单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-23	Integrative multi-omics and machine-learning approaches uncover a novel metabolic-related signature associated with cancer-associated fibroblasts in gastric cancer development 2025-Jun-20, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110653 PMID:40543274	研究论文	本研究通过整合多组学和机器学习方法，揭示了胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的新型代谢特征	首次将机器学习应用于胃癌代谢组学数据分析，发现与癌症相关成纤维细胞CAF_6簇相关的基因特征与患者较差生存率显著相关	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证CAF_6的具体作用机制	探索胃癌发展中与癌症相关成纤维细胞相关的代谢特征及其预后价值	胃癌组织和相关细胞类型（特别是癌症相关成纤维细胞CAF_6）	数字病理学	胃癌	微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	使用GSE15459和GSE26253作为外部验证队列，TCGA-STAD患者数据用于预后分析
102	2025-06-23	Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique ZEB2-Regulated Clec4d+ Macrophage State Contributing to Early Inflammatory Injury in Cardiac Hypertrophy 2025-Jun-19, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177867 PMID:40543740	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，识别了一种由ZEB2调控的Clec4d+巨噬细胞状态，该状态在心脏肥大的早期炎症损伤中起关键作用	首次发现Clec4d+巨噬细胞状态在心脏肥大早期炎症中的作用，并确定ZEB2为其关键调控因子	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究巨噬细胞在心脏肥大早期炎症中的调控机制	心脏组织中的巨噬细胞	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), ChIP-seq	NA	单细胞RNA测序数据	25,328个单细胞来自横主动脉缩窄(TAC)诱导的心脏肥大小鼠模型
103	2025-06-23	Vispro improves imaging analysis for Visium spatial transcriptomics 2025-Jun-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03648-w PMID:40533768	研究论文	介绍了一种名为Vispro的端到端自动化图像处理工具，用于优化10× Visium数据的空间转录组学图像分析	Vispro通过包括基准标记检测、图像恢复、组织区域检测和断开组织区域分割等模块，提高了图像质量，从而提升了下游分析的准确性和性能	NA	解决空间转录组学中组织学图像因基准标记和背景区域而退化的问题	10× Visium数据的空间转录组学图像	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	NA
104	2025-06-23	A single-cell transposable element atlas of human cell identity 2025-Jun-18, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101086 PMID:40543500	研究论文	开发了一种名为Stellarscope的计算工具，用于单细胞转座因子（TE）位点水平的分析，并构建了人类PBMCs中TE表达的图谱	首次在单细胞水平上量化了位点特异性TE表达，并揭示了TE表达在细胞类型和亚群中的新作用	TE的重复序列内容和注释不完善可能影响分析的准确性	研究转座因子在人类生物学中的影响	人类PBMCs（外周血单个核细胞）	生物信息学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	期望最大化算法	RNA测序数据	NA
105	2025-06-23	A single-cell plume transcriptome atlas of the cold-seep tubeworm Paraescarpia echinospica 2025-Jun-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-05392-z PMID:40527908	研究论文	本文提供了深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组图谱，为深海管虫的单细胞分辨率分析提供了基础	首次对深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物进行单细胞转录组分析，揭示了六种细胞簇及其相关基因	研究仅针对一种深海管虫的羽状物，可能无法完全代表其他深海管虫或不同组织	研究深海管虫Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞转录组，以了解其代谢交换机制	深海管虫Paraescarpia echinospica的羽状物	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及Paraescarpia echinospica羽状物的单细胞分析
106	2025-06-23	Interferon-responsive HEVs drive tumor tertiary lymphoid structure formation and predict immunotherapy response in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jun-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102200 PMID:40543508	研究论文	该研究通过整合空间转录组学和泛癌单细胞图谱，揭示了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLSs）的特征，并发现了一类干扰素反应性高内皮小静脉（IFN-HEVs），这些结构与肿瘤特异性趋化因子CXCL9的产生相关	发现了IFN-HEVs与CXCL9分泌的关联，并开发了一个预测免疫检查点阻断（ICB）治疗效果的评分系统CTRscore	研究主要聚焦于鼻咽癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤三级淋巴结构的形成机制及其在免疫治疗中的作用	鼻咽癌患者的三级淋巴结构和干扰素反应性高内皮小静脉	肿瘤免疫学	鼻咽癌	空间转录组学、泛癌单细胞图谱分析	NA	转录组数据、单细胞数据	三个独立的鼻咽癌队列
