单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-08-03	Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization 2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics IF:2.1Q1 DOI:10.1016/j.cam.2024.115842 PMID:38464901	研究论文	该论文介绍了两种基于持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法，用于分析单细胞RNA测序数据	提出了拓扑非负矩阵分解（TNMF）和鲁棒拓扑非负矩阵分解（rTNMF）方法，解决了传统NMF方法缺乏多尺度分析的问题	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NMF, TNMF, rTNMF	RNA测序数据	12个数据集
102	2025-08-03	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	通过整合多组学数据和分子生物学实验，探讨Calumenin（CALU）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的影响及其与肿瘤微环境异质性的关系	首次揭示了CALU在ccRCC中的表达与肿瘤进展、免疫微环境特征及化疗药物敏感性的关联	研究未涉及CALU在ccRCC中的具体作用机制	探究CALU在ccRCC中的生物学功能及其作为生物标志物的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者及细胞模型	肿瘤生物学	肾细胞癌	多组学数据分析、分子生物学实验、单细胞测序	NA	多组学数据（基因组、转录组等）	未明确提及具体样本数量
103	2025-08-03	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	research paper	该研究通过单细胞分析比较了人类外周动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成及转录程序，发现了静脉中成纤维细胞的独特功能特性	样本量相对有限（30名器官捐赠者），且仅研究了上臂动脉和静脉	探究动脉和静脉在疾病发生和损伤反应中差异的生物学原因	人类外周动脉（肱动脉）和静脉（贵要静脉/头静脉）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学图像	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉样本
104	2025-08-03	NFĸB signaling drives myocardial injury via CCR2+ macrophages in a preclinical model of arrhythmogenic cardiomyopathy 2024-Apr-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172014 PMID:38564300	research paper	该研究探讨了NFκB信号在心律失常性心肌病（ACM）中心肌损伤的作用，特别是在Dsg2mut/mut小鼠模型中	揭示了NFκB信号通过CCR2+巨噬细胞介导心肌损伤和心律失常的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明ACM中心肌损伤的免疫信号机制	Dsg2mut/mut小鼠模型中的心肌细胞和巨噬细胞	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单细胞RNA-Seq, CITE-Seq	Dsg2mut/mut小鼠模型	基因表达数据	Dsg2mut/mut小鼠的心脏组织
105	2025-08-03	The intricate cellular ecosystem of human peripheral veins as revealed by single-cell transcriptomic analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296264 PMID:38206912	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示人类外周静脉复杂的细胞生态系统	首次在单细胞水平上解析了非病变人类上臂静脉的微解剖结构，揭示了静脉内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞和免疫细胞群的复杂生态系统	研究仅基于4个非病变静脉样本，样本量较小	探索静脉壁结构、重塑过程和炎症反应的细胞基础	人类上臂静脉（3条贵要静脉，1条头静脉）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类	转录组数据	4个非病变人类静脉样本，共20,006个细胞
106	2025-08-03	Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells 2023-Dec-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1 PMID:38234734	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤（GBM）患者血液中单核髓源性抑制细胞（M-MDSC）的异质性，并发现了一种类似于中性粒细胞样单核细胞（NeuMo）的转录状态富集现象	发现了GBM患者M-MDSC中NeuMo转录状态的富集现象，并创建了量化这一状态的算法，同时揭示了地塞米松等药物对这一状态的影响	研究主要基于转录组数据，缺乏对M-MDSC功能特性的直接验证	探究胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性及其与免疫抑制的关系	胶质母细胞瘤、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自GBM、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC样本
