单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 41079 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-06-29 |
DNAH3 interacts with DNALI1 and is required for sperm flagellum function and male fertility
2026-Feb-23, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-026-01538-9
PMID:41731497
|
研究论文 | 该研究揭示了DNAH3与DNALI1相互作用，对精子鞭毛功能和男性生育力至关重要 | 首次发现DNAH3作为内动力蛋白臂组分与DNALI1形成复合物，通过全外显子测序和基因敲除小鼠模型阐明其导致严重弱畸精子症和男性不育的机制 | 缺乏更大样本量的临床验证，且对DNAH3与DNALI1相互作用的精确分子调控机制尚未完全阐明 | 探究内动力蛋白臂调控精子鞭毛功能的分子机制及其在男性不育中的作用 | 一名患有弱畸精子症的不育男性患者及其精子样本，Dnah3基因敲除小鼠模型 | 机器学习 | 男性不育症 | 全外显子测序，CRISPR/Cas9基因敲除，单细胞RNA测序，蛋白质组学，免疫共沉淀，质谱分析 | NA | 测序数据，蛋白质数据 | 一名患者及其精子样本，基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2026-06-29 |
Spatial multiomics dissects the SARS-CoV-2-induced disruption of cell adhesion and immune dynamics in the human hippocampus
2026-Feb-23, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03751-0
PMID:41731562
|
研究论文 | 利用空间多组学方法研究SARS-CoV-2感染对人类海马体中细胞粘附和免疫动态的破坏 | 首次通过空间多组学整合分析揭示了SARS-CoV-2感染人海马-内嗅皮层组织中由病毒感染引发的病理级联事件，包括神经元偏好感染、细胞粘附蛋白减少、免疫监视受损及神经血管结构改变 | 研究仅基于严重COVID-19尸检组织样本，可能无法完全代表轻度或无症状感染者的神经病理变化 | 探究SARS-CoV-2感染导致神经系统并发症的潜在机制 | 严重COVID-19患者尸检中的人类海马-内嗅皮层组织 | 数字病理学 | COVID-19相关神经疾病 | 空间多组学 | NA | 空间转录组学数据 | 严重COVID-19尸检组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 103 | 2026-06-29 |
High-altitude hypoxia drives dentate gyrus neuronal vulnerability through an IL1α-astrocyte-SLC1A2 pathway
2026-Feb-20, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03744-z
PMID:41715200
|
研究论文 | 通过整合人类认知评估、动物模型和多组学分析，揭示了高原缺氧通过IL1α-星形胶质细胞-SLC1A2通路导致齿状回神经元损伤的机制 | 首次整合单细胞和空间转录组学、空间代谢组学及细胞间通讯分析，构建高原缺氧下海马重塑的全局图谱，并阐明IL1α-补体丰富反应性星形胶质细胞-SLC1A2轴作为核心驱动机制 | 尚需进一步验证该通路在人类长期缺氧暴露下的临床相关性及治疗靶点的可行性 | 阐明高原缺氧导致认知损伤的细胞和分子机制，特别是齿状回神经元脆弱性的驱动通路 | 人类高原认知评估队列、低压舱小鼠模型、小鼠海马组织样本 | 机器学习 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学、空间代谢组学、细胞间通讯分析、IL1α敲低、SLC1A2过表达 | NA | 转录组数据、代谢组数据、图像 | 人类队列（具体数量未说明）、小鼠模型（具体数量未说明） | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞3'测序、10x Visium空间转录组学 |
| 104 | 2026-06-29 |
Integrative bioinformatics, single-cell and experimental evidence for a BPA-m6A-apoptosis axis in granulosa cell dysfunction in polycystic ovary syndrome
2026-Feb-20, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-026-02038-5
PMID:41721342
|
研究论文 | 利用综合生物信息学、单细胞和实验证据，揭示多囊卵巢综合征中BPA-m6A-凋亡轴在颗粒细胞功能障碍中的作用 | 首次整合BPA暴露、m6A修饰和颗粒细胞凋亡，构建一个五基因逻辑模型和列线图，并通过单细胞转录组映射关键基因表达 | 临床实用性需要在更大规模、独立及前瞻性队列中验证 | 探究BPA暴露、m6A失衡与颗粒细胞凋亡之间的下游基因网络关系 | 多囊卵巢综合征患者的颗粒细胞 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, qPCR, 蛋白质印迹 | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 多个GEO数据集（GSE34526等）及外部验证集（GSE106724, GSE98595），单细胞数据GSE268919 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 105 | 2026-06-29 |
Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover SPP1⁺ and HLA-DRB5⁺ macrophages as key modulators of the immune microenvironment in colorectal cancer liver metastasis
