单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-14	Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment 2025-Jun-10, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00660-y PMID:40495012	研究论文	研究ETV2通过招募抑制因子REST来限制内皮细胞谱系分化的机制	揭示了ETV2作为先驱因子通过招募REST抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制	研究主要基于体外诱导多能干细胞模型，未涉及体内验证	探索内皮细胞谱系定向分化的分子机制	人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞	发育生物学	NA	CUT&RUN, scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
102	2025-06-14	TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03614-6 PMID:40495172	研究论文	本文提出了一种名为TORC的策略，用于在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中构建目标导向的参考数据，以改进监督式细胞类型识别的性能	开发了TORC策略，首次解决了scRNA-seq监督式细胞类型识别中参考数据选择和构建的问题，有效缓解了参考数据和目标数据之间数据分布和细胞类型组成的差异	未提及具体的技术限制或适用范围限制	提高scRNA-seq数据中监督式细胞类型识别的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	模拟数据和真实数据（具体数量未提及）
103	2025-06-14	spaMGCN: a graph convolutional network with autoencoder for spatial domain identification using multi-scale adaptation 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03637-z PMID:40495225	研究论文	提出了一种名为spaMGCN的新方法，用于空间转录组学分析中的空间域识别，特别是在离散组织分布中表现优异	通过结合空间转录组学和空间表观基因组数据，使用自编码器和多尺度自适应图卷积网络，spaMGCN在识别离散空间域方面优于基线方法	NA	开发一种更有效的空间域识别方法，特别是在离散组织分布中	小鼠脾脏中的离散T细胞区和人类淋巴结中的滤泡细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学、空间表观基因组学	自编码器、图卷积网络(GCN)	空间转录组数据、空间表观基因组数据	小鼠脾脏和人类淋巴结样本
104	2025-06-14	Integration of single-cell and spatial transcriptomics by SEU-TCA reveals the spatial origin of early cardiac progenitors 2025-Jun-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03633-3 PMID:40495257	研究论文	本文提出了一种名为SEU-TCA的方法，通过转移成分分析提高单细胞空间映射的准确性，并应用于小鼠原肠胚形成过程中的空间基因表达和调节子活性研究	开发了SEU-TCA方法，显著提高了单细胞空间映射的准确性，并成功应用于识别受Irx1调控的前第二心区祖细胞	未提及具体的样本量限制或技术应用的广泛性限制	提高单细胞空间转录组学中单细胞空间信息的获取准确性，并探索发育生物学中的基因调控机制	小鼠原肠胚形成过程中的心脏祖细胞	空间转录组学	心血管疾病	单细胞转录组测序、空间转录组测序	转移成分分析(TCA)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	NA
105	2025-06-14	Regulatory TCRαβ+ double negative T cells suppress γδ T cells and alleviate colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	研究论文	本文探讨了调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT）在结肠炎中的作用及其通过抑制γδ T细胞缓解炎症的机制	揭示了DNT细胞通过E-cadherin和NKG2D增强对γδ T细胞的细胞毒性，从而缓解结肠炎的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠结肠炎模型中的DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序和过继性转移	NA	RNA测序数据和细胞表型数据	小鼠结肠炎模型
106	2025-06-14	DWI-based Biologically Interpretable Radiomic Nomogram for Predicting 1- year Biochemical Recurrence after Radical Prostatectomy: A Deep Learning, Multicenter Study 2025-Jun-10, Current medical imaging IF:1.1Q3 DOI:10.2174/0115734056403104250527045320 PMID:40511648	研究论文	本研究开发了一种基于深度学习的放射组学列线图，用于预测前列腺癌根治术后1年的生化复发，并探讨了放射组学评分与肿瘤微环境之间的关联	结合深度学习的放射组学特征和临床参数，开发预测模型，并首次探讨放射组学评分与肿瘤微环境的关联	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对较小	预测前列腺癌根治术后1年内的生化复发	接受根治性前列腺切除术的前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	扩散加权成像(DWI), 单细胞RNA测序	3D U-Net, Cox比例风险回归模型	医学影像, 临床数据	349名患者(两个独立队列), 4名前瞻性参与者的单细胞RNA测序数据