107	2025-08-03	Adult skin fibroblast state change in murine wound healing 2023-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-27152-4 PMID:36650180	研究论文	本研究通过分析小鼠皮肤伤口愈合过程中的单细胞RNA测序数据，探讨了成纤维细胞在伤口愈合增殖阶段的异质性及其作用	发现了一个特定的成纤维细胞亚群（cluster 3），该亚群在伤口皮肤中显著增加，并具有促进上皮间质转化（EMT）和血管生成的特征	研究仅基于小鼠模型，未在人类慢性伤口中进行验证	探究皮肤伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其分子机制	小鼠正常和伤口皮肤中的成纤维细胞	生物医学	伤口愈合	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠皮肤伤口愈合数据集，包括伤后第2、4、7和14天的样本
108	2025-08-02	Endothelial Tgfbr2 Deficiency Ameliorate Liver Fibrosis Through Regulating Angiocrine Signalling and Macrophage Accumulation 2025-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.70227 PMID:40747899	研究论文	本研究探讨了内皮细胞中TGF-β信号在肝纤维化中的作用及其机制	首次揭示了内皮细胞特异性Tgfbr2缺失通过调节血管分泌信号和巨噬细胞积累改善肝纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	探究TGF-β信号在肝窦内皮细胞(LSECs)中对肝纤维化的影响	肝窦内皮细胞(LSECs)和肝纤维化过程	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA测序, qPCR, western blotting, 免疫染色, 流式细胞术	内皮细胞特异性Tgfbr2敲除小鼠模型	基因表达数据, 组织学数据	健康人群和肝硬化患者的scRNA-seq数据集, 基因敲除小鼠模型
109	2025-08-02	Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily Member 12A Enhances Retinal Ganglion Cell Survival and Promotes Axon Regeneration 2025-Aug-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202500988RR PMID:40747811	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析发现Tnfrsf12a（Fn14）在促进视网膜神经节细胞（RGCs）存活和轴突再生中的关键作用	首次揭示Fn14在αRGCs/ipRGCs中通过调控轴突再生相关生物过程发挥神经保护和再生作用，并验证其通过下调Socs3实现功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证其在人类或其他哺乳动物中的适用性	探索增强成年哺乳动物视网膜神经节细胞损伤后再生能力的转录调控途径	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）	神经再生	视神经损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、AAV2病毒载体转染、CTB标记、免疫染色、视网膜电图（ERG）	NA	转录组数据、图像数据、电生理数据	小鼠视神经压伤（ONC）和NMDA诱导视网膜毒性两种损伤模型
110	2025-08-02	Surgical and blood-based minimal residual disease in patients with ovarian cancer after frontline therapy: Clinical outcomes and translational opportunities 2025-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0512 PMID:40748258	研究论文	探讨卵巢癌患者一线治疗后通过二次腹腔镜检查和循环肿瘤DNA检测微小残留病灶的预后和转化价值	首次结合手术和血液检测方法评估微小残留病灶，并应用空间多组学技术探索其生物学特征	样本量相对有限（95例患者），且空间多组学分析仅在部分患者中进行	评估微小残留病灶检测在卵巢癌预后判断和治疗靶点发现中的价值	高级别上皮性卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	二次腹腔镜检查(SLL), 循环肿瘤DNA(ctDNA)检测, 空间转录组学(GeoMx和Visium), 蛋白质组学(CODEX)	NA	临床数据, 分子生物学数据	95例高级别上皮性卵巢癌患者，其中44例同时接受了SLL和ctDNA检测