2026-Feb-19, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07853-4
PMID:41715121
|
研究论文 | 整合单细胞与空间转录组学揭示SPP1⁺和HLA-DRB5⁺巨噬细胞在结直肠癌肝转移中作为免疫微环境关键调控因子 | 首次整合单细胞和空间转录组数据，系统描绘了结直肠癌肝转移中SPP1⁺和HLA-DRB5⁺巨噬细胞亚群的转录与空间特征，并揭示了它们通过特定信号通路（如MIF-CD74+CXCR4和LGALS9-CD45）调控免疫微环境，同时构建了基于HLA-DRB5⁺巨噬细胞的预后签名 | 主要依赖公开数据集，可能受限于样本和平台的异质性；功能验证和因果机制有待进一步实验证实 | 阐明结直肠癌肝转移中髓系细胞（尤其是巨噬细胞亚群）的表型多样性、空间组织及其对免疫微环境的调控机制 | 结直肠癌肝转移中的髓系细胞（特别是SPP1⁺和HLA-DRB5⁺巨噬细胞） | 生物信息学 | 结直肠癌肝转移 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量转录组学 | NA | 转录组数据（单细胞、空间、批量） | 多个独立队列（具体样本量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 106 | 2026-06-29 |
Indole-acetaldehyde from Rothia mucilaginosa activates the PXR/NRF2 axis to enhance alveolar macrophage phagocytosis and protect against ARDS
2026-Feb-19, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03551-3
PMID:41715099
|
研究论文 | 本研究揭示Rothia mucilaginosa产生的吲哚-3-乙醛通过PXR/NRF2轴增强肺泡巨噬细胞吞噬功能，保护机体免受急性呼吸窘迫综合征(ARDS)损伤 | 首次发现呼吸道共生菌Rothia mucilaginosa的代谢产物吲哚-3-乙醛而非活菌本身通过激活PXR/NRF2/CD36信号轴增强肺泡巨噬细胞吞噬功能，从而减轻ARDS，提出了靶向微生物代谢物的ARDS治疗新范式 | 未提及具体局限性 | 阐明定植细菌及其代谢物如何影响ARDS发病机制 | 呼吸道共生菌Rothia mucilaginosa及其代谢产物吲哚-3-乙醛对ARDS的影响 | 机器学学习 | 急性呼吸窘迫综合征 | 宏基因组二代测序(mNGS), 非靶向代谢组学(LC-MS), 单细胞测序, RNA-seq, 分子对接, Western blotting | NA | 测序数据, 质谱数据, 图像数据 | 肺部感染患者的支气管肺泡灌洗液样本（具体数量未提及）; 小鼠ARDS模型 | Illumina | 宏基因组测序, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq (推测) | 用于mNGS的单细胞测序平台（具体配置未提及） |
| 107 | 2026-06-29 |
Development and validation of a succinylation-related prognostic model for esophageal squamous cell carcinoma based on multi-omics bioinformatics analysis
2026-Feb-17, Hereditas
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s41065-026-00653-2
PMID:41703614
|
研究论文 | 基于多组学生物信息学分析，开发并验证了食管鳞状细胞癌的琥珀酰化相关预后模型 | 首次系统研究琥珀酰化修饰在食管鳞状细胞癌中的预后价值，并构建了基于七基因的预后特征，该特征反映了高风险肿瘤的免疫抑制特征 | 研究主要依赖公开数据集，缺乏实验验证，且样本量相对较小 | 开发并验证食管鳞状细胞癌的琥珀酰化相关预后生物标志物 | 食管鳞状细胞癌患者的转录组数据和预后生物标志物 | 机器学习 | 食管癌 | RNA-seq, scRNA-seq | LASSO Cox回归 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | GSE53624队列119例，TCGA-ESCC队列95例 | Illumina | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序用于基因定位分析 |
| 108 | 2026-06-29 |
IL-8 positive cancer-associated fibroblasts drive breast cancer progression and immune evasion: insights from GWAS and single-cell transcriptomics
2026-Feb-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-15716-w
PMID:41692739
|
research paper | 本研究通过GWAS和单细胞转录组学揭示IL-8阳性癌症相关成纤维细胞在乳腺癌进展和免疫逃逸中的作用 | 首次将GWAS与单细胞RNA测序数据整合，鉴定IL-8阳性CAFs为乳腺癌的关键驱动亚群，并揭示其与免疫治疗耐药和免疫逃逸的关联 | 单细胞数据来源单一（GSE180286数据集），缺乏多中心验证；MR分析无法完全排除混杂因素；体内实验尚未开展 | 探究IL-8阳性癌症相关成纤维细胞在乳腺癌发病机制中的作用及分子机制 | IL-8阳性癌症相关成纤维细胞及其在乳腺肿瘤微环境中的功能 | machine learning | breast cancer | GWAS, 单细胞RNA测序, Mendelian randomization, Bayesian deconvolution | NA | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | GWAS数据（未明确样本量），单细胞RNA测序数据集GSE180286 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 109 | 2026-06-29 |