107	2025-06-14	SLC6A6-Mediated Taurine Uptake Sustains Corneal Epithelial Stem/Progenitor Cell Function to Counteract Age-Related Dysfunction 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.25 PMID:40478558	research paper	本研究探讨了SLC6A6介导的牛磺酸转运在维持角膜缘干细胞/祖细胞功能中的作用及其对年龄相关角膜伤口愈合的影响	揭示了SLC6A6介导的牛磺酸摄取在角膜缘干细胞/祖细胞功能维持中的关键作用，并提出了针对年龄相关角膜疾病的治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	阐明SLC6A6介导的牛磺酸转运对角膜缘干细胞/祖细胞功能维持的机制及其在年龄相关角膜功能障碍中的作用	小鼠角膜缘干细胞/祖细胞(LSPCs)和TKE2细胞系	细胞生物学	角膜疾病	LC-MS/MS, 单细胞RNA测序, 定量PCR, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	C57BL/6J小鼠和TKE2细胞系
108	2025-06-14	Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70019 PMID:39985763	研究论文	研究探讨了生理衰老对小鼠睾丸中精原干细胞克隆命运行为的影响	揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成的精原干细胞克隆的空间扩张现象及其对精子生产和遗传多样性的潜在影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	阐明生理衰老对睾丸开放微环境中精原干细胞克隆命运行为的影响	小鼠睾丸中的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪和活体实时成像	NA	基因表达数据和影像数据	老年和年轻小鼠的睾丸组织
109	2025-06-14	Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders 2025-Jun, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102990 PMID:40036988	review	探讨利用单细胞和高通量组学技术研究神经发育障碍的病因	结合突变模型和高通量组学方法，系统性地在细胞分辨率下定义神经发育障碍的病因	需要大规模应用这些技术以最大化洞察并促进可重复性	理解神经发育障碍的病因	神经发育障碍基因突变模型和人类组织	基因组学	神经发育障碍	单细胞和空间转录组学	NA	基因组数据	NA
110	2025-06-14	A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70032 PMID:40051066	研究论文	利用单细胞RNA测序技术，研究人类睾丸在衰老过程中的免疫细胞变化	首次在人类睾丸中描述了衰老对免疫细胞的影响，并揭示了与年龄相关的免疫细胞亚型和分子机制的变化	样本量相对较小（33例），且未探讨这些免疫变化对生殖功能的具体影响	理解衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制	人类睾丸组织	单细胞组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	33例人类睾丸样本（年龄21-69岁）
111	2025-06-14	Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation 2025-Jun, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70042 PMID:40132988	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖的机制，并探讨了衰老过程中骨骼肌再生能力下降的原因	首次明确了Mac_1巨噬细胞亚群通过HGF/c-Met信号通路调控骨骼肌卫星细胞增殖的具体机制，并发现衰老相关肌肉再生障碍与Mac_1亚群HGF表达下降有关	研究主要基于小鼠模型，人类骨骼肌再生机制可能存在差异；外源性HGF治疗仅部分恢复肌肉再生功能	阐明骨骼肌再生的细胞分子机制，为骨骼肌疾病的防治提供新思路	年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织、肌肉卫星细胞(MuSCs)和巨噬细胞亚群	细胞生物学	肌肉萎缩症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、3D肌肉类器官模型	小鼠模型、3D器官模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌组织样本
112	2025-06-14	Genetic and genomic insights into male reproductive tract development 2025-Jun, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2025.03.024 PMID:40174856	综述	本文综述了男性生殖道（MRT）发育的遗传和基因组学见解，重点介绍了单细胞测序带来的细胞类型和细胞过程的新发现	利用单细胞测序技术发现了MRT发育中的新细胞类型和过程，并系统性地整理了与MRT发育相关的表型术语和基因	小鼠数据与人类数据在表型术语和基因关联上存在差异，需要进一步的知识协调	理解MRT发育的遗传基础及其缺陷与成年后医学结果的关系	男性生殖道发育相关的基因和细胞类型	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及269个独特基因和35个表型术语
113	2025-06-14	Peripheral blood neutrophils contribute to Claudin18.2-specific CAR-T cell treatment resistance in advanced gastric cancer 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03015-3 PMID:40246985	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在Claudin18.2特异性CAR-T细胞治疗晚期胃癌中的预后价值，并揭示了治疗抵抗的分子机制	首次发现循环中性粒细胞亚群（NE-3）与疾病进展相关，并揭示了其通过表达促肿瘤因子（如MMP-9）和IL-17信号通路富集介导治疗抵抗的机制	需要进一步验证和探索减轻中性粒细胞诱导的免疫抑制的策略	评估NLR在CAR-T细胞治疗中的预后价值并阐明治疗抵抗的分子机制	接受CLDN18.2特异性CAR-T细胞治疗的晚期胃癌患者	肿瘤免疫治疗	胃癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及接受CAR-T治疗的胃癌患者