111	2025-08-02	Glucokinase activators contribute to gastrointestinal disease risks through metabolic-immune interplay in the gut-liver axis: insights from a multi-omics study 2025-Aug-01, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-025-02571-7 PMID:40748365	研究论文	本研究探讨了葡萄糖激酶激活剂（GKAs）通过代谢-免疫相互作用对胃肠道疾病风险的影响	揭示了GK-GKRP解离通过代谢-免疫互作增加IBD和MASLD风险的机制，并识别了关键介质和细胞间通讯信号	研究基于遗传变异作为代理，可能无法完全反映药物直接作用	探究两种GK激活方式对胃肠道疾病的差异化影响机制	葡萄糖激酶激活剂（GKAs）及其对胃肠道疾病的影响	代谢组学与免疫学	炎症性肠病（IBD）和代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）	孟德尔随机化、多组学分析（包括scRNA-seq和Cellchat）	NA	遗传变异数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA（基于公开数据库的遗传和组学数据）
112	2025-08-02	Artifacts in spatial transcriptomics data: their detection, importance, prevalence, and prevention 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf306 PMID:40748322	research paper	本文介绍了一种名为BLADE的自动化跨平台统计方法，用于检测和去除空间转录组数据中的三种伪影	开发了BLADE这一新颖的自动化跨平台统计方法，用于检测和去除空间转录组数据中的伪影	未明确提及研究的局限性	提高空间转录组数据的质量，防止伪影导致的错误发现	空间转录组数据中的伪影	生物信息学	NA	空间转录组学	统计方法	空间转录组数据	37个10x Visium样本（人类和小鼠的肝脏和脂肪组织）
113	2025-08-02	Towards interpretable molecular and spatial analysis of the tumor microenvironment from digital histopathology images with HistoTME-v2 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.11.658673 PMID:40747415	research paper	介绍HistoTME-v2，一种基于AI的深度学习框架，用于从H&E染色的病理切片中预测肿瘤微环境（TME）的细胞类型特异性转录组特征活动	HistoTME-v2是一种泛癌扩展模型，能够在25种实体瘤类型中预测TME的细胞类型特异性转录组特征活动，无需单个细胞的分割和分类	虽然HistoTME-v2在预测TME组成方面表现出高准确性，但其性能可能受到H&E图像质量和注释数据量的限制	开发一种成本效益高且易于解释的工具，用于从常规H&E病理切片中分析TME，促进空间生物学在常规病理工作流程中的整合	非小细胞肺癌及其他24种实体瘤类型的H&E染色病理切片	digital pathology	lung cancer	deep learning, spatial transcriptomics, multiplex imaging (CODEX, IHC)	weakly supervised deep learning framework	H&E-stained whole slide images (WSI)	内部验证：7,586 WSI, 6,901患者, 24种癌症类型；外部验证：5,657 WSI, 1,775患者, 9种癌症类型；空间分析：259 WSI, 154患者, 7种癌症类型
114	2025-08-02	Uncovering the molecular mechanisms of Qingdu Zengye Decoction in the treatment of nasopharyngeal carcinoma: an integrative investigation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1648294 PMID:40746726	研究论文	本研究通过整合计算药理学、功能实验和单细胞转录组分析，揭示了清毒增液汤（QZD）在鼻咽癌治疗中的分子机制	首次采用单细胞RNA测序技术揭示QZD在鼻咽癌肿瘤微环境中的空间特异性作用靶点，并发现其通过多靶点调控同时作用于肿瘤细胞凋亡和免疫微环境重编程	研究主要基于体外实验和计算模拟，缺乏大规模临床样本验证	阐明清毒增液汤治疗鼻咽癌的作用机制	鼻咽癌细胞及肿瘤微环境	计算药理学与肿瘤学	鼻咽癌	网络药理学、蛋白质相互作用分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明具体样本量（使用鼻咽癌肿瘤样本进行scRNA-seq分析）
115	2025-08-02	Epiplakin expression is lost in psoriatic skin lesions and is downregulated by IFN-γ in ex vivo skin cultures 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1617737 PMID:40746860	研究论文	本文研究了表皮斑蛋白家族成员epiplakin（EPPK1）在银屑病皮肤病变中的表达及其调控机制	首次发现EPPK1在银屑病皮损中特异性下调，并揭示IFN-γ是其下调的主要调控因子	研究主要基于体外皮肤培养和小鼠模型，需要进一步人体研究验证	探究EPPK1在炎症性皮肤病（银屑病）中的作用机制	银屑病患者皮肤组织、健康皮肤组织、小鼠表皮	皮肤病学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、免疫荧光、细胞因子处理	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	银屑病和健康皮肤样本（具体数量未说明）