TiRank prioritizes phenotypic niches in tumor microenvironment for clinical biomarker discovery
2026-Feb-13, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-026-01604-2
PMID:41689080
|
研究论文 | 提出TiRank框架，通过整合单细胞RNA测序、空间转录组和批量转录组数据，优先识别肿瘤微环境中的临床相关表型生态位，用于生物标志物发现 | 采用相对表达排序变换模块消除跨模态系统偏差，并结合多任务迁移学习统一嵌入空间，实现无需大型配对临床队列即可进行临床监督的生态位优先排序 | 未明确提及，但可能依赖于公共数据集和泛癌临床队列，对特定癌症类型的普适性需进一步验证 | 开发一种表型引导的跨模态策略，以优先识别肿瘤微环境中与临床结果相关的空间生态位，推动精准肿瘤学 | 肿瘤微环境中的细胞亚群和空间生态位，特别是胃癌中富集癌症相关成纤维细胞的肿瘤边界生态位 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组，多重蛋白成像 | 多任务迁移学习框架 | 单细胞RNA表达数据，空间转录组表达数据，批量转录组表达数据，临床表型数据 | 多个公共数据集、泛癌临床队列，以及一个独立胃癌验证队列 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组 | NA | NA |
| 110 | 2026-06-29 |
Single-cell dissection of regulated cell death dynamics in ovarian aging
2026-Feb-13, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-026-02024-x
PMID:41689119
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析小鼠和人类卵巢衰老过程中调控性细胞死亡的动态变化 | 首次在单细胞分辨率下描绘卵巢衰老过程中多种调控性细胞死亡通路的动态景观，包括凋亡、铁死亡、parthanatos等，并揭示细胞类型特异性轨迹和跨物种保守性 | 未明确提及，但可能包括物种差异的进一步验证需求及功能实验验证的缺乏 | 研究卵巢衰老中调控性细胞死亡的动态变化及其潜在机制 | 小鼠卵巢（3、9、12和15月龄）及人类卵巢单细胞数据和GTEx V8转录组数据 | 单细胞基因组学 | 卵巢衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠卵巢样本在不同年龄段（3、9、12和15月龄）及人类卵巢单细胞RNA测序数据和GTEx V8数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2026-06-29 |
Identification of key regulators for the development of Prunus leaves using single-cell RNA sequencing
2026-Feb-12, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-026-08348-6
PMID:41680607
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术鉴定桃和扁桃叶片发育的关键调控因子 | 首次在桃属植物叶片中应用单细胞RNA测序，解析细胞异质性并重建维管原细胞发育轨迹，发现调控韧皮部发育和抗旱性的关键基因PpAPL和PpCER1 | 未涉及更多品种或发育阶段的叶片样本，单细胞测序覆盖的基因调控网络可能不完全 | 揭示桃和扁桃叶片细胞异质性，鉴定关键调控因子以提升抗旱性 | 两种桃属植物：砧木扁桃和栽培红叶冬桃的幼叶 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 两个品种共11,132个高质量叶片细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2026-06-29 |
Iron diminishes immunosuppressive macrophages and enhances anti-PD-1 immunotherapy in breast cancer models
2026-Feb-12, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-026-03661-2
PMID:41673739
|
研究论文 | 通过铁调节肿瘤相关巨噬细胞的免疫抑制功能，增强乳腺癌抗PD-1免疫治疗效果 | 首次揭示铁代谢基因特征与乳腺癌肿瘤相关巨噬细胞免疫抑制表型的强相关性，并证明铁补充可通过NF-κB通路重编程巨噬细胞功能状态 | 仅基于两种临床前模型验证，且未探讨铁剂量与给药方式的优化方案 | 探索通过调控铁代谢改善乳腺癌免疫治疗效果的机制与策略 | 乳腺癌肿瘤相关巨噬细胞及CD8+ T细胞 | 免疫疗法 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 公开人乳腺癌scRNA-seq数据集及小鼠乳腺肿瘤模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 113 | 2026-06-29 |
Comprehensive analysis of the causal risk factor from hypertension associated with prognosis and therapeutic response in renal cell carcinoma by multi-omics analysis and validation
2026-Feb-12, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00739-x
PMID:41680825
|