114	2025-06-14	Single-cell profiling in ovarian germ cell and sex cord-stromal tumours 2025-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03012-6 PMID:40269311	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的肿瘤微环境	首次构建了卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的单细胞RNA测序蓝图，揭示了其免疫和基质景观	样本量相对较小，仅包含12个新鲜肿瘤样本	理解卵巢生殖细胞肿瘤和性索间质肿瘤的免疫和基质微环境	卵巢生殖细胞肿瘤（OGCT）和性索间质肿瘤（SCST）	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	12个新鲜肿瘤样本，共66,919个细胞
115	2025-06-14	Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II 2025-Jun, Neurourology and urodynamics IF:1.8Q3 DOI:10.1002/nau.70048 PMID:40338807	research paper	本研究探讨了微能量声脉冲（MAP）疗法在治疗女性压力性尿失禁（SUI）中的作用机制，特别是在单细胞分辨率下对阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型的影响	首次在单细胞分辨率下研究MAP疗法对SUI大鼠尿道修复和肌肉再神经支配的影响，揭示了MAP通过调节细胞衰老和改善肌肉再神经支配促进尿道修复的机制	研究基于动物模型，结果可能无法直接外推到人类	探索MAP疗法在SUI治疗中的作用机制	阴道分娩损伤诱导的SUI大鼠模型	生物医学	压力性尿失禁	单细胞测序、漏尿点压力测量、肌电图、电生理学研究	SUI大鼠模型	单细胞测序数据、功能评估数据	未明确提及样本数量，使用SUI大鼠模型
116	2025-06-14	The transcriptomes, connections and development of submucosal neuron classes in the mouse small intestine 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01962-x PMID:40442499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小鼠小肠黏膜下神经丛中神经元的组成、连接及发育过程	发现了两个潜在的分泌运动神经元类别和一个先前未被识别的黏膜下内源性初级传入神经元类别，并揭示了它们与肠嗜铬细胞的意外紧密关联	研究仅限于小鼠模型，人类肠道神经系统的可比性尚待验证	阐明肠道黏膜下神经丛的神经元组成、连接模式和发育机制	小鼠小肠黏膜下神经丛神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、病毒介导标记、谱系追踪	NA	转录组数据、形态学数据	NA（未明确说明样本数量）
117	2025-06-14	Identification and Mapping of Human Lymph Node Stromal Cell Subsets by Combining Single-Cell RNA Sequencing with Spatial Transcriptomics 2025-Jun, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451218 PMID:40498289	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定了人类淋巴结基质细胞的亚型并绘制了它们的空间分布	首次全面定义了10种人类淋巴结基质细胞亚型的基因特征，并通过空间转录组学预测了它们在淋巴结组织中的定位	研究仅基于13个淋巴结供体的数据，样本量相对有限	揭示人类淋巴结基质细胞的异质性及其空间分布特征	人类淋巴结基质细胞(LNSCs)	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	9267个淋巴结基质细胞，来自13个淋巴结供体
118	2025-06-14	T2T-CHM13 versus hg38: accurate identification of immunoglobulin isotypes from scRNA-seq requires a genome reference matched for ancestry 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf074 PMID:40503052	研究论文	本文探讨了使用不同基因组参考（T2T-CHM13与hg38）在单细胞RNA测序中准确识别免疫球蛋白同种型的重要性	揭示了基因组参考的祖先匹配性对免疫球蛋白同种型准确识别的影响，并展示了T2T-CHM13在欧洲样本中的优越性能	T2T-CHM13在东亚样本中未能满足'一个细胞一个抗体'的原则	研究基因组参考的祖先匹配性对单细胞RNA测序中免疫球蛋白同种型识别的影响	B细胞和抗体分泌细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及欧洲和东亚的样本
119	2025-06-14	Grape-Derived Exosome-Like Nanovesicles Effectively Ameliorate Skin Photoaging by Protecting Epithelial Cells 2025-Jun, Journal of food science IF:3.2Q2 DOI:10.1111/1750-3841.70309 PMID:40504599	研究论文	本研究探讨了葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）对光老化皮肤的效果及其初步作用机制	首次发现葡萄来源的外泌体样纳米颗粒（GENs）能有效减少紫外线对皮肤的损伤并促进皮肤修复与再生	研究尚未深入探讨GENs的具体分子机制及其长期使用的安全性	探索新型抗光老化治疗方法	光老化皮肤及上皮细胞	皮肤医学	皮肤光老化	单细胞测序	NA	体外和体内实验数据	未明确说明样本数量
120	2025-06-14	RNA binding proteins PCBP1 and PCBP2 regulate pancreatic β cell translation 2025-May-30, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2025.102175 PMID:40451383	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白PCBP1和PCBP2在调节胰腺β细胞翻译中的作用及其对葡萄糖稳态的影响	揭示了PCBP1和PCBP2在维持β细胞mRNA翻译中的协同作用及其对葡萄糖稳态的关键调控机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类β细胞中的适用性尚需进一步验证	探究PCBP1和PCBP2在β细胞稳态和翻译调控中的作用	小鼠β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA免疫沉淀、CRISPR-Cas9、shRNA、嘌呤霉素标记	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	基因修饰小鼠的β细胞