107	2025-06-23	Identification of lactylation-related hub genes as novel therapeutic and diagnostic targets for thoracic aortic dissection 2025-Jun-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111944 PMID:40527360	研究论文	本研究通过识别与乳酸化相关的枢纽基因，探索了其在胸主动脉夹层（TAD）中的潜在治疗和诊断价值	首次揭示了乳酸化在TAD中的关键作用，并鉴定了12个乳酸化相关枢纽基因（LRHGs），其中LDHA抑制剂在小鼠模型中显著降低了死亡率	研究主要基于小鼠模型和有限的人类主动脉组织样本，未涉及大规模临床验证	探索乳酸化在胸主动脉夹层（TAD）发病机制中的作用，并寻找潜在的治疗靶点和诊断标志物	小鼠模型和人类主动脉组织	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA分析、ROC分析	β-氨基丙腈（BAPN）诱导的小鼠模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，但使用了小鼠模型和人类主动脉组织样本
108	2025-06-23	Folliculin Deletion in the Mouse Kidney Results in Cystogenesis of the Loops of Henle via Aberrant TFEB Activation 2025-Jun-09, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.010 PMID:40499782	研究论文	该研究探讨了在小鼠肾脏中删除Folliculin（FLCN）基因如何通过异常的TFEB激活导致Henle环的囊性形成	揭示了FLCN-TFEB信号通路在肾单位发育中的关键作用，特别是在Henle环中，为Birt-Hogg-Dubé综合征的发病机制提供了新的见解	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究FLCN基因在肾单位发育中的具体作用及其与TFEB激活的关系	小鼠肾脏中的肾单位，特别是Henle环	分子生物学	Birt-Hogg-Dubé综合征	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	基因敲除小鼠及其对照组
109	2025-06-23	Formononetin enhances cisplatin chemotherapy sensitivity in osteosarcoma by inducing ferroptosis and reconstructing the immune microenvironment 2025-Jun-09, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156960 PMID:40543234	研究论文	本研究探讨了生物活性化合物芒柄花素（formononetin）在增强骨肉瘤细胞对顺铂化疗敏感性中的作用	首次证明芒柄花素通过抑制MAZ/GPX4轴诱导铁死亡并重塑肿瘤免疫微环境来增强顺铂敏感性	研究仅基于PDX模型，尚未进行临床验证	探索增强骨肉瘤对顺铂化疗敏感性的新策略	骨肉瘤细胞和肿瘤免疫微环境	肿瘤学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	PDX模型	测序数据	7216个人源骨肉瘤细胞和89,558个小鼠源细胞
110	2025-06-23	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，开发了一个基于深度学习的结直肠癌肝转移病理组学模型，用于预测结直肠癌患者的肝转移风险	识别了一种触发肝转移的恶性细胞类型（LMTMCs），并通过多组学细胞通讯分析揭示了成纤维细胞与LMTMCs之间的相互作用机制，开发了无需人工标注的弱监督学习模型	模型在外部验证集中的AUC值存在差异（0.72-0.89），可能需要进一步优化和验证	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者和肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC组织图像内部测试集和两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院）
111	2025-06-23	BCAT1 Activation Reprograms Branched-Chain Amino Acid Metabolism and Epigenetically Promotes Inflammation in Diabetic Retinopathy 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.59 PMID:40530920	研究论文	研究探讨了BCAT1在糖尿病视网膜病变中如何重塑支链氨基酸代谢并通过表观遗传机制促进炎症	揭示了BCAT1在糖尿病视网膜病变中的新作用机制，包括其对支链氨基酸代谢的重塑和通过表观遗传学调控炎症基因的表达	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本的验证不足	探究支链氨基酸代谢重塑及其在糖尿病视网膜病变进展中的作用	糖尿病视网膜病变中的Müller细胞和小鼠模型	代谢组学与表观遗传学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序、靶向代谢组学、染色质免疫沉淀(ChIP)、RNA测序、激酶筛选实验	NA	测序数据、代谢组数据、免疫荧光图像	糖尿病小鼠模型和高糖处理的Müller细胞
112	2025-06-23	Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08941-z PMID:40307555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，揭示了水稻根部细胞如何适应不同的土壤条件	首次在单细胞分辨率下揭示了根部组织如何通过细胞间通讯和基因表达变化适应土壤压力	研究仅针对水稻，其他植物物种的适应性机制可能不同	探究根部组织在单细胞尺度上适应不同土壤条件的分子机制	水稻根部细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	不同生长条件(凝胶与土壤)下的水稻根部细胞
