单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-18	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）诱导的血脑屏障破坏后的转录和超微结构变化	研究样本仅限于复发性胶质母细胞瘤患者，可能不适用于其他神经系统疾病	探讨人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、低强度脉冲超声与微泡（LIPU/MB）	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
102	2025-06-18	Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction 2024-Dec-24, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020 PMID:39725169	research paper	该研究揭示了干扰素ε（IFNϵ）在9p21缺失的免疫冷肿瘤中对免疫检查点疗法（ICT）抵抗的作用及其与CXCL9/10诱导的关联	首次确定IFNϵ是9p21缺失肿瘤中导致免疫逃逸和ICT抵抗的关键IFN-I信号，并揭示了其在CXCL9/10表达调控中的核心作用	研究结果在34种肿瘤类型中仅4种显示出显著的组织特异性模式，可能限制了泛肿瘤应用的普适性	探究9p染色体缺失导致免疫冷肿瘤和ICT抵抗的分子机制	人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型中的9p缺失、IFN-I信号和肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	头颈鳞癌、非鳞状非小细胞肺癌、黑色素瘤、尿路上皮癌、间皮瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异分析、介导分析	基因工程小鼠模型（ΔS vs ΔL）	基因组数据、转录组数据	36个ICT队列（13项研究报告）及多种肿瘤细胞系
103	2025-06-18	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP方法在计算速度上比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	未明确提及	开发一种高效的空间感知降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium、Stereo-Seq、MERFISH和10x Xenium）
104	2025-06-18	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	research paper	该论文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）进行单细胞RNA测序中的多重标记，以提高标记密度和效率	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行高效标记，解决了现有DNA标记方法在稳定性和标记范围上的限制，显著提高了标记密度和效率	NA	开发一种高效、稳定的单细胞RNA测序多重标记方法，以降低成本并减少批次效应	培养细胞系和组织消化液中的异质细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化液和肥胖啮齿动物脂肪组织中的异质细胞
105	2025-06-18	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群体与ECM之间的通讯系统	MatriCom依赖于一个独特的数据库MatriComDB，包含超过25,000个经过整理的涉及基质组分的相互作用，覆盖了约1,000个哺乳动物基质组基因中的80%	NA	阐明不同细胞群体在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群体	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集
106	2025-06-18	Detecting Rhythmic Gene Expression in Single-cell Transcriptomics 2024-12, Journal of biological rhythms IF:2.9Q2 DOI:10.1177/07487304241273182 PMID:39377613	research paper	该研究评估了常用节律检测方法在单细胞RNA测序数据中的可靠性和效率，并提出了结合谐波回归的子采样策略	首次在单细胞RNA测序数据中评估和比较节律检测方法，并提出新的子采样策略	未明确说明所测试数据集的规模和多样性	评估和优化单细胞转录组数据中的节律基因检测方法	单细胞RNA测序数据中的节律基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	谐波回归	单细胞转录组数据	NA
107	2025-06-18	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	research paper	该论文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间分辨转录组学数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间可变基因（SVGs）	首次在空间转录组学数据中证明了均值-方差关系的存在，并提出使用Empirical Bayes技术消除这种偏差的新方法	方法仅在模拟和真实空间转录组学数据中进行了验证，未涉及其他类型的数据	提高空间可变基因（SVGs）识别的准确性	空间分辨转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	Empirical Bayes	空间转录组学数据	模拟和真实空间转录组学数据（具体数量未提及）
