单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-07	Characterizing microglial heterogeneity in autophagy impairment of Paraquat-induced Parkinson's disease-like neurodegeneration 2025-Jul-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118364 PMID:40403688	研究论文	本研究通过建立百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型，利用单细胞RNA测序技术揭示了小胶质细胞在自噬障碍中的异质性及其在病理过程中的核心作用	首次在百草枯暴露背景下生成自噬的单细胞RNA测序图谱，发现小胶质细胞亚型在自噬调节中的异质性，并鉴定出一个自噬特异性小胶质细胞亚型	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，结果向人类帕金森病的直接转化需要进一步验证	探究百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变中自噬障碍的细胞异质性	百草枯诱导的帕金森病样神经退行性变模型中的小胶质细胞	神经退行性疾病研究	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	百草枯诱导的PD样神经退行性变模型	转录组数据	未明确说明样本数量，使用动物模型和BV2细胞系
102	2025-06-07	Subacute dibutyl phthalate exposure impairs hepatic T cells and facilitates hepatitis B progression in mouse liver 2025-Jul-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118398 PMID:40440982	research paper	该研究探讨了亚急性邻苯二甲酸二丁酯（DBP）暴露如何通过损害肝脏T细胞功能促进乙型肝炎病毒（HBV）的进展	首次揭示了DBP通过驱动T细胞耗竭加剧HBV进展的机制，并提出了针对免疫耗竭的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类流行病学数据的相关性分析尚未完全验证因果关系	探究亚急性DBP暴露对HBV进展的影响及其免疫调节机制	HBV感染患者和小鼠模型	免疫学	乙型肝炎	单细胞RNA测序、流式细胞术、共培养实验	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据、流行病学数据	HBV感染患者肝脏组织和小鼠模型
103	2025-06-07	Integrated analyses reveal CXCL11 as an inhibitor in ovarian cancer and its facilitation of an M1 macrophage switch via the JAK2/STAT1 pathway 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114900 PMID:40409100	研究论文	本文通过整合分析揭示了CXCL11在卵巢癌中的抑制作用及其通过JAK2/STAT1通路促进M1巨噬细胞极化的机制	首次系统地识别了M1巨噬细胞相关分子并确立了它们在卵巢癌中的预后意义，特别是CXCL11的双重功能	研究主要基于生物信息学分析和体外功能实验，缺乏体内实验验证	深入了解M1样肿瘤相关巨噬细胞在卵巢癌中的积极作用，并识别可靠的生物标志物以分层卵巢癌患者的疾病进展风险	卵巢癌(OC)中的M1样肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)及其相关分子机制	肿瘤生物学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量转录组数据分析	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
104	2025-06-07	Eleutheroside A inhibits PI3K/AKT1/mTOR-mediated glycolysis in MDSCs to alleviate their immunosuppressive function in gastric cancer 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114907 PMID:40409102	研究论文	研究探讨了刺五加苷A（EA）通过抑制PI3K/AKT1/mTOR信号通路和HIF-1α介导的糖酵解，减轻髓源性抑制细胞（MDSCs）的免疫抑制功能，从而抑制胃癌（GC）肿瘤生长的机制	首次揭示了EA通过靶向PI3K/AKT1/mTOR信号通路和HIF-1α介导的糖酵解，调节MDSCs的免疫抑制功能，为胃癌治疗提供了新的免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证EA的效果和安全性	探究EA对胃癌免疫抑制微环境的调节作用及其机制	胃癌小鼠模型、MDSCs、CD4+/CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、免疫荧光、bulk RNA-seq、scRNA-seq、网络药理学分析、PPI网络分析、分子对接、SPR、qPCR、Western blotting、Seahorse assays	小鼠皮下胃癌模型	RNA-seq数据、流式细胞术数据、免疫荧光图像	小鼠模型、TCGA数据库、两个scRNA-seq数据集（GSE183904和GSE150290）
