单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-15	Novel PAP-targeted CAR-T therapy enhances antitumor efficacy through CoupledCAR approach 2025-May-31, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011238 PMID:40449956	research paper	该研究提出了一种新型的PAP靶向CAR-T疗法，通过CoupledCAR方法增强抗肿瘤效果	首次证明PAP是前列腺癌CAR-T疗法的特异性靶点，并开发了CoupledCAR平台技术，无需肿瘤抗原即可扩增肿瘤靶向CAR-T细胞	研究主要基于体外和体内实验，尚未进行临床试验验证	开发针对前列腺癌的新型CAR-T疗法，解决现有疗法靶点缺乏和CAR-T细胞扩增受限的问题	前列腺癌细胞和CAR-T细胞	肿瘤免疫治疗	前列腺癌	scRNA-Seq, 免疫组化染色	CAR-T	基因表达数据, 免疫组化数据	NA
102	2025-06-15	Essential role of CD56dimNKG2C+ NK cells trained by SARS-CoV-2 vaccines in protecting against COVID-19 2025-May-30, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.05.031 PMID:40450518	research paper	该研究探讨了SARS-CoV-2疫苗通过训练特定NK细胞亚群在预防COVID-19中的关键作用	揭示了灭活COVID-19疫苗通过训练CD56dimNKG2C+ NK细胞和M2样巨噬细胞在先天免疫保护中的新机制	研究发现老年参与者在加强接种后这些适应性细胞存在缺陷，可能导致保护不足	评估疫苗在先天免疫层面的保护效果	NK细胞、巨噬细胞和T细胞在SARS-CoV-2感染中的保护作用	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	使用恒河猴模型和人类参与者进行研究
103	2025-06-15	Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation 2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04071-7 PMID:40423850	研究论文	本研究通过多组学数据和机器学习方法，揭示了CCT5在泛癌中的预后价值和免疫治疗响应预测作用	首次全面评估CCT5在33种癌症类型中的表达模式，并开发了基于CCT5的免疫治疗响应预测模型CCT5.Sig	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究CCT5在泛癌进展中的作用及其作为免疫治疗响应预测标志物的潜力	33种癌症类型的肿瘤组织	生物信息学	泛癌	多组学分析（包括bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组学）	机器学习模型	多组学数据	23个免疫检查点阻断队列（n=1394），涵盖8种癌症类型
104	2025-06-15	Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer 2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04048-6 PMID:40411560	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤内幽门螺杆菌在胃癌中塑造肿瘤进展和免疫的作用	使用SAHMI流程系统地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号，并在单细胞转录组水平上检查肿瘤-微生物相互作用	研究仅针对胃癌，未涉及其他类型的肿瘤	探究肿瘤内微生物群与胃癌发生和发展的关系	胃癌组织中的幽门螺杆菌及其与宿主细胞的相互作用	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、荧光原位杂交、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、图像数据	大型胃癌队列
105	2025-06-15	Dynamic Expression and Functional Implications of the Cell Polarity Gene, Dchs1, During Cardiac Development 2025-May-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14110774 PMID:40497950	研究论文	本研究探讨了细胞极性基因Dchs1在心脏发育过程中的动态表达及其功能意义	首次生成了Dchs1-HA敲入小鼠模型，揭示了Dchs1在非心肌细胞谱系中的动态表达模式及其在心脏发育中的潜在分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类心脏发育中的适用性需要进一步验证	阐明Dchs1在心脏发育过程中的功能作用和分子机制	Dchs1基因及其在心脏发育过程中的表达模式	发育生物学	先天性心脏病	免疫组织化学、Western blotting、单细胞转录组学	Dchs1-HA敲入小鼠模型	基因表达数据、蛋白质定位数据	不同发育阶段的小鼠心脏组织样本
106	2025-06-15	Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy 2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.13.653878 PMID:40463198	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了I型干扰素（IFN-I）信号在CD19导向的CAR T细胞治疗中的关键作用，并提出了一种通过低强度IFN-I信号增强CAR T细胞疗效的新策略	首次发现低强度IFN-I信号可以增强CAR T细胞的细胞毒性和体内疗效，而高强度IFN-I信号则会产生负面影响，这一发现为改进CAR T细胞治疗提供了新思路	研究样本量较小（仅8名患者），需要在更大规模的临床试验中验证	探索提高CD19导向CAR T细胞治疗复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤（r/r DLBCL）疗效的方法	复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者和CAR T细胞	免疫治疗	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	8名r/r DLBCL患者
107	2025-06-15	ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma 2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04063-7 PMID:40372473	研究论文	本研究探讨了ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境中的调节作用	首次揭示了ARHGDIB在胶质瘤免疫抑制微环境中的关键作用，并证实其作为肿瘤相关巨噬细胞的新型标志物	研究主要基于公共数据库和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制及其预后价值	胶质瘤患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	胶质瘤	qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光	LASSO-Cox回归	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据	公共数据库数据+自建队列样本
108	2025-06-15	Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors 2025-May-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1 PMID:40470223	research paper	该研究揭示了预测基因Din在小鼠门牙间充质干细胞（MSCs）稳态中的关键作用	通过新开发的敲除小鼠模型，首次发现Din基因对MSCs稳态的调控作用及其在干细胞特性、运动性、衰老和分化潜能中的多重影响	研究仅限于小鼠门牙模型，尚未验证在其他组织或人类中的普适性	探究维持小鼠门牙间充质干细胞稳态的分子机制	小鼠门牙中的间充质干细胞（MSCs）	干细胞生物学	NA	基因敲除模型、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学、蛋白质组学、GLISA检测	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本数量，使用基因敲除小鼠模型进行研究
109	2025-06-15	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	研究论文	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息差异基因表达（DGE）分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据进行空间信息的细胞类型特异性（CTS）DGE分析，显著提高了AD相关表型的基因检测能力	ST数据样本量较小可能影响分析效力	增强AD相关表型的空间信息差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
