单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-04-27	Comparison of CD30L and OX40L Reveals CD30L as a Promising Therapeutic Target in Atopic Dermatitis 2025-Feb, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16412 PMID:39589186	research paper	比较CD30L和OX40L在特应性皮炎治疗中的潜力，发现CD30L是一个有前景的治疗靶点	首次提出靶向CD30-CD30L轴可能是治疗特应性皮炎的新策略，并与已知的OX40-OX40L轴进行了比较	研究主要基于小鼠模型，人类治疗效果尚需进一步验证	探索CD30L作为特应性皮炎新治疗靶点的潜力	特应性皮炎患者皮肤病变的单细胞RNA-seq数据和小鼠模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA-seq	小鼠AD模型	RNA-seq数据	多个特应性皮炎患者皮肤病变的scRNA-seq数据集和小鼠模型
102	2025-04-27	In silico integrative scRNA analysis of human colonic epithelium indicates four tuft cell subtypes 2025-Feb-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00182.2024 PMID:39589317	研究论文	本研究整合并分析了人类结肠上皮细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了结肠中簇细胞异质性的复杂景观，并识别出四种簇细胞亚型	通过整合多个公开可用的单细胞RNA测序数据集，发现了四种具有独特基因表达谱的簇细胞亚型，这些亚型在健康个体和炎症性肠病患者之间存在差异	研究主要基于计算分析，需要后续的生理学实验验证	探索人类结肠簇细胞的异质性及其在肠道健康和疾病中的潜在作用	人类结肠上皮细胞	生物信息学	炎症性肠病(IBD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	四个公开可用的数据集
103	2025-04-27	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	研究论文	研究揭示了在WNT驱动的肿瘤发生过程中，表达Pdgfra的成纤维细胞如何动态重编程以促进肠道上皮的再生状态和肿瘤形成	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的肿瘤发生中的动态重编程作用及其通过TGFB信号促进上皮再生状态的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究WNT驱动肿瘤发生过程中基质细胞与上皮细胞的相互作用机制	肠道基质成纤维细胞和上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	NA
104	2025-04-27	Fibroblastic reticular cells generate protective intratumoral T cell environments in lung cancer 2025-Jan-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.10.042 PMID:39566495	研究论文	本研究揭示了在人类非小细胞肺癌中，表达CCL19的纤维网状细胞（FRCs）如何生成相互连接的T细胞环境（TEs），并探讨了这些环境对肿瘤浸润T细胞的影响	首次展示了FRCs在肿瘤微环境中如何通过特定的分子网络调控T细胞激活途径，并证实了FRCs在肿瘤免疫治疗中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类非小细胞肺癌样本，可能不适用于其他类型的癌症	探讨肿瘤微环境中纤维网状细胞（FRCs）对T细胞活性和抗肿瘤免疫的影响	人类非小细胞肺癌和小鼠模型中的纤维网状细胞（FRCs）及T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组学、细胞命运图谱分析	NA	转录组数据、免疫组织化学数据	人类非小细胞肺癌样本和小鼠模型
105	2025-04-27	A deconvolution framework that uses single-cell sequencing plus a small benchmark data set for accurate analysis of cell type ratios in complex tissue samples 2025-Jan-22, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278822.123 PMID:39586714	研究论文	本文提出了一种名为DeMixSC的去卷积框架，利用单细胞测序和小型基准数据集准确分析复杂组织样本中的细胞类型比例	DeMixSC基于新型加权非负最小二乘框架，识别并调整具有高技术差异的基因，并将基准数据与大型患者队列对齐，以提高去卷积准确性	需要依赖良好匹配的基准数据集才能实现准确的去卷积分析	解决跨测序平台技术差异导致的去卷积准确性问题	复杂生物样本中的细胞类型比例	生物信息学	年龄相关性黄斑变性和卵巢癌	单细胞/核RNA测序	加权非负最小二乘框架	RNA测序数据	453名年龄相关性黄斑变性患者和30名卵巢癌患者
106	2025-04-27	Divergent Clinical and Immunologic Outcomes Based on STK11 Co-mutation Status in Resectable KRAS-Mutant Lung Cancers Following Neoadjuvant Immune Checkpoint Blockade 2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2983 PMID:39545922	研究论文	本研究探讨了在可切除KRAS突变非小细胞肺癌（NSCLC）中，STK11共突变状态对新辅助免疫检查点阻断（ICB）治疗临床和免疫学结果的影响	揭示了KRAS和STK11共突变与ICB治疗抵抗的关联，并首次在单细胞水平描述了相关T细胞的转录特征	样本量较小（仅13个肿瘤样本），且机制研究仍需进一步验证	探究KRAS/STK11共突变对NSCLC新辅助ICB治疗响应的影响机制	可切除的KRAS突变NSCLC肿瘤（含/不含STK11共突变）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	7例KRASmut/STK11wt肿瘤和6例KRASmut/STK11mut肿瘤
107	2025-04-27	Aberrant Activation of Wound-Healing Programs within the Metastatic Niche Facilitates Lung Colonization by Osteosarcoma Cells 2025-Jan-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0049 PMID:39540841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并评估了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的作用	首次发现骨肉瘤细胞通过诱导肺泡上皮损伤和慢性伤口愈合表型促进肺转移，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，并寻找治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序、多参数免疫荧光、空间转录组学	免疫活性小鼠模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据、蛋白表达数据、空间关系数据	免疫活性小鼠模型、免疫缺陷人源异种移植模型和患者样本
108	2025-04-27	Application of computational algorithms for single-cell RNA-seq and ATAC-seq in neurodegenerative diseases 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae044 PMID:39500613	review	本文综述了整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的计算工具和机器学习方法，以促进转录组数据与染色质可及性图谱的比对	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，揭示染色质可及性和基因表达变化在神经退行性疾病中的作用	面临数据稀疏性和计算需求等挑战	促进神经退行性疾病的研究和临床诊断	神经退行性疾病（如阿尔茨海默病和帕金森病）	计算生物学	神经退行性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习	单细胞测序数据	NA
109	2025-04-27	Spatial and Single-Cell Analyses Reveal Heterogeneity of DNAM-1 Receptor-Ligand Interactions That Instructs Intratumoral γδT-cell Activity 2025-Jan-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1509 PMID:39514370	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞配体CD112和CD155与γδT细胞上激活受体DNAM-1的相互作用如何调节γδT细胞的激活，揭示了肿瘤微环境中肿瘤细胞与γδT细胞动态互作的复杂性	揭示了CD112和CD155表达比例对γδT细胞介导的细胞毒性的影响，以及CD155通过E3泛素连接酶介导的DNAM-1降解机制	研究主要聚焦于神经母细胞瘤，结果在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证	探究肿瘤微环境中肿瘤细胞与γδT细胞的相互作用机制及其对免疫治疗的影响	神经母细胞瘤肿瘤细胞和γδT细胞	肿瘤免疫学	神经母细胞瘤	空间转录组测序、单细胞RNA测序、空间代谢组分析	NA	RNA测序数据、代谢组数据	NA
110	2025-04-27	Single-cell RNA sequencing reveals common interactions between follicle immune cells and granulosa cells in premature ovarian insufficiency patients† 2025-Jan-14, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae157 PMID:39513542	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早发性卵巢功能不全(POI)、正常卵巢储备和高级母亲年龄(AMA)患者的卵泡微环境特征，并识别潜在的治疗靶点	首次在POI和AMA患者中揭示了单核细胞与颗粒细胞之间VEGFA-FLT1相互作用的缺失，以及内质网和核糖体相关通路的富集可能驱动过度炎症反应	样本量较小(每组仅3例)，且仅分析了不含卵丘细胞的首次穿刺卵泡	探索POI的发病机制并寻找潜在治疗靶点	POI患者、正常卵巢储备女性和AMA女性的卵泡微环境	单细胞测序	早发性卵巢功能不全	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	9名女性(3名POI/3名正常/3名AMA)，共87,323个细胞
111	2025-04-27	MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets 2025-Jan-13, Molecular omics IF:3.0Q3 DOI:10.1039/d4mo00111g PMID:39513632	research paper	介绍了一种基于液滴的单细胞ChIP-seq文库构建方法MobiChIP，用于表观遗传异质性研究	开发了MobiChIP方法，兼容现有测序平台，可高效捕获不同物种的片段并允许不同组织或物种的样本混合	未提及具体的技术限制或应用范围限制	开发一种方便且准确的单细胞ChIP-seq工具，用于表观遗传异质性研究	外周血单个核细胞(PBMCs)及其染色质调控景观	表观遗传学	NA	单细胞ChIP-seq (scChIP-seq), ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	未提及具体样本数量
112	2025-04-27	Efficient Predictor for Immunotherapy Efficacy: Detecting Pan-Clones Effector Tumor Antigen-Specific T Cells in Blood by Nanoparticles Loading Whole Tumor Antigens 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409913 PMID:39498880	研究论文	本文提出了一种通过纳米颗粒负载全肿瘤抗原来检测血液中泛克隆效应肿瘤抗原特异性T细胞（ETASTs）的方法，用于预测免疫治疗的疗效	利用纳米颗粒负载全肿瘤抗原来激活和检测血液中的泛克隆ETASTs，提供了一种高准确度、特异性、非侵入性的生物标志物	NA	开发一种高效预测免疫治疗疗效的方法	肿瘤抗原特异性T细胞（ETASTs）	肿瘤免疫学	肺癌	纳米颗粒负载全肿瘤抗原、单细胞测序	NA	血液样本	肺癌患者、健康个体和良性肺结节患者
113	2025-04-27	Enhanced BMP Signaling Alters Human β-Cell Identity and Function 2025-Jan, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400470 PMID:39499224	研究论文	研究探讨了增强的BMP信号通路对人类β细胞特性和功能的影响	揭示了炎症激活的BMP信号通路对β细胞的有害作用，并提出BMP信号通路可作为保护β细胞特性的潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境的复杂性	探索炎症诱导的β细胞功能衰竭中BMP信号通路的作用	人类胰岛β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组学分析、qPCR	NA	基因表达数据	原代人类胰岛细胞
114	2025-04-27	Deep learning-based models for preimplantation mouse and human embryos based on single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02511-3 PMID:39543284	研究论文	利用深度学习工具整合和分类单细胞RNA测序数据，以定义小鼠和人类胚胎细胞类型、谱系和状态	开发了一种深度学习模型，用于无偏倚地分类细胞类型，并识别用于定义谱系、细胞类型和状态的基因集	研究依赖于公开可用的数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	定义和比较小鼠和人类胚胎发育过程中的细胞类型和状态	小鼠和人类胚胎细胞及多能干细胞模型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	RNA测序数据	公开可用的小鼠和人类发育阶段数据
115	2025-04-27	Integrated proteomics and scRNA-seq analyses of ovarian cancer reveal molecular subtype-associated cell landscapes and immunotherapy targets 2025-Jan, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02894-2 PMID:39548315	研究论文	通过整合蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，研究卵巢癌的分子亚型及其与免疫治疗靶点的关联	鉴定了四种具有不同临床相关性的蛋白质组学亚型，并发现了CD40作为C2亚型的特异性预后因子，以及TYMP抑制剂作为非免疫患者的潜在治疗策略	样本量相对较小，尤其是scRNA-seq分析仅涉及8个EOC肿瘤	研究卵巢癌分子亚型与免疫治疗靶点的关联	154个EOC肿瘤样本和29个正常输卵管样本，以及8个EOC肿瘤的单细胞RNA测序数据	数字病理学	卵巢癌	质谱蛋白质组学分析和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据和单细胞RNA测序数据	154个EOC肿瘤样本和29个正常输卵管样本，以及8个EOC肿瘤的scRNA-seq数据
116	2025-04-27	The role of FOXK2-FBXO32 in breast cancer tumorigenesis: Insights into ribosome-associated pathways 2025-Jan, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15482 PMID:39552461	研究论文	探讨FOXK2-FBXO32在乳腺癌肿瘤发生中的作用及其与核糖体相关通路的关系	发现FOXK2及其下游基因FBXO32在多种癌症中的表达与患者预后及免疫反应相关，提出FOXK2作为预后标志物和治疗靶点的潜力	需要进一步研究FOXK2和FBXO32在癌症中的具体作用机制以及靶向FOXK2治疗癌症的潜在益处	寻找能够预测肿瘤免疫治疗效果和预后的新生物标志物	FOXK2基因及其下游基因FBXO32在多种癌症中的表达及其与免疫反应和患者预后的关系	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞测序、TCGA数据库的批量RNA-seq分析、免疫浸润预测算法、功能富集分析、ChIP-seq	NA	RNA-seq数据	TCGA数据库中的多种癌症样本（包括PRAD、UCEC、BLCA、CRC、PDAC、STAD、LUAD、LUSC、THCA等）
117	2025-04-27	Deficiency of FABP7 Triggers Premature Neural Differentiation in Idiopathic Normocephalic Autism Organoids 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406849 PMID:39556706	研究论文	本研究通过iPSC衍生的脑类器官揭示了FABP7/MEK通路在自闭症谱系障碍(ASD)患者神经干细胞异常分化中的作用	首次发现FABP7缺陷导致ASD患者脑类器官中神经干细胞过早分化，并阐明FABP7/MEK通路在其中的调控机制	研究样本仅限于头围正常的ASD患者，结果可能不适用于所有ASD亚型	探究ASD患者神经发育异常的分子机制	ASD患者的iPSC衍生的脑类器官和基因修饰小鼠	神经发育生物学	自闭症谱系障碍	iPSC技术、scRNA-seq、组织形态学分析	脑类器官模型、基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据、组织形态学数据	前瞻性出生队列中的头围正常ASD患者(具体数量未明确)
118	2025-04-27	Novel integrated multiomics analysis reveals a key role for integrin beta-like 1 in wound scarring 2025-Jan, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00322-3 PMID:39558136	研究论文	本文开发了一种新型高分辨率空间多组学方法，整合空间转录组学和单细胞RNA测序，揭示了伤口疤痕形成中细胞间通讯和信号传导的新特征	开发了一种整合空间转录组学和scRNA-Seq的新型高分辨率空间多组学方法，并确定了炎症相关疤痕形成中的关键基因Itgbl1	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证有限	探究伤口疤痕形成的分子机制和细胞间相互作用	伤口修复过程中的成纤维细胞和肌成纤维细胞	生物医学研究	伤口愈合障碍	空间转录组学, scRNA-Seq, Visium转录组学	转基因小鼠模型	转录组数据	PU.1小鼠和转基因小鼠的样本
119	2025-04-27	scPharm: Identifying Pharmacological Subpopulations of Single Cells for Precision Medicine in Cancers 2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412419 PMID:39560158	research paper	介绍了一个名为scPharm的计算框架，通过整合药理学特征和单细胞RNA测序数据来识别肿瘤内的药理学亚群并优先选择定制药物	scPharm通过单细胞分辨率评估药物反应，成功识别了ER阳性和HER2阳性人乳腺癌组织中的敏感亚群，并揭示了人类PC9细胞在erlotinib治疗下耐药亚群的动态变化	NA	开发一种计算框架，用于癌症精准医疗，通过单细胞分辨率揭示治疗异质性	ER阳性和HER2阳性人乳腺癌组织、人类PC9细胞、小鼠模型	digital pathology	breast cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	ER阳性和HER2阳性人乳腺癌组织、人类PC9细胞、小鼠模型
120	2025-04-27	Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02501-5 PMID:39562752	研究论文	本文介绍了一种名为Array-seq的方法，通过重新利用经典寡核苷酸微阵列进行空间转录组分析	利用经典DNA微阵列和下一代测序技术，创建了一个简单灵活的平台，用于从小到大的样本进行空间分子研究	NA	开发一种易于采用、低成本且可扩展的空间转录组分析工具	小鼠组织切片和人类器官	空间转录组学	NA	下一代测序	NA	空间转录组数据	多器官切片、一个样本的连续切片和整个人类器官