108	2025-06-18	Polybacterial Intracellular Macromolecules Shape Single-Cell Epikine Profiles in Upper Airway Mucosa 2024-Oct-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.08.617279 PMID:39416216	研究论文	本文研究了上呼吸道黏膜中多细菌细胞内大分子对单细胞表观因子谱的影响	揭示了多细菌细胞内大分子（PIMs）在黏膜上皮细胞中的持久存在及其对细胞因子表达和药物反应的线性驱动作用	研究主要基于人类口腔黏膜数据，可能不适用于其他黏膜部位	探究宿主与微生物在黏膜上皮细胞类型中的相互作用	人类口腔黏膜上皮细胞和基质细胞	单细胞RNA测序	慢性炎症性疾病	单细胞RNA测序、杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	人类口腔角质形成细胞（HOKs）
109	2025-06-18	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	该研究通过单细胞测序技术识别了果蝇中整合睡眠与代谢状态的神经元，并发现饥饿状态下这些神经元的基因表达变化	首次在单神经元水平上揭示了饥饿状态下睡眠与代谢互作的转录组变化，并验证了多个关键基因的功能	研究仅针对果蝇的LHLK神经元，在更广泛神经系统和其他物种中的普适性仍需验证	探究睡眠与代谢状态互作的神经机制	果蝇的侧角白激肽神经元(LHLK)	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序、Patch-seq	NA	单细胞转录组数据	fed和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
110	2025-06-18	Immune profiling-based targeting of pathogenic T cells with ustekinumab in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52525-w PMID:39300109	research paper	该研究通过空间和单细胞转录组分析，识别了ANCA相关性肾小球肾炎中的致病性T细胞，并探索了ustekinumab作为潜在治疗药物的效果	首次利用转录组分析识别ANCA-GN中的致病性T细胞，并验证ustekinumab作为靶向治疗的潜力	样本量较小（34例患者分析，4例治疗），需要更大规模的临床试验验证	探索ANCA相关性血管炎肾损伤的新型靶向治疗方法	ANCA相关性肾小球肾炎患者	digital pathology	ANCA相关性血管炎	空间转录组分析，单细胞转录组分析	NA	转录组数据	34例患者样本分析，4例患者治疗试验
111	2025-06-18	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	介绍了一种名为STANDS的创新框架，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织区域	首次提出基于生成对抗网络的框架STANDS，整合了多样本异常组织区域检测、对齐和亚型分析三大核心任务，并采用多模态学习、迁移学习和风格迁移技术解决关键挑战	未提及具体样本量限制或计算资源需求	开发能够从多样本空间转录组数据中进行从头异常组织区域检测与分析的算法	空间转录组数据中的异常组织区域	数字病理	NA	空间转录组技术	GAN	空间转录组数据	NA
112	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-09-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	本文提出了一种结合高度多重扰动与单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	开发了一种新的实验框架，结合多重扰动和单细胞RNA测序，能够高效识别细胞类型特异的CRISPRa响应元件	增强子对CRISPRa的响应受限于细胞类型，可能依赖于染色质景观或其他反式作用因子	开发一种方法用于大规模筛选细胞类型特异的基因激活gRNA	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因编辑与单细胞测序	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, sc-RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	493个gRNAs靶向候选顺式调控元件
113	2025-06-18	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究PRDM3和PRDM16如何通过调控染色质可及性影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	揭示了PRDM3和PRDM16通过调节染色质可及性在NKX2-1依赖的肺泡上皮细胞分化中的关键作用	未明确PRDM3/16与其他共激活因子的具体相互作用机制	探究肺泡上皮细胞分化和功能的表观遗传调控机制	肺泡上皮细胞（AT2细胞和AT1细胞）	表观遗传学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ATAC-seq、CUT&RUN	NA	基因组数据、表观遗传数据	基因敲除小鼠模型
114	2025-06-18	Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600500 PMID:38979312	research paper	该研究通过单核和批量转录组学分析Sweet综合征皮肤样本，揭示了干扰素特征及其在成纤维细胞中的表达，以及这些细胞在促进中性粒细胞招募中的作用	首次在Sweet综合征皮肤中识别出位置不同的免疫活性成纤维细胞亚群，并揭示了它们通过I型干扰素激活促进中性粒细胞招募的机制	研究主要基于临床存档样本和体外培养的成纤维细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	探究Sweet综合征中中性粒细胞浸润的细胞和分子机制	Sweet综合征患者的皮肤样本和体外培养的人真皮成纤维细胞	digital pathology	Sweet's syndrome	单核转录组学、批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学	NA	转录组数据	临床存档的Sweet综合征皮肤样本和体外培养的原代人真皮成纤维细胞