105	2025-06-07	Integrative single-cell and bulk transcriptomics with Mendelian randomization reveals NAD-related biomarkers in diabetic retinopathy: Insights and experimental validation 2025-Jun-26, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114949 PMID:40435823	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，揭示了糖尿病视网膜病变中与NAD相关的生物标志物，并进行了实验验证	首次整合单细胞和批量转录组学与孟德尔随机化方法，识别出CCDC88A和GPD2作为糖尿病视网膜病变的潜在生物标志物，并发现小胶质细胞在疾病中的关键作用	研究主要基于公共数据库数据，实验验证样本量有限	识别与NAD相关的生物标志物并阐明其在糖尿病视网膜病变中的分子机制	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq, RT-qPCR, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据	公共数据库数据及实验验证样本
106	2025-06-07	Characterization of m6A-Related Genes in Tumor-Associated Macrophages for Prognosis, Immunotherapy, and Drug Prediction in Lung Adenocarcinomas Based on Machine Learning Algorithms 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500293RR PMID:40474570	research paper	该研究通过机器学习算法分析了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的m6A相关基因，用于预后、免疫治疗和药物预测	首次在肺腺癌中鉴定出与m6A修饰相关的巨噬细胞基因(MMRGs)，并利用多种机器学习算法构建预后模型和筛选潜在治疗药物	研究结果需要进一步的实验验证和临床转化	探索m6A修饰在肿瘤相关巨噬细胞中的作用及其对肺腺癌进展的影响	肺腺癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和m6A相关基因	machine learning	lung cancer	单细胞转录组分析、分子对接、分子动力学、免疫组化、免疫荧光	多种机器学习算法(共13种)	转录组数据、蛋白质表达数据	NA
107	2025-06-07	Inhibition of Cholesterol Synthesis in T Cells Protects the Liver Against Steatosis, Inflammation, and Oxidative Stress in Metabolic Dysfunction-Associated Steatohepatitis 2025-Jun-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500115R PMID:40476852	研究论文	本研究探讨了抑制T细胞中胆固醇合成对代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）中肝脏脂肪变性、炎症和氧化应激的保护作用	揭示了通过药理学调节T细胞胆固醇代谢作为治疗MASH的新策略	研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究T细胞胆固醇代谢在MASH发病机制中的作用及潜在治疗靶点	小鼠MCD饮食诱导的MASH模型中的CD8 T细胞	免疫代谢	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎	单细胞转录组分析	小鼠MCD饮食诱导模型	转录组数据	NA
108	2025-06-07	Excess Neprilysin in Placental EVs Impairs CNP-NPRB-Mediated Vasodilation to Trigger Preeclamptic Hypertension 2025-Jun-06, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325673 PMID:40304042	research paper	研究发现子痫前期胎盘细胞外囊泡中过量的NEP通过降解CNP，损害血管舒张功能，从而引发高血压	首次揭示胎盘细胞外囊泡中NEP通过CNP-NPRB信号通路导致子痫前期高血压的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明子痫前期发病机制中胎盘与血管功能障碍之间的联系	胎盘细胞外囊泡、子宫动脉血管、血管平滑肌细胞	生殖医学	子痫前期	液相色谱-质谱联用技术、单细胞RNA测序、腺病毒转染	小鼠疾病模型	分子生物学数据、生理学数据	未明确说明样本数量，使用正常和子痫前期胎盘组织及对应小鼠模型
109	2025-06-07	T Cell Exhaustion-Related Gene Signatures Predict Immunotherapy and Chemotherapy Response in Kidney Renal Clear Cell Carcinoma 2025-Jun-06, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2025.0060 PMID:40474808	研究论文	本研究开发了一个基于T细胞耗竭（TEX）的预后模型，用于预测肾透明细胞癌（KIRC）患者的生存结果和治疗反应	通过TEX相关基因特征预测免疫治疗和化疗反应，为个性化治疗策略提供新见解	研究样本主要来自TCGA数据库，可能缺乏外部验证队列的广泛代表性	预测KIRC患者的免疫治疗和化疗反应，优化个性化治疗策略	肾透明细胞癌（KIRC）患者	数字病理学	肾癌	基因集变异分析、加权相关网络分析、单细胞RNA测序、实时定量PCR	随机森林、LASSO-Cox回归	基因表达数据	518名来自TCGA的KIRC患者，以及IMvigor210和GDSC数据库的数据
