的局限性，主要侧重于技术应用的系统性综述	深化对骨关节炎免疫微环境的理解并推动临床转化	骨关节炎患者的关节组织免疫细胞（如巨噬细胞、T细胞等）及关节常驻细胞（滑膜成纤维细胞、软骨细胞、成骨细胞）	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA（未明确样本数量，聚焦技术应用综述）
109	2025-09-13	Embracing the heterogeneity of neural stem cells in the subventricular zone 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102452 PMID:40118056	研究论文	本研究整合多个单细胞RNA测序数据集，分析小鼠脑室下区神经干细胞（NSCs）的异质性及标记物选择偏好	首次系统比较不同NSC标记物对特定细胞状态的选择性，并提供了优化NSC富集策略的框架	研究仅基于已发表数据集，未进行实验验证；仅使用小鼠模型，人类NSCs的适用性未知	评估不同神经干细胞标记物对细胞状态的选择性，并开发最佳富集策略	成年小鼠脑室下区（SVZ）的神经干细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	六个已发表的小鼠SVZ单细胞RNA测序数据集
110	2025-09-13	Endothelin B receptor inhibition rescues aging-dependent neuronal regenerative decline 2025-Sep-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100217 PMID:40924015	研究论文	本研究揭示了抑制内皮素B受体（ETBR）可改善衰老导致的神经元轴突再生能力下降	首次发现卫星胶质细胞表达ETBR，并通过FDA批准药物Bosentan逆转年龄相关的轴突再生衰退	机制尚未完全阐明，且研究主要基于小鼠模型	探究衰老过程中神经元再生能力下降的机制及干预策略	背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞	神经再生生物学	衰老相关神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序，电子显微镜分析	NA	基因表达数据，显微图像数据	成年和老年小鼠的背根神经节样本
111	2025-09-13	Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data 2025-Sep-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01104-3 PMID:40925915	研究论文	本研究提出一种计算病理图像分析流程，用于增强乳腺癌空间转录组数据的解析和解释	利用机器学习算法在Visium平台数据上实现高分辨率肿瘤、间质和免疫区室注释，提升单细胞水平数据分析能力	研究仅基于4名患者的23个肿瘤切片，样本规模有限	解析乳腺癌空间异质性并提升空间转录组数据解释精度	乳腺癌组织切片	数字病理	乳腺癌	空间转录组学（Visium平台），H&E染色成像	机器学习算法	图像，测序数据	4名患者的23个乳腺癌组织切片
112	2025-09-13	Computationally resolved neuroprogenitor cell biomarkers associate with human disorders 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102606 PMID:40845852	研究论文	通过计算算法识别神经祖细胞生物标志物，并探索其与人类神经系统疾病的关联	利用计算数字分选算法（DSA）从复杂基因表达数据中解析出129个小鼠NPC富集基因，并发现其中25个人类同源基因与孟德尔神经疾病相关	基于小鼠模型推导人类同源基因，可能存在物种间差异；依赖已发表的scRNA-seq数据，未进行独立实验验证	发现定义神经干细胞和祖细胞（NPCs）的特异性基因，并探索其与人类神经系统疾病的关联	小鼠和人类的神经干细胞和祖细胞（NPCs）	生物信息学	神经系统疾病	计算数字分选算法（DSA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	模式识别算法	基因表达数据	基于已发表scRNA-seq数据，具体样本量未明确说明
113	2025-09-13	Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium 2025-Sep-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611 PMID:40882639	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表面蛋白分析，揭示了成人视网膜色素上皮（RPE）细胞的亚群多样性及其功能差异	首次利用CITE-seq技术同时分析成人RPE的单细胞转录组和表面蛋白，发现具有独特空间分布和功能特征的RPE亚群，并证实培养过程中亚群保持	NA	探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学的意义	成人视网膜色素上皮细胞	单细胞组学	年龄相关性黄斑变性	CITE-seq（转录组和表位测序索引技术），免疫组化分析	NA	单细胞转录组数据，表面蛋白数据	NA
114	2025-09-13	Integrated spatial transcriptomic profiling to dissect the cellular characteristics of tumor-associated tertiary lymphoid structures 2025-Sep-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116250 PMID:40934085	研究论文	通过整合23种癌症的空间转录组数据，构建泛癌TA-TLS图谱，解析肿瘤相关三级淋巴结构的细胞特征和空间组织	首次构建泛癌TA-TLS图谱，发现CCL19+血管周细胞可能作为淋巴组织组织者细胞，并揭示动脉内皮细胞在Notch信号抑制下获得高内皮静脉样表型	NA	解析肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）的细胞特征和形成机制	23种癌症的肿瘤相关三级淋巴结构	空间转录组学	癌症	空间转录组学	NA	空间转录组数据	23种癌症的整合数据