研究论文 | 通过多组学分析和验证，探索高血压相关致病风险因素在肾细胞癌预后和治疗反应中的因果作用 | 首次整合跨物种单细胞RNA测序与多组学数据，结合孟德尔随机化方法，系统分析高血压与肾细胞癌共病的基因模块及因果关系 | 需要进一步在更大样本量和不同人群中进行验证；GWAS汇总数据可能未完全涵盖所有遗传变异 | 探究高血压相关基因模块与肾细胞癌风险、预后及治疗反应的关系 | 高血压患者和自发性高血压大鼠的主动脉组织、肾细胞癌患者肿瘤样本及多个独立队列数据 | 计算机视觉 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序、全外显子组测序、批量RNA测序、汇总数据孟德尔随机化 | Lasso-Cox机器学习模型 | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、全外显子组数据、GWAS汇总数据 | 高血压队列119731例病例和343202例对照，肾细胞癌队列600例病例和455676例对照；19个组织用于scRNA-seq验证 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、全外显子组测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-06-29 |
Integrative multi-omics analysis reveals CXCL10-driven inflammation and TREM2 + macrophage-plasma cell survival niche as hallmarks of late-stage rheumatoid arthritis
2026-Feb-12, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-026-03764-3
PMID:41680947
|
研究论文 | 整合多组学分析揭示类风湿性关节炎晚期以CXCL10驱动的炎症和TREM2+巨噬细胞-浆细胞存活微环境为特征 | 首次通过整合多组学分析鉴定出CXCL10驱动的炎症信号和TREM2+巨噬细胞-浆细胞存活微环境作为类风湿性关节炎晚期的标志性特征 | 样本量较小（51例患者），单细胞RNA测序仅纳入6例样本，可能限制结果的普适性 | 全面表征早期与晚期类风湿性关节炎滑膜的转录组景观和细胞组成，鉴定诊断生物标志物，并阐明驱动疾病慢性化的关键致病细胞间相互作用 | 51例类风湿性关节炎患者的滑膜组织（13例早期，38例晚期） | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | LASSO, SVM-RFE, 随机森林, 人工神经网络 | 转录组数据 | 51例患者（13例早期，38例晚期），其中RNA-seq 19例，单细胞RNA-seq 6例 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 115 | 2026-06-29 |
LDRT combined with anti-PD-1 promotes tumor regression in head and neck squamous cell carcinoma through tumor metaprogram evolution and immune cell reprogramming
2026-Feb-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-026-03660-3
PMID:41673717
|
研究论文 | 本文研究低剂量放疗联合抗PD-1治疗在头颈部鳞状细胞癌中通过肿瘤元程序演化和免疫细胞重编程促进肿瘤消退 | 首次通过单细胞RNA测序和TCR测序揭示低剂量放疗联合抗PD-1治疗如何协同重塑肿瘤微环境，特别是发现Isg15high巨噬细胞状态与CD4⁺ Treg-Ctla4的频率正相关，并识别出CXCL14-CXCR4趋化因子轴在联合治疗中受到抑制 | 研究基于小鼠模型，需在人类患者中进一步验证；单细胞分析样本量有限，可能未涵盖所有细胞异质性 | 探索低剂量放疗增强抗PD-1免疫疗法在头颈部鳞状细胞癌中疗效的机制 | 小鼠头颈部鳞状细胞癌模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，单细胞TCR测序，空间转录组学，多重免疫荧光 | NA | 单细胞基因表达数据，TCR序列数据，空间转录组数据，免疫荧光图像 | 小鼠HNSCC肿瘤样本（具体数量未在摘要中说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，单细胞TCR测序，空间转录组学 | 10x Chromium，10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA和TCR测序，10x Visium用于空间转录组学 |
| 116 | 2026-06-29 |
Mitochondrial DNA methylation predicts immunotherapy response and prognosis in lung adenocarcinoma: evidence from scRNA-Seq and machine learning
2026-Feb-10, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-026-15648-5
PMID:41663976
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和机器学习方法，研究了线粒体DNA甲基化在肺腺癌免疫治疗反应和预后预测中的作用 | 首次将线粒体DNA甲基化与机器学习结合，构建了一个六基因预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在肿瘤上皮细胞中的特异性表达模式 | 研究结果基于公开数据集和体外实验验证，尚需大规模临床队列和体内实验进一步验证 | 探索线粒体DNA甲基化在肺腺癌发病机制中的作用，并建立预测免疫治疗反应和预后的生物标志物 | 肺腺癌患者的肿瘤组织样本、单细胞RNA测序数据及细胞系 | 机器学习, 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR | 机器学习风险模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 来自公共数据库的肺腺癌患者样本，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 117 | 2026-06-29 |
Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to identify hub pathways and diagnostic biomarkers in active pulmonary tuberculosis
2026-Feb-10, BMC infectious diseases
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12879-026-12805-w
PMID:41667975
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，识别活动性肺结核的关键通路和诊断生物标志物 | 首次整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，系统揭示活动性肺结核单核细胞重编程和Wnt通路失调，并鉴定出四个高效诊断生物标志物 | 样本量较小，仅包含8例单细胞样本和274例批量测序样本；临床实用性需进一步验证 | 识别区分活动性肺结核和潜伏感染的诊断生物标志物，阐明结核病进展的免疫机制 | 活动性肺结核、潜伏感染和健康对照的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 肺结核 | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 单细胞RNA-seq: 8例 (3 ATB, 3 LTBI, 2 HC)；批量RNA-seq发现队列: 84例，验证队列: 82例，测试队列: 108例 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 118 | 2026-06-29 |
Machine learning, whole-transcriptome and integrative omics analysis reveals key regulatory networks governing human spermatogonial stem cells
2026-Feb-10, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-026-02074-x
PMID:41665764
|
研究论文 | 通过机器学习和整合组学分析揭示调控人类精原干细胞的关键调控网络 | 首次综合应用机器学习和多组学整合方法（转录组、蛋白质组和相互作用组）系统鉴定精原干细胞身份和功能的调控网络及枢纽基因 | 研究主要依赖于公共数据库数据和有限的培养条件验证，缺乏体内功能验证和临床样本的大规模验证 | 解析精原干细胞身份的调控网络和枢纽基因，探索其在生殖医学中的潜在应用 | 人类精原干细胞与睾丸细胞 | 机器学习 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质相互作用网络分析, 配体-受体相互作用分析 | 随机森林, 支持向量机, 加权基因共表达网络分析 | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 蛋白质组数据库, 相互作用组数据库 | 多组培养条件和生物学重复样本 | Illumina | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 标准生物信息学流程（STAR, DESeq2）处理原始测序数据 |
| 119 | 2026-06-29 |
The BCAA metabolism-related gene BCAT1 promotes the progression of bladder urothelial carcinoma through the PI3K/AKT/mTOR signalling pathway
2026-Feb-09, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01807-7
PMID:41656395
|
研究论文 | 本研究探讨了BCAA代谢相关基因BCAT1通过PI3K/AKT/mTOR信号通路促进膀胱尿路上皮癌进展的机制 | 首次系统揭示BCAT1在膀胱尿路上皮癌中通过激活PI3K/AKT/mTOR通路促进肿瘤进展和上皮-间质转化，并发现叶酸可作为潜在抑制剂 | 研究主要基于TCGA数据库和体外实验，缺乏体内模型验证，且叶酸结合效果需进一步实验确认 | 阐明BCAA代谢在膀胱尿路上皮癌中的分子机制，寻找新的治疗靶点 | 膀胱尿路上皮癌及相关基因BCAT1 | 机器学习 | 膀胱尿路上皮癌 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | Cox回归，LASSO回归，加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | TCGA-BLCA数据集样本 | NA | bulk RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-06-29 |
Integrative single-cell and machine learning framework reveals prognostic fibroblast subtypes and constructs a fibroblast-related risk signature in lung adenocarcinoma
2026-Feb-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-35830-w
PMID:41663460
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和机器学习框架，揭示肺腺癌中成纤维细胞的异质性并构建预后相关风险特征 | 首次结合单细胞转录组分析与十种机器学习算法的101种组合，开发成纤维细胞相关风险特征用于肺腺癌预后评估，并验证核心基因TIMP1的促癌功能 | 本文未明确讨论局限性 | 阐明肺腺癌中成纤维细胞的表型多样性及其临床意义，并构建成纤维细胞相关预后签名 | 肺腺癌肿瘤微环境中的癌相关成纤维细胞 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 两个单细胞RNA测序数据集（GSE171145和GSE189357）及多个GEO数据集和TCGA-LUAD队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |