单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-17	Spatially defined multicellular functional units in colorectal cancer revealed from single cell and spatial transcriptomics 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.10.02.508492 PMID:40667258	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了结直肠癌中空间定义的多细胞功能单元	结合单细胞RNA-seq、Slide-seq空间转录组学和多重RNA分析，创建了健康和异常结肠细胞生态系统的详细空间图谱，并发现了细胞邻域的组织方式	研究主要基于小鼠模型，虽然与人类数据有相关性，但直接应用于人类疾病仍需进一步验证	揭示结直肠癌中细胞的空间组织和功能相互作用	健康和异常结肠细胞生态系统	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA-seq, Slide-seq空间转录组学, 多重RNA分析	NA	RNA-seq数据, 空间转录组数据	诱导性遗传CRC小鼠模型及人类CRC样本
102	2025-07-17	Spatial determinants of tumor cell dedifferentiation and plasticity in primary cutaneous melanoma 2025-Jun-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.21.660851 PMID:40667360	研究论文	本研究通过整合高plex循环免疫荧光成像、空间转录组学和传统组织学方法，探讨了早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和真皮侵袭的相关因素	揭示了早期黑色素瘤中肿瘤可塑性和空间异质性的早期出现，以及微环境局部特征对肿瘤异质性的影响	研究主要集中于早期原发性皮肤黑色素瘤，可能不适用于晚期或其他类型的黑色素瘤	探索早期黑色素瘤中肿瘤细胞去分化和侵袭的机制	原发性皮肤黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	高plex循环免疫荧光成像(CyCIF)、空间转录组学、传统组织学	NA	图像、转录组数据	多个原发性癌症样本，每个样本分析100-300个细胞的微区域
103	2025-07-17	Cerebellum metastasis model of HER2-positive breast cancer unveils key role of IL34-induced Arg1+ macrophages 2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.17.660224 PMID:40666928	研究论文	本研究开发了一种HER2阳性乳腺癌小脑转移的同源免疫活性小鼠模型，揭示了IL34诱导的Arg1+巨噬细胞在转移过程中的关键作用	首次开发了HER2阳性乳腺癌小脑转移的免疫活性小鼠模型，并发现IL34通过诱导Arg1+巨噬细胞促进转移生长	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究HER2阳性乳腺癌小脑转移的机制并寻找潜在治疗靶点	HER2阳性乳腺癌小脑转移	肿瘤学	乳腺癌	空间转录组学、MRI、光学成像	小鼠模型	影像数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
104	2025-07-17	QCatch: A framework for quality control assessment and analysis of single-cell sequencing data 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.15.659779 PMID:40667252	research paper	介绍了一个名为QCatch的Python命令行工具，用于生成单细胞测序数据的全面交互式QC报告	QCatch专门针对alevin-fry和simpleaf的输出设计，提供标准化的QC报告，并支持无缝集成到下游分析工作流中	NA	提高单细胞测序数据分析的质量控制水平	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	NA
105	2025-07-17	Spatial Transcriptomics Analysis Uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje Cells Underlying Alcohol-induced Cerebellar Vulnerability in Mice 2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.19.660571 PMID:40667236	研究论文	本研究通过空间转录组学分析揭示了MANF缺失的小鼠Purkinje细胞在酒精诱导下内质网应激的性别特异性机制	首次发现MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护作用及其性别差异	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究MANF蛋白在酒精诱导的Purkinje细胞ER应激中的保护机制	MANF敲除小鼠的Purkinje细胞	神经科学	酒精性神经毒性	空间转录组学分析、高通量原位分析	MANF敲除小鼠模型	基因表达数据、行为学数据	性别特异性MANF敲除小鼠群体
106	2025-07-17	Combining Machine Learning and Multiplexed, In Situ Profiling to Engineer Cell Type and Behavioral Specificity 2025-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.20.660790 PMID:40667316	研究论文	本文介绍了一种结合机器学习和多重原位分析的技术平台ESCargoT，用于加速背侧脊髓中增强子的发现，以实现对神经回路的精确控制	开发了ESCargoT平台，结合机器学习引导的增强子优先级排序、模块化AAV组装和多重筛选，实现了对背侧脊髓中多种细胞类型增强子的高效发现和验证	研究主要针对背侧脊髓，可能不适用于其他神经区域；增强子的功能特异性在跨物种应用中可能存在差异	加速背侧脊髓中增强子的发现，开发针对特定细胞类型的基因靶向工具和基因疗法	背侧脊髓中的少突胶质细胞和15种背角神经元亚型	机器学习	疼痛和瘙痒相关疾病	机器学习、多重AAV组装、原位分析	机器学习模型	染色质可及性数据、空间表达数据	27个增强子-AAV文库在小鼠中进行测试
107	2025-07-17	Single-cell transcriptomic and chromatin dynamics of the human brain in PTSD 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09083-y PMID:40533550	研究论文	该研究通过单细胞转录组和染色质动态分析，揭示了创伤后应激障碍（PTSD）在人脑中的细胞特异性分子调控机制	首次在单细胞水平上详细描绘了PTSD相关的基因表达变化和转录调控因子，并发现了与糖皮质激素信号、GABA能传递和神经炎症相关的基因和通路	研究样本均为死后获取，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	揭示PTSD在人脑中的细胞特异性分子调控机制	111例人类大脑背外侧前额叶皮层的细胞核（包括PTSD患者、抑郁症患者和健康对照）	神经科学	创伤后应激障碍	单细胞转录组测序、染色质动态分析、空间转录组	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据	超过200万个细胞核（来自111例人类大脑）
108	2025-07-17	Thymic DC2 are heterogenous and include a novel population of transitional dendritic cells 2025-Jun-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659520 PMID:40666966	research paper	该研究通过单细胞转录组学和谱系定义小鼠模型，揭示了胸腺髓系细胞的多样性和发育特性，特别是对DC2亚群的异质性进行了详细描述	发现胸腺DC2亚群实际上由4种不同的细胞谱系组成，包括单核细胞来源的DC和巨噬细胞，以及一种新型的CX3CR1+过渡性DC(tDC)群体	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证	阐明胸腺髓系细胞的起源、发育和稳态，特别是DC2亚群的异质性	胸腺髓系细胞，特别是DC2亚群	免疫学	NA	单细胞转录组学，谱系定义小鼠模型	NA	单细胞RNA测序数据	NA
109	2025-07-17	Exact Expectation of Complete Spatial Randomness for Nearest Neighbor G ( r ): A Scalable Alternative to Permutations 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.659088 PMID:40666920	research paper	本文提出了一种无需置换的精确计算方法，用于计算最近邻G(r)的完全空间随机性（CSR）的期望值和方差，以提高计算效率和可重复性	提出了闭式解析解，用于快速计算样本特定的CSR期望值和方差，避免了计算成本高昂的置换方法	方法假设样本满足空间随机性，而实际生物系统可能不满足这一假设	开发一种快速、可重复的空间分析方法，用于流行病学、组织生物学等领域	透明细胞肾细胞癌样本中的细胞空间分布	空间分析	肾癌	多重免疫荧光	NA	空间数据	30个模拟点和1个真实透明细胞肾细胞癌样本
110	2025-07-17	Non-disruptive 3D profiling of combinations of epigenetic marks in single cells 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.13.659535 PMID:40666962	研究论文	开发了一种名为Epi-PHR的非破坏性图像单细胞空间表观遗传分析技术，用于检测单细胞中多个表观遗传标记的组合，同时保持基因组的3D结构	Epi-PHR技术首次实现了在单细胞水平上高分辨率、位点特异性地检测表观遗传标记组合，并保留基因组的3D结构	技术可能仍存在检测灵敏度和通量的限制，且尚未在大规模样本中得到验证	研究单细胞三维表观基因组组织及其与染色质构象的关系	海马体组织切片中的单细胞	表观遗传学	NA	Epi-PHR（表观遗传邻近杂交反应）技术	NA	图像数据	数百个单基因靶点在单个细胞内
111	2025-07-17	The Human LRRK2-R1441G Mutation Drives Age-Dependent Oxidative Stress and Mitochondrial Dysfunction in Dopaminergic Neurons 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.660029 PMID:40667152	研究论文	研究LRRK2-R1441G突变如何影响中脑多巴胺神经元的线粒体功能	揭示了LRRK2-R1441G突变导致的多巴胺神经元中线粒体功能障碍和氧化应激的年龄依赖性变化	研究仅基于转基因小鼠模型，未涉及人类样本	探讨LRRK2-R1441G突变在帕金森病发病机制中的作用	中脑多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	双光子成像、空间转录组学、GeoMx Digital Spatial Profiler	BAC转基因小鼠模型	图像、转录组数据	3、6和10个月大的转基因小鼠
112	2025-07-17	Spatially-distinct programming of macrophage diversity within the granulomas of Mycobacterium tuberculosis infected nonhuman primates 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659348 PMID:40667206	研究论文	通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，研究了非人灵长类动物早期结核病模型中巨噬细胞在肺组织和肉芽肿中的表型和功能多样性	首次在非人灵长类动物模型中揭示了结核病肉芽肿中巨噬细胞的空间分布和功能多样性，并发现胚胎来源的组织驻留肺泡巨噬细胞和经历上皮-间质转化的亚群是结核分枝杆菌感染的主要细胞	研究仅针对早期结核病模型，未涵盖疾病进展的后期阶段	探究结核病肉芽肿中巨噬细胞的表型和功能多样性及其在结核病发病机制中的作用	非人灵长类动物早期结核病模型中的巨噬细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序, 免疫荧光	NA	RNA-seq数据, 图像数据	非人灵长类动物早期结核病模型的肺组织和肉芽肿样本
113	2025-07-17	CrebA regulation of secretory capacity: Genome-wide transcription profiling coupled with in vivo DNA binding studies 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.12.659381 PMID:40667345	研究论文	本研究通过DNA结合实验、表达分析和结合位点突变揭示了果蝇CrebA转录因子通过直接调控分泌途径组分基因（SPCGs）来增强胚胎唾液腺的分泌能力	发现CrebA及其哺乳动物同源物Creb3L家族在增强分泌能力中的高度保守作用，并通过单细胞RNA测序技术探索了CrebA结合与基因调控的关系	尚不清楚是什么区分了功能性结合，以及CrebA是否是驱动所有果蝇胚胎组织中SPCG基因表达的主要因子，或是否还调控其他组织特异性功能	探究CrebA转录因子在增强分泌能力中的作用及其调控机制	果蝇胚胎唾液腺及其分泌途径组分基因（SPCGs）	分子生物学	NA	DNA结合实验、表达分析、结合位点突变、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型和CrebA缺失型果蝇胚胎
114	2025-07-17	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌互作中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了新的分子互作机制	研究仅基于小鼠模型，人类组织中的验证仍需进一步研究	探究骨骼和骨骼肌之间的细胞通讯网络和信号通路	小鼠股骨及相邻骨骼肌组织	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠股骨及相邻骨骼肌组织样本
115	2025-07-17	Single-Cell Profiling of Lichen Planus Reveals Type I IFN Response Triggering the Interface Dermatitis Reaction 2025-Jun-09, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.043 PMID:40499747	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扁平苔藓（LP）皮肤病变中I型干扰素（IFN）反应在界面皮炎反应中的关键作用	首次在LP病变皮肤中鉴定出I型IFN富集环境，并揭示了IFN对炎症性角质形成细胞和成纤维细胞的独特影响，以及IFN-β在角质形成细胞与CD8 T细胞相互作用中的功能效应	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探究LP的免疫发病机制及驱动界面皮炎反应的潜在机制	扁平苔藓患者病变皮肤与健康对照皮肤	免疫学	皮肤病	单细胞RNA测序	体外共培养模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（LP患者与健康对照皮肤样本）
116	2025-07-17	OrgaCCC: Orthogonal graph autoencoders for constructing cell-cell communication networks on spatial transcriptomics data 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013212 PMID:40577399	研究论文	提出了一种基于正交图自编码器的方法OrgaCCC，用于在空间转录组数据上构建细胞间通讯网络	使用两个正交耦合的变分图自编码器在细胞/点和基因维度上捕获特征，并通过最大化重建特征之间的相似性来结合它们	依赖于基因表达谱、空间位置和配体-受体关系的信息，可能受限于这些数据的质量和覆盖范围	提高细胞间通讯推断的准确性和可靠性	空间转录组数据中的细胞间通讯	生物信息学	NA	空间转录组学	变分图自编码器	基因表达数据、空间位置数据	五个空间转录组数据集
117	2025-07-17	Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning 2025-Jun, Pediatric discovery DOI:10.1002/pdi3.70009 PMID:40666234	research paper	通过机器学习方法识别神经母细胞瘤基因表达谱中的预后生物标志物	提出了一种基于网络的机器学习方法，用于发现神经母细胞瘤的预后生物标志物，并结合单细胞RNA测序数据分析肿瘤微环境	NA	识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，以推进精准医疗	神经母细胞瘤的基因表达谱	machine learning	neuroblastoma	RNA-seq	support vector machine	gene expression data	NA
118	2025-07-17	Mechanisms of Sepsis from a Metabolic Immunology Perspective: A Bidirectional Mendelian Randomization and Single-Cell Sequencing Study of CD39+ Cells 2025-May-27, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002633 PMID:40663487	研究论文	该研究通过双向孟德尔随机化和单细胞测序技术，探讨了CD39+细胞在脓毒症发病机制中的代谢免疫学作用	首次整合双向孟德尔随机化和单细胞转录组学方法，揭示了CD39+CD8+T细胞通过代谢中间体如硫酸雄酮促进脓毒症进展的新机制	研究样本量相对有限，且仅分析了特定数据库的单细胞数据	阐明免疫表型与代谢物在脓毒症发病中的相互作用机制	脓毒症患者和对照组的免疫细胞及代谢物	代谢免疫学	脓毒症	双向孟德尔随机化(MR), 单细胞转录组测序	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	11,643例脓毒症病例, GSE167363数据库的脓毒症与对照样本
119	2025-07-17	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素γ依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制状态转变	研究主要基于小鼠模型，人类癌症样本的验证仍需进一步扩展	探究TAMs的发育轨迹及其在癌症免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	scRNA-seq, 伪时间分析	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠癌症模型和人类癌症患者样本
120	2025-07-17	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652873 PMID:40463189	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次对中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化进行了全面研究	研究仅局限于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	年轻和中老年小鼠群体