116	2025-08-02	Exploring the prognostic significance and therapeutic potential of SUCLG2 in prostate cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592779 PMID:40747103	研究论文	本研究探讨了SUCLG2在前列腺癌中的预后意义和治疗潜力，构建了一个基于脂质代谢的16基因风险模型	首次从脂质代谢角度构建前列腺癌风险模型，并揭示SUCLG2在肿瘤进展和治疗抵抗中的潜在作用	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证SUCLG2的分子机制	开发有效的前列腺癌诊断和治疗策略	前列腺癌患者样本和前列腺癌上皮细胞系22Rv1	数字病理学	前列腺癌	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时PCR、免疫荧光检测	Cox比例风险回归模型、LASSO回归模型	RNA测序数据、临床样本数据	497例前列腺癌样本(来自TCGA数据库)和前列腺癌细胞系
117	2025-08-01	Single-cell transcriptome analysis of bronchoalveolar lavage during early SARS-CoV-2 infection 2025-Jul-31, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.02715-24 PMID:40742121	研究论文	通过单细胞RNA测序分析SARS-CoV-2感染早期支气管肺泡灌洗细胞的转录组变化	揭示了SARS-CoV-2感染早期免疫反应的转录组特征，特别是巨噬细胞亚群和树突状细胞的动态变化	研究仅基于非人类灵长类动物模型，结果可能不完全适用于人类	理解SARS-CoV-2感染早期的免疫反应机制	恒河猴的支气管肺泡灌洗细胞	生物医学研究	COVID-19	单细胞RNA测序	非人类灵长类动物模型	RNA序列数据	恒河猴感染后0-3天的支气管肺泡灌洗细胞
118	2025-08-01	Pan-cancer Analyses Refine the Single-Cell Portrait of Tumor-Infiltrating Dendritic Cells 2025-Jul-31, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3595 PMID:40742316	研究论文	通过整合33种癌症类型中超过2500个样本的单细胞RNA测序数据，建立了人类树突状细胞（DCs）的全面蓝图，揭示了肿瘤浸润DCs的异质性及其功能潜力	发现了肿瘤中罕见的DCs亚群（如AXL+SIGLEC6+ DCs和Langerhans细胞样DCs），并展示了它们的功能潜力及其转录组特征，同时开发了机器学习模型以指导DCs注释	研究主要基于计算分析，需要进一步的实验验证来确认DCs亚群的功能及其在免疫治疗中的应用潜力	探索肿瘤微环境中DCs的异质性及其在抗肿瘤免疫中的作用，为开发基于DCs的免疫疗法提供见解	肿瘤浸润的树突状细胞（DCs）	数字病理学	泛癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	RNA测序数据	超过2500个样本，涵盖33种癌症类型
119	2025-08-01	Identification and validation of tricarboxylic acid cycle-related diagnostic biomarkers for diabetic nephropathy via weighted gene co-expression network analysis and single-cell transcriptome analysis 2025-Jul-31, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-025-02557-5 PMID:40742465	研究论文	通过加权基因共表达网络分析和单细胞转录组分析，识别并验证了三羧酸循环相关的糖尿病肾病诊断生物标志物	首次将三羧酸循环相关基因作为糖尿病肾病的诊断生物标志物进行研究，并构建了诊断模型	研究依赖于公开数据集，未进行独立队列验证	探索三羧酸循环相关基因在糖尿病肾病诊断中的潜力	糖尿病肾病患者的基因表达数据	生物信息学	糖尿病肾病	加权基因共表达网络分析(WGCNA), 单样本基因集富集分析(ssGSEA), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习模型	基因表达数据	GSE131882和GSE30122数据集中的样本
120	2025-07-31	Characterization of stem cell landscape and identification of stemness-related gene ENY2 in colorectal cancer by intergrated transcriptomic analysis 2025-Dec, Global medical genetics IF:1.2Q4 DOI:10.1016/j.gmg.2025.100067 PMID:40735504	研究论文	通过整合转录组分析，研究结直肠癌中的干细胞景观并鉴定与干性相关的基因ENY2	首次通过单细胞转录组数据整合分析，鉴定出ENY2作为结直肠癌干细胞的关键标志物，并探索其在肿瘤发生和转移中的潜在作用	研究样本量较小（9个原发性结直肠癌样本），且ENY2在结直肠癌中的具体作用机制仍需进一步实验验证	阐明结直肠癌干细胞的异质性及其潜在机制，为开发有效的治疗方法提供依据	结直肠癌干细胞	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	9个原发性结直肠癌样本