113	2025-06-23	Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08986-0 PMID:40399682	研究论文	本文通过多代单细胞追踪技术，研究了DNA复制和遗传性DNA损伤如何导致细胞异质性	结合内源性标记蛋白和定制计算工具，首次实现了多代细胞中DNA复制模式和遗传性DNA损伤的同时追踪	研究仅限于最多四代细胞的追踪，可能无法完全反映长期细胞演化过程	解析致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性	异步生长的细胞系	单细胞生物学	癌症	双CRISPR基因组编辑、单细胞转录组学、迭代染色	NA	单细胞追踪数据、转录组数据	多代细胞系（最多四代）
114	2025-06-23	NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes 2025-May-08, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206 PMID:40345585	研究论文	本研究探讨了NOTCH2信号在软骨细胞中对转录组和细胞群体的影响，特别是在炎症反应和骨关节炎中的作用	揭示了NOTCH2通过改变软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞的转录组，增强炎症相关通路的活动	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类疾病	探究NOTCH2信号如何修改转录组和细胞群体，及其在骨关节炎中的作用	小鼠的软骨细胞和关节滑膜成纤维细胞	分子生物学	骨关节炎	RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	转录组数据	两种功能获得性突变小鼠模型的原代骺细胞
115	2025-06-23	Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012 PMID:39097166	综述	本文综述了当前可用的主要空间转录组学技术及其在肾脏疾病研究中的应用	整合形态学和分子生物学，提供对组织生物学和疾病的新理解	讨论了这些新兴技术的挑战和前景，但未提及具体的技术限制	提高对组织生物学和疾病的理解，并提供潜在的临床见解	肾脏疾病	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学(ST)	NA	分子和形态学数据	NA
116	2024-12-28	Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010 PMID:39722281	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
117	2025-06-23	Multiomic analyses implicate a neurodevelopmental program in the pathogenesis of cerebral arachnoid cysts 2023-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02238-2 PMID:36879130	研究论文	通过多组学分析探讨神经发育程序在脑蛛网膜囊肿发病机制中的作用	首次整合患者-父母三人体外显子组测序、单细胞RNA测序转录组和患者病历自然语言处理数据，揭示脑蛛网膜囊肿的发病机制	研究结果仅为初步发现，需进一步验证	阐明脑蛛网膜囊肿的发病机制	617例患者-父母三人体外显子组测序数据、152,898个人类大脑和小鼠脑膜单细胞RNA测序转录组数据及患者病历自然语言处理数据	数字病理学	脑蛛网膜囊肿	外显子组测序、单细胞RNA测序、自然语言处理	NA	基因组数据、转录组数据、文本数据	617例患者-父母三人体外显子组测序数据、152,898个单细胞RNA测序转录组数据
118	2025-06-22	FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis 2025-Aug, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429 PMID:40482466	研究论文	本文研究了FCGR2A在肝细胞癌（HCC）中通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的机制	揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴促进M2巨噬细胞极化的新机制，并提供了针对HCC的巨噬细胞靶向治疗的理论基础	未明确说明样本量及实验设计的详细情况	探究FCGR2A在HCC中M2巨噬细胞极化的具体机制及其对HCC发展的影响	肝细胞癌（HCC）中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
119	2025-06-22	Single-cell transcriptomic atlas reveals the underlying mechanism of indole-3-acetic acid in protecting against acute cholestatic liver injury 2025-Aug, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156942 PMID:40513326	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱揭示了吲哚-3-乙酸（3-IAA）在预防急性胆汁淤积性肝损伤中的潜在机制	首次通过单细胞RNA测序全面绘制了3-IAA缓解急性胆汁淤积性肝损伤的单细胞图谱，并揭示了其通过调节GZMAGZMK效应NK细胞和扩增肝脏抗炎CD59巨噬细胞的免疫机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究3-IAA在急性胆汁淤积性肝损伤中的治疗潜力及其作用机制	急性胆汁淤积性肝损伤大鼠模型	生物医学	肝病	单细胞RNA测序、转录组学、代谢组学	NA	单细胞转录组数据	NA
120	2025-06-22	TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion 2025-Jul, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-025-06411-9 PMID:40140059	研究论文	本文揭示了TMEM55A通过调控细胞内PI5P和F-actin网络来调节α细胞胞吐作用和胰高血糖素分泌的新途径	发现TMEM55A通过PI5P信号通路调控α细胞肌动蛋白解聚和胰高血糖素分泌的新机制	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	验证TMEM55A及其潜在信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用	人和小鼠的胰岛α细胞	细胞生物学	糖尿病	膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	电生理数据、RNA测序数据、显微镜图像	人类和小鼠胰岛α细胞