115	2025-06-18	Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2024-Jun-26, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4559348/v1 PMID:38978578	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）监督细胞类型识别中构建参考数据	TORC是首个针对scRNA-seq监督细胞类型识别中参考数据选择和构建的方法，能够缓解参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未明确提及具体局限性	提高scRNA-seq数据中细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟和真实数据分析
116	2025-06-18	Single-Cell Analysis Uncovers Striking Cellular Heterogeneity of Lung-Infiltrating Regulatory T Cells during Eosinophilic versus Neutrophilic Allergic Airway Inflammation 2024-Jun-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300646 PMID:38647384	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性粒细胞和中性粒细胞性气道炎症模型中肺部浸润的调节性T细胞（Tregs）的异质性	揭示了不同类型的气道炎症会导致肺部浸润的Tregs表现出显著的异质性，并发现ST2表达与嗜酸性炎症和组织驻留Tregs相关	Treg特异性ST2缺失并未影响嗜酸性过敏性炎症的发展或肺部驻留Tregs的生成，其具体机制仍需进一步研究	探究不同类型过敏性气道炎症对肺部浸润Tregs异质性和组织驻留特性的影响	肺部浸润的Foxp3+调节性T细胞（Tregs）	免疫学	过敏性气道炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
117	2025-06-18	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.595971 PMID:38853821	研究论文	本研究探讨了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞（EC）谱系定向的机制	揭示了ETV2通过招募REST抑制非EC谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，可能不完全反映体内情况	阐明ETV2驱动内皮细胞谱系定向的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因组学数据	NA
118	2025-06-18	Identification of epigenetic silencing of the SFRP2 gene in colorectal cancer as a clinical biomarker and molecular significance 2024-05-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05329-x PMID:38802858	研究论文	本研究探讨了SFRP2基因在结直肠癌中的甲基化状态及其作为临床生物标志物的潜力	首次在大型生物样本队列中验证SFRP2甲基化水平与结直肠癌临床分期的关系，并发现其在血液中的预测价值	样本量相对有限，需要更大规模研究验证	探究SFRP2甲基化水平在结直肠癌诊断和治疗中的意义	结直肠癌患者和健康参与者的血液、脂肪和结肠组织样本	分子病理学	结直肠癌	qPCR、450K DNA阵列、DNA焦磷酸测序	NA	基因表达和甲基化数据	健康参与者110人(男48/女62)，结直肠癌患者85人(男61/女24)
119	2025-06-18	A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2024-05-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05304-6 PMID:38797830	研究论文	通过组织病理学和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了特发性肺动脉高压中CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞的相互作用	结合WGCNA、差异表达分析、PPI和功能富集分析，以及血流动力学相关的组织病理学评分，识别了IPAH中与炎症相关的枢纽基因，并通过单细胞RNA测序数据进一步验证了这些基因的表达细胞类型及其细胞间相互作用	研究中使用的单细胞RNA测序数据可能受到样本量和数据质量的限制	探索特发性肺动脉高压（IPAH）中炎症和免疫失调的机制	IPAH患者的肺组织样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、PPI分析	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	IPAH患者和对照组的肺组织样本，以及单细胞RNA测序数据
120	2025-06-18	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534017 PMID:37034704	研究论文	本文提出了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	开发了一种结合多重扰动和单细胞RNA测序的新方法，用于大规模筛选细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件	未明确提及方法的适用范围或潜在的实验限制	开发一种方法用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元	基因治疗	自闭症谱系障碍(ASD)和神经发育障碍(NDD)	CRISPRa, 单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)	NA	基因表达数据	493个gRNAs靶向的候选调控元件