110	2025-06-15	scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf268 PMID:40501071	research paper	提出了一种名为scATD的高通量、可解释的单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别框架	scATD框架利用大型语言模型进行高通量药物敏感性预测，无需针对不同患者单细胞数据集进行模型微调，提高了预测速度和临床适用性	未明确提及具体局限性	开发一个能够快速预测单细胞水平癌症药物敏感性的高通量框架	单细胞RNA测序数据	digital pathology	cancer	single-cell RNA sequencing	scATD-sf, scATD-gf, scATD-sf-dist (基于scFoundation和Geneformer大型语言模型)	单细胞基因表达数据	未明确提及具体样本量
111	2025-06-15	Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology 2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25 PMID:40511047	research paper	本文系统性地探讨了细胞分析与人神经生理学的交叉领域，旨在揭示它们在理解神经过程、细胞反应及疾病中的相互作用	采用单细胞RNA测序和电生理学方法，探索人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型，为设计高特异性治疗方案提供基础	NA	理解细胞分析与人神经生理学在神经过程和疾病中的相互作用	人类样本中的细胞异质性和神经生理学表型	分子生物学与神经科学	NA	单细胞RNA测序, 电生理学方法	NA	分子数据, 电生理数据	NA
112	2025-06-15	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	本文揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的复杂调控机制及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞类型特异性起源和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，对其他癌症类型的适用性尚不明确	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	分子生物学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传学图谱分析	NA	RNA-seq数据、表观遗传数据	NA
113	2025-06-15	Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease 2025-Jan-29, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298 PMID:39879321	research paper	该研究探讨了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）中，组织特异性微环境如何驱动T细胞在不同器官中的分化演变	揭示了肺和肝脏中T细胞在aGVHD期间的转录组差异及其与克隆扩增的关系，表明这种分化与抗原特异性无关	研究基于非人灵长类动物模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究组织特异性微环境在aGVHD中对T细胞编程的影响	非人灵长类动物模型中的T细胞	免疫学	急性移植物抗宿主病	多参数流式细胞术、群体转录组分析、单细胞RNA测序和TCR测序	NA	转录组数据、单细胞数据	NA
114	2025-06-15	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	research paper	研究探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的改善作用，并通过单细胞测序技术分析了近端小管细胞、巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化治疗中的作用，揭示了其通过调节免疫和纤维化途径减轻肾纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确定其临床应用	探讨Chaga对肾纤维化的治疗作用及其分子机制	小鼠模型中的肾纤维化	digital pathology	renal fibrosis	UPLC-MS, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	mouse model	RNA sequencing data, histological images	82,496个肾脏细胞
115	2025-06-15	From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311458 PMID:40504785	研究论文	本文提出了一种基于均值漂移的新方法BOMS，用于空间转录组学中的细胞分割，无需辅助图像	BOMS方法仅基于mRNA点的空间位置和基因标签进行细胞分割，无需辅助图像，简化了实现过程并显著提高了执行速度	未提及方法在特定组织类型或复杂组织中的性能表现	改进空间转录组学中的细胞分割准确性	空间转录组学数据中的细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	均值漂移	空间转录组数据	多个公开数据集
116	2025-06-15	Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303 PMID:40510352	综述	本文全面回顾了单细胞转录组学在脑脊液（CSF）中用于理解神经系统疾病的研究	整合了scRNA-seq、scTCR-seq和scBCR-seq技术，探索神经系统疾病的免疫细胞角色和相互作用	当前单细胞转录组学在CSF和神经系统疾病中的应用仍存在局限性	理解神经系统疾病的免疫学机制并探索新的治疗靶点	脑脊液中的免疫细胞	单细胞转录组学	神经系统疾病（多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病等）	scRNA-seq、scTCR-seq、scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
117	2025-06-15	ReSort enhances reference-based cell type deconvolution for spatial transcriptomics through regional information integration 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf091 PMID:40510374	research paper	提出了一种名为ReSort的方法，通过整合区域信息增强基于参考的空间转录组细胞类型去卷积	ReSort利用空间转录组的区域级数据减少对参考数据的依赖，缓解批次/平台差异带来的技术问题	NA	提高空间转录组细胞类型去卷积的准确性	空间转录组数据	digital pathology	breast cancer	spatial transcriptomics	NA	gene expression data	mouse breast cancer model
118	2025-06-15	Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/2582989 PMID:40510586	研究论文	通过整合加德纳菌和持续性HPV16感染的转录组数据，揭示了共享的致病机制和潜在生物标志物	首次鉴定出RSAD2和IFIT1作为HPV相关宫颈病变的潜在生物标志物和治疗靶点，并建立了ceRNA网络	研究主要基于体外实验和公共数据集，需要进一步临床验证	阐明加德纳菌和HPV16持续性感染的共同致病机制	加德纳菌和HPV16感染的转录组数据	生物信息学	宫颈癌	转录组分析、单细胞转录组学、孟德尔随机化分析	Random Forest (RF)	转录组数据	GEO数据集GSE75132和体外感染实验数据
119	2025-06-15	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的方法来降低高分辨率空间转录组数据的维度	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）
120	2025-06-15	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	研究论文	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，以提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性	NA	提高单细胞空间转录组学数据中细胞分割的准确性	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界	数字病理学	肾细胞癌	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	三个商业平台生成的数据集