110	2025-06-07	Divergent plastid genomes in the deepest-branching apicomplexan parasites 2025-Jun-06, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evaf117 PMID:40476362	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，对四种已知的原始gregarine谱系的质体基因组进行了表征，填补了顶复门寄生虫质体基因组多样性的关键空白	首次对原始gregarine谱系的质体基因组进行了表征，揭示了其与其他顶复门质体基因组的差异	研究仅针对四种已知的原始gregarine谱系，可能无法完全代表所有深部分支顶复门寄生虫的质体基因组多样性	理解顶复门寄生虫质体（apicoplast）的复杂进化历史	四种已知的原始gregarine谱系的质体基因组	寄生虫学	寄生虫感染	单细胞测序	NA	基因组数据	四种原始gregarine谱系的未培养代表样本
111	2025-06-07	A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma 2025-Jun-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500632 PMID:40476445	研究论文	该研究通过建立患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选，揭示了ERCC6在骨肉瘤顺铂耐药性中的关键作用	首次结合患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术鉴定ERCC6为顺铂耐药性的关键调控因子	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究骨肉瘤对顺铂产生耐药性的分子机制	骨肉瘤患者来源的类器官模型和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、CRISPR筛选	类器官模型	RNA测序数据、组织病理学数据	患者来源的骨肉瘤类器官模型和骨肉瘤细胞系
112	2025-06-07	Mapping the immune cells of the testis: Key insights into sexual maturation 2025-Jun-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70077 PMID:40478222	研究论文	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，系统描绘了性成熟前后小鼠睾丸免疫细胞图谱和发育轨迹	发现了睾丸中罕见但功能重要的B淋巴细胞群体，揭示了髓系细胞的发育可塑性，并阐明了成熟过程中间质细胞与免疫细胞之间的信号轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	系统性描绘性成熟前后睾丸白细胞图谱和发育轨迹	小鼠睾丸免疫细胞	生殖免疫学	NA	scRNA-seq, CyTOF, MACS	NA	单细胞转录组数据	8周龄(性成熟后)和2周龄(性成熟前)小鼠睾丸样本
113	2025-06-07	High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins 2025-Jun-06, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-025-09985-5 PMID:40478324	研究论文	通过高通量分化人类血管类器官，揭示了脑海绵状血管畸形蛋白的共同和独特功能	结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像技术，揭示了CCM蛋白在神经、间充质和内皮细胞群体中的特异性基因表达模式	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究CCM1、CCM2和CCM3基因突变导致不同临床表型的分子机制	人类诱导多能干细胞分化的血管类器官	生物医学研究	脑海绵状血管畸形	高通量类器官分化、单细胞RNA测序、高内涵成像	类器官模型	基因表达数据、图像数据	使用96孔板格式进行高通量实验
114	2025-06-07	Between Cluster Analysis: Supervised Dimensionality Reduction for Trajectory Inference 2025-Jun-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf306 PMID:40471707	研究论文	提出了一种名为BCA的监督线性降维技术，用于优化单细胞RNA测序数据的轨迹推断	BCA利用细胞簇标签作为先验信息，计算最大化簇间方差的嵌入，相比其他降维方法（如LDA）能更好地改进轨迹推断	现有常用评估指标仅评估细胞类型的排序，而忽略了中间细胞状态的识别或排序	优化单细胞RNA测序数据的降维和轨迹推断	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	BCA, LDA	基因表达数据	模拟数据和真实数据
115	2025-06-07	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jun-05, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示了SARS-CoV-2肺部微环境的独特性，并发现胶原VI可作为严重COVID-19的预测生物标志物	首次使用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的病毒分布、免疫组成和细胞外基质，揭示了胶原VI在疾病早期的作用及其作为预后标志物的潜力	研究样本主要来自尸检组织，可能无法完全反映活体患者的动态变化过程	理解COVID-19肺部微环境相互作用和细胞外基质的致病作用	尸检福尔马林固定石蜡包埋的COVID-19肺组织及非呼吸系统死亡对照肺组织	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215例COVID-19患者血清样本和54例健康志愿者对照