115	2025-09-13	Targeting CIRP and IL-6R-mediated microglial inflammation to improve outcomes in intracerebral hemorrhage 2025-Sep-09, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.09.012 PMID:40934970	研究论文	本研究探讨神经元来源的CIRP通过IL-6R激活小胶质细胞炎症在脑出血中的作用，并评估靶向CIRP和IL-6R的肽抑制剂TCC的治疗潜力	首次揭示CIRP通过IL-6R/STAT3通路驱动小胶质细胞炎症的机制，并开发了新型双靶点肽抑制剂TCC	研究主要基于动物模型和体外实验，人类临床数据仅涉及相关性分析，未进行干预性试验	阐明脑出血后神经炎症机制并开发靶向治疗策略	神经元、小胶质细胞、脑出血大鼠模型、人类脑出血患者	神经科学	脑出血	单细胞RNA测序、基因敲除模型、肽抑制剂设计	动物疾病模型（大鼠ICH模型）、细胞模型（氧糖剥夺模型）	基因表达数据、行为学数据、影像学数据	包括大鼠模型、基因敲除小鼠和人类患者样本（具体数量未明确说明）
116	2025-09-13	Dynamic interaction of oligodendrocyte precursor cells with other cell types in the central nervous system 2025-Sep-08, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050 PMID:40930164	综述	本文系统梳理了少突胶质前体细胞（OPCs）与中枢神经系统其他细胞类型的动态相互作用及其功能多样性	整合单细胞测序和活体成像技术揭示OPCs在发育、稳态和病理状态下的空间特异性功能可塑性	NA	探讨OPCs的非髓鞘形成功能及其在神经再生医学中的治疗靶点	少突胶质前体细胞（OPCs）、神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管内皮细胞	神经科学	多发性硬化症、脑缺血	单细胞测序、活体成像	NA	NA	NA
117	2025-09-13	Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma 2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504 PMID:40925436	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶（DLST）通过血管途径促进皮肤黑色素瘤侵袭的新机制	首次发现DLST通过调控组蛋白去甲基化酶KDM4C活性，同时影响代谢和表观遗传机制驱动黑色素瘤进展	NA	探究DLST在黑色素瘤中的表达与预后关系及其作用机制	皮肤黑色素瘤患者及肿瘤细胞	生物信息学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA沉默、共免疫沉淀、免疫荧光	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	NA
118	2025-09-13	DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation 2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473 PMID:40915448	研究论文	本研究通过整合DNA甲基化分析和单细胞测序技术，揭示了骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制，并验证了地西他滨的治疗潜力	首次通过多组学方法鉴定骨肉瘤DNA甲基化亚型，揭示其通过不同的肿瘤-基质相互作用决定转移路径，并实验验证表观遗传治疗策略	NA	阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制并探索治疗靶点	骨肉瘤患者样本和细胞系	表观遗传学	骨肉瘤	DNA甲基化分析、scRNA-seq、WGCNA、假时序分析	共识聚类、基因共表达网络	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
119	2025-09-13	FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf865 PMID:40923764	研究论文	提出一种基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达	利用预训练基础模型整合先验知识，采用双分支框架和双图策略捕获切片间异质性和切片内复杂性	NA	解决空间转录组数据有限和复杂组织特征捕获不足的挑战	组织学图像和空间基因表达数据	数字病理	癌症（未指定具体类型）	空间转录组学（ST）	Transformer, 图神经网络（GNN）, CNN	图像	NA
120	2025-09-13	Inflammatory Milieu by Crosstalk between Glomerulus and Proximal Tubular Cells in Type 2 Diabetes Mellitus Kidney Disease 2025-Sep, Diabetes & metabolism journal IF:6.8Q1 DOI:10.4093/dmj.2024.0535 PMID:40160027	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析诱导型2型糖尿病肾病模型，揭示肾小球与近端肾小管细胞对话介导的炎症机制及CXCL12在T细胞浸润中的关键作用	首次将scRNA-seq技术应用于诱导型（非转基因）T2DKD模型，并发现近端肾小管分泌CXCL12介导T细胞浸润的新机制	模型为小鼠诱导型T2DKD，人类验证仅基于活检组织相关性分析，需进一步功能实验验证	探究2型糖尿病肾病中肾小球与肾小管细胞互作的炎症机制	诱导型T2DKD小鼠模型及人类肾活检组织	生物医学研究	糖尿病肾病	scRNA-seq, 组织学分析, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 组织学图像, 流式细胞数据	诱导型T2DKD小鼠模型及对照组，人类肾活检组织样本