116	2025-06-07	CagA-dependent Hobit+ gastric tissue-resident memory T cells confer full protection from Helicobacter pylori reinfection 2025-Jun-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334781 PMID:40473399	research paper	研究探讨了胃组织中Hobit+组织驻留记忆T细胞（TRM）在幽门螺杆菌再感染中的保护作用	首次揭示了Hobit转录因子在胃TRM细胞诱导和发育中的关键作用，并证实这些细胞依赖幽门螺杆菌毒力因子CagA的存在	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究幽门螺杆菌初次和二次感染期间胃TRM细胞的诱导、发育和功能	小鼠和人类的胃H. pylori特异性TRM细胞	免疫学	幽门螺杆菌感染	流式细胞术、免疫组织化学、免疫荧光、ChipCytometry染色和单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据和转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
117	2025-06-07	Cathepsin C correlates with M2 macrophage infiltration and regulates the tumor growth and metastasis in non-small cell lung cancer 2025-Jun-05, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14341-3 PMID:40474091	research paper	该研究探讨了组织蛋白酶C（CTSC）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的作用及其与M2巨噬细胞浸润的关系	首次系统分析了CTSC在NSCLC中的表达及其与患者生存率的关系，并揭示了CTSC通过调节M2巨噬细胞浸润促进肿瘤生长和转移的机制	研究主要基于体外和动物实验，临床样本验证的规模有限	探究CTSC在NSCLC中的功能及其调控肿瘤进展和转移的分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞系、临床组织样本和动物模型	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因集富集分析（GSEA）、免疫组织化学	NA	基因表达数据、临床病理数据	临床NSCLC队列（具体数量未明确说明）及体外细胞系和动物模型
118	2025-06-07	Therapeutic potential of tumor-associated neutrophils: dual role and phenotypic plasticity 2025-Jun-04, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02242-7 PMID:40461514	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其表型可塑性，探讨了其抗肿瘤和促肿瘤效应的分子机制及潜在治疗应用	通过单细胞RNA测序分析揭示了TANs在不同类型肿瘤中的起源和亚型，并探讨了TANs与免疫抑制或免疫刺激TME的相互作用及TGF-β等信号通路在TAN表型转换中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其潜在治疗应用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
119	2025-06-07	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2025-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	research paper	该研究通过整合高plex成像和空间转录组学技术，分析了人类高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的组织样本，揭示了从癌前病变到癌症的分子变化	揭示了输卵管前体病变中免疫调节机制及肿瘤微环境的渐进性变化，为HGSOC的早期干预提供了潜在生物标志物和治疗靶点	NA	阐明高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）从癌前病变到癌症发展过程中的分子变化	人类输卵管组织样本（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC）	digital pathology	ovarian cancer	high-plex imaging, spatial transcriptomics	NA	image, transcriptomic data	人类组织样本（具体数量未提及）
120	2025-06-07	Identify the co-expressed genes of hypertensive nephropathy and diabetic nephropathy 2025-Jun-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04679-w PMID:40461634	research paper	本研究探讨了高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）在分子和病理机制上的复杂联系	发现了42个共享的差异表达基因（DEGs），并通过PPI网络分析确定了8个核心基因，同时识别了5个重要的microRNAs、6个关键转录因子（TFs）、11种药物化学物质、7种相关疾病和10个重要的RNA结合蛋白（RBPs），为HN和DN的联合诊断和治疗提供了新的治疗靶点	研究依赖于GEO数据库的样本，可能受到数据来源的限制	研究高血压肾病和糖尿病肾病在分子和病理机制上的联系	高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）	生物信息学	肾病	差异分析、GO/KEGG和GSEA分析、PPI网络分析、单细胞测序分析、分子对接模拟	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE37460、GSE142153（训练集）和GSE37455、GSE30529（验证集）